单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-05-04	Cotton2035: From genomics research to optimized breeding 2025-Feb-03, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2025.01.010 PMID:39844464	research paper	本文探讨了棉花基因组学研究及其在优化育种中的应用	提出了棉花ENCODE项目，以系统解码棉花基因组中的功能元件和调控网络，并强调了单细胞测序和高分辨率时空组学技术的重要性	未提及具体的技术实施细节或实验验证结果	实现从棉花基因组学到育种（G2B）的目标，推动棉花育种策略的发展	棉花（Gossypium）的野生和栽培品种	植物基因组学	NA	单细胞测序、高分辨率时空组学、基因组编辑、人工智能	NA	基因组数据、多组学数据	多种野生和栽培棉花种群的重测序数据
902	2025-05-04	Development of BACE2-IN-1/tranylcypromine-based compounds to induce steroidogenesis-dependent neuroprotection 2025-Feb, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.117851 PMID:39837213	研究论文	开发基于BACE2-IN-1/tranylcypromine的化合物以诱导类固醇生成依赖性神经保护	通过将tranylcypromine（LSD1抑制剂）插入BACE2抑制模板（BACE2-IN-1）并进行结构修饰，开发出新型神经保护剂，有效缓解氧化应激后的线粒体损伤并恢复胆固醇生物合成途径	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	开发新型神经保护剂以治疗创伤性脑损伤（TBI）	创伤性脑损伤（TBI）患者及小鼠模型	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Neuro-2a细胞和小鼠模型	基因表达数据和行为学数据	未明确提及具体样本数量
903	2025-05-04	Attractor Landscape Analysis Reveals a Reversion Switch in the Transition of Colorectal Tumorigenesis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412503 PMID:39840939	研究论文	本文介绍了一个名为REVERT的系统框架，用于重建核心分子调控网络模型，并基于单细胞转录组数据在肿瘤发生过程中识别逆转开关	提出了REVERT系统框架，能够重建核心分子调控网络模型并识别肿瘤发生过程中的逆转开关	未明确提及具体局限性	研究肿瘤发生过程中的细胞命运转变机制，并寻找逆转这种转变的分子开关	结肠癌患者来源的匹配类器官和正常结肠的单细胞转录组数据	系统生物学	结肠癌	单细胞转录组测序	核心分子调控网络模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
904	2025-05-04	IFN-γ reprograms cardiac microvascular endothelial cells to mediate doxorubicin transport and influences the sensitivity of mice to doxorubicin-induced cardiotoxicity 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01389-7 PMID:39843977	研究论文	本研究探讨了IFN-γ通过重编程心脏微血管内皮细胞影响多柔比星（DOX）转运的机制，并揭示了其对小鼠多柔比星诱导心脏毒性（DIC）敏感性的影响	首次揭示了IFN-γ通过上调P-糖蛋白表达增加DOX外排，从而降低DIC敏感性的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究多柔比星诱导心脏毒性（DIC）敏感性差异的分子机制	小鼠心脏微血管内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	表面增强拉曼光谱（SERS）、单细胞RNA测序	小鼠DIC模型	基因表达数据、药物分布数据	未明确说明小鼠数量
905	2025-05-04	Mapping the topography of spatial gene expression with interpretable deep learning 2025-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02503-3 PMID:39849132	研究论文	本文提出了一种名为GASTON的深度学习算法，用于解析空间转录组数据中的基因表达模式	开发了GASTON算法，一种无监督且可解释的深度学习方法，用于学习等深度、空间梯度和分段线性表达函数，以模拟基因表达的连续梯度和不连续变化	未明确提及具体局限性	解决空间转录组数据稀疏性问题，解析基因表达的空间模式	空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组技术	深度学习	基因表达数据	多个组织样本（具体数量未明确提及）
906	2025-05-04	Integrative proteogenomic analysis identifies COL6A3-derived endotrophin as a mediator of the effect of obesity on coronary artery disease 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02052-7 PMID:39856218	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学分析，研究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病，并确定COL6A3衍生的内啡肽作为关键介质	首次将两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学和单细胞RNA测序整合，识别出COL6A3衍生的内啡肽作为肥胖影响冠状动脉疾病的关键介质	研究未涉及其他可能影响冠状动脉疾病的肥胖相关因素	探究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病、中风和2型糖尿病	循环蛋白质，特别是COL6A3及其衍生的内啡肽	蛋白质组学与基因组学	冠状动脉疾病	两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、表观基因组数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
907	2025-05-04	Single cell approaches define neural stem cell niches and identify microglial ligands that can enhance precursor-mediated oligodendrogenesis 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115194 PMID:39823226	研究论文	利用单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学技术，研究稳态和损伤条件下前脑神经干细胞（NSC）微环境，并鉴定出促进少突胶质细胞生成的微胶质细胞配体	首次定义了背侧和外侧脑室-室下区（V-SVZ）为两个不同的微环境区域，并发现损伤后微胶质细胞释放的特定配体可促进少突胶质细胞生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不明确	探索神经干细胞微环境在稳态和损伤条件下的动态变化及其对少突胶质细胞生成的影响	前脑神经干细胞（NSC）及其微环境	神经科学	神经系统损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稳态和损伤条件下的神经干细胞及其微环境分析
908	2025-05-04	Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy 2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418752122 PMID:39835893	研究论文	研究腺苷二磷酸（ADP）对脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其在抗VEGF治疗中的潜在逃逸机制	首次发现ADP能够通过P2Y1受体而非VEGF途径刺激脉络膜内皮细胞增殖，揭示了抗VEGF治疗可能的逃逸机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能反应	牛脉络膜内皮细胞（BCEC）及其他牛或人眼来源的内皮细胞	细胞生物学	脉络膜新生血管疾病	生化纯化、单细胞转录组学	小鼠脉络膜新生血管模型	实验数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠EL4淋巴瘤提取物、牛和人眼来源的内皮细胞
909	2025-05-04	WWC proteins-mediated compensatory mechanism restricts schwannomatosis driven by NF2 loss of function 2025-Jan-24, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4765 PMID:39841844	research paper	该研究揭示了WWC蛋白介导的补偿机制如何限制由NF2功能缺失引发的神经鞘瘤病，并开发了一种高渗透性和短潜伏期的小鼠模型	发现了NF2通过招募E3泛素连接酶β-TrCP1/2促进WWC1-3泛素化和降解的机制，并创建了一种模拟患者病症的小鼠模型	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究NF2相关神经鞘瘤病的发病机制并开发有效的临床前模型	NF2相关神经鞘瘤病的发病机制和小鼠模型	分子生物学	神经鞘瘤病	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	NA
910	2025-05-04	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该研究开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量、空间分辨的转录组分析方法，用于研究细菌在复杂环境中的单细胞决策	结合1000倍体积扩展与多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的空间分辨分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞异质性	细菌的转录组	digital pathology	NA	multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization (MERFISH)	NA	image	NA
911	2025-05-04	Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis 2025-Jan-24, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlae009 PMID:39849992	research paper	通过单细胞RNA测序分析特应性皮炎患者和健康对照者的Langerhans细胞和皮肤T细胞，揭示AD皮肤中LCs的基因表达变化及其在炎症循环中的作用	首次在单细胞水平上识别出AD患者皮肤中LCs的四个亚群，并发现其中两个促炎/成熟亚群在AD皮肤中富集	研究样本量有限，且未深入探讨LCs与S. aureus互作的具体分子机制	探究Langerhans细胞在特应性皮炎发病机制中的作用	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞和T细胞	digital pathology	atopic dermatitis	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自AD患者和健康对照者的皮肤活检样本
912	2025-05-04	Tremor in the Age of Omics: An Overview of the Transcriptomic Landscape of Essential Tremor 2025-Jan-24, Cerebellum (London, England) DOI:10.1007/s12311-025-01793-3 PMID:39853640	综述	本文综述了原发性震颤（ET）的转录组学研究现状，旨在揭示其生物学通路并探索进一步研究的可能方向	强调了单细胞和单核RNA测序技术（scRNA-seq和snRNA-seq）在揭示ET分子和细胞事件中的潜力，并指出多个研究中共享的生物学通路，特别是轴突导向和钙信号传导	样本量不足可能限制了揭示ET临床和病理异质性的细微差别	探讨ET的病理机制和潜在治疗方法	原发性震颤（ET）	转录组学	运动障碍	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但指出增加样本量对研究的重要性
913	2025-05-04	Specific types of male infertility are correlated with T cell exhaustion or senescence signatures 2025-Jan-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56193-2 PMID:39856063	research paper	该研究通过结合多参数表型分析和单细胞RNA测序，揭示了不育男性在精液和全身水平的免疫状态	首次发现年轻不育男性具有类似健康老年男性的促炎环境，并鉴定了两种不育状况下T细胞衰竭和衰老的特定特征	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究男性不育与免疫状态之间的关联	不育男性的精液和血液样本	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, 多参数表型分析	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	未明确说明
914	2025-05-04	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术，对大鼠神经系统中的染色质可及性进行景观分析，揭示了表观遗传调控的多样性	首次在大鼠16个脑区生成了174,593个高质量核的单细胞染色质可及性数据集，并鉴定了神经元和非神经元细胞的亚型及其特异性分布的基因调控元件	研究仅针对大鼠神经系统，结果可能不完全适用于其他物种	解析哺乳动物神经系统的分子结构及其表观遗传调控机制	成年大鼠的16个脑区细胞	表观遗传学	NA	单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq	NA	单细胞测序数据	174,593个高质量核来自16个成年大鼠脑区
915	2025-05-04	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）中冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	首次鉴定了与PDAC冷TIME诱导相关的六个基因，并验证了PCDH7作为预后标记物与CD8+ T细胞浸润的负相关性	研究样本量较小（10个原代培养物），且主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因并评估其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）	KrasG12D/+; Trp53R172H/+; Pdx-1-Cre (KPC)小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	10个小鼠PDAC原代培养物及人类PDAC样本
916	2025-05-04	Insights from the single-cell level: lineage trajectory and somatic-germline interactions during spermatogenesis in dwarf surfclam Mulinia lateralis 2025-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11266-w PMID:39856558	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了矮蛤精子发生过程中的细胞异质性、发育轨迹及体细胞-生殖细胞间的相互作用	首次在矮蛤中构建了精子发生的单细胞转录组图谱，鉴定了生殖细胞发育轨迹和关键调控因子，揭示了体细胞-生殖细胞间的双向通讯机制	研究仅聚焦于矮蛤这一特定物种，结论在其他软体动物中的普适性有待验证	解析无脊椎动物精子发生的分子机制和关键驱动基因	矮蛤（Mulinia lateralis）睾丸细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	4,600个睾丸细胞
917	2025-05-04	Inhibition of vascular smooth muscle cell PERK/ATF4 ER stress signaling protects against abdominal aortic aneurysms 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183959 PMID:39846252	研究论文	该研究探讨了通过抑制血管平滑肌细胞中的PERK/ATF4 ER应激信号来预防腹主动脉瘤（AAA）的机制	首次揭示了PERK/eIF2α/ATF4通路在血管平滑肌细胞凋亡中的作用，并提出了针对该通路的细胞特异性药物治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索预防腹主动脉瘤扩张的有效治疗方法	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	弹性酶和血管紧张素II诱导的AAA小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
918	2025-05-04	CD34hi subset of synovial fibroblasts contributes to fibrotic phenotype of human knee osteoarthritis 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183690 PMID:39846253	研究论文	通过单细胞分辨率分析人类滑膜样本，识别与骨关节炎病理生理学相关的滑膜细胞亚群	首次在单细胞水平上鉴定出与骨关节炎炎症和纤维化表型相关的滑膜细胞亚群，特别是CD34hi成纤维细胞亚群	研究样本量未明确说明，且仅限于膝关节骨关节炎	探究骨关节炎病理生理学中滑膜细胞亚群的作用	人类滑膜样本	单细胞组学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
919	2025-05-04	SUMOylation of TRIM28 is positively modulated by the BTB/POZ domain of Kaiso 2025-Jan-23, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10257-0 PMID:39847191	研究论文	研究Kaiso蛋白的BTB/POZ结构域如何促进TRIM28的SUMO化修饰	发现Kaiso的BTB/POZ结构域而非SIMs或ZBTB4同源物能有效促进TRIM28的超SUMO化	未在单个TRIM28结构域中观察到SUMO化现象，暗示TRIM28结构完整性的重要性	探究Kaiso蛋白中哪些结构元件对TRIM28的超SUMO化是必需的	TRIM28蛋白和Kaiso蛋白的相互作用	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	小鼠胚胎单细胞测序数据
920	2025-05-04	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-Jan-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，揭示了PCOS的复杂分子网络，包括差异表达基因、信号通路和细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量的具体数量或实验设计的局限性	揭示多囊卵巢综合征的潜在分子机制	多囊卵巢综合征患者的基因表达数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	加权基因共表达网络分析, 伪时间轨迹分析	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA