单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-08-09	Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia 2025-Aug-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352826.125 PMID:40774817	research paper	研究通过时间序列单细胞RNA测序和核染色质可及性测序，揭示了小鼠皮层放射状胶质细胞在胚胎和出生后阶段分化为锥体神经元和胶质细胞的细胞内在程序	构建了反映细胞谱系进展的全面分子图谱，发现染色质可及性通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型来驱动皮层细胞多样化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的皮层发育	探究皮层细胞多样化的细胞内在程序	小鼠皮层放射状胶质细胞及其分化的中间神经元祖细胞和中间胶质祖细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 核染色质可及性数据	小鼠皮层祖细胞在胚胎和出生后多个阶段的样本
902	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals the sphingolipid metabolism pathway plays an important role in leaf senescence in tobacco 2025-Aug-06, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07051-2 PMID:40764913	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示了烟草叶片衰老过程中鞘脂代谢途径的重要作用	首次在衰老烟草叶片中分析单细胞转录组，发现鞘脂代谢途径基因在衰老样本中显著上调	烟草叶片衰老的细胞过程及其调控机制仍不完全清楚	阐明烟草叶片衰老过程的分子机制	烟草叶片组织在成熟和衰老阶段的细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,100个高质量细胞，分为15个簇和10种细胞类型
903	2025-08-09	β-Sitosterol improves murine ulcerative colitis by inhibiting the expression of ribosomal proteins and the attempted polarization of type 1 macrophages 2025-Aug-05, International journal of colorectal disease IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s00384-025-04974-y PMID:40762728	研究论文	本研究探讨了β-谷甾醇通过抑制核糖体蛋白表达和MΦ1巨噬细胞极化来改善小鼠溃疡性结肠炎的机制	首次揭示β-谷甾醇通过调控核糖体信号通路关键基因的转录活性和表达来抑制MΦ1巨噬细胞极化和炎症活性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探究β-谷甾醇对溃疡性结肠炎的治疗作用及其分子机制	溃疡性结肠炎小鼠模型和RAW264.7来源的MΦ1巨噬细胞	免疫学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, KEGG分析, FCM, ELISA, Western blotting, qRT-PCR	小鼠溃疡性结肠炎模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量
904	2025-08-09	Clock pathway inhibitor overcomes tumor immune-exclusion via regulation of fibrocyte differentiation 2025-Aug-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01066-6 PMID:40764393	研究论文	该研究探讨了时钟通路抑制剂通过调节纤维细胞分化来克服肿瘤免疫排斥的机制	首次揭示了时钟基因在纤维细胞分化中的作用，并证明时钟通路抑制剂KL001能够抑制纤维细胞向αSMA CAFs的分化，从而增强免疫细胞浸润和免疫检查点抑制剂的疗效	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证	克服肿瘤免疫排斥，提高免疫检查点抑制剂的治疗效果	肺腺癌组织中的纤维细胞和αSMA CAFs	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
905	2025-08-09	The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi 2025-Aug-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.010 PMID:40774251	研究论文	该研究通过多中心、多组学数据分析，识别了肾细胞癌伴瘤栓（RCC-TT）的两种临床相关亚型，并揭示了细胞外基质重塑在预后不良亚型中的作用	发现了由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑在预后不良亚型中的关键作用，并验证了LOX抑制在破坏肿瘤免疫屏障和增强免疫治疗敏感性中的潜力	研究样本量相对有限（164例患者），且需要进一步验证LOX抑制在临床治疗中的实际效果	探索肾细胞癌伴瘤栓的分子亚型及其治疗靶点	164例肾细胞癌伴瘤栓患者的多中心、多组学数据	数字病理学	肾细胞癌	多组学测序、空间转录组学（ST）、多重免疫荧光染色	NA	多组学数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	164例RCC-TT患者
906	2025-08-09	RNA m6A Methylation Regulates CDH6 to Promote Epithelial-to-Mesenchymal Transition in Cholangiocytes of Biliary Atresia 2025-Aug-05, Journal of pediatric surgery IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.jpedsurg.2025.162492 PMID:40774478	research paper	本研究探讨了m6A甲基化通过调控CDH6表达促进胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化的机制	首次揭示了m6A甲基化通过YTHDF2介导的CDH6转录本稳定性调控在胆道闭锁胆管细胞EMT进程中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物模型验证	探索m6A修饰在胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化中的作用机制	胆道闭锁患者的胆管细胞	分子生物学	胆道闭锁	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA免疫沉淀, RNA-seq	NA	RNA测序数据, 免疫荧光图像	公开单细胞数据集HRA003163及体外培养胆管细胞
907	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) reveals dynamic gene expression trajectories regulating vascular cell senescence in Hylocereus undatus 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149718 PMID:40774524	研究论文	利用单细胞转录组测序技术研究火龙果果皮血管细胞衰老过程中的基因表达动态变化	首次在火龙果果皮中构建了血管细胞的单细胞图谱，并鉴定了两个衰老调控关键基因HuCEP和HuSCPL48	研究仅针对火龙果(Hylocereus undatus)这一特定物种，结果可能不具普适性	探究采后果实血管细胞衰老的分子机制	火龙果(Hylocereus undatus)果皮组织	植物分子生物学	NA	scRNA-seq(单细胞转录组测序)	SCODE(基因调控网络构建算法)	单细胞基因表达数据	13个果皮细胞簇(其中血管细胞主要位于簇10)
908	2025-08-09	Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors 2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039 PMID:40192595	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了遗传性弥漫性胃癌（DGC）中早期印戒细胞（SRC）病变与晚期DGC的分子表型差异	揭示了SRC病变中CDH1基因表达降低及细胞外基质重塑增加的特征，并发现SRC病变缺乏胃癌已知驱动基因的突变	样本量较小（20例），可能影响结果的普遍性	阐明早期SRC病变与晚期DGC的分子差异	人类全胃切除标本中的SRC病变与晚期DGC组织	癌症基因组学	胃癌	空间转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20例人类全胃切除标本
909	2025-08-04	Rotation-invariance is essential for accurate detection of spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62574-4 PMID:40753081	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
910	2025-08-09	Local inflammation at the salmon louse (Lepeophtheirus salmonis) attachment site contributes to copepodid rejection in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) 2025-Aug, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-025-03976-0 PMID:40464919	研究论文	本研究调查了大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼对寄生鲑鱼虱的易感性，并比较了不同鲑鱼物种在鲑鱼虱附着部位的细胞反应	揭示了银鲑鱼在鲑鱼虱附着部位通过中性粒细胞驱动的快速大规模炎症反应来抵抗寄生虫的机制	研究仅在实验室条件下进行，未考虑自然环境中的复杂因素	探究不同鲑鱼物种对鲑鱼虱的抵抗机制	大西洋鲑鱼和太平洋鲑鱼（粉红鲑鱼、银鲑鱼和狗鲑鱼）	水产病理学	寄生虫感染	组织学分析、蛋白质组学分析和空间转录组学分析	NA	组织样本、蛋白质组数据和转录组数据	四种鲑鱼物种在三个连续挑战试验中的皮肤和鳍样本
911	2025-08-09	Inflammatory monocyte-derived amphiregulin mediates intestinal fibrosis in Crohn's disease by activating PI3K/AKT 2025-Aug, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.05.008 PMID:40480418	研究论文	本研究揭示了炎症性单核细胞衍生的双调蛋白（AREG）通过激活PI3K/AKT通路促进克罗恩病（CD）肠道纤维化的机制	首次阐明炎症性单核细胞来源的AREG通过PI3K/AKT通路促进肠道纤维化的具体机制，并证实AREG缺失可减轻纤维化	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本验证仍需扩大样本量	阐明AREG介导克罗恩病肠道纤维化的分子机制	克罗恩病患者肠道组织标本、DSS诱导的小鼠结肠炎模型、人肠道成纤维细胞（HIFs）	分子病理学	克罗恩病	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞移植实验	基因敲除小鼠模型（Areg-/-）	基因表达数据、组织病理数据	CD患者狭窄/非狭窄病变组织标本、肠憩室正常组织对照、WT/Areg-/-小鼠模型
912	2025-08-09	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究旨在识别驱动骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键分子靶点，并探索其潜在机制	发现转录因子ETS2通过靶向并增强CEBPB的表达来调控OC分化，为OA的发病机制和治疗提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探索骨关节炎进展中破骨细胞分化的分子机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM模型小鼠	基因表达数据	NA
913	2025-08-09	Single-cell RNA sequencing and PANDORA-seq reveal the pivotal role of piRNA in heat stress-induced testicular injury 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145674 PMID:40609925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和PANDORA-seq技术揭示了piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的关键作用	首次发现piR_021767作为精子生成障碍的关键调控因子，并揭示了其通过抑制BAX表达调控精原细胞凋亡的分子机制	研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证	探究piRNA在热应激诱导的睾丸损伤中的分子机制	猪和小鼠的精子生成细胞	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序, PANDORA-seq, 双荧光素酶报告实验	小鼠睾丸热应激模型	RNA测序数据	23,385个猪数据点和小鼠模型
914	2025-08-09	Hypoxia-induced cellular responses in the gills of juvenile Eleutheronema tetradactylum: Insights from single-cell RNA sequencing 2025-Aug, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145749 PMID:40617425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，首次揭示了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞和分子响应	首次结合单细胞RNA测序、批量RNA测序和形态学评估，系统分析了四指马鲅幼鱼鳃在缺氧条件下的细胞异质性，并鉴定了潜在的细胞生物标志物	研究仅针对幼鱼阶段，成年鱼的缺氧响应可能有所不同	探究四指马鲅对缺氧条件的细胞和分子响应机制	四指马鲅（Eleutheronema tetradactylum）幼鱼的鳃组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、苏木精-伊红染色（HE staining）、透射电子显微镜（TEM）	NA	RNA测序数据、显微图像	NA
915	2025-08-09	Causal Association Between Immune Cell Traits and Risk of Multiple Malignant and Nonmalignant CNS Diseases: A Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomic Analysis 2025-Aug, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70632 PMID:40760788	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞转录组分析，研究免疫细胞特征与多种中枢神经系统疾病风险之间的因果关系	结合孟德尔随机化和单细胞转录组分析，首次系统评估免疫细胞特征对多种脑部疾病的因果影响，并建立了胶质母细胞瘤风险特征	样本量可能限制某些关联的检测效力，且结果需要进一步实验验证	阐明免疫细胞特征与脑部疾病之间的因果关系，并探索胶质母细胞瘤的生物标志物	731种免疫细胞特征与13种脑部疾病的关系	生物医学	胶质母细胞瘤、阿尔茨海默病、肌萎缩侧索硬化症、重度抑郁症等	孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析、非负矩阵分解(NMF)	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	涉及731种免疫细胞特征和13种脑部疾病的大规模数据分析
916	2025-08-09	New insights into interstitial cystitis/bladder pain syndrome at single-cell resolution 2025-Aug, BJUI compass IF:1.6Q3 DOI:10.1002/bco2.70051 PMID:40765664	综述	本文总结了单细胞RNA测序在间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)研究中的最新发现，重点关注膀胱细胞群体，特别是尿路上皮细胞、间质细胞和免疫细胞	通过单细胞RNA测序揭示了IC/BPS中膀胱细胞的异质性，包括尿路上皮细胞的改变、间质细胞的亚型以及免疫景观的特征，并发现了潜在的病毒病因和性别差异	需要整合多组学方法并探索基于尿液的非侵入性单细胞RNA测序以改进诊断和治疗	深入了解间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征(IC/BPS)的细胞异质性和潜在治疗靶点	健康人和IC/BPS患者的膀胱细胞亚型，以及小鼠模型	单细胞测序	间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	已发表的scRNA-seq研究数据
917	2025-08-09	CXCR4-Mediated Chemokine Signaling Orchestrates the Progression of Conjunctival Melanocytic Lesions 2025-Aug-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.11.23 PMID:40778698	研究论文	本研究探讨了CXCR4介导的趋化因子信号在结膜黑色素瘤病变进展中的作用	揭示了CXCR4在结膜黑色素瘤恶性病变中的显著上调及其通过PI3K/Akt和MEK/ERK通路的作用机制	研究样本量有限，且未涉及CXCR4靶向治疗的长期效果评估	阐明结膜黑色素瘤病变微环境差异及CXCR4信号通路的调控作用	结膜黑色素瘤细胞系(CRMM1、CRMM2、CM2005.1)及PIG1黑色素细胞	肿瘤微环境研究	结膜黑色素瘤	RNA测序（bulk和单细胞）、定量实时PCR、Western blotting、免疫组化、免疫荧光	体外细胞模型和体内肿瘤模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	多个结膜黑色素瘤细胞系和黑色素细胞系
918	2025-08-09	Innate Immune Remodeling Drives Therapy Resistance via Macrophage-NK Cell Crosstalk 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.22.666055 PMID:40777338	研究论文	研究探讨了靶向治疗过程中肿瘤免疫微环境（TME）的动态演变及其对治疗反应和耐药性的影响	发现了一个之前未被识别的转折点，即在肿瘤消退期间炎症性TME（以NK细胞浸润为特征）转变为药物耐受残留疾病时的免疫排斥状态，并揭示了一种独特的巨噬细胞亚群（F4/80+CCL5⁺MHCII⁺CD63⁺）通过CCR2/5信号在消退期间调控NK细胞招募	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	探究靶向治疗过程中免疫微环境的动态变化及其对治疗耐药性的影响	小鼠黑色素瘤模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型和人类黑色素瘤及肺癌患者样本
919	2025-08-09	Spatial transcriptomic profiling uncovers the molecular effects of the neurotoxicant polychlorinated biphenyls (PCBs) in the brains of adult mice 2025-Jul-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.24.665575 PMID:40777386	研究论文	本研究通过空间转录组学技术探讨了多氯联苯（PCBs）对成年小鼠大脑功能和认知的分子影响	首次使用空间转录组学技术揭示PCBs对小鼠大脑多个区域的基因表达影响及其与血脑屏障完整性的关联	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；样本量未明确说明	评估与人类相关的PCB混合物如何影响大脑功能和认知	成年雄性C57BL/6J小鼠	神经科学	神经退行性疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
920	2025-08-09	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic profiling of human sacrococcygeal teratomas reveals heterogeneity in cellular composition and X-chromosome inactivation 2025-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.21.665156 PMID:40777431	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类骶尾部畸胎瘤的细胞组成异质性和X染色体失活现象	首次揭示了骶尾部畸胎瘤中X染色体失活失败或重新激活与细胞身份及免疫景观的关联	样本量较小（仅8例），且未检测到假定的多能细胞群	探究骶尾部畸胎瘤的细胞起源、临床分层及性别偏好的分子机制	人类骶尾部畸胎瘤（6例产后和2例产前样本）	数字病理学	畸胎瘤	单核RNA-seq, 空间转录组学	NA	转录组数据	8例骶尾部畸胎瘤样本（1例男性，7例女性）