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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 901 | 2026-03-28 |
Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389
PMID:40236940
|
综述 | 本文综述了使用器官芯片平台建模生殖和妊娠相关组织的挑战、局限性以及高通量数据前沿 | 探讨了器官芯片技术在生殖和妊娠领域应用的创新点,包括克服现有平台限制的新方法,如空间转录组学和成像流式细胞术 | 描述了器官芯片平台的局限性,如细胞数量少、上清液体积低、制造材料限制以及分子和生化检测的不足 | 旨在评估器官芯片技术在生殖和妊娠相关生理病理建模及药物评估中的应用潜力和挑战 | 生殖和妊娠相关的器官芯片平台 | 生物医学工程 | NA | 空间转录组学、成像流式细胞术、外泌体分析 | NA | 图像、分子数据 | NA | NA | 器官芯片、微生理系统 | NA | NA |
| 902 | 2026-03-28 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma
2024-10-31, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14111394
PMID:39595571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-Seq分析,将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来 | 利用弹性网络机器学习方法识别了DNMT3B和PFKFB4作为肝母细胞瘤转移的关键预测因子,并构建了一个基于这两个酶表达的代谢评分,该评分在预测转移方面比现有分类器更敏感 | 研究基于GSE131329转录组数据集,样本来源可能有限,且未涉及实验验证或机制探讨 | 探究肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险之间的关联,并开发预测转移的临床-生物学模型 | 肝母细胞瘤肿瘤组织与非癌性肝组织,重点关注代谢酶的表达差异 | 单细胞组学 | 肝母细胞瘤 | 单细胞RNA-Seq,转录组分析 | ElasticNet机器学习,逻辑回归模型 | 转录组数据 | 基于GSE131329转录组数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 903 | 2024-08-07 |
A New Immunological Index for the Elderly: High Proportion of Multiple TCR T Cells Based on scRNA-Seq
2024-05-07, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-1
PMID:38722790
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 904 | 2026-03-28 |
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-10-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adf9941
PMID:37824646
|
研究论文 | 本研究利用单细胞和多重空间转录组学技术,揭示了人类丘脑发育过程中的分子动态和细胞命运轨迹 | 首次在人类丘脑发育中应用单细胞和空间转录组学,明确了丘脑神经元在妊娠中期的分化及其分子和空间核团组织 | 研究主要聚焦于妊娠中期,未涵盖丘脑发育的完整时间范围,且样本数量有限 | 阐明人类丘脑发育过程中的分子轨迹和细胞命运特化机制 | 人类丘脑发育过程中的神经元细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 905 | 2026-03-28 |
Protocol for using single-cell sequencing to study the heterogeneity of NF1 nerve sheath tumors from clinical biospecimens
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102297
PMID:37167059
|
研究论文 | 本文介绍了一种从神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤中获取单细胞悬液,并在10x平台上进行转录组分析的实验方案 | 提出了一种针对临床神经鞘肿瘤样本的单细胞测序实验方案,并整合了生物信息学工具进行发育轨迹构建和比较分析 | 该方案主要针对神经纤维瘤病1型相关肿瘤,可能不适用于其他类型肿瘤,且依赖于10x平台技术 | 研究神经纤维瘤病1型相关神经鞘肿瘤的异质性 | 神经纤维瘤病1型相关的神经鞘肿瘤临床样本 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x平台单细胞转录组分析 |
| 906 | 2026-03-28 |
Differentiation and single-cell RNA-seq analyses of human pluripotent-stem-cell-derived renal organoids
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102314
PMID:37220001
|
研究论文 | 本文介绍了一种将人类多能干细胞分化为肾脏类器官的协议,包括维护、分化、单细胞RNA-seq分析和验证步骤 | 提供了一种快速、可重复的人类肾脏发育和疾病建模模型,并详细描述了使用CRISPR-Cas9同源定向修复进行基因组工程以生成肾脏疾病模型 | NA | 开发人类肾脏发育和疾病建模的协议 | 人类多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA-seq,CRISPR-Cas9 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 907 | 2026-03-28 |
Protocol to assess fatal embolism risks from human stem cells
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102268
PMID:37133989
|
研究论文 | 本文提出了一种协议,用于识别人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs)中促栓塞亚群并预测ADSC输注的致命栓塞风险 | 开发了一种结合单细胞RNA-seq数据分析和数学建模的协议,以预测干细胞治疗中的栓塞风险 | 协议细节依赖于先前研究(Yan et al., 2022),可能需进一步验证 | 评估干细胞治疗中的栓塞风险,以提升细胞质量和临床应用安全性 | 人类脂肪来源多能基质细胞(ADSCs) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq | 数学模型 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 908 | 2026-03-28 |
Isolation of human cutaneous immune cells for single-cell RNA sequencing
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102239
PMID:37120815
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类皮肤中分离高活性免疫细胞用于单细胞RNA测序的协议 | 提出了一种针对人类皮肤屏障特性的高活性免疫细胞分离方法,适用于单细胞RNA测序 | 协议依赖于酶解和流式细胞术,可能对细胞活性有特定要求,且未详细讨论所有潜在技术挑战 | 开发一种从人类皮肤中分离免疫细胞的方法,以支持单细胞RNA测序在炎症性疾病研究中的应用 | 人类皮肤活检样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 909 | 2026-03-28 |
Protocol for analyzing γδ T cells from the vagina of diet-induced obese mice using single-cell RNA sequencing and flow cytometry
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102278
PMID:37289592
|
研究论文 | 本文介绍了一种在高脂饮食诱导的肥胖小鼠中,通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析阴道γδ T细胞的实验方案 | 开发了针对肥胖小鼠阴道γδ T细胞分析的综合实验方案,结合单细胞RNA测序和流式细胞术,以研究肥胖对生殖器疱疹易感性的影响 | NA | 研究肥胖如何影响生殖器疱疹(由HSV-2引起)的易感性,并分析阴道γδ T细胞在其中的作用 | 高脂饮食诱导的肥胖小鼠的阴道γδ T细胞 | 数字病理学 | 生殖器疱疹 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 910 | 2026-03-28 |
Protocol for tumor dissociation and fluorescence-activated cell sorting of human head and neck cancers
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102294
PMID:37149858
|
protocol | 本文描述了一种用于新鲜人类头颈部肿瘤标本解离及荧光激活细胞分选获取活性单细胞的逐步操作方案 | 提供了一种标准化的头颈部肿瘤组织解离与单细胞分选流程,支持下游单细胞RNA测序和三维患者来源类器官生成等应用 | NA | 建立头颈部肿瘤单细胞研究的前处理实验方案 | 人类头颈部肿瘤组织 | digital pathology | head and neck cancer | fluorescence-activated cell sorting (FACS), single-cell RNA sequencing, organoid culture | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 911 | 2026-03-28 |
Isolating peripheral blood mononuclear cells from HIV-infected patients for single-cell RNA sequencing and integration analysis
2023-Jun-16, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102222
PMID:37060557
|
研究论文 | 本文介绍了一种从HIV感染患者中分离外周血单个核细胞并进行单细胞RNA测序及整合分析的实验方案 | 结合10x Genomics单细胞测序技术和Illumina NovaSeq平台,对HIV感染患者的PBMCs进行单细胞转录组分析,并整合B细胞亚群功能和BCR受体库轨迹分析 | 未提及样本量大小或具体患者特征,可能限制结果的普适性 | 研究HIV感染对免疫细胞转录组的影响 | HIV感染患者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics protocol, Illumina NovaSeq 6000 | 10x Genomics单细胞测序方案结合Illumina NovaSeq 6000测序平台 |
| 912 | 2026-03-27 |
Small and Large Extracellular Vesicles in Circulation of Diffuse Large B-Cell Lymphoma Patients Originate From Different Cell Types of the Tumor Microenvironment
2026-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70259
PMID:41885389
|
研究论文 | 本研究探讨了弥漫性大B细胞淋巴瘤患者循环中小型与大型细胞外囊泡的来源及其在肿瘤微环境中的细胞特异性分泌差异 | 首次通过单细胞测序数据反卷积分析揭示循环中小型与大型细胞外囊泡分别源自肿瘤微环境中的恶性细胞与非恶性免疫细胞 | 研究样本量有限,且主要基于体外细胞培养和血浆分析,未直接验证体内分泌动态 | 解析弥漫性大B细胞淋巴瘤患者循环细胞外囊泡的细胞来源及其作为液体活检标志物的潜力 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的血浆样本及体外培养的DLBCL细胞 | 肿瘤生物学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 密度梯度分离、可调电阻脉冲传感分析、小RNA测序、信使RNA测序、单细胞测序 | Statescope算法 | 测序数据、传感数据 | 17例DLBCL肿瘤组织的单细胞测序数据及患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 913 | 2026-03-27 |
LLOT: application of Laplacian Linear Optimal Transport in spatial transcriptome reconstruction
2026-Jan-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujag046
PMID:41885893
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LLOT的可解释方法,用于整合单细胞和空间转录组学数据,以在全基因组和单细胞分辨率下重建缺失的空间信息 | LLOT通过迭代校正平台效应并利用拉普拉斯最优传输,将空间转录组学数据中的每个点分解为空间平滑的单细胞概率混合,提供了一种可解释且通用的框架 | NA | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,以重建组织中的空间基因表达和推断细胞位置 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据(如原位杂交、Slide-seq、10x Visium和Visium HD) | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学技术(如原位杂交、Slide-seq、10x Visium、Visium HD) | 拉普拉斯线性最优传输(LLOT) | 基因表达数据(包括单细胞和空间数据) | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Visium HD | 10x Visium和Visium HD用于空间转录组学测量 |
| 914 | 2026-03-27 |
Screening and molecular functional analysis of telomere-related genes in abdominal aortic aneurysms based on bioinformatics
2026, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2026.1716161
PMID:41884632
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法筛选并分析了腹主动脉瘤中端粒相关基因的分子特征,以识别潜在的治疗靶点 | 结合WGCNA、LASSO、SVM算法及单细胞RNA-seq数据,系统鉴定出KLF15和ZBTB16作为腹主动脉瘤的关键生物标志物,并验证了其在免疫炎症调控中的作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,实验验证仅限于体外细胞模型,缺乏体内动物模型或临床样本的进一步验证 | 探究腹主动脉瘤中端粒相关分子的特征,为开发治疗药物提供潜在靶点 | 腹主动脉瘤患者与正常对照的RNA表达数据及单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qPCR, Western blot, ELISA, 流式细胞术, Trans-well实验 | WGCNA, LASSO, SVM | 基因表达数据, 单细胞数据 | 基于公共数据集GSE57691和GSE237230,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 915 | 2026-03-27 |
Cochlear macrophage CD74 enhances the apoptosis of senescent cochlear hair cells by down-regulating MIF
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1751126
PMID:41884819
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠耳蜗单细胞测序数据,揭示了巨噬细胞CD74通过下调MIF促进衰老耳蜗毛细胞凋亡的新机制 | 首次发现衰老耳蜗中巨噬细胞CD74表达上调,并通过与MIF相互作用降低局部MIF水平,从而削弱MIF对衰老听觉细胞的保护作用,促进其凋亡 | 研究主要基于HEI-OC1细胞模型和小鼠数据,尚未在人体组织中得到验证,且具体信号通路机制有待进一步阐明 | 探究年龄相关性听力损失的细胞分子机制,特别是巨噬细胞在耳蜗衰老过程中的作用 | C57BL/6J小鼠的耳蜗组织、HEI-OC1听觉细胞系、BV2小胶质细胞系 | 单细胞生物学 | 年龄相关性听力损失 | 单细胞RNA测序 | 细胞共培养模型 | 单细胞转录组数据、细胞实验数据 | 不同年龄段的C57BL/6J小鼠耳蜗组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 916 | 2026-03-25 |
Transient ER stress cell-autonomously promotes beta cell cycling in mice
2026-May, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06649-3
PMID:41537777
|
研究论文 | 本研究通过转基因小鼠模型发现,短暂的内质网应激可自主促进小鼠β细胞增殖 | 揭示了转基因过表达、内质网应激、葡萄糖与β细胞周期激活之间的新联系 | 研究主要基于小鼠模型,人体β细胞的响应可能不同 | 探究内分泌胰腺实验性低血管化恢复是否能触发小鼠β细胞增殖 | 转基因小鼠的胰腺β细胞 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 定量RT-PCR, 免疫染色 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据, 图像数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 917 | 2026-03-25 |
FOXE1 promotes the progression of pulp inflammation by activating PANoptosis in dental pulp cells
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115204
PMID:41869565
|
研究论文 | 本研究揭示了FOXE1通过激活牙髓细胞中的PANoptosis来促进牙髓炎症进展的机制 | 首次在牙髓炎症中鉴定出PANoptotic牙髓细胞簇,并发现FOXE1是调控该过程的关键转录因子 | 未明确FOXE1调控PANoptosis的具体下游信号通路 | 探究PANoptosis在牙髓炎中的作用及调控机制 | 牙髓细胞、临床牙髓炎样本、小鼠实验性牙髓炎模型 | 单细胞组学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类临床牙髓炎样本、原代培养牙髓细胞、小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 918 | 2026-03-25 |
Single-cell resolution spatial transcriptomic signature of the retrosplenial cortex during memory consolidation
2026-Apr, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03331-3
PMID:41188622
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学揭示了学习后压后皮层在空间记忆巩固过程中的分子特征和细胞类型特异性变化 | 首次在单细胞分辨率下解析了空间记忆巩固过程中压后皮层的转录组特征,并揭示了在阿尔茨海默病小鼠模型中学习诱导的神经元激活减少 | 研究主要基于小鼠模型,结果向人类转化的普适性有待验证;化学遗传学干预的时间窗口和特异性可能存在局限 | 探究压后皮层在空间记忆巩固过程中的转录组学变化及其在阿尔茨海默病中的异常 | 小鼠压后皮层神经元,特别是兴奋性神经元亚型 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病及相关痴呆 | 空间转录组学,化学遗传学,深度学习计算工具 | 深度学习模型 | 空间转录组数据,基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及正常成年小鼠和ADRD模型小鼠 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组学平台,用于解析细胞类型和兴奋性神经元层特异性的基因表达变化 |
| 919 | 2026-03-25 |
Genetic and chemical correction of cystic fibrosis reduces airway susceptibility to SARS-CoV-2
2026-Apr-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2025
PMID:41556834
|
研究论文 | 本研究利用iPSC衍生的囊性纤维化气道模型,探究CFTR调节剂ETI如何降低CF和非CF气道对SARS-CoV-2感染的易感性 | 首次在iPSC衍生的CF气道模型中揭示CFTR调节剂ETI通过增强I型干扰素信号和抗病毒基因表达,降低SARS-CoV-2感染和炎症反应 | 研究主要基于体外iPSC模型,需进一步在体内或临床环境中验证ETI的保护作用 | 探究CFTR调节剂ETI如何降低CF和非CF气道对SARS-CoV-2感染的易感性 | 囊性纤维化患者及iPSC衍生的CF和非CF气道上皮细胞 | 细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | iPSC衍生的气道上皮模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 920 | 2026-03-25 |
Integration of TWAS with single-cell and spatial transcriptomics identifies TLR1 as a susceptibility gene and therapeutic target in the breast cancer tumor microenvironment
2026-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.150951
PMID:41713536
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研究论文 | 本研究通过整合TWAS、单细胞RNA测序和空间转录组学,识别了乳腺癌的易感基因并探讨了其在肿瘤微环境中的作用及作为治疗靶点的潜力 | 首次将TWAS与单细胞和空间转录组学技术结合,系统性地识别了乳腺癌易感基因,并深入分析了这些基因在肿瘤微环境中的细胞类型特异性表达及相互作用机制 | 研究主要基于公开数据库的汇总数据,缺乏实验验证;样本来源和种族背景可能有限,影响结果的普适性 | 识别乳腺癌的遗传易感基因,并探索其在肿瘤微环境中的功能机制及作为治疗靶点的可能性 | 乳腺癌患者组织样本及公开数据库中的eQTL和GWAS数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组范围关联研究(TWAS)、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、GWAS汇总数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |