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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9141 | 2025-10-07 |
LIPUS Promotes Calcium Oscillation and Enhances Calcium Dependent Autophagy of Chondrocytes to Alleviate Osteoarthritis
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413930
PMID:40013941
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研究论文 | 本研究通过荧光成像技术揭示低强度脉冲超声波通过钙振荡促进软骨细胞自噬缓解骨关节炎的机制 | 首次动态可视化LIPUS的机械刺激作用,发现TRPV4离子通道介导的钙依赖性自噬新机制 | 机制研究主要在细胞和斑马鱼模型中进行,需要进一步在哺乳动物模型中验证 | 探索LIPUS缓解骨关节炎的分子机制 | 小鼠软骨细胞和活体斑马鱼 | 生物力学 | 骨关节炎 | 荧光成像技术,单细胞RNA测序 | NA | 图像数据,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9142 | 2025-10-07 |
Revealing the Transcriptional and Metabolic Characteristics of Sebocytes Based on the Donkey Cell Transcriptome Atlas
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413819
PMID:40013957
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研究论文 | 基于德州驴20个组织的单细胞转录组测序构建转录图谱,揭示驴皮脂细胞的转录和代谢特征 | 首次构建驴的单细胞转录组图谱,发现SOX10在少突胶质细胞中的进化保守性,并阐明驴皮脂细胞的独特转录模式 | 仅针对德州驴进行研究,物种代表性有限;细胞类型注释可能不完全准确 | 深入探究驴在细胞水平的生理特征和分子机制 | 德州驴的20个组织样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据 | 275,050个高质量细胞,84种细胞类型 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
9143 | 2025-10-07 |
NETs-CD44-IL-17A Feedback Loop Drives Th17-Mediated Inflammation in Behçet's Uveitis
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411524
PMID:40013981
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研究论文 | 本研究揭示了NETs-CD44-IL-17A反馈环路在贝赫切特葡萄膜炎发病机制中的关键作用 | 首次发现NETs通过上调CD44诱导Th17分化,而Th17分泌的IL-17A又能促进中性粒细胞募集和NETs形成,形成正反馈环路 | 研究主要基于实验性自身免疫性葡萄膜炎模型,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究贝赫切特葡萄膜炎中中性粒细胞过度活化及其与Th17细胞相互作用的分子机制 | 贝赫切特葡萄膜炎患者中性粒细胞、实验性自身免疫性葡萄膜炎模型、Th17细胞 | 免疫学 | 贝赫切特葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光、细胞通讯分析 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎动物模型 | 基因表达数据、免疫荧光图像 | 贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照的中性粒细胞比较 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9144 | 2025-10-07 |
scHeteroNet: A Heterophily-Aware Graph Neural Network for Accurate Cell Type Annotation and Novel Cell Detection
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202412095
PMID:40042052
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研究论文 | 提出一种异质性感知的图神经网络scHeteroNet,用于精确的细胞类型注释和新细胞检测 | 利用scRNA-seq数据中的异质性,整合细胞邻域信息并引入新颖性传播机制 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释和新细胞检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9145 | 2025-10-07 |
Clinical Significance of Complement and Coagulation Cascades Genes for Patients With Acute Lymphoblastic Leukemia
2025-Apr, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.14392
PMID:39523585
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研究论文 | 本研究通过分析补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病中的表达特征,评估其作为诊断和预后生物标志物的临床意义 | 首次系统分析补体和凝血级联通路基因在ALL中的表达谱,并利用机器学习建立高精度诊断模型,结合单细胞RNA测序揭示其在骨髓免疫细胞中的差异表达 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床研究数据 | 探索补体和凝血级联通路基因在急性淋巴细胞白血病中的临床意义 | 急性淋巴细胞白血病患者和健康个体的骨髓及外周血样本 | 生物信息学 | 急性淋巴细胞白血病 | 基因表达谱分析,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 998例骨髓样本和122例外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
9146 | 2025-10-07 |
Tumor Microenvironment On-A-Chip and Single-Cell Analysis Reveal Synergistic Stromal-Immune Crosstalk on Breast Cancer Progression
2025-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413457
PMID:40056038
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研究论文 | 通过肿瘤微环境芯片与单细胞分析揭示乳腺癌中基质细胞与免疫细胞的协同作用机制 | 开发了器官型3D乳腺癌微环境芯片模型,并结合单细胞RNA测序分析,首次系统评估三阴性乳腺癌细胞在患者来源CAFs和Mφs存在下的进展机制 | 研究聚焦于三阴性乳腺癌,可能不适用于其他乳腺癌亚型;芯片模型虽能模拟体内环境但仍与真实人体环境存在差异 | 探究肿瘤微环境中基质细胞与免疫细胞间的相互作用对乳腺癌进展的调控机制 | 三阴性乳腺癌细胞、患者来源的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和巨噬细胞(Mφs) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 3D细胞培养, 功能分析实验 | 器官芯片模型 | 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9147 | 2025-10-07 |
Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02622-5
PMID:40074951
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研究论文 | 开发了一种计算工具包Spotiphy,可将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率全转录组图像 | 通过计算方法实现单细胞分辨率同时保持全基因组覆盖,解决了当前空间转录组技术的核心挑战 | NA | 开发能够实现单细胞空间全转录组分析的计算方法 | 阿尔茨海默病和健康小鼠大脑、人类乳腺癌空间转录组数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 乳腺癌 | 空间转录组学 | 计算方法/工具包 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9148 | 2025-10-07 |
Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02617-2
PMID:40082609
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研究论文 | 本文对10x Genomics的Xenium In Situ空间转录组平台进行独立性能评估,并提供最佳实践分析流程 | 首次系统评估25个不同组织和物种的Xenium数据集,并与8种其他空间转录组技术进行综合比较 | 研究仅针对Xenium平台,未涵盖所有空间转录组技术 | 评估Xenium平台性能并建立空间转录组数据分析的最佳实践指南 | 25个Xenium数据集,涵盖多种组织和物种 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 25个数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium In Situ | Xenium In Situ平台,具备亚细胞分辨率,可原位检测数百个基因 |
9149 | 2025-10-07 |
Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02624-3
PMID:40082610
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研究论文 | 评估单细胞RNA测序数据整合中不同特征选择方法对性能的影响 | 首次系统评估特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合和查询映射性能的影响,超越了传统的批次校正指标 | 未具体说明使用的数据集规模和实验设置细节 | 评估特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合性能的影响 | 单细胞RNA测序数据整合和查询映射 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9150 | 2025-10-07 |
A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02618-1
PMID:40097810
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研究论文 | 开发了一个用于空间转录组学和机械信号联合统计分析的计算框架 | 首次实现了转录信号与机械信号在空间转录组学背景下的联合统计分析 | NA | 探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用 | 小鼠胚胎发育过程中的空间转录组数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学 | 地理加性结构方程模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9151 | 2025-10-07 |
scNET: learning context-specific gene and cell embeddings by integrating single-cell gene expression data with protein-protein interactions
2025-Apr, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02627-0
PMID:40097811
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研究论文 | 提出一种整合单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质相互作用网络的双视图图神经网络方法 | 采用独特的双视图架构整合基因表达和蛋白质相互作用数据,通过注意力机制优化细胞间关系建模 | 未明确说明方法对特定噪声类型或数据稀疏性的处理能力 | 改进单细胞RNA测序数据分析,更好地捕捉细胞通路和复合物的变化 | 单细胞基因表达数据和蛋白质-蛋白质相互作用网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 注意力机制 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用网络 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9152 | 2025-10-07 |
Expression Distribution of Keratins in Normal and Pathological Corneas and the Regulatory Role of Krt17 on Limbal Stem Cells
2025-Apr-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.4.55
PMID:40257786
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研究论文 | 本研究比较了正常与病理条件下角膜中角蛋白的表达差异,重点探究了KRT17对角膜缘干细胞功能的调控作用 | 首次系统揭示应激性角蛋白Krt17在角膜缘干细胞中的多重调控功能,包括干细胞特性维持、增殖分化调控以及免疫防御反应 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,在人体组织中的验证仍需进一步深入 | 探究角蛋白在角膜稳态维持和病理调控中的作用机制 | 正常与病理角膜组织、小鼠角膜、人角膜缘上皮细胞 | 细胞生物学 | 角膜疾病 | mRNA测序, 蛋白质组测序, 单细胞测序, qPCR, 免疫荧光染色, 中性粒细胞趋化实验, 疱疹病毒感染实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质组测序 | NA | NA |
9153 | 2025-10-07 |
Angiogenesis and targeted therapy in the tumour microenvironment: From basic to clinical practice
2025-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70313
PMID:40268524
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综述 | 系统回顾肿瘤微环境中血管生成的基础研究进展及靶向治疗的临床应用 | 从单细胞视角阐释内皮细胞异质性,整合抗血管生成免疫疗法和纳米技术的最新策略 | NA | 探讨肿瘤血管生成的分子机制及靶向治疗策略 | 肿瘤微环境中的内皮细胞、基质细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9154 | 2025-10-07 |
Stromal Stiffness-Regulated IGF2BP2 in Pancreatic Cancer Drives Immune Evasion via Sphingomyelin Metabolism
2025-Mar-28, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2025.03.019
PMID:40158738
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺癌中基质硬度通过稳定IGF2BP2调控鞘磷脂代谢促进免疫逃逸的机制 | 首次发现基质硬度通过稳定m6A阅读蛋白IGF2BP2调控鞘磷脂代谢,促进PD-L1在膜脂筏定位的免疫逃逸新机制 | 研究主要基于胰腺导管腺癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明m6A修饰与胰腺癌免疫逃逸的关联机制并探索临床干预策略 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本、PDAC类器官、患者来源组织片段和人源化小鼠模型 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 转录组分析、成像质谱流式、m6A定量、MeRIP、RIP、RNA pull-down、scRNA-seq、流式细胞术、多重免疫组化 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、影像数据、单细胞测序数据 | 122例多模态PDAC队列患者,并在6个独立PDAC队列中验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
9155 | 2025-10-07 |
New insights on extramedullary granulopoiesis and neutrophil heterogeneity in the spleen and its importance in disease
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae220
PMID:39514106
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综述 | 本文综述了脾脏髓外粒细胞生成和中性粒细胞异质性的新见解及其在疾病中的重要性 | 揭示了脾脏作为粒细胞生成器官的功能,发现脾脏中性粒细胞具有与血液中性粒细胞不同的异质性特征 | NA | 探讨脾脏微环境如何调节粒细胞生成及其在感染、炎症和肿瘤中的作用 | 脾脏中性粒细胞及其在脾脏微环境中的发育和功能 | NA | 感染、炎症、肿瘤 | 单细胞RNA测序、现代转录组学、新型成像技术 | NA | 转录组数据、成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9156 | 2025-10-07 |
Phylogenomic workflow for uncultivable microbial eukaryotes using single-cell RNA sequencing - A case study with planktonic ciliates (Ciliophora, Oligotrichea)
2025-Mar, Molecular phylogenetics and evolution
IF:3.6Q2
DOI:10.1016/j.ympev.2024.108239
PMID:39551225
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研究论文 | 开发了一种基于单细胞RNA测序的系统发育基因组学工作流程,用于研究不可培养的微生物真核生物 | 针对不可培养微生物真核生物开发了从细胞分离到物种树推断的完整系统发育基因组学工作流程 | 需要生物信息学专业知识和计算能力,且存在非目标序列干扰的挑战 | 建立适用于不可培养微生物真核生物的系统发育基因组学分析方法 | 海洋浮游纤毛虫(寡毛纲) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,系统发育基因组学分析 | Asteroid(基于溯祖理论的物种树推断方法) | 转录组数据 | 39个转录组(11个公开数据,28个新生成) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9157 | 2025-10-07 |
All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24633
PMID:39558887
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综述 | 为胶质细胞生物学家提供单细胞转录组学实验设计与分析的入门指南 | 专门针对胶质细胞研究领域系统梳理单细胞组学实验设计与分析的关键决策点 | 主要关注单细胞RNA-seq分析,未深入探讨其他单细胞组学技术的具体应用 | 提升胶质细胞生物学家对单细胞组学数据的分析与解读能力 | 胶质细胞及其在神经疾病中的亚型与功能 | 生物信息学 | 神经疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9158 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing to Guide Autologous Preterm Cord Mesenchymal Stromal Cell Therapy
2025-Mar, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202403-0569OC
PMID:39586004
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序评估早产脐带间充质基质细胞在实验性支气管肺发育不良中的治疗潜力 | 首次使用单细胞RNA测序比较不同妊娠并发症来源的UC-MSCs转录组特征及其治疗潜力 | 样本量有限(5例足月供体+16例早产供体),未探索其他妊娠并发症的影响 | 评估妊娠并发症是否改变UC-MSCs在支气管肺发育不良中的治疗潜力 | 人脐带来源间充质基质细胞和新生儿真皮成纤维细胞 | 单细胞组学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例足月供体+16例早产供体+人新生儿真皮成纤维细胞对照 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
9159 | 2025-10-07 |
Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032
PMID:39522652
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鼻息肉中的人类中性粒细胞,揭示其在慢性鼻窦炎中的作用 | 开发了新型微孔板单细胞RNA测序方法,首次系统揭示鼻息肉组织中中性粒细胞的异质性和功能状态 | 样本量较小(5例对照组织,5例鼻息肉组织),仅分析了粒细胞富集样本 | 揭示中性粒细胞在鼻息肉组织中的作用和异质性 | 人类鼻息肉组织、对照鼻窦组织和患者匹配的外周血样本中的中性粒细胞 | 单细胞组学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | Benjamini-Hochberg算法,通路富集分析,Gene Ontology富集分析 | 单细胞转录组数据 | 5例对照鼻窦组织,5例鼻息肉组织,患者匹配外周血样本,共分析17,878个细胞(1,151个NP中性粒细胞,13,591个PB中性粒细胞,3,136个对照组织中性粒细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微孔板单细胞RNA测序方法 |
9160 | 2025-10-07 |
Melatonin treatment increases skin microbiota-derived propionic acid to alleviate atopic dermatitis
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.019
PMID:39579877
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研究论文 | 本研究揭示了褪黑素通过调节皮肤微生物群产生丙酸来缓解特应性皮炎的新机制 | 首次发现褪黑素通过皮肤微生物群/丙酸/GPR43/FABP5轴缓解特应性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体临床试验中验证 | 探究褪黑素通过调节皮肤微生物群缓解特应性皮炎的机制 | 特应性皮炎小鼠模型和HaCaT细胞 | 微生物组学 | 特应性皮炎 | 16S rRNA测序,单细胞测序,转录组分析,定量RT-PCR,Western blotting | 动物模型,细胞模型 | 基因组数据,转录组数据,蛋白质数据 | AD小鼠模型和HaCaT细胞系 | NA | 16S rRNA测序,单细胞测序,转录组测序 | NA | NA |