单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 9141 - 9160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9141 | 2024-09-11 |
Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.96928
PMID:39239518
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研究论文 | 本研究通过多组学方法分析了人（n=17）和鼠（n=16）肝移植样本，揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的作用 | 本研究首次全面揭示了肝移植中CD8+组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的表达特征和功能作用 | 样本量相对较小，且仅限于人和鼠的肝移植样本 | 探讨肝移植中组织驻留记忆T细胞在排斥反应中的免疫机制 | 人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本 | 免疫学 | 肝移植 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、免疫学技术 | NA | RNA | 人（n=17）和鼠（n=16）的肝移植样本，共235,116个细胞 |
| 9142 | 2024-09-11 |
MS4A1-PTGS2 axis induces taurine metabolic reprogramming to exacerbate abdominal aortic aneurysm progression
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.99659
PMID:39239552
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研究论文 | 本研究揭示了牛磺酸代谢重编程在腹主动脉瘤（AAA）发展和进展中的关键作用 | 本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和加权基因共表达网络分析（WGCNA），首次将代谢变化与细胞外基质（ECM）和血管平滑肌细胞（SMCs）的功能联系起来，并引入了创新的代谢谱分析技术，识别出AAA中的差异代谢物，为非手术干预提供了潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 研究腹主动脉瘤（AAA）的发展和进展机制 | 腹主动脉瘤（AAA）的细胞和分子机制 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | RNA，代谢物 | 使用小鼠模型（GSE152583数据集）和人类AAA组织样本进行分析 |
| 9143 | 2024-09-11 |
HMGB2 drives tumor progression and shapes the immunosuppressive microenvironment in hepatocellular carcinoma: insights from multi-omics analysis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1415435
PMID:39247201
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探讨了HMGB2在肝细胞癌中的作用及其对免疫抑制微环境的影响 | 首次揭示了HMGB2在肝细胞癌进展和免疫抑制微环境中的关键作用 | NA | 优化肝细胞癌管理策略并提高患者预后 | HMGB2在肝细胞癌中的表达及其对免疫抑制微环境的影响 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化 | NA | RNA | 多个肝细胞癌患者队列 |
| 9144 | 2024-09-11 |
Identification and Validation of Cytotoxicity-Related Features to Predict Prognostic and Immunotherapy Response in Patients with Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2024, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/2024/3468209
PMID:39247556
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，识别并验证了与细胞毒性相关的特征，以预测透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 本研究首次基于细胞毒性相关特征构建了透明细胞肾细胞癌的生存预测模型，并评估了其对免疫治疗反应的预测能力 | 本研究仅基于GSE224630数据集进行分析，未来需要更多数据集验证模型的普适性 | 开发一种基于细胞毒性相关特征的透明细胞肾细胞癌生存预测模型，并评估其对免疫治疗反应的预测能力 | 透明细胞肾细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 11个透明细胞肾细胞癌亚群 |
| 9145 | 2024-09-11 |
Tuberculosis to lung cancer: application of tuberculosis signatures in identification of lung adenocarcinoma subtypes and marker screening
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.97898
PMID:39247607
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研究论文 | 研究探讨了肺结核与肺腺癌之间的关联，并利用肺结核特征识别肺腺癌亚型和筛选标记物 | 首次全面利用肺结核特征进行生物信息学分析，识别肺腺癌亚型，并预测预后和潜在标记物 | NA | 阐明肺结核在肺腺癌发展中的作用，并识别肺腺癌亚型和潜在标记物 | 肺结核和肺腺癌的差异表达基因，以及肺腺癌的分子亚型和预后模型 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 共识聚类分析，RT-qPCR | NA | 转录组数据 | 六个队列的数据 |
| 9146 | 2024-09-11 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals MMP mediated expression patterns by distinct tumor microenvironment immune profiles in cervical cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96429
PMID:39247608
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，分析了宫颈癌中MMP介导的表达模式与肿瘤微环境免疫特征的关系 | 首次综合分析了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了MMP在宫颈癌中的表达模式与肿瘤微环境免疫特征的关联 | NA | 阐明宫颈癌中MMP表达的景观和评分，并探讨其与肿瘤微环境免疫特征的关系 | 宫颈癌中的MMP表达模式及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、qRT-PCR | NA | RNA | NA |
| 9147 | 2024-09-11 |
IL-6 signaling accelerates iron overload by upregulating DMT1 in endothelial cells to promote aortic dissection
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.99511
PMID:39247821
|
研究论文 | 研究IL-6信号通路如何通过上调内皮细胞中的DMT1来加速铁过载，从而促进主动脉夹层 | 首次揭示了IL-6信号通路通过上调DMT1表达来加速铁过载，从而促进主动脉夹层的机制 | NA | 探讨IL-6信号通路在主动脉夹层形成中的作用机制 | 内皮细胞中的铁离子运输和主动脉夹层 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9148 | 2024-09-11 |
A distinct human cell type expressing MHCII and RORγt with dual characteristics of dendritic cells and type 3 innate lymphoid cells
2023-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2318710120
PMID:38109523
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序，鉴定了一种表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群，具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞的双重特征 | 首次在人类中发现了一种具有树突状细胞和第3型先天淋巴细胞双重特征的RORγt细胞亚群，并命名为RORγt DC-like细胞 | 本文主要集中在体外实验，尚未深入探讨这些细胞在体内的功能和影响 | 鉴定和描述一种新型的人类细胞亚群，并探讨其在免疫稳态、炎症和自身免疫中的潜在作用 | 表达MHCII和RORγt的罕见人类细胞亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序 | NA | 细胞 | NA |
| 9149 | 2024-09-11 |
Spatial transcriptomics defines injury-specific microenvironments in the adult mouse kidney and novel cellular interactions in regeneration and disease
2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568217
PMID:38045285
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研究论文 | 研究应用单细胞空间转录组学技术分析小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖的基因表达模式 | 首次应用单细胞空间转录组学技术解析小鼠肾脏损伤后的细胞微环境及其分子相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 揭示肾脏损伤后的分子途径和细胞相互作用，以增强对损伤、修复和疾病的理解 | 小鼠肾脏缺血再灌注损伤后的细胞微环境和分子相互作用 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏样本 |
| 9150 | 2024-09-11 |
Massively parallel base editing to map variant effects in human hematopoiesis
2023-05-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.03.035
PMID:37137305
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研究论文 | 本文介绍了在人类造血干细胞和祖细胞中进行大规模并行碱基编辑筛选的方法 | 开发了适用于血液和免疫细胞等原代细胞的大规模并行碱基编辑筛选方法 | NA | 系统评估遗传变异对人类生理和疾病的影响 | 人类造血干细胞和祖细胞 | 基因工程 | 血液疾病 | 碱基编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 9151 | 2024-09-11 |
Subclonal evolution and expansion of spatially distinct THY1-positive cells is associated with recurrence in glioblastoma
2023-02, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2022.100872
PMID:36621024
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研究论文 | 研究揭示了胶质母细胞瘤复发与THY1阳性细胞的亚克隆进化和空间扩展之间的关系 | 首次揭示了THY1阳性细胞在胶质母细胞瘤复发中的作用，并提出了通过抑制TGFBRI活性来恢复对治疗的敏感性的新策略 | 研究主要基于小鼠模型和临床数据库分析，需要进一步的临床试验验证 | 探讨胶质母细胞瘤复发相关的分子机制，寻找新的治疗机会 | 胶质母细胞瘤患者样本和复发模型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个患者样本和复发模型 |
| 9152 | 2024-09-11 |
Alternative normalization and analysis pipeline to address systematic bias in NanoString GeoMx Digital Spatial Profiling data
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105760
PMID:36590163
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研究论文 | 本文评估了NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出了替代的归一化和分析流程以解决系统性偏差 | 提出了基于分位数归一化的替代方法，有效解决了NanoString GeoMx DSP数据中的技术问题 | NanoString DSP数据与批量RNA测序相比，动态范围有限，低估了条件间的差异 | 评估NanoString GeoMx数字空间分析平台的数据质量，并提出改进的归一化和分析方法 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，以及8个样本的重复实验和5个外部数据集 | 数字病理 | 脑肿瘤 | NanoString GeoMx数字空间分析 | NA | RNA表达数据 | 72个感兴趣区域（ROI）来自12个胶质瘤样本，8个样本的重复实验，5个外部数据集 |
| 9153 | 2024-09-11 |
Deciphering postnatal limb development at single-cell resolution
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105808
PMID:36619982
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，描绘了小鼠后肢在四个产后阶段的发育图谱 | 首次系统性地描绘了产后肢体发育的单细胞图谱，并发现了关节软骨和附着点中的候选前体亚群 | 研究仅限于小鼠后肢，且样本量相对有限 | 揭示产后肢体发育的细胞异质性和关键调控机制 | 小鼠后肢的单细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 19,952个单细胞 |
| 9154 | 2024-09-11 |
Technology meets TILs: Deciphering T cell function in the -omics era
2023-01-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.011
PMID:36206755
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研究论文 | 本文讨论了在-omics时代利用新技术解码T细胞功能的机会与挑战 | 本文结合单细胞RNA测序和高维流式细胞术等多维分析平台，揭示了肿瘤浸润免疫细胞在单个肿瘤、不同肿瘤类型及个体间的显著异质性 | 本文主要关注高维研究中CD8 T细胞在肿瘤微环境中的解释机会与局限性 | 探讨利用-omics技术研究复杂肿瘤微环境的机会与挑战 | T细胞功能及肿瘤微环境中的CD8 T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、高维流式细胞术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 9155 | 2024-09-11 |
The STRING database in 2023: protein-protein association networks and functional enrichment analyses for any sequenced genome of interest
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1000
PMID:36370105
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研究论文 | 本文介绍了STRING数据库在2023年的更新，重点在于蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析，适用于任何感兴趣的测序基因组 | 引入了变分自编码器来预测共表达通道中的相互作用，并增加了单细胞RNA-seq和实验蛋白质组数据作为新来源；改进了实验性相互作用的置信度估计 | NA | 系统地收集和整合蛋白质-蛋白质相互作用信息，并提供功能富集分析工具 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络和功能富集分析 | 生物信息学 | NA | 变分自编码器 | 变分自编码器 | 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 9156 | 2024-09-11 |
HUSCH: an integrated single-cell transcriptome atlas for human tissue gene expression visualization and analyses
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1001
PMID:36318258
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研究论文 | 本文介绍了HUSCH，一个集成的人类组织单细胞转录组图谱数据库，用于基因表达的可视化和分析 | HUSCH整合了近300万个细胞的单细胞转录组数据，提供了跨多个来源和平台的基因表达综合可视化和分析功能 | NA | 研究不同人类细胞类型的基因表达模式，以探索细胞类型分化、疾病发生和进展的机制 | 人类组织的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 近300万个细胞，来自185个高质量的人类scRNA-seq数据集，涵盖45种不同组织 |
| 9157 | 2024-09-11 |
SPEED: Single-cell Pan-species atlas in the light of Ecology and Evolution for Development and Diseases
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac930
PMID:36305818
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SPEED的新数据库，用于整合和展示来自多种物种和组织的单细胞数据 | SPEED数据库整合了来自127个物种的单细胞测序数据，并提供了多种分析模块，包括进化、发育和疾病相关的数据分析 | NA | 开发一个集成平台，用于整合和分析多物种的单细胞数据，以深入挖掘细胞、组织和物种之间的异质性 | 单细胞RNA测序和单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞全基因组测序（scWGS） | NA | 单细胞数据 | 127个物种的单细胞测序数据 |
| 9158 | 2024-09-11 |
ImmCluster: an ensemble resource for immunology cell type clustering and annotations in normal and cancerous tissues
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac922
PMID:36271790
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研究论文 | 介绍了一个名为ImmCluster的资源，用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在正常和癌变组织中 | 整合了来自九种健康组织和17种癌症类型的超过100万免疫细胞数据，并开发了一种集成方法以提供比单个方法更一致的细胞聚类 | NA | 开发一个资源用于免疫细胞类型的聚类和注释，特别是在癌症微环境中 | 免疫细胞的聚类和注释 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | 集成方法 | 基因表达数据 | 超过100万免疫细胞 |
| 9159 | 2024-09-11 |
Single-cell multi-omics integration for unpaired data by a siamese network with graph-based contrastive loss
2023-Jan-04, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-022-05126-7
PMID:36600199
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研究论文 | 本文提出了一种基于孪生网络和图对比损失的单细胞多组学数据整合方法MinNet | MinNet是一种新颖的深度学习框架，用于单细胞多组学测序数据的整合，在基准测试中表现优异，特别适用于整合具有批次和生物变异的数据集 | NA | 研究目的是开发一种能够有效整合不同模态单细胞组学数据的方法 | 研究对象包括scRNA-seq、scATAC-seq和抗原数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 孪生网络 | 单细胞数据 | 涉及多个基准数据集和COVID-19数据集 |
| 9160 | 2024-09-11 |
Liver-resident CD8+ T cells in viral hepatitis: not always good guys
2023-01-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165033
PMID:36594469
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研究论文 | 研究了在慢性HBV感染中，非特异性CD8+ T细胞对肝脏免疫病理的影响 | 应用肝穿刺活检和单细胞RNA测序技术，定义了一组与肝脏损伤相关的非病毒特异性CD8+ T细胞 | 非特异性旁观者CD8+ T细胞的确切性质仍未明确 | 探讨HBV特异性CD8+ T细胞在病毒控制中的作用及其在持续感染中的失败机制 | HBV特异性CD8+ T细胞和非特异性旁观者CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |