单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9121	2024-09-04	Aggression Unleashed: Neural Circuits from Scent to Brain 2024-Aug-08, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci14080794 PMID:39199486	综述	本文综述了通过嗅觉系统引发攻击行为的神经回路，并探讨了相关核心区域及其与前额叶皮层的相互作用	利用光遗传学、药理遗传学、单细胞RNA测序和在体电生理学等先进技术，提供了对攻击行为神经机制的新见解	主要关注啮齿动物的神经回路，对人类的讨论较为简略	探索攻击行为的神经基础，并开发新的治疗策略和临床干预措施	攻击行为的神经回路及其在啮齿动物和人类中的调节机制	神经科学	NA	光遗传学、药理遗传学、单细胞RNA测序、在体电生理学	NA	NA	NA
9122	2024-09-04	Computational Analyses Reveal Deregulated Clock Genes Associated with Breast Cancer Development in Night Shift Workers 2024-Aug-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25168659 PMID:39201344	研究论文	本研究分析了夜班工作女性乳腺癌发展中失调的时钟基因，并探讨了这些基因作为乳腺癌生物标志物的潜力	首次系统地评估了夜班工作对女性乳腺癌风险的影响，并鉴定了与乳腺癌相关的时钟基因和miRNA	研究主要基于现有数据集，未来需要更多的实验验证和临床研究来确认这些发现	评估夜班工作暴露下时钟基因作为乳腺癌生物标志物的潜力	夜班工作女性的乳腺癌风险	数字病理学	乳腺癌	基因表达分析	NA	基因表达数据	使用了Nurses' Health Studies I和II GEO数据集，以及来自健康夜班工作者和不同乳腺癌风险女性的额外基因表达数据集
9123	2024-09-04	Harnessing Porphyrin Accumulation in Liver Cancer: Combining Genomic Data and Drug Targeting 2024-Aug-07, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14080959 PMID:39199347	研究论文	本文研究了健康和癌变人肝脏中血红素和卟啉代谢，利用人类肝脏转录组学和单细胞RNA测序揭示了基因表达模式，并探讨了卟啉过度驱动在癌症中的作用及潜在治疗策略。	发现肝癌中血红素生物合成途径的重新连接和细胞色素P450基因表达的大幅下调，以及卟啉过度驱动与侵袭性癌症患者总体生存率低的相关性。	NA	探讨血红素和卟啉代谢在健康和癌变人肝脏中的差异，并寻找潜在的临床治疗靶点。	健康和癌变的人类肝脏组织。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及健康和癌变的人类肝脏样本
9124	2024-09-04	GRB7 Plays a Vital Role in Promoting the Progression and Mediating Immune Evasion of Ovarian Cancer 2024-Aug-07, Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/ph17081043 PMID:39204147	研究论文	本研究探讨了生长因子受体结合蛋白7（GRB7）在卵巢癌（OC）中的表达及其对疾病进展和免疫逃逸的影响	首次系统地研究了GRB7在卵巢癌中的表达模式及其临床意义，并证实了其在肿瘤发生和免疫调节中的功能	NA	寻找新的生物标志物和治疗靶点以改善卵巢癌的治疗效果	卵巢癌组织中GRB7的表达及其与生存率、基因网络、免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系	数字病理学	卵巢癌	TCGA, GTEx, CCLE, GEO数据集分析, 单细胞RNA测序	NA	mRNA	多个癌症类型的单细胞RNA测序数据
9125	2024-09-04	Self-organizing models of human trunk organogenesis recapitulate spinal cord and spine co-morphogenesis 2024-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01956-9 PMID:37709912	研究论文	本文报道了生成类似人类躯干结构的方法，这些结构模拟了人类脊柱和脊髓的共同形态发生、模式化和分化	本文首次展示了在体外模型中实现类似体内的多组织共同形态发生和终端细胞类型的地形组织	NA	阐明人类器官发生中多系统事件的机制	人类脊柱和脊髓的共同形态发生	生物医学工程	NA	单细胞和空间转录组学	NA	细胞	NA
9126	2024-09-04	Prognostic model based on B cell marker genes for NSCLC patients under neoadjuvant immunotherapy by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data 2024-Aug, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-024-03428-1 PMID:38563846	研究论文	本文通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个基于B细胞标记基因的预测模型，用于非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗时的预后评估	首次构建了基于B细胞标记基因的预测模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗时的预后和免疫反应	NA	构建和验证一个基于B细胞标记基因的预测模型，用于预测非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗时的预后和免疫反应	非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗时的B细胞标记基因及其与临床结果的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	基于TCGA队列构建模型，并在三个独立的GSE队列中进行验证
9127	2024-09-04	Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq 2024-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01964-9 PMID:37872410	研究论文	本研究通过改进Perturb-seq设计，利用随机低维观测算法，开发了压缩Perturb-seq技术，实现了在免疫反应中对598个基因的遗传筛选，降低了成本并提高了遗传互作的学习能力。	压缩Perturb-seq通过测量每个细胞的多个随机扰动或每个液滴的多个细胞，并利用监管电路的稀疏结构进行计算解压缩，实现了与传统Perturb-seq相同的准确性，但成本降低了数量级。	NA	开发一种可扩展的遗传筛选技术，用于功能基因组学中的调控电路研究。	免疫反应中的598个基因。	功能基因组学	免疫疾病	Perturb-seq	NA	RNA测序	598个基因
9128	2024-09-04	Detection of transcriptome-wide microRNA-target interactions in single cells with agoTRIBE 2024-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01951-0 PMID:37735263	research paper	本文通过将miRNA效应蛋白Argonaute2与ADAR2的RNA编辑域融合，实现了在单细胞水平上检测转录组范围内的miRNA-靶标相互作用。	本文创新性地开发了agoTRIBE方法，能够在单细胞水平上检测miRNA的靶标，克服了传统方法需要大量细胞的局限。	NA	研究miRNA在单细胞水平上的基因调控作用及其在细胞周期中的差异靶向作用。	miRNA及其靶标在单细胞中的相互作用。	natural language processing	NA	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	单细胞
9129	2024-09-04	Unlocking T cell exhaustion: Insights and implications for CAR-T cell therapy 2024-Aug, Acta pharmaceutica Sinica. B DOI:10.1016/j.apsb.2024.04.022 PMID:39220881	综述	本文综述了T细胞耗竭的最新机制及其对优化CAR-T细胞疗法的影响	探讨了利用先进的基因组工程工具和单细胞测序技术克服CAR-T细胞耗竭的策略	尽管CAR-T细胞疗法在血液恶性肿瘤中显示出希望，但在实体瘤中的效果仍有限	旨在通过理解T细胞耗竭的机制来优化CAR-T细胞疗法，以应对癌症治疗中的挑战	CAR-T细胞疗法的优化及克服T细胞耗竭的策略	NA	血液恶性肿瘤	基因组工程工具、单细胞测序技术	NA	NA	NA
9130	2024-09-04	DEPDC1 as a metabolic target regulates glycolysis in renal cell carcinoma through AKT/mTOR/HIF1α pathway 2024-Jul-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06913-1 PMID:39068164	研究论文	本研究探讨了DEPDC1作为代谢靶点在肾细胞癌中通过AKT/mTOR/HIF1α途径调控糖酵解的作用	发现了DEPDC1在肾细胞癌中的新作用，并证明了其作为TKI联合靶向代谢治疗的潜在靶点	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模临床研究验证	探索肾细胞癌中的代谢调控机制及潜在治疗靶点	肾细胞癌及其药物抵抗性	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq）、非靶向代谢组学测序	NA	RNA序列、蛋白质水平数据	14名肾细胞癌患者（包括3份TKI耐药的针刺活检样本）及98份临床组织样本
9131	2024-09-04	Decoding single-cell molecular mechanisms in astrocyte-to-iN reprogramming via Ngn2- and Pax6-mediated direct lineage switching 2024-Jul-27, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01989-z PMID:39068473	研究论文	本研究通过Ngn2和Pax6介导的直接谱系转换，探讨了星形胶质细胞向诱导神经元（iN）重编程的单细胞分子机制	本研究揭示了星形胶质细胞向诱导神经元重编程的关键基因和通路，为优化重编程过程提供了新的见解	NA	阐明星形胶质细胞向诱导神经元重编程的分子动力学	星形胶质细胞和诱导神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用10×Genomics平台进行了单细胞RNA测序，涉及的细胞数量未明确提及
9132	2024-09-04	CHAI: consensus clustering through similarity matrix integration for cell-type identification 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae411 PMID:39207729	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似性矩阵的共识聚类技术来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI方法集成了七种最先进的聚类方法，并展示了在多个基准数据集上的优越性能	NA	解决在单细胞RNA测序数据中选择最佳聚类方法的问题	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	RNA测序数据	多个基准数据集
9133	2024-09-04	Systemic and skin-limited delayed-type drug hypersensitivity reactions associate with distinct resident and recruited T cell subsets 2024-Jul-23, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178253 PMID:39042477	研究论文	本研究利用先进技术探讨了不同类型的药物过敏反应中皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群的起源、表型和功能	通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq）以及T细胞受体测序（TCR-Seq），揭示了系统性和皮肤局限性药物过敏反应中T细胞亚群的差异	NA	探究不同严重程度的药物过敏反应中致病性T细胞的起源、表型和功能	皮肤驻留记忆T细胞（TRMs）和招募T细胞亚群	免疫学	药物过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），细胞内转录组和表位的测序（CITE-Seq），T细胞受体测序（TCR-Seq）	NA	转录组数据	NA
9134	2024-09-04	Disease-specific T cell receptors maintain pathogenic T helper cell responses in postinfectious Lyme arthritis 2024-Jul-04, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179391 PMID:38963700	研究论文	本研究通过流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了来自欧洲抗生素耐药性莱姆关节炎（ARLA）患者关节中的CD4+ Th细胞，旨在揭示疾病特异性Th细胞的分子程序。	研究发现了在ARLA患者中特异性的TCR-β基序，并将其与特定的HLA-DRB111或13等位基因相关联，这些等位基因在欧洲患者中更为常见，为ARLA的诊断提供了新的生物标志物。	研究主要集中在欧洲患者群体，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他地区或不同遗传背景的患者。	阐明抗生素耐药性莱姆关节炎中疾病特异性Th细胞的分子机制。	来自欧洲ARLA患者关节中的CD4+ Th细胞。	免疫学	莱姆关节炎	流式细胞术、高通量T细胞受体（TCR）测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	T细胞受体（TCR）序列、RNA序列	来自欧洲ARLA患者的关节样本
9135	2024-09-04	DIS3 ribonuclease is essential for spermatogenesis and male fertility in mice 2024-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202579 PMID:38953252	研究论文	本文研究了RNA外泌体相关DIS3核糖核酸酶在维持精子发生和雄性生育力中的关键作用	首次揭示了DIS3核糖核酸酶在精子发生中的关键作用，特别是在维持精子干细胞稳态和促进生殖细胞分化方面	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人类研究来验证这些发现	探讨DIS3核糖核酸酶在精子发生和雄性生育力中的作用	精子干细胞和生殖细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	建立了雄性生殖细胞Dis3条件性敲除小鼠模型
9136	2024-09-04	Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing 2024-07, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13169 PMID:38613320	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了静止期黑色素细胞干细胞的分子异质性	发现了静止期黑色素细胞干细胞的新亚群，并预测了其黑色素细胞分化潜能、神经嵴潜能和静止深度	研究样本仅来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤，可能限制了结果的普遍性	评估静止期黑色素细胞干细胞的高分辨率转录组景观	静止期黑色素细胞干细胞及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自成年雌性C57BL/6J小鼠的休止期皮肤样本
9137	2024-09-04	De novo identification of CD4+ T cell epitopes 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02255-0 PMID:38658646	研究论文	本文介绍了使用SABR-IIs平台进行CD4 T细胞抗原发现的方法，该平台能够展示共价连接的肽段并诱导信号传导	开发了一种新的SABR-IIs平台，用于快速、灵活、可扩展和多功能的CD4 T细胞配体从头鉴定	NA	探索和鉴定CD4 T细胞的抗原特异性	CD4 T细胞及其抗原识别	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
9138	2024-09-04	CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification 2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585758 PMID:38562750	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似矩阵的共识聚类来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI采用了一种众包方法，结合了七种最先进的聚类方法的结果，提供了改进的性能，并支持多组学数据的集成	NA	解决在单细胞RNA测序数据分析中选择最佳聚类方法的挑战	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	多种基准数据集
9139	2024-09-04	Reclassify High-Grade Serous Ovarian Cancer Patients Into Different Molecular Subtypes With Discrepancy Prognoses and Therapeutic Responses Based on Cancer-Associated Fibroblast-Enriched Prognostic Genes 2024, Biomedical engineering and computational biology IF:2.3Q3 DOI:10.1177/11795972241274024 PMID:39221174	研究论文	本研究基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，将高级别浆液性卵巢癌患者重新分类为具有不同预后和治疗反应的分子亚型	首次基于癌症相关成纤维细胞富集的预后基因对高级别浆液性卵巢癌患者进行重新分类，并发现这些亚型对传统化疗和免疫治疗的反应存在差异	研究主要依赖于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚	旨在通过癌症相关成纤维细胞富集的预后基因，筛选出预后不良和治疗反应不佳的高级别浆液性卵巢癌患者	高级别浆液性卵巢癌患者及其治疗反应	数字病理学	卵巢癌	RNA测序	NA	RNA数据	肿瘤组织样本来自TCGA和GEO数据库
9140	2024-09-04	Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in spatial transcriptomics by aligning spot level transcriptome to nuclear morphology 2023-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.17.572084 PMID:38187541	研究论文	本文提出了一种名为STIE的EM算法，通过将空间转录组数据与基于组织学图像的核形态对齐，实现了单细胞水平的空间转录组解卷积、卷积和聚类。	STIE算法通过核形态相似性和邻域信息，填补了高达70%的间隙区域，实现了真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积/卷积和聚类。	NA	实现单细胞水平的空间转录组分析，提高空间转录组数据的分辨率和准确性。	空间转录组数据与组织学图像的核形态对齐，以及单细胞水平的解卷积、卷积和聚类。	空间转录组学	NA	空间转录组学	EM算法	空间转录组数据	NA