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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9101 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair
2025-Jan, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982
PMID:39706310
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示伤口修复中肌成纤维细胞的异质性 | 首次在皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕中系统鉴定出13个细胞簇和11个肌成纤维细胞亚群,发现溃疡中特异性富集的亚群1具有独特的分子特征 | 样本来源仅限于皮肤伤口,未涉及其他组织类型的伤口修复研究 | 探究不同伤口愈合场景下肌成纤维细胞的多样性特征 | 皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常疤痕组织 | 单细胞组学 | 皮肤伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 89,148个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9102 | 2025-10-07 |
SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae734
PMID:39657949
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研究论文 | 提出一种名为SuperSpot的工作流程,将空间转录组学数据中的相邻且转录组相似的spots聚合成metaspots | 基于metacell概念,首次提出将空间邻近性和转录组相似性结合的空间spots聚合方法 | NA | 减少空间转录组数据的规模和稀疏性,促进大型数据集分析 | 空间转录组学数据中的spots(细胞或区域) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络,层次聚类 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | VisiumHD | NA |
9103 | 2025-10-07 |
Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels
2024-Dec-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae727
PMID:39705183
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研究论文 | 提出了一种名为Scope+的开源通用架构,用于单细胞RNA测序图谱在样本和细胞级别的快速访问和元分析 | 开发了首个支持细胞级别元分析的开源单细胞图谱架构,采用细胞为单元的数据建模、创新的数据库优化技术和软件架构设计 | 目前主要应用于COVID-19血液和免疫细胞数据,在其他疾病和组织类型中的通用性需要进一步验证 | 解决大规模单细胞RNA测序图谱数据难以快速访问和进行元分析的问题 | 单细胞RNA测序图谱数据,特别是COVID-19相关的血液和免疫细胞 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 500万个COVID-19血液和免疫细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9104 | 2025-10-07 |
Metalloproteinase inhibitors regulate biliary progenitor cells through sDLK1 in organoid models of liver injury
2024-Dec-19, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164997
PMID:39699962
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研究论文 | 本研究通过器官样模型揭示金属蛋白酶抑制剂通过sDLK1调控胆道祖细胞在肝损伤中的作用机制 | 首次发现TIMP/ADAM/NOTCH/DLK1轴在肝祖细胞维持和胆管细胞分化中的调控作用 | 研究主要基于动物模型和器官样模型,尚未在人体内验证 | 探索肝损伤中胆道祖细胞的命运调控机制 | 肝祖细胞、胆管细胞、门静脉间充质细胞 | 细胞生物学 | 肝病 | 单细胞RNA测序、RNAscope、器官样培养 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 小鼠模型和患者来源的肝器官样 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9105 | 2025-10-07 |
Highly neurogenic glia from human and mouse myenteric ganglia generate functional neurons following culture and transplantation into the gut
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114919
PMID:39471175
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研究论文 | 本研究开发了从人和小鼠肠肌层神经节中分离高神经源性肠神经干细胞的方法,并验证了其移植后生成功能性神经元的能力 | 首次发现肠肌层神经节内的胶质细胞亚群是具有高神经源性潜能的肠神经干细胞库,并建立了选择性分离这些细胞的新方法 | 研究主要基于动物模型和异种移植实验,人类临床应用仍需进一步验证 | 开发更有效的肠神经干细胞分离方法,用于神经肠道疾病的再生治疗 | 人和小鼠肠肌层神经节中的肠胶质细胞 | 干细胞与再生医学 | 神经肠道疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多组学分析, 光遗传学刺激 | NA | 基因表达数据, 生理功能数据 | 人和小鼠肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9106 | 2025-10-07 |
Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis
2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.29.560183
PMID:37873090
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研究论文 | 本研究通过鉴定滑膜液中定居滑膜巨噬细胞的特征,揭示其在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用 | 首次在滑膜液中鉴定出CD14dim/OPG+/ZO-1+的定居滑膜巨噬细胞群体,并证明其迁移能力和M2极化特征 | 样本量有限,主要针对未分化关节炎患者,需要更大规模研究验证 | 探究定居滑膜巨噬细胞在关节炎发病机制中的免疫调节功能 | 人类关节炎患者的滑膜液和外周血样本 | 免疫学 | 关节炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, ELISA, 迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 多名未分化关节炎患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9107 | 2025-10-07 |
Identifying similar populations across independent single cell studies without data integration
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf042
PMID:40276039
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研究论文 | 提出一种无需数据整合即可量化独立单细胞研究间细胞群相似性的统计方法 | 开发了无需数据校正或整合即可跨数据集比较细胞群相似性的新方法,避免了信息丢失和人为误差 | NA | 开发跨独立单细胞研究识别相似细胞群体的计算方法 | 单细胞数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞蛋白质组学 | 统计方法 | 单细胞多组学数据 | 成年小鼠运动皮层和脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
9108 | 2025-10-07 |
Metabolic alterations and immune heterogeneity in gastric cancer metastasis
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112296
PMID:40276776
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胃癌转移过程中的代谢重编程和免疫异质性 | 首次发现线粒体ATP合成酶亚基ATP5MC2在胃癌早期转移中的独特改变,并构建了胃癌转移的单细胞图谱 | 样本量相对有限(11个胃癌样本和8个转移灶),需要更大规模验证 | 探究胃癌转移过程中的代谢改变和免疫异质性机制 | 胃癌组织样本和转移病灶 | 单细胞测序分析 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 19个样本(11个胃癌原发灶和8个转移灶),共92,842个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9109 | 2025-10-07 |
Integration of Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data Reveals Spatial Architecture and Potential Biomarkers in Alzheimer's Disease
2025-May, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-04617-3
PMID:39543008
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研究论文 | 本研究整合单细胞和空间转录组数据,揭示阿尔茨海默病患者前额叶皮层的空间结构和潜在生物标志物 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集构建AD患者前额叶皮层的空间架构,发现少突胶质细胞亚型在疾病中的新作用并鉴定出潜在血液生物标志物PLXDC2 | 研究样本数量有限,主要关注前额叶皮层区域,需要更多独立队列验证生物标志物的临床应用价值 | 揭示阿尔茨海默病患者前额叶皮层的细胞组成、空间结构和分子特征 | 正常对照和阿尔茨海默病患者的脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 微阵列 | CARD工具, 无监督聚类 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 微阵列数据 | 8个单细胞RNA测序数据集(包含正常对照和AD患者) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9110 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Driven Neurovascular Impairment Underlies Structural-Functional Dissociation in Diabetic Sudomotor Dysfunction
2025-May, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70173
PMID:40276644
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧驱动的神经血管损伤是糖尿病自主神经病变中汗腺结构与功能分离的潜在机制 | 首次通过整合转录组和蛋白质组分析发现汗腺微环境对缺氧的反应上调,并利用单细胞RNA测序揭示内皮细胞、神经细胞和汗腺细胞间的复杂通讯网络 | 研究主要基于糖尿病足溃疡患者和小鼠模型,结果在其他糖尿病并发症中的普适性需要进一步验证 | 阐明糖尿病自主神经病变中汗腺功能障碍的分子机制 | 糖尿病患者的汗腺组织、糖尿病神经病变小鼠模型 | 糖尿病并发症研究 | 糖尿病神经病变 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 蛋白质组分析, 组织染色, 组织透明化技术 | 体外SGC-NC相互作用模型(SNIM) | 基因表达数据, 蛋白质数据, 组织图像 | 糖尿病足溃疡患者汗腺组织、糖尿病神经病变小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9111 | 2025-10-07 |
Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis
2025-Apr-25, Lymphatic research and biology
IF:1.6Q4
DOI:10.1089/lrb.2024.0080
PMID:40279249
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的激活状态及其在抗原呈递中的潜在作用 | 首次将淋巴管内皮细胞的翻译活性与其免疫激活状态相关联,并证明其在病变微环境中具有超越其他细胞类型的高翻译活性 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性尚需进一步验证 | 探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫学功能 | 小鼠皮肤利什曼病模型中的淋巴管内皮细胞 | 单细胞生物学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,嘌呤霉素标记法 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,蛋白质合成数据 | 感染小鼠与对照小鼠的皮肤组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9112 | 2025-10-07 |
Transcriptomics, single-cell sequencing and spatial sequencing-based studies of cerebral ischemia
2025-Apr-24, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-025-02596-2
PMID:40275374
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综述 | 本文综述了基于转录组学、单细胞测序和空间测序的脑缺血研究进展 | 整合多水平转录组学数据揭示脑缺血的分子机制 | NA | 研究脑缺血的病理生理过程并寻找新的治疗策略 | 脑缺血 | 生物信息学 | 脑缺血 | 转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9113 | 2025-10-07 |
Cellular immunotherapy targeting CLL-1 for juvenile myelomonocytic leukemia
2025-Apr-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59040-6
PMID:40268927
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研究论文 | 本研究开发了靶向CLL-1的CAR-T细胞免疫疗法用于治疗幼年型粒单核细胞白血病 | 首次发现CLL-1在JMML细胞表面过表达,并开发了靶向CLL-1的CAR-T细胞疗法 | 目前仅进行了临床前研究,尚未在人体临床试验中验证 | 开发针对幼年型粒单核细胞白血病的新型免疫治疗方法 | 幼年型粒单核细胞白血病患者细胞及白血病干细胞 | 免疫治疗 | 幼年型粒单核细胞白血病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 质谱分析, 流式细胞术 | CAR-T细胞疗法 | RNA测序数据, 蛋白质质谱数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
9114 | 2025-10-07 |
Gene regulatory networks analysis for the discovery of prognostic genes in gliomas
2025-Apr-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-98542-7
PMID:40269178
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研究论文 | 通过分析胶质瘤基因调控网络发现预后相关基因 | 首次系统重建胶质瘤基因调控网络并识别出与神经发育和突触过程相关的关键预后基因 | 研究主要基于转录组数据,缺乏功能验证实验 | 发现胶质瘤中的预后相关基因和关键基因调控网络 | 989例原发性胶质瘤患者和201,986个单细胞 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 弹性网络正则化, Cox回归 | 基因表达数据 | 989例胶质瘤样本和201,986个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
9115 | 2025-10-07 |
In-depth single-cell transcriptomic exploration of the regenerative dynamics in stony coral
2025-Apr-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08089-6
PMID:40269231
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研究论文 | 通过单细胞转录组等技术深入研究石珊瑚再生动态的分子机制 | 首次结合单细胞RNA测序、bulk RNA测序和微计算机断层扫描技术系统揭示珊瑚快速再生关键阶段 | 珊瑚快速再生存在时间限制性 | 探究珊瑚再生过程中的分子机制以解决珊瑚移植生长缓慢问题 | 石珊瑚Acropora muricata | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 微计算机断层扫描 | NA | 转录组数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
9116 | 2025-10-07 |
6-Gingerol, an active compound of ginger, attenuates NASH-HCC progression by reprogramming tumor-associated macrophage via the NOX2/Src/MAPK signaling pathway
2025-Apr-23, BMC complementary medicine and therapies
IF:3.3Q1
DOI:10.1186/s12906-025-04890-2
PMID:40269843
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研究论文 | 本研究探讨了生姜活性成分6-姜酚通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞,从而减缓NASH-HCC进展的机制 | 首次发现6-姜酚可通过NOX2/Src/MAPK信号通路重编程肿瘤相关巨噬细胞,诱导其向M1表型极化并增强促炎功能 | 研究主要基于体外实验,缺乏体内实验验证 | 探索生姜及其活性成分治疗NASH-HCC的疗效和分子机制 | 非酒精性脂肪性肝炎相关肝细胞癌(NASH-HCC) | 药理学研究 | 肝细胞癌 | 网络药理学, 生物信息学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 体外实验 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9117 | 2025-10-07 |
Molecular characteristics of early- and late-onset ovarian cancer: insights from multidimensional evidence
2025-Apr-23, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01664-9
PMID:40269926
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研究论文 | 本研究通过多维度证据探讨早发和晚发卵巢癌的分子特征差异 | 首次结合孟德尔随机化、机器学习和单细胞测序方法系统分析卵巢癌年龄相关分子特征 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证 | 阐明早发和晚发卵巢癌的分子机制差异 | 卵巢癌患者 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞测序, 机器学习, 孟德尔随机化, 生物信息学分析 | 机器学习模型 | 基因组数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9118 | 2025-10-07 |
Comprehensive single-cell RNA-sequencing study of Tollip deficiency effect in IL-13-stimulated human airway epithelial cells
2025-Apr-23, BMC research notes
IF:1.6Q2
DOI:10.1186/s13104-025-07255-7
PMID:40269942
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究Tollip缺陷对IL-13刺激的人气道上皮细胞的影响 | 首次进行Tollip敲低的单细胞分析,并首次探索其与IL-13的相互作用 | NA | 研究Tollip在人气道上皮细胞对IL-13反应中的功能 | 原代人气道上皮细胞 | 单细胞测序 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9119 | 2025-10-07 |
Serum C-C motif chemokine ligand 17 as a predictive biomarker for the progression of non-idiopathic pulmonary fibrosis interstitial lung disease
2025-Apr-23, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03237-2
PMID:40269953
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研究论文 | 本研究通过血清生物标志物筛选和验证,发现CCL17可作为预测非特发性肺纤维化间质性肺病进展的临床可测量生物标志物 | 首次确定血清CCL17作为预测非IPF-ILD进展的临床可测量生物标志物,并通过多队列验证和单细胞RNA测序阐明其细胞来源 | 研究样本量有限,需要在更大规模人群中进一步验证 | 识别能够预测间质性肺病进展程度的临床可测量生物标志物 | 间质性肺病患者(包括发现队列252例患者和验证队列154例非IPF-ILD患者)及小鼠模型 | 生物标志物研究 | 间质性肺病 | 化学发光酶免疫测定,免疫印迹,单细胞RNA测序 | NA | 血清样本,肺组织样本,单细胞RNA测序数据 | 发现队列252例患者,验证队列154例非IPF-ILD患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9120 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals intracranial microvasculature-derived CXCL12 promotes CD8+ T-cell infiltration and blood-brain barrier dysfunction after subarachnoid hemorrhage in mice
2025-Apr-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03444-0
PMID:40270006
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了蛛网膜下腔出血后颅内微血管通过CXCL12-CXCR4轴促进CD8+ T细胞浸润并导致血脑屏障功能障碍的机制 | 首次发现颅内微血管来源的CXCL12通过CXCR4通路促进CD8+ T细胞浸润,阐明了蛛网膜下腔出血后血脑屏障功能障碍的新机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证;实验时间点有限,未能覆盖所有病理过程 | 阐明蛛网膜下腔出血后颅内微血管介导的T细胞浸润对血脑屏障功能的影响及潜在机制 | 成年雄性C57BL/6J小鼠的白质区域 | 单细胞生物学 | 蛛网膜下腔出血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 实验性蛛网膜下腔出血后1天和7天的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |