单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9101	2024-09-11	DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates 2024-Sep-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03367-8 PMID:39237934	研究论文	提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率	DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法	NA	研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响	单细胞RNA剪接和降解速率	机器学习	NA	scRNA-seq	深度生成模型	RNA-seq数据	包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据
9102	2024-09-11	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-Sep-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	本文提出了一种名为ST-GEARS的空间转录组学地理空间剖面恢复系统，通过分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，以解决现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	ST-GEARS通过创新的分布式约束优化方案，精确恢复空间信息，解决了现有方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足	NA	解决现有空间转录组学方法在空间信息和实验诱导失真方面的不足，提高下游分析的可靠性	空间转录组学的空间信息恢复和实验诱导失真的校正	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
9103	2024-09-11	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞V(D)J测序，鉴定了急性髓系白血病（AML）中肿瘤反应性T细胞的特征，并发现ADGRG1作为其特异性标记	首次鉴定了ADGRG1作为AML中肿瘤反应性T细胞的特异性标记，并验证了其在CAR-T和靶细胞系统中的作用	研究样本仅限于新诊断的AML患者，且样本量较小	评估AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标记	AML患者的骨髓T细胞	数字病理学	血液系统疾病	单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序	NA	RNA	新诊断的AML患者骨髓T细胞
9104	2024-09-11	Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death 2024-Sep-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01286-5 PMID:39235657	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点	NA	通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点	神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自神经母细胞瘤患者的细胞样本
9105	2024-09-11	A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data 2024-Sep-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279126.124 PMID:39237300	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用	DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识	NA	研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调	细胞间相互作用及其时间动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯框架	时间序列数据	包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据
9106	2024-09-11	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-Sep-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	研究论文	本文应用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示了损伤特异性和空间依赖性的基因表达模式	首次应用单细胞空间转录组学技术解析肾脏再生和疾病中的细胞微环境和分子相互作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化需进一步验证	揭示肾脏损伤和再生过程中的分子途径和细胞相互作用	小鼠肾脏缺血再灌注损伤	数字病理学	肾脏疾病	单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本
9107	2024-09-11	Inference of single-cell network using mutual information for scRNA-seq data analysis 2024-Sep-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05895-3 PMID:39237886	研究论文	本文介绍了一种基于互信息的单细胞网络构建方法SINUM，用于分析scRNA-seq数据	SINUM通过估计基因间的互信息来确定基因在特定细胞中的依赖性或独立性，相比现有方法在细胞类型识别上表现更优	NA	构建单细胞网络以揭示生物系统的动态变化和细胞间的异质性	scRNA-seq数据中的基因表达网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	互信息	基因表达数据	涉及不同细胞数量的多个scRNA-seq数据集
9108	2024-09-11	Enhanced osteogenic differentiation in 3D hydrogel scaffold via macrophage mitochondrial transfer 2024-Sep-05, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02757-1 PMID:39237942	研究论文	评估一种新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	通过巨噬细胞线粒体转移增强3D水凝胶支架的成骨分化能力	NA	评估新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	3D生物仿生水凝胶支架、巨噬细胞、骨髓间充质干细胞、骨折愈合	生物医学工程	骨折	单细胞转录组测序	NA	细胞	体外实验使用骨髓间充质干细胞，体内实验使用骨折小鼠模型
9109	2024-09-11	Loss of Annexin A1 in macrophages restrains efferocytosis and remodels immune microenvironment in pancreatic cancer by activating the cGAS/STING pathway 2024-Sep-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009318 PMID:39237260	研究论文	研究了 Annexin A1 在胰腺癌中的作用，发现其在巨噬细胞中的缺失通过激活 cGAS/STING 通路抑制了吞噬作用并重塑了免疫微环境	揭示了巨噬细胞中 Annexin A1 在胰腺癌中的新作用，通过调节肿瘤相关巨噬细胞的吞噬作用促进抗肿瘤免疫反应	NA	研究 Annexin A1 在胰腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响	胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠	NA	胰腺癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞 RNA 测序、流式细胞术	NA	组织样本、细胞	151 例胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠
9110	2024-09-11	STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.26.600782 PMID:38979296	研究论文	本文介绍了一种名为STAN的计算框架，用于推断空间信息转录因子活性	STAN通过整合转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和相应的成像数据中的形态特征，预测特定空间位置的转录因子活性	NA	开发一种计算方法，系统地估计控制细胞身份的转录因子活性	转录因子活性及其在不同细胞类型、空间域、病理区域和配体-受体对中的关联	计算生物学	NA	空间转录组学	线性混合效应模型	mRNA表达数据、空间坐标数据、成像数据	淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组数据
9111	2024-09-11	Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607670 PMID:39211069	研究论文	本文介绍了一种名为Amethyst的R包，用于大规模单细胞甲基化测序数据分析，并展示了其在人脑数据中的应用	Amethyst工具能够处理单细胞甲基化数据的批量整合、双峰检测、降维、聚类、细胞类型注释、差异甲基化区域调用和结果解释，揭示了人脑胶质细胞中非经典的甲基化模式	NA	开发和验证一种用于单细胞甲基化数据分析的综合工具	人外周血单核细胞和人脑皮质数据，以及大规模脑数据	数字病理学	NA	单细胞甲基化测序	NA	甲基化数据	涉及人外周血单核细胞、人脑皮质数据和大规模脑数据
9112	2024-09-11	Dissecting viral infections, one cell at a time, by single-cell technologies 2024 Sep-Oct, Microbes and infection IF:2.6Q3 DOI:10.1016/j.micinf.2023.105268 PMID:38008398	综述	本文综述了单细胞基因组技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）在病毒感染研究中的应用	探讨了单细胞技术在病毒学中的创新应用，特别是在COVID-19大流行期间的研究	技术限制、挑战及其解决方案	详细介绍单细胞水平研究病毒感染的优势，以及如何利用scRNA-seq技术实现这一目标	病毒与宿主的相互作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	NA
9113	2024-09-11	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	研究探讨了PD-L2在EGFR突变肿瘤中对EGFR-TKIs耐药性的影响及其机制	发现了PD-L2通过抑制CD8 T细胞的增殖和功能，导致肿瘤细胞免疫逃逸，从而驱动EGFR-TKIs耐药性，并鉴定了一种天然小分子抑制剂锌十一烯酸，可逆转这种耐药性	NA	探讨EGFR突变肿瘤中EGFR-TKIs耐药性的机制，并寻找有效的治疗方法	EGFR突变细胞系和同基因肿瘤小鼠模型	NA	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	EGFR突变细胞系和同基因肿瘤小鼠模型
9114	2024-09-11	A polymeric nanoplatform enhances the cGAS-STING pathway in macrophages to potentiate phagocytosis for cancer immunotherapy 2024-Sep, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.07.039 PMID:39038546	研究论文	设计了一种甘露糖修饰的pH响应性纳米平台，通过共封装R848和cGAMP，促进肿瘤相关巨噬细胞的极化和SIRPα表达的下调，从而增强抗肿瘤免疫治疗	首次设计了一种甘露糖修饰的pH响应性纳米平台，通过共封装R848和cGAMP，促进肿瘤相关巨噬细胞的极化和SIRPα表达的下调，从而增强抗肿瘤免疫治疗	NA	研究通过激活cGAS-STING通路来增强巨噬细胞的吞噬作用，从而提高癌症免疫治疗的效果	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和其表达的信号调节蛋白α（SIRPα）	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9115	2024-09-11	Comprehensive review on single-cell RNA sequencing: A new frontier in Alzheimer's disease research 2024-Sep, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102454 PMID:39142391	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术在揭示阿尔茨海默病细胞异质性方面的创新应用	讨论了单细胞RNA测序技术在研究阿尔茨海默病中的挑战	探讨单细胞RNA测序技术在阿尔茨海默病研究中的贡献	阿尔茨海默病的细胞多样性、疾病进展和潜在治疗靶点	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9116	2024-09-11	Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of petals in Prunus mume at different flowering development stages 2024-Sep, Horticulture research IF:7.6Q1 DOI:10.1093/hr/uhae189 PMID:39247887	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术构建了梅花花瓣在不同开花发育阶段的细胞图谱，并揭示了花香合成的主要细胞类型	首次构建了梅花花瓣的单细胞图谱，揭示了花香合成的主要细胞类型和相关基因表达	研究仅限于特定的梅花品种和两个开花阶段，可能无法完全代表所有梅花品种和开花阶段的情况	探究梅花花瓣在不同开花发育阶段的细胞类型及其在花香合成中的作用	梅花花瓣在花蕾期和盛开期的细胞类型及其基因表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	两个开花阶段的梅花花瓣样本，每个阶段各一个
9117	2024-09-11	Leveraging single-cell RNA-seq for uncovering naïve B cells associated with better prognosis of hepatocellular carcinoma 2024-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.563 PMID:39252823	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示与肝细胞癌预后改善相关的幼稚B细胞	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肝细胞癌中幼稚B细胞的特定亚群及其与预后的关联	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，尚未在人类临床样本中验证	探讨肝细胞癌的免疫微环境及其在肿瘤发生中的动态变化	肝细胞癌中的免疫细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	小鼠肝细胞癌模型和人类肝细胞癌样本
9118	2024-09-11	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-Aug-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	本文介绍了一种名为STIE的期望最大化算法，用于基于原位捕获的空间转录组学中单细胞水平的解卷积、卷积和聚类	STIE算法能够将空间转录组与匹配的组织学图像对齐，并从约70%的间隙区域恢复缺失的细胞，从而实现真正的单细胞水平和全切片尺度的解卷积、卷积和聚类	NA	解决基于原位捕获的空间转录组学中无法精确捕获随机分布的单细胞的问题	单细胞水平的转录组学数据	空间转录组学	NA	期望最大化算法	NA	图像	NA
9119	2024-09-11	Potential regulation and prognostic model of colorectal cancer with extracellular matrix genes 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36164 PMID:39247375	研究论文	研究了结直肠癌中细胞外基质基因的潜在调控作用及其在预后模型中的应用	首次系统分析了结直肠癌中细胞外基质成分的表达模式及其与患者生存的关系，并开发了一个基于细胞外基质基因的预后模型	研究主要基于TCGA-CRC队列数据，样本量有限，可能影响模型的泛化能力	探讨结直肠癌中细胞外基质基因的调控机制及其在预后预测中的潜力	结直肠癌中的细胞外基质成分及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理	结直肠癌	RNA测序	NA	转录组数据	结直肠癌肿瘤及配对正常组织样本
9120	2024-09-11	Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.27.609808 PMID:39253493	研究论文	本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于通过单细胞RNA-seq数据中的表达调控特征揭示血管内皮细胞的身份基因	SCIG方法利用基因序列特征和基因表达信息，无需与其他细胞进行比较即可揭示细胞身份基因，并在网络分析中超越了表达值，揭示了调控细胞身份的主转录因子	NA	揭示细胞身份基因，理解细胞分化、发育及细胞身份失调相关疾病	血管内皮细胞的身份基因	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	机器学习方法	基因表达数据	NA