单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9081	2024-09-07	Pericytes recruited by CCL28 promote vascular normalization after anti-angiogenesis therapy through RA/RXRA/ANGPT1 pathway in lung adenocarcinoma 2024-Jul-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03135-3 PMID:39075504	研究论文	研究了CCL28在抗血管生成治疗后通过RA/RXRA/ANGPT1途径促进肺腺癌血管正常化的分子机制	首次详细报道了抗血管生成治疗后血管正常化的分子机制	NA	探讨抗血管生成治疗后肿瘤血管正常化的分子机制	肺腺癌细胞和人源及鼠源的肺腺癌细胞系	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序、免疫荧光、多重免疫组化、磁激活细胞分选、实时定量PCR、Western blotting、LC-MS技术、ChIP-qPCR	NA	细胞、组织	人源肺腺癌细胞系A549和鼠源肺腺癌细胞系LLC，以及临床活检样本和原代肺腺癌肿瘤组织中的周细胞
9082	2024-09-07	Communication between alveolar macrophages and fibroblasts via the TNFSF12-TNFRSF12A pathway promotes pulmonary fibrosis in severe COVID-19 patients 2024-Jul-29, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05381-7 PMID:39075394	研究论文	研究探讨了TNFSF12-TNFRSF12A通路在严重COVID-19患者中促进肺纤维化的机制	首次揭示了TNFSF12-TNFRSF12A通路在肺泡巨噬细胞和成纤维细胞间通信中的关键作用	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨严重COVID-19患者中肺纤维化的细胞通信机制	肺泡巨噬细胞和成纤维细胞	NA	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	严重COVID-19患者和健康对照的肺组织样本
9083	2024-09-07	ST-SCSR: identifying spatial domains in spatial transcriptomics data via structure correlation and self-representation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae437 PMID:39228303	研究论文	提出了一种名为ST-SCSR的新算法，用于在空间转录组数据中识别空间域，该算法结合了局部信息、全局信息和空间域的相似性	ST-SCSR通过矩阵三因子分解同时分解表达谱和空间网络，融合了表达和空间特征，并通过局部保留和稀疏约束增强了图的质量	NA	开发一种新的算法来解决现有空间域识别方法中忽略局部信息和空间域关系的问题	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	矩阵三因子分解	NA	转录组数据	NA
9084	2024-09-07	Advanced sequencing-based high-throughput and long-read single-cell transcriptome analysis 2024-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00105b PMID:38669201	综述	本文综述了基于高级测序技术的高通量和长读长单细胞转录组分析方法	介绍了下一代测序（NGS）和第三代测序（TGS）技术在解决单细胞转录组分析中低丰度和异质性问题方面的进展	NA	探讨单细胞转录组分析在揭示细胞类型、状态及其在发育、健康和疾病中的相互作用中的重要性	单细胞转录组	基因组学	NA	NGS, TGS	NA	转录组数据	NA
9085	2024-09-07	Proteomic analysis of serum small extracellular vesicles identifies diagnostic biomarkers for neuroblastoma 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1367159 PMID:39228987	研究论文	本文通过蛋白质组学分析血清中小细胞外囊泡，识别神经母细胞瘤的诊断生物标志物	首次通过蛋白质组学分析血清中小细胞外囊泡，识别出神经母细胞瘤的潜在诊断生物标志物	需要进一步的临床验证和大规模样本研究以确认这些生物标志物的诊断效用	识别神经母细胞瘤的诊断生物标志物	血清中的小细胞外囊泡	蛋白质组学	神经母细胞瘤	无标签蛋白质组学、多反应监测、Western blot分析	NA	蛋白质数据、RNA-seq数据	104个差异表达蛋白质，26个潜在生物标志物
9086	2024-09-07	Single-cell RNA sequencing in endometrial cancer: exploring the epithelial cells and the microenvironment landscape 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1425212 PMID:39229264	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜癌中的应用，探讨了肿瘤细胞和微环境的复杂性	本文强调了单细胞RNA测序技术在揭示子宫内膜癌肿瘤细胞和微环境复杂性方面的贡献	本文指出了单细胞RNA测序研究中存在的技术偏差和样本量限制，并强调需要更大规模的研究来涵盖更广泛的子宫内膜癌组织学亚型	本文旨在通过综述单细胞RNA测序技术在子宫内膜癌中的应用，推动对该复杂疾病的理解	本文主要研究对象是子宫内膜癌的肿瘤细胞和微环境	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	本文未具体提及样本量
9087	2024-09-07	Effects of Leydig cell elimination on testicular interstitial cell populations: characterization by scRNA-seq and immunocytochemical techniques 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1423801 PMID:39229372	研究论文	研究了睾丸间质细胞群在莱迪细胞消除后的变化，并通过单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术进行了表征	首次通过单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术详细表征了成年大鼠睾丸间质细胞的类型及其动态变化，并分析了莱迪细胞消除对间质稳态的影响	研究仅限于成年大鼠，结果可能不适用于其他物种	表征睾丸间质细胞的类型及其动态变化，并分析莱迪细胞消除对间质稳态的影响	成年大鼠的睾丸间质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序和免疫细胞化学技术	NA	转录组数据	成年大鼠
9088	2024-09-07	Remodeling of the osteoimmune microenvironment after biomaterials implantation in murine tibia: Single-cell transcriptome analysis 2023-Apr, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2022.10.009 PMID:36311047	研究论文	研究了在小鼠胫骨中植入生物材料后骨免疫微环境的重组，通过单细胞转录组分析揭示了不同细胞群的异质性和动态变化	首次通过单细胞转录组分析揭示了植入材料对骨免疫微环境的影响，并探讨了中性粒细胞在骨整合中的作用	研究仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	探讨生物材料植入后骨免疫微环境的重组及其对骨整合的影响	小鼠胫骨中植入不锈钢和钛合金生物材料后的骨免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	40043个细胞，分为五个不同组
9089	2024-09-07	Correspondence analysis for dimension reduction, batch integration, and visualization of single-cell RNA-seq data 2023-01-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-26434-1 PMID:36681709	研究论文	本文介绍了一种基于对应分析（CA）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据降维、批次整合和可视化方法	提出了一种基于对应分析（CA）的替代PCA的方法，避免了log转换对数据的扭曲，并提出了五种CA的适应性改进，这些改进在计算细胞嵌入时表现更好或与标准CA和glmPCA相当	NA	改进单细胞RNA测序数据的降维和批次整合方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	对应分析（CA）	基因表达数据	9个数据集
9090	2024-09-07	speedingCARs: accelerating the engineering of CAR T cells by signaling domain shuffling and single-cell sequencing 2022-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34141-8 PMID:36323661	研究论文	本文介绍了一种名为speedingCARs的方法，通过信号域重排和单细胞测序加速CAR T细胞工程	利用CRISPR-Cas9技术生成180种独特的CAR变体，并通过单细胞RNA测序和单细胞CAR测序进行高通量筛选，识别出具有肿瘤杀伤特性的变体	NA	扩展CAR信号域组合空间，为CAR T细胞的工程化提供工具	CAR T细胞及其信号域	生物工程	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 单细胞CAR测序	NA	基因组数据, 单细胞RNA数据	180种独特的CAR变体
9091	2024-09-07	spliceJAC: transition genes and state-specific gene regulation from single-cell transcriptome data 2022-11, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202211176 PMID:36321549	研究论文	本文介绍了一种名为spliceJAC的方法，用于从单细胞转录组数据中量化多变量mRNA剪接，并构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络	spliceJAC方法通过利用未剪接和剪接的mRNA计数矩阵，构建细胞状态特异性的基因-基因调控网络，并应用稳定性分析预测细胞状态转换中的关键驱动基因	NA	本文旨在从单细胞转录组数据中提取动态信息，以增进对细胞状态转换和基因间相互作用的理解	本文研究了胰腺内皮发育和A549肺癌细胞中的上皮-间质转化（EMT）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及胰腺内皮发育和A549肺癌细胞的单细胞转录组数据
9092	2024-09-07	Cell therapy attenuates endothelial dysfunction in hypertensive rats with heart failure and preserved ejection fraction 2022-11-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00287.2022 PMID:36083797	研究论文	研究细胞疗法对高血压伴心力衰竭和保留射血分数大鼠的血管内皮功能障碍的影响	首次使用心脏球来源的细胞（CDCs）治疗高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠，发现其能减少炎症和纤维化，改善功能、结构和生存率	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证其疗效	验证炎症在心力衰竭伴保留射血分数（HFpEF）中的作用，并测试细胞疗法的效果	高血压伴心力衰竭和保留射血分数的大鼠	心血管疾病	心力衰竭	单细胞RNA测序	NA	RNA	Dahl盐敏感大鼠，分为CDCs治疗组和对照组
9093	2024-09-07	Patient-Derived Organoids from Colorectal Cancer with Paired Liver Metastasis Reveal Tumor Heterogeneity and Predict Response to Chemotherapy 2022-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202204097 PMID:36058001	研究论文	本文构建了一个包含50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并分析了其多组学数据，揭示了肿瘤异质性并预测化疗反应	首次构建了结直肠癌肝转移患者来源的类器官生物库，并利用多组学数据全面分析了肿瘤异质性，预测了化疗反应和临床预后	NA	开发一种有效的方法来预测结直肠癌肝转移患者的化疗反应和术后预后	结直肠癌肝转移患者及其来源的类器官	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	多组学数据	50个结直肠癌肝转移患者来源的类器官
9094	2024-09-07	Epidermal growth factor induces a trophectoderm lineage transcriptome resembling that of human embryos during reconstruction of blastoids from extended pluripotent stem cells 2022-Nov, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13317 PMID:35880490	研究论文	研究通过添加表皮生长因子（EGF）优化人类扩展多能干细胞（EPSC）向滋养层（TE）样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	通过添加EGF，增强了EPSC向TE样细胞的分化，并使重建的胚泡更接近人类胚胎的转录组特征	研究规模较小，需要进一步验证和优化	优化人类扩展多能干细胞向滋养层样细胞的诱导，并提高重建胚泡的质量	人类扩展多能干细胞（EPSC）及其向滋养层（TE）样细胞的分化	干细胞生物学	NA	RNA测序	NA	RNA	多个人类多能干细胞（hPSCs）和胚胎样本
9095	2024-09-07	PlantPhoneDB: A manually curated pan-plant database of ligand-receptor pairs infers cell-cell communication 2022-11, Plant biotechnology journal IF:10.1Q1 DOI:10.1111/pbi.13893 PMID:35842742	研究论文	本文开发了一个名为PlantPhoneDB的植物泛数据库，包含大量手动筛选的高可信度配体-受体对，用于推断细胞间通信	首次为植物物种提供了一个可靠的配体-受体相互作用数据库，并开发了相应的R包和可视化功能	NA	开发一个用于推断植物细胞间通信的配体-受体对数据库	植物细胞间的配体-受体对及其在细胞通信中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE121619数据集中的拟南芥热激根细胞样本
9096	2024-09-07	Bioinformatics roadmap for therapy selection in cancer genomics 2022-11, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13286 PMID:35811332	综述	本文综述了癌症基因组学中治疗选择的生物信息学方法	本文介绍了针对肿瘤异质性的不同类型（如肿瘤间异质性和肿瘤内异质性）的治疗选择策略，并讨论了这些策略如何整合到临床实践中	NA	探讨精准肿瘤学中基于生物信息学工具的治疗选择方法	肿瘤异质性及其对治疗选择的影响	生物信息学	癌症	下一代测序（NGS）	NA	基因组变异数据、表达数据、多组学数据	NA
9097	2024-09-07	The Single-Cell Revelation of Thermogenic Adipose Tissue 2022-Oct-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2022.0092 PMID:36254709	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的应用	利用单细胞转录组学技术，揭示了产热脂肪组织的复杂细胞网络和组成动态	NA	总结和评估单细胞转录组学在理解产热脂肪组织细胞可塑性和细胞间相互作用中的贡献	产热脂肪组织	NA	肥胖	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
9098	2024-09-07	A missense variant in the nuclear localization signal of DKC1 causes Hoyeraal-Hreidarsson syndrome 2022-Oct-30, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-022-00335-8 PMID:36309505	研究论文	本文报道了一个位于DKC1基因核定位信号区域的错义突变导致Hoyeraal-Hreidarsson综合征的病例	首次发现DKC1基因核定位信号区域的突变与Hoyeraal-Hreidarsson综合征相关，并提供了治疗方案	样本量较小，仅限于一个家庭的男性兄弟	研究DKC1基因突变在Hoyeraal-Hreidarsson综合征中的作用及潜在治疗方案	DKC1基因突变、Hoyeraal-Hreidarsson综合征患者及其诱导多能干细胞	NA	遗传性皮肤病	单细胞RNA测序、诱导多能干细胞培养	NA	RNA	一个家庭的两位男性兄弟
9099	2024-09-07	De novo analysis of bulk RNA-seq data at spatially resolved single-cell resolution 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34271-z PMID:36310179	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习框架的空间反卷积算法Bulk2Space，用于在单细胞分辨率下分析批量RNA-seq数据	Bulk2Space能够利用现有的单细胞和空间转录组学参考数据，同时揭示批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	NA	揭示组织分子结构在单细胞分辨率下的空间和细胞异质性，以更好地理解生物和病理过程	批量RNA-seq数据的空间和细胞异质性	生物信息学	NA	RNA-seq	深度学习框架	RNA-seq数据	来自两个不同小鼠脑区域的批量转录组数据
9100	2024-09-07	Deep transfer learning of cancer drug responses by integrating bulk and single-cell RNA-seq data 2022-10-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34277-7 PMID:36310235	研究论文	本文提出了一种名为scDEAL的深度迁移学习框架，用于整合大规模的批量细胞系数据和单细胞RNA测序数据，以预测单细胞水平的癌症药物反应	scDEAL通过整合药物相关的批量RNA-seq数据和scRNA-seq数据，并将训练好的批量RNA-seq模型迁移到scRNA-seq数据上，实现了单细胞水平药物反应的预测	NA	开发计算方法以预测和解释从临床样本收集的单细胞数据中的癌症药物反应	单细胞RNA测序数据和批量基因表达数据	机器学习	癌症	RNA-seq	深度迁移学习框架	基因表达数据	六个scRNA-seq数据集