单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 9061 - 9080 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9061 | 2024-09-17 |
Integrating Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data to Identify Prognostic Features Related to Activated Dendritic Cells in Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma
2024-Aug-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25179235
PMID:39273185
|
研究论文 | 本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，识别了与激活树突状细胞相关的预后特征，用于透明细胞肾细胞癌 | 首次从免疫激活的角度研究树突状细胞与透明细胞肾细胞癌的关系，并构建了一个包含五个基因的预后模型 | 需要进一步的实验验证和临床试验来确认模型的临床应用价值 | 研究激活树突状细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌患者的预后特征和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | 多个验证集（GSE167573, ICGC, E-MTAB-1980）和组织样本 |
| 9062 | 2024-09-17 |
Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma
2024-Aug-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25179182
PMID:39273131
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征 | 首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变 | 研究样本量较小，仅为青少年患者 | 探究青少年硬皮病的发病机制 | 青少年硬皮病患者的皮肤病变 | 数字病理学 | 硬皮病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片 |
| 9063 | 2024-09-17 |
Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma
2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03756-9
PMID:39093440
|
研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性 | 首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略 | NA | 识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效 | 脊索瘤样本和CAR-T细胞 | NA | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序 | CAR-T细胞 | RNA | 14个脊索瘤样本 |
| 9064 | 2024-09-17 |
Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308556
PMID:38810140
|
研究论文 | 研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径 | 首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响 | 研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素 | 揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制 | 胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官 |
| 9065 | 2024-09-17 |
Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404151
PMID:38785168
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活 | 样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体 | 揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制 | 足细胞和免疫细胞在PMN中的作用 | NA | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本 |
| 9066 | 2024-09-17 |
Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae446
PMID:39276327
|
综述 | 本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务 | 本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会 | 当前方法在变异效应预测研究中存在局限性 | 探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述 | 非编码变异及其对基因调控的影响 | 机器学习 | NA | 测序技术 | 深度学习模型 | 基因数据 | NA |
| 9067 | 2024-09-17 |
scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae436
PMID:39276328
|
研究论文 | 提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信 | scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响 | NA | 推断细胞间通信并识别其潜在影响 | 细胞间通信网络 | 机器学习 | NA | 超图神经网络 | 超图神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 人类肿瘤微环境和免疫细胞数据 |
| 9068 | 2024-09-17 |
Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis
2024-Jul-22, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016
PMID:39048054
|
研究论文 | 研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用 | 首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制 | NA | 探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制 | 胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化 | NA | 转录组数据 | 涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠 |
| 9069 | 2024-09-17 |
Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas
2024-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46504-4
PMID:38509063
|
研究论文 | 研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性 | 首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果 | 研究结果需要在进一步的临床试验中验证 | 探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略 | 软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用雌性小鼠模型进行研究 |
| 9070 | 2024-09-17 |
Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade
2024-Mar-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957
PMID:37851052
|
研究论文 | 研究探讨了默克尔细胞癌中的免疫抑制性髓系细胞及其与PD-1通路阻断抗性的关系 | 首次通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色分析了默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM），并揭示了其免疫抑制基因特征和潜在的免疫抑制机制 | 研究样本量较小，且未探讨TAM与其他免疫细胞的相互作用对治疗反应的具体影响 | 进一步阐明默克尔细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的特征及其可能的免疫抑制机制 | 默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其与免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组学、多重免疫组化染色 | NA | 基因表达数据、组织切片图像 | 9名默克尔细胞癌患者和54名接受免疫治疗前的肿瘤样本 |
| 9071 | 2024-09-17 |
The heterogeneity of tumour immune microenvironment revealing the CRABP2/CD69 signature discriminates distinct clinical outcomes in breast cancer
2023-11, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02432-6
PMID:37715025
|
研究论文 | 研究揭示了肿瘤免疫微环境异质性，并通过CRABP2/CD69特征区分乳腺癌的不同临床结局 | 首次建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并验证了其在预测临床结局和辅助化疗反应中的价值 | NA | 识别肿瘤免疫微环境特征，指导乳腺癌的治疗和预后评估 | 乳腺癌的肿瘤免疫微环境及其与临床结局的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个队列的乳腺癌样本 |
| 9072 | 2024-09-17 |
Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data
2023-04-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02897-x
PMID:37072791
|
研究论文 | 本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异 | 本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析 | 本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系 | 研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响 | 基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对 |
| 9073 | 2024-09-17 |
A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma
2023-Apr-13, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-023-00917-3
PMID:37055822
|
研究论文 | 本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用 | 首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系 | NA | 建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应 | 骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-Seq分析 | NA | 基因表达数据 | 基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证 |
| 9074 | 2024-09-17 |
TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques
2023-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37425-9
PMID:37024448
|
研究论文 | 研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用 | 首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果 | 研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制 | SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴模型中的气道细胞 |
| 9075 | 2024-09-17 |
Differentiation trajectories of the Hydra nervous system reveal transcriptional regulators of neuronal fate
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
|
研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和轨迹推断，全面描述了水螅神经系统在成年期的分子特征，包括神经元亚型的转录变化和基因调控网络的构建 | 首次详细描述了水螅成年神经系统中的神经元亚型及其转录变化，并发现了新的神经元特异性基因调控区域和神经元亚型间的转分化途径 | NA | 研究水螅神经系统发育和再生的分子机制 | 水螅的神经系统及其神经元亚型 | NA | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9076 | 2024-09-17 |
Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data
2023-04-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37439-3
PMID:37012226
|
研究论文 | 开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别 | 提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能 | 未提及 | 开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 监督学习算法 | 单细胞ATAC-seq数据 | 50个精心设计的细胞类型识别任务 |
| 9077 | 2024-09-17 |
STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data
2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad165
PMID:37004161
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | 提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性 | NA | 解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 基因表达数据 | 21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集 |
| 9078 | 2024-09-17 |
Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review
2023-Apr, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475
PMID:37034356
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用 | 利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征 | NA | 探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用 | 骨肉瘤患者的肿瘤内异质性 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 150,000个细胞，来自18个病变 |
| 9079 | 2024-09-17 |
Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data
2023-Mar-29, ArXiv
PMID:37033464
|
研究论文 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具 | 本文未具体提及研究中的局限性 | 探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用 | 空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 机器学习 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | NA |
| 9080 | 2024-09-17 |
Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology
2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534295
PMID:37034711
|
研究论文 | 研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型 | 首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较 | 研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性 | 探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型 | 从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本 | 细胞生物学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本 |