单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9041	2024-09-13	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用	本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用	研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较	探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）	基因组学	遗传性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜	NA	RNA、蛋白质	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）
9042	2024-09-13	Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178213 PMID:39114979	研究论文	研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制	首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案	银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型	免疫学	银屑病关节炎	空间转录组学和免疫荧光技术	NA	细胞和组织	来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠
9043	2024-09-13	The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study 2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13868 PMID:39031921	研究论文	研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系	首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系	样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性	探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系	银屑病和白癜风患者的皮肤组织	NA	皮肤病	转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据	261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者
9044	2024-09-13	Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174746 PMID:38869957	研究论文	研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制	首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制	研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证	探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制	肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9045	2024-09-13	Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546927 PMID:37425795	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略	NA	探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用	乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9046	2024-09-13	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用	利用公开的单细胞RNA测序数据和bulk转录组数据，首次详细描述了Esm-1在肾脏内皮细胞中的表达及其在糖尿病肾病中的变化	研究主要基于小鼠和人类的数据，缺乏其他物种的验证	探究Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用及其对疾病进展的影响	肾脏内皮细胞和糖尿病肾病患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27,786个肾脏内皮细胞，20个健康受试者和41个糖尿病肾病患者
9047	2024-09-13	Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2024-May-14, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176963 PMID:38743491	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调	揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系	NA	探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制	JDM患者的血液样本	NA	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本
9048	2024-09-13	Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14481 PMID:37986676	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制	首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型	研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性	揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物	肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因	机器学习	皮肤疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	正常皮肤和肥厚性瘢痕样本
9049	2024-09-13	Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17950 PMID:39253602	研究论文	研究探讨了多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的共同病理机制，并揭示了PI3K-AKT信号通路在其中的作用	首次揭示了PCOS和RSA之间共同的病理机制，并探讨了PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用	NA	阐明导致多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的机制	多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的病理机制	NA	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（RT-qPCR）、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）、流式细胞术	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的PCOS和RSA患者的单细胞RNA-seq数据集
9050	2024-09-13	Chemokine receptors in primary and secondary lymphoid tissues 2024, International review of cell and molecular biology DOI:10.1016/bs.ircmb.2023.11.003 PMID:39260934	综述	本文综述了趋化因子受体在初级和次级淋巴组织中的存在和功能	介绍了新技术如高维光谱流式细胞术和单细胞测序在趋化因子受体网络及其配体研究中的应用	NA	探讨趋化因子受体在免疫细胞中的作用及其在初级和次级淋巴器官中的分布	趋化因子受体及其在骨髓、胸腺、脾脏、淋巴结和派尔集合淋巴结等淋巴组织中的功能	NA	NA	高维光谱流式细胞术、单细胞测序	NA	NA	NA
9051	2024-09-13	Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells 2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfad092 PMID:37695302	研究论文	研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响	首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响	研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响	孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本
9052	2024-09-13	Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution 2023-10, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-022-00568-4 PMID:36737647	综述	本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响	由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性	理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响	基因组学	NA	单细胞测序、基因操作、干细胞培养	NA	基因组数据	现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本
9053	2024-09-13	Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture 2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.28.550873 PMID:37546772	研究论文	本文研究了人类皮质类器官（hCO）在不同研究站点之间的可重复性，揭示了细胞类型组成和结构的稳定性	首次评估了使用统一协议在多个站点生成的人类皮质类器官的可重复性	研究中发现了类器官大小和形态的跨站点差异，以及代谢和细胞应激的差异	评估人类皮质类器官在不同研究站点之间的可重复性，为神经发育障碍的建模提供基础	人类皮质类器官的细胞类型组成和结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、三维荧光成像、相位对比成像、qPCR和流式细胞术	NA	细胞	三个独立研究组使用一个诱导多能干细胞（iPSC）系生成的类器官
9054	2024-09-13	Batch alignment of single-cell transcriptomics data using deep metric learning 2023-02-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36635-5 PMID:36810607	研究论文	本文开发了一种基于深度度量学习的scRNA-seq数据批次对齐模型scDML	scDML能够去除批次效应，提高聚类性能，准确恢复真实细胞类型，并在不同物种和组织中表现优于现有方法	NA	解决scRNA-seq数据中的批次效应问题，提高细胞类型检测的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	深度度量学习	深度度量学习模型	转录组数据	涉及不同物种和组织的多个数据集
9055	2024-09-13	Spatial transcriptomics analysis of zone-dependent hepatic ischemia-reperfusion injury murine model 2023-02-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04564-0 PMID:36804628	研究论文	本研究结合组织病理学检查与空间转录组学，分析了小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型的区域依赖性损伤模式及其相关分子变化	揭示了肝组织中对缺血再灌注损伤最敏感的区域，并预测了celastrol通过诱导缺血预处理来保护肝脏免受缺血再灌注损伤的机制	NA	探讨缺血再灌注损伤与肝脏异质性之间的关系	小鼠肝脏缺血再灌注损伤模型	数字病理学	肝脏疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9056	2024-09-13	Single-cell pair-wise relationships untangled by composite embedding model 2023-Feb-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106025 PMID:36824286	研究论文	本文提出了一种名为SPRUCE的可扩展机器学习方法，用于解析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通信模式	本文提出的SPRUCE方法能够系统地确定单细胞RNA-seq数据中的常见细胞间通信模式，并揭示了肿瘤异质性的一部分可以通过差异交互模式而非静态标记基因表达来更好地理解	NA	研究肿瘤微环境中的细胞间通信模式	乳腺癌数据集中的细胞间通信模式	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA-seq	复合嵌入模型	RNA-seq数据	多个乳腺癌数据集
9057	2024-09-13	Genomic and microenvironmental heterogeneity shaping epithelial-to-mesenchymal trajectories in cancer 2023-02-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36439-7 PMID:36774358	研究论文	本文提出了一种基于转录组信号评估单个肿瘤中EMT转变的方法，并应用于7180个上皮来源的肿瘤，识别出具有预后和治疗价值的三种宏观状态	本文创新性地提出了评估EMT转变的方法，并结合空间转录组学和单细胞数据集，深入探讨了EMT转变的空间异质性和与肿瘤微环境中细胞的相互作用模式	本文主要基于转录组数据，未涉及其他类型的组学数据，可能限制了对EMT转变机制的全面理解	研究EMT转变的分子标志物及其在癌症进展中的作用	上皮来源的肿瘤及其EMT转变过程	数字病理学	NA	转录组学	NA	转录组数据	7180个上皮来源的肿瘤样本
9058	2024-09-13	SampleQC: robust multivariate, multi-cell type, multi-sample quality control for single-cell data 2023-02-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02859-3 PMID:36765378	研究论文	介绍了一种名为SampleQC的单细胞RNA测序数据质量控制方法，该方法通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差	引入了一种新的质量控制方法SampleQC，通过高斯混合模型在多个样本中进行稳健拟合，相比现有方法提高了对稀有细胞类型的检测敏感性并减少了偏差	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据质量控制方法，以提高对稀有细胞类型的检测敏感性并减少偏差	单细胞RNA测序数据的质量控制	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	单细胞RNA测序数据	867,000个细胞，172个样本
9059	2024-09-13	ZBTB12 is a molecular barrier to dedifferentiation in human pluripotent stem cells 2023-02-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36178-9 PMID:36759523	研究论文	本文报道了ZBTB12作为人类多能干细胞去分化分子屏障的作用	首次揭示了ZBTB12在防止人类多能干细胞去分化中的关键作用，并阐明了其通过调节HERVH和lncRNAs表达的机制	NA	探讨细胞命运单向转变的分子机制	人类多能干细胞及其去分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9060	2024-09-13	Common molecular features of H3K27M DMGs and PFA ependymomas map to hindbrain developmental pathways 2023-02-09, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01514-z PMID:36759899	研究论文	本文研究了H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征，并将其映射到后脑发育途径	通过比较基因组、整体转录组、染色质相关特征和单细胞RNA测序数据，发现了两种肿瘤类别的共同分子特征	NA	探讨H3K27M DMG和PFA室管膜瘤的共同分子特征及其与后脑发育途径的关系	H3K27M DMG和PFA室管膜瘤	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、染色质相关数据	NA