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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9021 | 2025-10-07 |
Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究基于多种机器学习模型开发了肾透明细胞癌中心体扩增相关特征,用于预测预后和免疫治疗反应 | 首次构建了肾透明细胞癌中心体扩增相关预后指数(CAAPI),并发现其与高死亡率、高突变率和免疫抑制微环境相关 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索中心体扩增相关特征对肾透明细胞癌预后预测和治疗反应的影响 | 肾透明细胞癌患者 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | 随机生存森林分析, Cox回归分析 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-KIRC数据集、ICGC数据集和GEO数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9022 | 2025-10-07 |
Double-target magnetic stimulation attenuates oligodendrocyte apoptosis and oxidative stress impairment after spinal cord injury via GAP43
2025-Apr, The spine journal : official journal of the North American Spine Society
DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025
PMID:39701305
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研究论文 | 本研究探讨双靶点磁刺激通过GAP43减轻脊髓损伤后少突胶质细胞凋亡和氧化应激损伤的机制 | 首次揭示双靶点磁刺激通过GAP43促进少突胶质细胞成熟和轴突再生的抗凋亡和抗氧化应激机制 | 动物模型研究,结果向临床转化需进一步验证 | 评估双靶点磁刺激对脊髓损伤后功能恢复和神经环路改善的作用 | 脊髓损伤模型大鼠和体外培养的胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 透射电子显微镜, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色, TUNEL染色, 细胞凋亡检测, 脂质ROS检测 | 动物模型 | 基因表达数据, 图像数据, 蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9023 | 2025-10-07 |
Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08633-8
PMID:40011771
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植系统,系统性地研究了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型 | 发现了四种免疫调节表达程序,揭示了这些程序不受细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态影响,而是由微环境信号驱动 | NA | 理解胶质瘤中髓系细胞的免疫调节功能并开发更有效的免疫疗法 | 胶质瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,空间转录组学,类器官外植系统 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
9024 | 2025-10-07 |
scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas
2025-Mar-31, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih
DOI:10.24920/004472
PMID:40164519
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研究论文 | 开发了一个基于千万级单细胞图谱的泛血液单细胞数据注释工具scPANDA | 利用包含1000万单细胞的大型图谱和三层推理方法,从广泛区室逐步细化到特定细胞簇 | NA | 提高血液系统单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 血液系统中的免疫细胞 | 生物信息学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 三层推理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 来自16项研究的1000万单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9025 | 2025-10-07 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
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方法论文 | 介绍使用Festem方法直接筛选细胞类型标记基因以促进单细胞RNA测序数据聚类分析的协议 | 通过期望最大化检验直接选择细胞类型标记基因,优化单细胞聚类分析流程 | NA | 开发单细胞RNA测序数据分析中细胞类型标记基因筛选和聚类分析的标准化流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 期望最大化算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9026 | 2025-10-07 |
Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521
PMID:39708325
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研究论文 | 介绍使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案 | 将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域,生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱 | NA | 开发高分辨率空间转录组学方法 | 任何组织样本,包括临床样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间分子数据,组织学图像 | NA | Illumina | 空间转录组学 | Illumina流动池 | 重新利用的Illumina流动池作为空间条形码捕获区域 |
9027 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma
2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04014-2
PMID:40105941
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新辅助免疫化疗对口腔鳞癌肿瘤微环境的影响 | 首次在口腔鳞癌中通过单细胞测序揭示新辅助免疫化疗响应的肿瘤微环境特征,发现CCL19+成纤维网状细胞亚群与治疗疗效的关联 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证 | 优化口腔鳞癌新辅助免疫化疗治疗策略 | 口腔鳞癌患者肿瘤组织、转移淋巴结和正常淋巴结样本 | 数字病理学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例口腔鳞癌患者的活检、原发肿瘤、匹配转移淋巴结和正常淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9028 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185
PMID:39661488
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性 | 首次鉴定出缺氧诱导的衰老成纤维细胞亚群,并阐明其通过IGF1-AMPK信号通路促进肿瘤干细胞特性的机制 | 研究主要基于食管鳞状细胞癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞亚群在促进肿瘤干细胞特性和化疗耐药中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 食管鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9029 | 2025-10-07 |
Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610
PMID:39666379
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研究论文 | 通过数学建模预测免疫检查点抑制剂与放疗联合治疗的最佳组合和给药时机 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示放疗过程中淋巴细胞分子相互作用的动态变化,并构建数学模型预测不同ICI在不同时间点的疗效 | 研究基于食管癌患者样本,机制尚未完全阐明,需要临床试验验证 | 确定放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳组合和给药时机 | 食管癌患者组织样本中的淋巴细胞 | 计算生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 食管癌患者组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
9030 | 2025-10-07 |
spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis
2025-Mar-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346
PMID:39636739
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研究论文 | 开发了一个名为spatialGE的用户友好型网络应用程序,用于简化空间转录组学数据分析 | 开发了首个无需编程专业知识即可进行空间转录组数据分析的交互式网络应用程序 | 未提及具体的技术限制或性能评估指标 | 降低空间转录组数据分析的技术门槛,使更广泛的研究人员能够利用该技术 | 空间转录组数据分析工具的开发与应用 | 空间转录组学 | 黑色素瘤转移,默克尔细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 两个数据集:黑色素瘤转移队列和默克尔细胞癌样本队列 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium样本和NanoString CosMx视野 |
9031 | 2025-10-07 |
Fibroblast Activation Protein-α Expression in Cancer-Associated Fibroblasts Shows the Poor Survival of Colorectal Cancer via Immune-Mediated Pathways : Implications of FAP in Cancer-Associated Fibroblasts Link Immune Dysregulation to Adverse Survival in Colorectal Cancer
2025-Mar, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-024-16593-y
PMID:39623187
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研究论文 | 本研究探讨了癌症相关成纤维细胞中FAP-α表达通过免疫介导途径影响结直肠癌患者生存的机制 | 首次通过免疫组化和单细胞RNA测序相结合的方法,系统揭示FAP表达与肿瘤免疫微环境及患者生存的关联 | 样本量相对有限,且为单中心回顾性研究 | 阐明FAP在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其对患者生存的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化染色, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | 178例患者共180个病理切片,另加10例未治疗患者的单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9032 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals a key regulator ZmEREB14 affecting shoot apex development and yield formation in maize
2025-Mar, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.14537
PMID:39630144
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ZmEREB14转录因子调控玉米茎尖分生组织发育和产量形成的机制 | 首次在单细胞分辨率下解析玉米茎尖分生组织的细胞异质性,并鉴定出ZmEREB14等关键转录因子调控发育过程 | 研究仅针对5日龄玉米茎尖组织,未涵盖其他发育阶段 | 探究玉米茎尖分生组织发育的分子机制 | 玉米茎尖分生组织细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约12,700个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9033 | 2025-10-07 |
Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma
2025-Mar, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546
PMID:39631619
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研究论文 | 本研究揭示了头颈鳞状细胞癌中缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生物发生和货物分选的机制 | 首次发现HIF-1α转录激活HRS调控sEV生物发生,建立了缺氧反应与sEV货物包装的直接联系 | 研究主要聚焦于头颈鳞状细胞癌细胞系,缺乏体内实验验证 | 探索缺氧肿瘤微环境对小细胞外囊泡生物发生和货物分选的调控机制 | 头颈鳞状细胞癌细胞 | 细胞生物学 | 头颈鳞状细胞癌 | 空间转录组学,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
9034 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2025-Mar, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞中与甲氨蝶呤耐药相关的分子特征 | 首次在单细胞水平分析PCNSL细胞对甲氨蝶呤的耐药机制,并鉴定出HLA-DRβ1、HLA-DQβ1和SNRPG等关键枢纽基因 | 研究基于培养细胞系,未涉及临床患者样本验证 | 探索PCNSL细胞对甲氨蝶呤耐药的分子机制,为复发患者寻找挽救性化疗方案 | 亲代和甲氨蝶呤耐药的原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞 | 单细胞测序分析 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 两个数据集(HKBML和TK)的PCNSL细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9035 | 2025-10-07 |
Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer
2025-Mar, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16418
PMID:39639765
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中癌症相关成纤维细胞来源的MMP11通过PI3K/AKT通路促进肿瘤进展的新机制 | 首次在单细胞水平明确MMP11在胰腺癌中的表达模式,发现癌细胞通过TGF-β1/pSmad2/3通路激活CAFs产生MMP11,并证明MMP11通过诱导上皮间质转化而非细胞外基质重塑促进肿瘤进展 | 研究主要聚焦于MMP11的促癌功能,对其他可能的调控机制和临床转化价值探讨有限 | 探究MMP11在胰腺导管腺癌中的表达模式、细胞来源及其促进肿瘤进展的分子机制 | 胰腺导管腺癌组织、癌症相关成纤维细胞、AsPC-1和BxPC-3胰腺癌细胞系、裸鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、共免疫荧光染色、基因敲低、体外功能实验、动物模型 | NA | 基因表达数据、免疫荧光图像、功能实验数据 | 胰腺癌组织样本、两种胰腺癌细胞系、裸鼠移植瘤模型 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
9036 | 2025-10-07 |
DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells
2025-Mar, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.12265
PMID:39648301
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研究论文 | 本研究揭示了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的双重定位及其通过调控Src激酶影响血管生成功能的新机制 | 首次发现DRIM在血管内皮细胞中同时存在于细胞核和细胞骨架,并证实其通过调控Src激酶活性影响血管生成功能 | 研究仅限于体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究DRIM蛋白在血管内皮细胞中的定位、功能及其分子机制 | 人血管内皮细胞 | 细胞生物学 | 血管疾病 | 蛋白质分馏法、细胞成像、蛋白质组学分析、蛋白质相互作用检测 | 基因敲低模型 | 蛋白质定位图像、蛋白质组学数据、磷酸化检测数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
9037 | 2025-10-07 |
Fuzzy-Based Identification of Transition Cells to Infer Cell Trajectory for Single-Cell Transcriptomics
2025-Mar, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2023.0432
PMID:39670822
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研究论文 | 提出一种基于模糊聚类的单细胞轨迹推断方法scFCTI,用于识别过渡细胞并重建细胞发育轨迹 | 引入模糊聚类和细胞不确定性量化,能够识别不稳定细胞状态中的过渡细胞 | NA | 开发更精确的单细胞轨迹推断方法 | 单细胞转录组数据中的细胞发育轨迹 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 模糊聚类 | 单细胞转录组数据 | 五个真实数据集和四个不同结构模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9038 | 2025-10-07 |
Spatially Resolved Single-Cell Transcriptome Analysis of Mycosis Fungoides Reveals Distinct Biomarkers GNLY and FYB1 Compared With Psoriasis and Chronic Spongiotic Dermatitis
2025-Mar, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100681
PMID:39675427
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研究论文 | 通过空间分辨单细胞转录组分析鉴定蕈样肉芽肿与银屑病和慢性海绵水肿性皮炎的区别性生物标志物GNLY和FYB1 | 首次使用空间分辨单细胞转录组技术分析表皮内T细胞,发现GNLY和FYB1作为区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的特异性生物标志物 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证生物标志物的临床适用性 | 探索区分蕈样肉芽肿与炎症性皮肤病的诊断标志物 | 蕈样肉芽肿斑块、银屑病和慢性海绵水肿性皮炎患者的表皮内T细胞 | 数字病理学 | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,空间分子成像数据 | 150例患者(56例蕈样肉芽肿,48例银屑病,46例慢性湿疹) | CosMx | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | CosMx空间分子成像仪 | 使用CD3和CD4等表面标记物的CosMx空间分子成像技术 |
9039 | 2025-10-07 |
Creatine promotes endometriosis progression by inducing M2 polarization of peritoneal macrophages
2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0278
PMID:39679878
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研究论文 | 本研究揭示了肌酸通过诱导腹膜巨噬细胞M2极化促进子宫内膜异位症进展的机制 | 首次发现肌酸在子宫内膜异位症患者腹膜巨噬细胞中显著富集,并证实其通过重编程巨噬细胞M2极化促进疾病进展 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内实验验证 | 探讨肌酸在子宫内膜异位症发病机制中的作用 | 子宫内膜异位症患者的腹膜巨噬细胞、子宫内膜基质细胞和HUVECs | 免疫学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞测序, RNA测序, 体外共培养实验 | NA | 单细胞测序数据, RNA测序数据 | 子宫内膜异位症患者与健康女性的腹膜巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9040 | 2025-10-07 |
TEAD3 and TEAD4 play overlapping role in bovine preimplantation development
2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-24-0307
PMID:39679917
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研究论文 | 本研究揭示了TEAD3和TEAD4在牛胚胎植入前发育过程中对滋养外胚层命运决定的重要且冗余的功能 | 首次发现TEAD3在牛滋养外胚层细胞中特异性表达,并证明TEAD3与TEAD4在牛胚胎发育中具有功能冗余性,这与小鼠模型中的机制不同 | 研究仅针对牛胚胎发育模型,未在其他哺乳动物中进行验证 | 确定TEAD3在牛胚胎植入前发育中的功能作用 | 牛胚胎植入前发育阶段的胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,RNA干扰,碱基编辑技术,RNA测序分析,免疫荧光分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |