单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9021	2024-09-06	IL-36 Regulates Neutrophil Chemotaxis and Bone Loss at the Oral Barrier 2024-04, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231225413 PMID:38414292	研究论文	研究探讨了IL-36家族在口腔屏障中调节中性粒细胞趋化性和骨丢失的机制	首次揭示了IL-36γ在口腔屏障中通过纤维母细胞促进中性粒细胞趋化性的作用，并阐明了其在牙周炎中的病理生理功能	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床数据支持	探讨纤维母细胞在口腔屏障中驱动中性粒细胞趋化信号的特定调节机制	IL-36家族在口腔屏障中的作用及其对中性粒细胞趋化性和骨丢失的影响	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类牙龈上皮细胞及鼠类中性粒细胞
9022	2024-09-06	CD52 mRNA expression predicts prognosis and response to immune checkpoint blockade in melanoma 2024-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13151 PMID:37975535	研究论文	研究CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应预测价值	首次分析了CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和预测免疫检查点阻断反应的作用，并探讨了其与不同免疫细胞亚群和免疫检查点表达的关系	研究样本量有限，且仅基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏临床试验验证	探讨CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应的预测价值	CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	445例未治疗的黑色素瘤患者和121例接受抗PD-1免疫检查点阻断的黑色素瘤患者
9023	2024-09-06	A Cell Cycle-aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-cell RNA-seq and ATAC-seq 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578213 PMID:38352302	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	首次提出了一种计算模型来研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	未提及	研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	细胞周期感知网络（CCAN）	单细胞RNA测序数据，单细胞ATAC测序数据	多个基准数据集
9024	2024-09-06	IRF9 and STAT1 as biomarkers involved in T-cell immunity in atherosclerosis 2024, Journal of biosciences IF:2.1Q2 PMID:39234946	研究论文	研究旨在识别与程序性细胞死亡（PCD）相关的生物标志物，并探索动脉粥样硬化的关键调控机制	通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序数据，识别了与动脉粥样硬化相关的免疫细胞类型和关键基因	研究主要基于基因表达数据和单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	识别与动脉粥样硬化相关的生物标志物和调控机制	动脉粥样硬化和对照组的基因表达数据，以及单细胞RNA测序数据	心血管疾病	心血管疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，单细胞RNA测序数据	GSE20129和GSE23746的基因表达数据，GSE159677的单细胞RNA测序数据
9025	2024-09-06	Radiotherapy-Induced Neurocognitive Impairment Is Driven by Heightened Apoptotic Priming in Early Life and Prevented by Blocking BAX 2023-10-13, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-1337 PMID:37470810	研究论文	本文研究了放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并发现通过阻断BAX可以预防这种损伤	开发了一种新的放射治疗诱导神经认知功能障碍的小鼠模型，并发现BAX在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨放射治疗引起的神经认知功能障碍的机制，并寻找预防方法	放射治疗对不同年龄段小鼠神经认知功能的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
9026	2024-09-06	Transcriptomic profiling of cardiac tissues from SARS-CoV-2 patients identifies DNA damage 2023-03, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13577 PMID:36107637	研究论文	研究分析了SARS-CoV-2患者心脏组织的转录组图谱，发现DNA损伤相关基因的上调	首次揭示了SARS-CoV-2感染患者心脏组织中DNA损伤和修复相关基因的上调，并通过γ-H2Ax免疫组化进一步验证	样本量较小，且仅包括SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者，可能影响结果的普适性	探讨SARS-CoV-2感染对心脏组织的分子影响	SARS-CoV-2、pH1N1和对照组患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	7例SARS-CoV-2患者、2例pH1N1患者和6例对照组患者的心脏组织
9027	2024-09-06	Differential cell composition and split epidermal differentiation in human palm, sole, and hip skin 2023-01-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.111994 PMID:36732947	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序分析了人类手掌、脚底和臀部皮肤的细胞组成和表皮分化差异	揭示了手掌和脚底皮肤中免疫环境的改变，以及特定成纤维细胞在细胞间通信中的关键作用	NA	探讨手掌和脚底皮肤的转录程序及其独特性	人类手掌、脚底和臀部皮肤	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及手掌、脚底和臀部皮肤的多个样本
9028	2024-09-06	AntiSplodge: a neural-network-based RNA-profile deconvolution pipeline designed for spatial transcriptomics 2022-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac073 PMID:36225530	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络的RNA表达谱反卷积管道AntiSplodge，用于空间转录组学研究	提出了一种简单、快速且直观的反卷积管道，利用合成空间转录组数据进行有效反卷积	NA	开发一种高效的反卷积工具，用于解析空间转录组数据中的细胞类型	人类心脏和小鼠大脑的空间转录组数据	空间转录组学	NA	RNA-seq	前馈神经网络	RNA表达谱	人类心脏和小鼠大脑的多个时间点样本
9029	2024-09-06	Tumor microbiome links cellular programs and immunity in pancreatic cancer 2022-10-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.09.009 PMID:36220074	研究论文	本文通过单细胞分析技术研究了胰腺癌中的肿瘤微生物组与宿主细胞和免疫系统的相互作用	开发了单细胞分析宿主-微生物组相互作用（SAHMI）计算管道，用于从宿主组织的单细胞测序中恢复和去噪微生物信号	NA	研究肿瘤微生物组在胰腺癌中的作用及其对肿瘤发生和抗肿瘤反应的影响	胰腺癌患者的肿瘤微生物组及其与宿主细胞和免疫系统的相互作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	单细胞数据	两个胰腺癌患者队列
9030	2024-09-06	Transcriptome Analysis Identifies Accumulation of Natural Killer Cells with Enhanced Lymphotoxin-β Expression during Glioblastoma Progression 2022-Oct-07, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers14194915 PMID:36230839	研究论文	本文通过转录组分析，研究了胶质母细胞瘤进展过程中自然杀伤细胞的积累及其淋巴毒素-β表达的增强	本文整合了多个小鼠和人类数据集，采用无假设的探索性方法，发现了自然杀伤细胞亚群的积累及其淋巴毒素-β基因的上调，并验证了其与胶质母细胞瘤区域的相关性	本文主要基于小鼠和人类数据集的整合分析，未涉及临床试验验证	研究胶质母细胞瘤进展过程中免疫微环境的变化，寻找潜在的治疗靶点	胶质母细胞瘤及其相关的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和人类数据集
9031	2024-09-06	Deciphering transcriptome alterations in bone marrow hematopoiesis at single-cell resolution in immune thrombocytopenia 2022-10-07, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01167-9 PMID:36202780	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了免疫性血小板减少症（ITP）患者骨髓中CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的转录组变化，揭示了ITP中巨核细胞生成缺陷的机制	首次在单细胞分辨率下解析了ITP患者骨髓中HSPCs的转录组变化，并发现了与ITP相关的巨核细胞前体（MkP）亚群及其特定基因表达模式	研究仅限于ITP患者，未探讨其他血液疾病或健康对照的比较	探究免疫性血小板减少症（ITP）中巨核细胞生成缺陷的分子机制	ITP患者骨髓中的CD34造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	数字病理学	血液疾病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	ITP患者和健康对照（HCs）的骨髓样本
9032	2024-09-06	SoloTE for improved analysis of transposable elements in single-cell RNA-Seq data using locus-specific expression 2022-10-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-04020-5 PMID:36202992	研究论文	本文介绍了一种名为SoloTE的管道，用于改进单细胞RNA-Seq数据中转座元件的分析，通过引入位点特异性表达	SoloTE管道在计算资源方面优于现有方法，并允许在scRNA-Seq表达矩阵中包含位点特异性转座元件活性	NA	开发一种改进的计算方法，用于分析单细胞RNA-Seq数据中的转座元件表达	转座元件在不同细胞组中的转录活性及其对基因表达的潜在影响	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	多个数据集
9033	2024-09-06	Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer 2022-10-05, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-1248 PMID:35849783	研究论文	研究通过单细胞测序分析了胰腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的状态轨迹	首次通过单细胞转录组和T细胞受体分析，揭示了胰腺癌中TIL的20种细胞状态及其异质性分布	研究样本量有限，且仅限于胰腺导管腺癌（PDAC），可能无法完全代表所有胰腺癌类型	生成胰腺癌中T细胞亚群的参考框架，为未来的免疫治疗提供依据	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	80,000个T细胞，来自57个PDAC样本和22个未受累/正常样本
9034	2024-09-06	Single-cell transcriptomic profiling reveals the tumor heterogeneity of small-cell lung cancer 2022-10-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01150-4 PMID:36195615	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了小细胞肺癌的肿瘤异质性	揭示了小细胞肺癌中恶性细胞的多样性状态，并发现了非神经内分泌肿瘤与免疫检查点抑制剂反应的关系	样本量相对较小，仅包括11名患者	深入理解小细胞肺癌的生物学特性，并为开发新的治疗方法提供基础	小细胞肺癌患者的原发肿瘤和匹配的正常邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约5000个单细胞，来自11名小细胞肺癌患者
9035	2024-09-06	Scalable workflow for characterization of cell-cell communication in COVID-19 patients 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010495 PMID:36197936	研究论文	本文开发了一种可扩展的工作流程，用于识别COVID-19患者中不同疾病结果下细胞间的差异性相互作用	提出了一个通用且可扩展的工作流程，用于分析COVID-19患者中细胞间相互作用的差异	研究仅基于公开的单细胞RNA测序数据集，可能无法完全代表所有COVID-19患者的细胞间相互作用	理解COVID-19患者中细胞间相互作用的模式，并探索这些模式与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的细胞间相互作用	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	211个个体样本
9036	2024-09-06	Variant calling enhances the identification of cancer cells in single-cell RNA sequencing data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010576 PMID:36191033	研究论文	本文通过结合变异检测和潜在驱动变异的识别，扩展了现有方法，以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文创新性地将变异检测引入单细胞RNA测序数据分析，以识别潜在的驱动变异，从而提高癌细胞的识别准确性	本文未详细讨论变异检测方法的具体局限性，以及在不同类型癌症样本中的适用性	本文旨在通过结合变异检测，扩展现有方法以提高单细胞RNA测序数据中癌细胞的识别	本文研究对象为单细胞RNA测序数据中的癌细胞和正常细胞	基因组学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
9037	2024-09-06	The Polar Fox Lagoon in Siberia harbours a community of Bathyarchaeota possessing the potential for peptide fermentation and acetogenesis 2022-Oct, Antonie van Leeuwenhoek DOI:10.1007/s10482-022-01767-z PMID:35947314	研究论文	研究分析了西伯利亚北极狐泻湖沉积物中十九个Bathyarchaeota的草图基因组，揭示了这些古菌在低温缺氧环境中的代谢潜力	首次详细分析了北极狐泻湖沉积物中Bathyarchaeota的基因组，揭示了其潜在的肽发酵和乙酸生成能力	缺乏对这些古菌代谢途径的完整理解，特别是氢代谢和共生关系的证据不足	研究Bathyarchaeota在北极狐泻湖沉积物中的代谢潜力及其对温室气体排放的影响	北极狐泻湖沉积物中的Bathyarchaeota	NA	NA	宏基因组学和单细胞测序	NA	基因组	十九个草图基因组
9038	2024-09-06	Fast and highly sensitive full-length single-cell RNA sequencing using FLASH-seq 2022-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01312-3 PMID:35637419	研究论文	介绍了一种名为FLASH-seq的单细胞全长RNA测序方法，该方法比Smart-seq3具有更高的灵敏度和更短的操作时间	FLASH-seq方法能够在约4.5小时内完成整个测序过程，易于自动化和小型化，减少资源消耗，并能使用独特分子标识符（UMIs）进行分子计数，同时减少链入侵伪影	NA	开发一种快速且高灵敏度的单细胞全长RNA测序方法	单细胞RNA测序方法的灵敏度和操作时间	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
9039	2024-09-06	Clinical and Prognostic Value of PPIA, SQSTM1, and CCL20 in Hepatocellular Carcinoma Patients by Single-Cell Transcriptome Analysis 2022-09-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11193078 PMID:36231045	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌患者中的临床和预后价值	本文首次通过单细胞转录组分析揭示了PPIA、SQSTM1和CCL20与肝细胞癌患者总体生存率的关联，并构建了一个高预测性和准确性的风险诺模图	本文未详细讨论单细胞转录组分析的技术局限性以及诺模图在实际临床应用中的验证情况	研究PPIA、SQSTM1和CCL20在肝细胞癌中的临床和预后价值，并开发新的诊断标志物	肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	诺模图	转录组数据	涉及肝细胞癌患者的单细胞转录组数据、TCGA和ICGC数据
9040	2024-09-06	Spatially specific mechanisms and functions of the plant circadian clock 2022-09-28, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiac236 PMID:35640123	综述	本文综述了植物昼夜节律钟的空间特异性机制和功能	利用单细胞时间流逝显微镜和单细胞RNA测序等新技术，揭示了植物昼夜节律钟在器官、组织和细胞类型中的高度特异性	NA	探讨植物昼夜节律钟的空间特异性功能及其对植物适应性的影响	植物的昼夜节律钟及其在不同器官、组织和细胞类型中的调控机制	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA