单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27967 篇文献，本页显示第 9021 - 9040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9021 | 2024-09-19 |
Feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2023-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.09.540043
PMID:37214963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于识别能够重现细胞轨迹的动态表达分子特征子集 | DELVE采用自下而上的方法，通过建模动态特征模块来减轻不必要变异源对推断的干扰，从而与以往方法不同 | NA | 提高细胞轨迹推断的准确性，并揭示生物轨迹上特征之间的共变异 | 单细胞数据中的动态生物过程，如细胞分化、免疫反应和疾病进展 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 9022 | 2024-09-19 |
Structured Illumination Microscopy Improves Spot Detection Performance in Spatial Transcriptomics
2023-05-04, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12091310
PMID:37174710
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研究论文 | 研究了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中单基因转录检测性能的提升效果 | 首次探讨了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中的应用，显著提高了基因转录点的检测效率 | 检测效率的提升依赖于基因转录密度和物镜的数值孔径，尤其是密集聚集的点 | 评估结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学实验中对单基因转录检测性能的影响 | 小鼠冠状脑组织切片中的多个基因 | 数字病理学 | NA | 结构化照明显微镜（SIM） | NA | 图像 | 小鼠冠状脑组织切片 |
| 9023 | 2024-09-19 |
FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad183
PMID:37039825
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研究论文 | 本文提出了一种名为FISHFactor的概率因子模型，用于处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | FISHFactor结合了空间非负因子分析和泊松点过程似然，能够直接处理单分子分辨率数据，并共享多个细胞的权重矩阵，提高了潜在变量的估计 | NA | 开发一种新的方法来处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组数据，特别是单分子分辨率数据 | 生物信息学 | NA | 因子分析 | 概率因子模型 | 空间转录组数据 | NA |
| 9024 | 2024-09-19 |
LogBTF: gene regulatory network inference using Boolean threshold network model from single-cell gene expression data
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad256
PMID:37079737
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研究论文 | 本文提出了一种名为LogBTF的新型嵌入式布尔阈值网络方法，用于从单细胞基因表达数据中推断基因调控网络 | 该方法结合了正则化逻辑回归和布尔阈值函数，有效解决了现有方法在处理时间序列数据噪声和过拟合问题上的不足 | NA | 从高吞吐量的单细胞RNA测序数据中推断和分析基因调控网络 | 基因调控网络的动态更新逻辑规则 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 布尔阈值网络模型 | 基因表达数据 | 包括一个模拟布尔值数据集、数十个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 9025 | 2024-09-19 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523995
PMID:36712140
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研究论文 | 本文介绍了一种结合变分自编码器框架和双变量模型的生物物理建模方法，用于处理双模态单细胞RNA测序数据 | 本文提出的方法考虑了测量之间的因果关系，通过模拟基准测试证明了其在低维空间中捕捉细胞类型结构的能力，并能准确重现参数值和拷贝数分布 | NA | 开发一种可扩展的方法，用于识别基因表达背后的生物物理机制，并适用于处理由高通量单细胞基因组测序产生的多模态数据集 | 双模态单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | NA |
| 9026 | 2024-09-19 |
Overlap of Genetic Loci for Central Serous Chorioretinopathy With Age-Related Macular Degeneration
2023-05-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2023.0706
PMID:37079300
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研究论文 | 研究探讨了中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）与年龄相关性黄斑变性（AMD）之间的遗传重叠 | 发现了三个新的CSC风险位点，并验证了两个先前报道的CSC风险位点 | 研究仅限于三个队列，样本量相对较小 | 识别CSC的新遗传风险因素，并比较CSC和AMD的遗传风险因素 | 中心性浆液性脉络膜视网膜病变（CSC）和年龄相关性黄斑变性（AMD） | NA | NA | 全基因组关联研究（GWAS） | NA | 基因表达数据 | 共包括1176名CSC患者和526,787名对照组 |
| 9027 | 2024-09-19 |
Anti-Cancer Activity of Verteporfin in Cholangiocarcinoma
2023-Apr-25, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15092454
PMID:37173920
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研究论文 | 研究了verteporfin在胆管癌中的抗癌活性及其对YAP1/AKT通路的影响 | 首次探讨了verteporfin在胆管癌中的抗癌作用，并分析了其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中验证 | 探讨verteporfin在胆管癌中的抗癌机制 | 胆管癌中的YAP1/AKT通路及其对免疫细胞和恶性细胞干性的影响 | NA | 胆管癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | YAP1/AKT尾静脉注射的小鼠模型 |
| 9028 | 2024-09-19 |
The covariance environment defines cellular niches for spatial inference
2023-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.18.537375
PMID:37131616
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研究论文 | 本文开发了一种名为协方差环境（COVET）的表示方法，用于捕捉细胞微环境的丰富多变性，并通过环境变分推断（ENVI）模型将空间和单细胞RNA-seq数据联合嵌入到潜在空间中 | 提出了协方差环境（COVET）表示方法，能够捕捉细胞微环境中的基因-基因协变结构，并开发了基于最优传输的距离度量和计算高效的近似方法 | 未提及 | 开发新的计算方法以利用多重空间分析技术进行生物学发现 | 细胞微环境的特征表示和空间推断 | 生物信息学 | NA | 最优传输 | 条件变分自编码器 | 空间数据和单细胞RNA-seq数据 | 数百万个细胞 |
| 9029 | 2024-09-19 |
Precise diagnosis and targeted therapy of nodal T-follicular helper cell lymphoma (T-FHCL)
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1163190
PMID:37188182
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研究论文 | 本文探讨了T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL）的精确诊断和靶向治疗 | 利用单细胞测序和下一代测序技术发现T-FHCL的特异性基因异常，为精确分子诊断和新药研究提供依据 | 需要进一步研究CAR-T细胞免疫疗法和造血干细胞移植等潜在治疗方法 | 改善T-FHCL的预后，寻找有效的靶向治疗方案 | T-滤泡辅助细胞淋巴瘤（T-FHCL） | NA | 淋巴瘤 | 单细胞测序、下一代测序 | NA | 基因数据 | NA |
| 9030 | 2024-09-19 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Advances in heart development and disease applications
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.04.007
PMID:37181659
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心脏发育和疾病应用中的进展 | 介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在心脏发育和疾病研究中的应用，提供了对基因表达时空动态的新见解 | NA | 总结单细胞和空间转录组学技术在心脏领域的应用，并探讨其在转化研究和精准医学中的潜力 | 心脏发育和心脏疾病，包括先天性心脏病、冠心病、瓣膜病、心肌病和心力衰竭 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 9031 | 2024-09-19 |
Deciphering pathological behavior of pediatric medullary thyroid cancer from single-cell perspective
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15546
PMID:37744240
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术研究了儿童髓样甲状腺癌的病理行为 | 首次对儿童髓样甲状腺癌进行单细胞转录组测序，揭示了肿瘤细胞与其微环境之间的相互作用 | 仅基于一个患者的样本进行研究，可能存在样本量不足的问题 | 揭示儿童髓样甲状腺癌的病理机制 | 儿童髓样甲状腺癌的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 一个患者的原发肿瘤和转移淋巴结样本 |
| 9032 | 2024-09-19 |
Ion channel gene GJB2 influences the intercellular communication by Up-regulating the SPP1 signaling pathway identified by the single-cell RNA sequencing in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1146976
PMID:37188183
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研究论文 | 研究GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其通过单细胞RNA测序揭示的细胞间通讯作用 | 首次揭示GJB2基因通过上调SPP1信号通路影响肺腺癌中的细胞间通讯 | 研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证 | 探讨GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其在细胞间通讯中的作用 | GJB2基因在肺腺癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未提及 |
| 9033 | 2024-09-19 |
Application of single-cell RNA sequencing on human testicular samples: a comprehensive review
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.82191
PMID:37151874
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类睾丸样本中的应用 | 首次系统性地综述了scRNA-seq在人类睾丸整个生命周期（从胚胎到老年男性）中的应用 | NA | 总结scRNA-seq在人类睾丸生物样本中的应用，揭示睾丸发育和变化的机制 | 人类睾丸样本，包括从胚胎到老年男性的不同阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 81项研究 |
| 9034 | 2024-09-19 |
Microenvironmental Landscape of Human Melanoma Brain Metastases in Response to Immune Checkpoint Inhibition
2022-08-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0870
PMID:35706413
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研究论文 | 研究了黑色素瘤脑转移瘤（MBM）在免疫检查点抑制剂（ICI）作用下的肿瘤微环境（TME）特征 | 首次对MBM的TME进行了单细胞RNA测序和T细胞受体克隆型分析，揭示了TME中髓系细胞的异质性和中性粒细胞的不同状态，以及这些特征与ICI反应的关系 | 样本量较小，仅收集了32个新鲜MBM样本 | 探讨MBM在ICI作用下的TME特征及其与ICI反应的关系 | 黑色素瘤脑转移瘤（MBM）的肿瘤微环境（TME）和T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 32个新鲜MBM样本 |
| 9035 | 2024-09-19 |
Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods
2022, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0011
PMID:39285948
|
综述 | 本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接 | 本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节 | 综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景 | 生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用 | 机器学习 | NA | NA | NA | 序列数据 | NA |
| 9036 | 2024-09-19 |
Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat
2021-02-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21246-9
PMID:33597522
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellChat的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断和分析细胞间通信网络 | 开发了CellChat工具，能够准确表示细胞间信号连接并进行系统级分析，预测细胞的主要信号输入和输出，并通过网络分析和模式识别方法协调细胞和信号的功能 | NA | 理解和分析细胞间的全局通信 | 细胞间信号连接和通信网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠和人类皮肤数据集 |
| 9037 | 2024-09-18 |
Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study
2024-Sep-16, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.15946
PMID:39285685
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研究论文 | 研究铜代谢相关基因与代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌之间的关联 | 首次探讨铜代谢相关基因在代谢功能障碍相关脂肪性肝病不同阶段的作用，特别是与肝纤维化和肝细胞癌的关系 | 研究依赖于现有的RNA测序数据和基因组关联研究，缺乏直接的实验验证 | 探索铜代谢相关基因与代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌的关联 | 铜代谢相关基因、代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌 | 基因组学 | 肝病 | RNA测序、基因组关联研究 | NA | RNA数据 | 331例代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者和271例相关肝细胞癌患者，以及656例独立队列的代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者 |
| 9038 | 2024-09-17 |
Targeting CNS myeloid infiltrates provides neuroprotection in a progressive multiple sclerosis model
2024-Nov, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.08.032
PMID:39179123
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研究论文 | 研究通过靶向中枢神经系统（CNS）中的髓系浸润细胞，提供了一种在渐进性多发性硬化症模型中的神经保护策略 | 首次展示了通过调节CNS髓系细胞的毒性来减少不可逆组织损伤，并提出了一种新的疾病修饰方法 | 研究仅在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中进行，尚未在临床试验中验证 | 探讨靶向CNS髓系细胞是否能预防慢性免疫介导的脱髓鞘疾病的不可逆组织损伤 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中的髓系细胞和神经保护效果 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Biozzi小鼠模型中的脊髓CD11b+细胞 |
| 9039 | 2024-09-17 |
Integrative analysis of pan-cancer single-cell data reveals a tumor ecosystem subtype predicting immunotherapy response
2024-Sep-15, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00703-w
PMID:39277681
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研究论文 | 本研究通过整合泛癌单细胞数据，揭示了一种肿瘤生态系统亚型，该亚型与免疫治疗反应的改善相关 | 建立了新的免疫治疗反应生态型特征（IRE.Sig），并通过机器学习模型成功预测了ICI反应 | 缺乏直接的临床证据支持 | 揭示肿瘤生态系统亚型与免疫治疗反应的关系，并开发预测工具 | 泛癌单细胞数据和ICI治疗患者的数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及5个CRISPR筛选队列和多个验证与测试队列 |
| 9040 | 2024-09-17 |
Single-cell sequencing analysis of multiple myeloma heterogeneity and identification of new theranostic targets
2024-Sep-14, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-07027-4
PMID:39271659
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析多发性骨髓瘤的异质性，并识别新的治疗靶点 | 通过单细胞转录组测序揭示了多发性骨髓瘤与健康捐赠者之间B淋巴细胞系通讯的破坏，并发现了独特的信号分子 | NA | 阐明多发性骨髓瘤的异质性并识别新的治疗靶点 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞和健康捐赠者的骨髓细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 48,293个骨髓细胞，包括多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者 |