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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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9001 | 2025-10-07 |
Identification and Experimental Validation of PANoptosis-Related Genes in Idiopathic Pulmonary Fibrosis by Bioinformatics Analysis
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S505229
PMID:40291456
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研究论文 | 通过生物信息学分析识别并实验验证特发性肺纤维化中与PANoptosis相关的基因 | 首次在IPF中建立包含IGF1、GPX3、GADD45β、SMAD7和TIMP3的五基因PANoptosis相关特征 | 需要进一步研究阐明这些基因在IPF发病机制中的生物学功能和机制 | 识别特发性肺纤维化中与PANoptosis相关的差异表达基因并解释其免疫景观和细胞分布特征 | 特发性肺纤维化患者和博来霉素诱导的肺纤维化模型 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 生物信息学分析,机器学习算法,单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集和博来霉素诱导的肺纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
9002 | 2025-10-07 |
Dynamic changes in lactate-related genes in microglia and their role in immune cell interactions after ischemic stroke
2025, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2025-1178
PMID:40292254
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研究论文 | 本研究揭示了缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的相互作用 | 首次系统识别了缺血性卒中后小胶质细胞中关键的乳酸相关基因,并阐明了它们在疾病不同阶段的动态调控作用 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 阐明缺血性卒中后小胶质细胞中乳酸相关基因的动态变化及其与免疫细胞的关联 | 小鼠缺血性卒中模型中的小胶质细胞和免疫细胞 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, 差异表达分析, t-SNE, CIBERSORT | NA | 基因表达数据 | 三个公共数据集(GSE30655, GSE35338, GSE174574, GSE225948) | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
9003 | 2025-10-07 |
Adaptive circuits for action and value information in rodent operant learning
2025-May, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.09.003
PMID:39341460
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综述 | 本文综述了啮齿类动物操作性学习中的神经回路机制,重点关注多巴胺系统对行为强化的调控作用 | 整合了神经回路、突触可塑性和基因表达的多层次研究,特别强调了中脑多巴胺神经元在整合动作启动与奖赏反馈中的复杂作用 | 作为综述文章,主要基于已有研究进行总结,未提供新的实验数据 | 探讨操作性学习的神经机制 | 啮齿类动物(主要为小鼠和大鼠) | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 神经生理数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9004 | 2025-10-07 |
The Medaka approach to evolutionary social neuroscience
2025-May, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005
PMID:39481546
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综述 | 本文综述了利用青鳉鱼类进行进化社会神经科学研究的潜力与未来方向 | 将单细胞转录组技术与'自适应回路普查'方法相结合,搭建比较生物学与神经科学方法的桥梁 | NA | 探索社会神经科学的基本原理和交配策略多样性的产生机制 | 青鳉鱼类(鳉科鱼类),特别是日本青鳉 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9005 | 2025-10-07 |
Sequencing technologies to measure translation in single cells
2025-May, Nature reviews. Molecular cell biology
DOI:10.1038/s41580-024-00822-z
PMID:39833532
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综述 | 本文讨论了用于在单细胞水平测量翻译过程的测序技术 | 聚焦单细胞分辨率下的翻译测量技术,包括核糖体分析、核糖体亲和纯化和空间翻译组方法 | NA | 研究单细胞水平上翻译过程的测量方法和技术进展 | 单细胞翻译过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序, 核糖体分析, 核糖体亲和纯化, 空间翻译组分析 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
9006 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals efferocytosis signature predicting immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2025-May, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.dld.2025.01.196
PMID:39904693
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析开发了胞葬相关基因标签,用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次在单细胞水平识别肝细胞癌微环境中的胞葬活性,并构建了基于多种机器学习算法的预测模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要前瞻性研究验证 | 开发预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的基因标签 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 机器学习 | 随机生存森林, 十种机器学习算法 | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 基因组数据 | 多个公共数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
9007 | 2025-10-07 |
A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience
2025-May, Neuroscience research
IF:2.4Q3
DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006
PMID:40164433
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教程 | 为神经科学领域提供单细胞转录组数据分析的实用指南 | 专注于神经科学领域的单细胞RNA测序数据分析流程,强调生物结果解释和比较分析方法 | NA | 提高神经科学中单细胞RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 神经科学领域的单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9008 | 2025-10-07 |
Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex
2025-Apr, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24645
PMID:39610085
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研究论文 | 通过单细胞水平删除转录因子Trps1和Sox9研究其在成年大脑皮层星形胶质细胞中的新功能 | 首次在成年大脑皮层星形胶质细胞中同时研究Trps1和Sox9的功能,并发现它们对突触维持和免疫反应的调控作用 | 研究仅限于大脑皮层区域,未涉及其他脑区 | 探索转录因子在成年大脑星形胶质细胞功能调控中的作用 | 成年小鼠大脑皮层星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | Cas9介导的基因删除,慢病毒递送,单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
9009 | 2025-10-07 |
Eosinophilic esophagitis drives tissue fibroblast regenerative programs toward pathologic dysfunction
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.028
PMID:39617290
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和功能实验揭示嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞的病理性功能障碍机制 | 首次发现EoE成纤维细胞保留软骨细胞等刚性细胞的再生程序但丧失脂肪细胞等柔软细胞的生成能力,并鉴定CD73表达异常是关键致病机制 | 研究样本量有限,机制验证主要在体外实验完成 | 探究嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞病理性功能障碍的分子机制 | 嗜酸性粒细胞性食管炎患者和健康对照的食管成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 嗜酸性粒细胞性食管炎 | 单细胞RNA测序, 荧光激活细胞分选, 成纤维细胞分化和迁移实验 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据, 免疫染色图像 | EoE患者和健康对照的食管活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9010 | 2025-10-07 |
Exploring immune gene expression and potential regulatory mechanisms in anaplastic thyroid carcinoma using a combination of single-cell and bulk RNA sequencing data
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据探索未分化甲状腺癌中免疫基因表达及潜在调控机制 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据系统分析ATC免疫特征,识别关键转录因子和潜在治疗靶点 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 识别未分化甲状腺癌的新型诊断和治疗靶点 | 未分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的免疫相关基因 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 生物信息学分析 | AUCell, PPI网络分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的ATC和PTC样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
9011 | 2025-10-07 |
Development of a centrosome amplification-associated signature in kidney renal clear cell carcinoma based on multiple machine learning models
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本研究基于多种机器学习模型开发了肾透明细胞癌中心体扩增相关特征,用于预测预后和免疫治疗反应 | 首次构建了肾透明细胞癌中心体扩增相关预后指数(CAAPI),并发现其与高死亡率、高突变率和免疫抑制微环境相关 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探索中心体扩增相关特征对肾透明细胞癌预后预测和治疗反应的影响 | 肾透明细胞癌患者 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | 随机生存森林分析, Cox回归分析 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-KIRC数据集、ICGC数据集和GEO数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9012 | 2025-10-07 |
Double-target magnetic stimulation attenuates oligodendrocyte apoptosis and oxidative stress impairment after spinal cord injury via GAP43
2025-Apr, The spine journal : official journal of the North American Spine Society
DOI:10.1016/j.spinee.2024.12.025
PMID:39701305
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研究论文 | 本研究探讨双靶点磁刺激通过GAP43减轻脊髓损伤后少突胶质细胞凋亡和氧化应激损伤的机制 | 首次揭示双靶点磁刺激通过GAP43促进少突胶质细胞成熟和轴突再生的抗凋亡和抗氧化应激机制 | 动物模型研究,结果向临床转化需进一步验证 | 评估双靶点磁刺激对脊髓损伤后功能恢复和神经环路改善的作用 | 脊髓损伤模型大鼠和体外培养的胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 透射电子显微镜, 蛋白质印迹, 免疫荧光染色, TUNEL染色, 细胞凋亡检测, 脂质ROS检测 | 动物模型 | 基因表达数据, 图像数据, 蛋白质数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9013 | 2025-10-07 |
Programs, origins and immunomodulatory functions of myeloid cells in glioma
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08633-8
PMID:40011771
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、染色质可及性、空间转录组学和胶质瘤类器官外植系统,系统性地研究了胶质瘤中髓系细胞的免疫调节表型 | 发现了四种免疫调节表达程序,揭示了这些程序不受细胞类型、发育起源或肿瘤突变状态影响,而是由微环境信号驱动 | NA | 理解胶质瘤中髓系细胞的免疫调节功能并开发更有效的免疫疗法 | 胶质瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,染色质可及性分析,空间转录组学,类器官外植系统 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
9014 | 2025-10-07 |
scPANDA: PAN-Blood Data Annotator with a 10-Million Single-Cell Atlas
2025-Mar-31, Chinese medical sciences journal = Chung-kuo i hsueh k'o hsueh tsa chih
DOI:10.24920/004472
PMID:40164519
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研究论文 | 开发了一个基于千万级单细胞图谱的泛血液单细胞数据注释工具scPANDA | 利用包含1000万单细胞的大型图谱和三层推理方法,从广泛区室逐步细化到特定细胞簇 | NA | 提高血液系统单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 血液系统中的免疫细胞 | 生物信息学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 三层推理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 来自16项研究的1000万单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9015 | 2025-10-07 |
Protocol for directly selecting cell type marker genes for single-cell clustering analyses by Festem
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103514
PMID:39700012
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方法论文 | 介绍使用Festem方法直接筛选细胞类型标记基因以促进单细胞RNA测序数据聚类分析的协议 | 通过期望最大化检验直接选择细胞类型标记基因,优化单细胞聚类分析流程 | NA | 开发单细胞RNA测序数据分析中细胞类型标记基因筛选和聚类分析的标准化流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 期望最大化算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9016 | 2025-10-07 |
Protocol for high-resolution 3D spatial transcriptomics using Open-ST
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103521
PMID:39708325
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研究论文 | 介绍使用Open-ST进行高效高分辨率2D/3D空间转录组学的实验方案 | 将Illumina流动池重新利用为空间条形码捕获区域,生成与组织学数据对齐的2D/3D分子图谱 | NA | 开发高分辨率空间转录组学方法 | 任何组织样本,包括临床样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间分子数据,组织学图像 | NA | Illumina | 空间转录组学 | Illumina流动池 | 重新利用的Illumina流动池作为空间条形码捕获区域 |
9017 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing reveals tumor microenvironment features associated with the response to neoadjuvant immunochemotherapy in oral squamous cell carcinoma
2025-Mar-19, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04014-2
PMID:40105941
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新辅助免疫化疗对口腔鳞癌肿瘤微环境的影响 | 首次在口腔鳞癌中通过单细胞测序揭示新辅助免疫化疗响应的肿瘤微环境特征,发现CCL19+成纤维网状细胞亚群与治疗疗效的关联 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证 | 优化口腔鳞癌新辅助免疫化疗治疗策略 | 口腔鳞癌患者肿瘤组织、转移淋巴结和正常淋巴结样本 | 数字病理学 | 口腔鳞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例口腔鳞癌患者的活检、原发肿瘤、匹配转移淋巴结和正常淋巴结样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
9018 | 2025-10-07 |
Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2025-Mar-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185
PMID:39661488
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性 | 首次鉴定出缺氧诱导的衰老成纤维细胞亚群,并阐明其通过IGF1-AMPK信号通路促进肿瘤干细胞特性的机制 | 研究主要基于食管鳞状细胞癌模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明癌症相关成纤维细胞亚群在促进肿瘤干细胞特性和化疗耐药中的作用机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 食管鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
9019 | 2025-10-07 |
Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610
PMID:39666379
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研究论文 | 通过数学建模预测免疫检查点抑制剂与放疗联合治疗的最佳组合和给药时机 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示放疗过程中淋巴细胞分子相互作用的动态变化,并构建数学模型预测不同ICI在不同时间点的疗效 | 研究基于食管癌患者样本,机制尚未完全阐明,需要临床试验验证 | 确定放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳组合和给药时机 | 食管癌患者组织样本中的淋巴细胞 | 计算生物学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 数学建模 | 数学模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 食管癌患者组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
9020 | 2025-10-07 |
spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis
2025-Mar-03, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346
PMID:39636739
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研究论文 | 开发了一个名为spatialGE的用户友好型网络应用程序,用于简化空间转录组学数据分析 | 开发了首个无需编程专业知识即可进行空间转录组数据分析的交互式网络应用程序 | 未提及具体的技术限制或性能评估指标 | 降低空间转录组数据分析的技术门槛,使更广泛的研究人员能够利用该技术 | 空间转录组数据分析工具的开发与应用 | 空间转录组学 | 黑色素瘤转移,默克尔细胞癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 两个数据集:黑色素瘤转移队列和默克尔细胞癌样本队列 | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学 | 10x Visium, NanoString CosMx | 10x Visium样本和NanoString CosMx视野 |