单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9001	2024-09-08	Baseline Immune State and T-cell Clonal Kinetics are Associated with Durable Response to CAR-T Therapy in Large B-cell Lymphoma 2024-Sep-06, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024024381 PMID:39241199	研究论文	研究分析了50名接受CAR-T疗法的LBCL患者的外周血样本，通过单细胞RNA和TCR测序等技术，探讨了基线免疫状态和T细胞克隆动力学与CAR-T疗法持久反应之间的关系	首次整合单细胞RNA和TCR测序、流式细胞术和质谱流式细胞术，分析CAR-T疗法前后的免疫特征，并开发了一个基于基线B细胞比例和淋巴细胞与单核细胞比率的预测模型	研究样本量有限，且仅限于接受axi-cel治疗的LBCL患者	探讨基线免疫状态和T细胞克隆动力学与CAR-T疗法持久反应之间的关系，并开发预测模型	接受CAR-T疗法的LBCL患者的外周血样本	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序、TCR测序、流式细胞术、质谱流式细胞术	NA	血液样本	50名LBCL患者，扩展到99名ZUMA-1队列患者
9002	2024-09-08	Natural killer (NK) cells-related gene signature reveals the immune environment heterogeneity in hepatocellular carcinoma based on single cell analysis 2024-Sep-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01287-4 PMID:39231877	研究论文	本研究利用自然杀伤细胞（NK细胞）相关的基因预测模型，通过单细胞分析揭示了肝细胞癌（HCC）免疫环境的异质性	本研究首次建立了基于NK细胞相关基因的风险评分模型，并开发了用于精确预测HCC患者生存率的诺模图	本研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	本研究旨在通过单细胞分析揭示肝细胞癌的免疫环境异质性，并为精准治疗提供基因水平的依据	本研究主要研究对象为肝细胞癌患者，重点关注NK细胞及其相关基因在肿瘤免疫治疗中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	本研究使用了来自肝细胞癌患者的单细胞RNA测序和RNA测序数据
9003	2024-09-06	Publisher Correction: scParser: sparse representation learning for scalable single-cell RNA sequencing data analysis 2024-Sep-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03378-5 PMID:39232797	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
9004	2024-09-08	Integrated ultrasensitive metabolomics and single-cell transcriptomics identify crucial regulators of sheep oocyte maturation and early embryo development in vitro 2024-Sep-02, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.08.040 PMID:39233000	研究论文	本研究通过超灵敏代谢组学和单细胞转录组学分析，识别了影响绵羊卵母细胞体外成熟和早期胚胎发育的关键代谢物	本研究首次整合超灵敏代谢组学和单细胞转录组学，识别了体外培养系统中缺失的关键代谢物，并通过补充这些代谢物显著提高了胚胎发育率	本研究主要集中在体外培养系统，未涉及体内环境的影响	提高绵羊卵母细胞的体外发育能力	绵羊卵母细胞和早期胚胎	代谢组学	NA	超灵敏代谢组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物数据，转录组数据	微量样本
9005	2024-09-08	Lost in space: what single-cell RNA sequencing cannot tell you 2024-Sep, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2024.03.010 PMID:38570278	综述	本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物科学中的应用及其在空间信息方面的局限性	提出了利用空间信息来监督单细胞分析的可能性，以整合不同技术的优势	scRNA-seq在测序过程中会丢失细胞的位置信息，限制了其对复杂生物系统的全面描述	探讨如何通过整合空间信息来提升单细胞RNA测序的分析能力	单细胞RNA测序及其在空间信息恢复方面的局限性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
9006	2024-09-08	Cell Culture Differentiation and Proliferation Conditions Influence the In Vitro Regeneration of the Human Airway Epithelium 2024-Sep, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0356MA PMID:38843491	研究论文	研究评估了不同培养基对体外人呼吸道上皮细胞再生和分化的影响	首次系统评估了不同培养基对单细胞RNA测序和成像技术下细胞组成、基因表达谱、细胞信号传导和上皮形态的影响	研究主要集中在体外培养条件下，未涉及体内实验	评估不同培养基对体外人呼吸道上皮细胞再生和分化的影响	人呼吸道上皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种培养基（BEGM, PneumaCult, Half & Half, Clancy）下的细胞样本
9007	2024-09-08	High-resolution diffusion magnetic resonance imaging and spatial-transcriptomic in developing mouse brain 2024-Aug-15, NeuroImage IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.neuroimage.2024.120734 PMID:39032791	研究论文	本研究使用高分辨率扩散磁共振成像（dMRI）和空间转录组学技术，探讨了发育中小鼠大脑的组织微观结构变化	首次提供了高分辨率的dMRI数据，包括DTI、DKI和NODDI模型，用于追踪小鼠大脑在出生后发育过程中白质和灰质的微观结构变化	NA	探讨发育中小鼠大脑的组织微观结构变化及其与基因表达的关系	小鼠大脑在出生后发育过程中的白质和灰质	数字病理学	NA	扩散磁共振成像（dMRI）	扩散张量成像（DTI）、扩散峰度成像（DKI）和神经突方向弥散与密度成像（NODDI）	图像	NA
9008	2024-09-08	Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101021 PMID:39233691	研究论文	本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型，用于在空间转录组学中填补缺失特征，并估计填补的可靠性	引入了空间自相关度量作为正则化，以避免高估空间模式，并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性	未提及	开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法	空间转录组学中的缺失特征	生物信息学	NA	空间转录组学	TransImpute	转录组数据	多个平台的数据集
9009	2024-09-08	CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning 2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2024.101022 PMID:39233694	研究论文	本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法，用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系	CellContrast采用对比学习框架，通过空间转录组学数据训练，将基因表达投影到隐藏空间，使得相近的细胞具有相似的表示值	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题，通过重建空间关系来增强数据分析能力	单细胞RNA测序数据中的空间关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习	基因表达数据	涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据，包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE
9010	2024-09-08	Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia 2024-Aug, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-024-05841-6 PMID:38879648	研究论文	研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义	首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并建立了预后风险模型，为患者分层和个性化治疗提供了新思路	研究主要基于公共数据集和临床样本，缺乏大规模的独立验证数据	探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能，并评估其临床预后和治疗意义	急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能	数字病理学	血液肿瘤	PCR, 单细胞测序	LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram	基因表达数据	包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本
9011	2024-09-08	Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10246-2 PMID:38064127	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用	本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制	本文主要为综述性质，未涉及具体实验数据和结果	探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制	肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
9012	2024-09-08	Mapping the single cell spatial immune landscapes of the melanoma microenvironment 2024-Aug, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-023-10252-4 PMID:38217840	研究论文	研究使用空间成像技术分析黑色素瘤微环境中的单细胞免疫景观	利用CyTOF-IMC等高维空间成像技术，以前所未有的分辨率识别复杂的细胞亚群和免疫细胞相互作用	NA	理解黑色素瘤微环境中基质、黑色素瘤细胞和免疫细胞类型之间的复杂相互作用及其与治疗反应的关联	黑色素瘤微环境中的单细胞空间免疫景观	数字病理学	黑色素瘤	CyTOF-IMC（飞行时间成像质谱流式细胞术）	NA	图像	NA
9013	2024-09-08	Plasmodium infection induces phenotypic, clonal, and spatial diversity among differentiating CD4+ T cells 2024-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114317 PMID:38848213	研究论文	研究了疟原虫感染诱导的CD4+ T细胞在分化过程中的表型、克隆性和空间多样性	首次观察到脾脏多克隆CD4 T细胞分化为Th1和Tfh样状态，并展示了TCR克隆频率与Th1分化之间的关系	研究主要集中在脾脏CD4 T细胞的分化和空间分布，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨疟原虫感染下CD4+ T细胞的分化、克隆性和空间分布及其与免疫反应的关系	CD4+ T细胞的分化状态、克隆性和空间分布	免疫学	疟疾	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
9014	2024-09-08	Interferon-γ induces combined pyroptotic angiopathy and APOL1 expression in human kidney disease 2024-Jun-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114310 PMID:38838223	研究论文	研究探讨了干扰素-γ在人类肾脏疾病中的作用，特别是其诱导的焦亡性血管病变和APOL1表达	首次揭示了干扰素-γ信号通路在诱导焦亡性血管病变和APOL1表达中的双重作用，并提出了针对这一机制的治疗策略	研究主要基于体外实验和患者样本，缺乏体内实验验证	探讨干扰素-γ在肾脏疾病中的直接作用及其机制	人类肾脏类器官、原代内皮细胞和患者样本	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序、免疫印迹、定量荧光分析	NA	RNA	涉及COVID-19、蛋白尿性肾脏疾病和塌陷性肾小球病的患者样本
9015	2024-09-08	Unveiling the hidden role of disulfidptosis in kidney renal clear cell carcinoma: a prognostic signature for personalized treatment 2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-023-01933-2 PMID:38296888	研究论文	本研究探讨了硫化物凋亡相关生物标志物在肾透明细胞癌中的预后预测和个体化治疗中的作用	首次揭示了硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的潜在作用，并构建了一个基于硫化物凋亡相关预后特征的模型	研究主要基于发现队列和外部验证队列，需要进一步的多中心验证	探索硫化物凋亡在肾透明细胞癌中的作用，并开发一个预后预测模型以指导个体化治疗	肾透明细胞癌患者及其预后和治疗反应	数字病理学	肾癌	单细胞转录组学、空间转录组学、定量RT-qPCR、免疫组化	机器学习模型	基因表达数据	发现队列和外部验证队列的肾透明细胞癌患者
9016	2024-09-08	A novel mitochondrial unfolded protein response-related risk signature to predict prognosis, immunotherapy and sorafenib sensitivity in hepatocellular carcinoma 2024-Jun, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-01945-6 PMID:38493408	研究论文	本文构建了一种基于线粒体未折叠蛋白反应（UPR）相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性	首次基于UPR相关基因构建了HCC的预后风险特征，并研究了其对免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应的影响	NA	建立一种新的基于UPR相关基因的风险特征，用于预测HCC患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应	肝细胞癌（HCC）患者的预后、免疫细胞浸润、免疫治疗反应和索拉非尼敏感性	数字病理学	肝癌	LASSO回归分析、TIMER算法、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序、空间转录组分析	风险模型	转录组数据	TCGA和ICGC数据库中的转录组数据和临床信息
9017	2024-09-08	Universal recording of immune cell interactions in vivo 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07134-4 PMID:38448581	研究论文	本文介绍了一种名为uLIPSTIC的新技术，用于在体内记录免疫细胞间的物理相互作用	开发了一种通用的LIPSTIC版本（uLIPSTIC），能够记录免疫细胞与非免疫细胞之间的物理相互作用，不受受体和配体类型的限制	NA	研究免疫细胞在体内的瞬时物理相互作用	免疫细胞与非免疫细胞的相互作用	免疫学	NA	LIPSTIC	NA	单细胞转录组学	NA
9018	2024-09-08	Cardiac reprogramming reduces inflammatory macrophages and improves cardiac function in chronic myocardial infarction 2024-01-01, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149272 PMID:37992523	研究论文	本文研究了心脏重编程对慢性心肌梗死后炎症巨噬细胞和心脏功能的影响	首次展示了心脏重编程可以减少心肌梗死后的炎症巨噬细胞，并改善心脏功能	尚未明确心脏重编程通过MGTH过表达影响炎症细胞的具体机制	探讨心脏重编程在慢性心肌梗死后减少炎症和改善心脏功能的作用	慢性心肌梗死后的心脏纤维母细胞和炎症细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
9019	2024-09-08	Research progress and application strategies of sugar transport mechanisms in rice 2024, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2024.1454615 PMID:39233915	综述	本文综述了水稻中糖运输机制的遗传和分子基础及其调控	本文强调了质外体途径在水稻韧皮部装载中的主导作用，并总结了糖运输基因的调控途径	本文指出当前研究方法的不足，并讨论了先进的分析技术如质谱成像和单细胞RNA测序的潜在应用	本文旨在深入理解水稻中糖运输过程及其调控机制，为高产水稻育种提供指导	本文主要研究水稻中的糖运输机制及其相关蛋白质和基因	NA	NA	质谱成像和单细胞RNA测序	NA	NA	NA
9020	2024-09-08	Comprehensive analysis of hypoxia-related genes in diagnosis and immune infiltration in acute myocardial infarction: based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1448705 PMID:39234566	研究论文	本文通过批量和单细胞RNA测序数据，全面分析了缺氧相关基因在急性心肌梗死诊断和免疫浸润中的作用	开发了一个基于缺氧相关基因的急性心肌梗死预测模型，并验证了其与免疫细胞浸润的强关联	NA	研究缺氧相关基因在急性心肌梗死中的作用及其与免疫细胞浸润的关系	急性心肌梗死患者及其缺氧相关基因	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	随机森林模型	RNA	训练数据集GSE66360，验证数据集GSE48060，单细胞RNA数据集GSE163956