单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
9001	2024-09-17	scBubbletree: computational approach for visualization of single cell RNA-seq data 2024-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05927-y PMID:39271980	研究论文	本文介绍了一种名为scBubbletree的新方法，用于可视化单细胞RNA测序数据	scBubbletree方法通过将细胞聚类可视化为树状图上的气泡，解决了现有方法在可视化高维数据时的过绘制、缺乏定量信息和扭曲全局及局部生物模式的问题	NA	开发一种新的可视化方法，以更好地量化和展示单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq数据	包括一个超过120万细胞的大规模数据集
9002	2024-09-17	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	研究评估了接触除虫菊酯如何通过小胶质细胞激活引发与海湾战争疾病相关的抑郁样行为	首次揭示了除虫菊酯暴露通过小胶质细胞激活引发抑郁样行为的机制，并使用单细胞RNA测序分析了相关转录网络	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	评估除虫菊酯暴露对神经炎症应激反应的影响，并探讨其与海湾战争疾病相关抑郁样行为的关系	小鼠模型中的小胶质细胞激活和抑郁样行为	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	21,566个单核细胞
9003	2024-09-17	Single-cell, single-nucleus and xenium-based spatial transcriptomics analyses reveal inflammatory activation and altered cell interactions in the hippocampus in mice with temporal lobe epilepsy 2024-Sep-13, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00636-3 PMID:39272194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单核RNA测序和基于Xenium的空间转录组学分析，揭示了颞叶癫痫小鼠海马体中炎症激活和细胞相互作用的改变	首次建立了颞叶癫痫小鼠海马体的高分辨率单细胞转录组图谱，揭示了潜在的内在机制驱动炎症激活和细胞相互作用的改变	NA	探讨颞叶癫痫相关海马硬化发展的潜在机制	颞叶癫痫小鼠海马体中的胶质细胞和神经元	数字病理学	癫痫	单细胞RNA测序、单核RNA测序、Xenium空间转录组学分析	NA	转录组数据	31,390个胶质细胞和48,221个神经元核
9004	2024-09-17	CYR61/CCN1: A Novel Mediator of Redox Response in Corneal Stromal Cells of Keratoconus 2024-Sep-12, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110093 PMID:39277098	研究论文	研究探讨了CYR61/CCN1在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的作用	首次揭示了CYR61在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的关键作用	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床数据支持	阐明氧化应激在圆锥角膜病理生理中的分子机制	圆锥角膜基质细胞	NA	圆锥角膜	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	圆锥角膜组和对照组的基质细胞
9005	2024-09-17	Single-Cell RNA Sequencing Revealing that MMP12+ Macrophages are Associated with Cancer Liver Metastasis 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337385240827061539 PMID:39279118	研究论文	研究探讨了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的作用	首次揭示了MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的关键作用及其相关信号通路	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证	探讨MMP12+巨噬细胞在结直肠癌肝转移中的功能	MMP12+巨噬细胞及其在结直肠癌肝转移中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	结直肠癌及其肝转移组织的单细胞RNA测序数据
9006	2024-09-17	Analysis of the Mechanism Underlying Radiotherapy Resistance Caused by Oligodendroglia Cells in Glioblastoma by Applying the Single-cell RNA Sequencing Technology 2024-Sep-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673337314240911053946 PMID:39279122	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胶质母细胞瘤中少突胶质细胞导致放疗抵抗的分子机制	首次识别出两个少突胶质细胞亚群（ODC3和ODC4）作为胶质母细胞瘤放疗抵抗的群体，并揭示了它们通过不同的分子机制发展放疗抵抗	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探索胶质母细胞瘤放疗抵抗的分子机制并识别关键影响因素	胶质母细胞瘤中的少突胶质细胞及其放疗抵抗机制	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载的胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据
9007	2024-09-17	Approximating mutual information of high-dimensional variables using learned representations 2024-Sep-03, ArXiv PMID:39279839	研究论文	本文提出了一种名为潜在互信息（LMI）近似的方法，用于在高维数据中近似互信息	LMI方法利用高维数据中的低维结构，通过非参数互信息估计器和简单理论模型架构学习到的低维表示来近似高维变量间的互信息	NA	探索在高维数据中利用低维结构近似互信息的方法	高维变量间的互信息	机器学习	NA	非参数互信息估计器	理论模型架构	高维数据	NA
9008	2024-09-17	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文介绍了一种名为FateNet的计算方法，结合动力系统理论和深度学习，用于预测细胞命运	FateNet通过整合动力系统理论和深度学习，提高了细胞命运决策点的预测精度，并提供了对生物系统新状态的定性见解	NA	理解细胞决策过程及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	细胞命运决策和细胞状态动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	使用不同的scRNA-seq数据进行验证
9009	2024-09-17	Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02325-3 PMID:38965443	研究论文	本文系统比较了11种基于测序的空间转录组学方法	首次全面基准测试不同的空间转录组学平台，并强调了分子扩散作为不同方法和组织中的变量参数	现有技术之间的变异性和数据集的多样性使得制定标准化的评估指标具有挑战性	帮助生物学家选择空间转录组学平台，并促进评估标准的共识	11种空间转录组学方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多个参考组织和区域
9010	2024-09-17	Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70085 PMID:39267259	研究论文	本研究通过整合34个数据集，识别出10,000个与急性髓系白血病（AML）相关的基因，并利用机器学习技术发现191个AML特征，同时开发了一个用户友好的数据库平台CSAMLdb，以促进研究结果的复用和个性化分析	本研究通过整合多源数据集和使用机器学习技术，成功识别出AML相关的基因和特征，并开发了一个用户友好的数据库平台，以增强研究的复现性和可定制性	NA	解决急性髓系白血病（AML）转录组研究中的异质性问题，并发现新的治疗策略	急性髓系白血病（AML）及其亚型	机器学习	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	XGBoost	转录组数据	34个数据集，包括26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集
9011	2024-09-17	Single-Cell RNA-Sequencing: Opening New Horizons for Breast Cancer Research 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179482 PMID:39273429	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对理解乳腺癌生物学和个性化治疗策略的潜在影响	单细胞RNA测序技术为乳腺癌研究提供了前所未有的细胞异质性和复杂性洞察	NA	探讨单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对个性化治疗策略的潜在影响	乳腺癌细胞及其微环境中的细胞类型和状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
9012	2024-09-17	Deciphering Dormant Cells of Lung Adenocarcinoma: Prognostic Insights from O-glycosylation-Related Tumor Dormancy Genes Using Machine Learning 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179502 PMID:39273449	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了肺腺癌中休眠细胞与O-糖基化相关基因的关系，并开发了一个预测肺腺癌预后的风险评分模型	首次揭示了O-糖基化在肺腺癌休眠细胞中的关键作用，并开发了一个基于机器学习的高精度预后预测模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的验证	揭示肺腺癌中休眠细胞的分子机制，并开发一个预测肺腺癌预后的模型	肺腺癌中的休眠细胞及其与O-糖基化相关基因的关系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	来自肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据
9013	2024-09-17	Potential molecular metabolic mechanisms underlying the effects of cimifugin in gastric cancer through single-cell and bulk RNA sequencing combined with network pharmacology 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-413 PMID:39279957	研究论文	研究了传统中药刺五加素在胃癌中的潜在分子代谢机制，通过单细胞和批量RNA测序结合网络药理学的方法	首次通过单细胞RNA测序和网络药理学方法，揭示了刺五加素在胃癌微环境和代谢途径中的潜在作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨刺五加素在胃癌中的分子机制，为胃癌治疗提供新的策略	胃癌细胞、胃癌微环境细胞类型及其代谢途径	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA	使用了GSE134520数据库中的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库中的胃腺癌数据集
9014	2024-09-17	Proteome-wide Mendelian randomization and single-cell sequencing analysis identify the association between plasma proteins and gastric cancer 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-200 PMID:39279974	研究论文	本研究通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析和单细胞测序分析，识别了与胃癌相关的血浆蛋白质	首次通过孟德尔随机化分析和单细胞测序技术，系统地识别了与胃癌因果相关的血浆蛋白质	研究仅基于现有数据进行分析，未进行实验验证	识别与胃癌因果相关的血浆蛋白质，探索新的遗传靶点	胃癌及其相关血浆蛋白质	数字病理学	胃癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序	NA	蛋白质数据、基因表达数据	4907个血浆蛋白质样本、基因表达数据库中的单细胞测序数据
9015	2024-09-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Effects of Ionizing Radiation on Bone Marrow Mononuclear Cells in Mice 2024-Aug-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179287 PMID:39273235	研究论文	研究通过单细胞转录组测序揭示电离辐射对小鼠骨髓单核细胞的早期影响	首次通过单细胞转录组测序技术研究电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的早期响应基因，揭示了放射敏感性和放射抗性细胞之间的基因表达差异	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的放射敏感性和抗性的分子机制	小鼠骨髓中的单核细胞，包括粒细胞-巨噬细胞祖细胞、造血干细胞/祖细胞、B细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞、T细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	多种骨髓造血细胞群体
9016	2024-09-17	Integrating Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data to Identify Prognostic Features Related to Activated Dendritic Cells in Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma 2024-Aug-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179235 PMID:39273185	研究论文	本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，识别了与激活树突状细胞相关的预后特征，用于透明细胞肾细胞癌	首次从免疫激活的角度研究树突状细胞与透明细胞肾细胞癌的关系，并构建了一个包含五个基因的预后模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认模型的临床应用价值	研究激活树突状细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并构建预后模型	透明细胞肾细胞癌患者的预后特征和免疫治疗效果	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个验证集（GSE167573, ICGC, E-MTAB-1980）和组织样本
9017	2024-09-17	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征	首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变	研究样本量较小，仅为青少年患者	探究青少年硬皮病的发病机制	青少年硬皮病患者的皮肤病变	数字病理学	硬皮病	空间转录组学	NA	转录组数据	青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片
9018	2024-09-17	Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03756-9 PMID:39093440	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性	首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略	NA	识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效	脊索瘤样本和CAR-T细胞	NA	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA	14个脊索瘤样本
9019	2024-09-17	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径	首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响	研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素	揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制	胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官
9020	2024-09-17	Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404151 PMID:38785168	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活	样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体	揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制	足细胞和免疫细胞在PMN中的作用	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本