单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27747 篇文献，本页显示第 8981 - 9000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8981 | 2024-09-14 |
Cardiac Pericytes Acquire a Fibrogenic Phenotype and Contribute to Vascular Maturation After Myocardial Infarction
2023-09-12, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究心肌梗死后心脏周细胞获得纤维化表型并参与血管成熟的过程 | 首次揭示了心肌梗死后周细胞在纤维化修复中的作用及其表型变化 | 周细胞特异性TGF-β受体2敲除对心肌纤维化重塑的影响不显著 | 探讨心肌梗死后周细胞的命运及其在心肌疾病中的作用 | 心脏周细胞及其在心肌梗死后的表型变化 | NA | 心血管疾病 | 聚合酶链反应阵列、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用NG2Dsred;PDGFRαEGFP周细胞:成纤维细胞双报告小鼠和可诱导的NG2CreER小鼠进行研究 |
| 8982 | 2024-09-14 |
Prenatal low-dose methylmercury exposure causes premature neuronal differentiation and autism-like behaviors in a rodent model
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106093
PMID:36843845
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研究论文 | 研究探讨了孕期低剂量甲基汞暴露对小鼠神经发育和自闭症样行为的影响 | 首次揭示了孕期甲基汞暴露导致皮质放射状胶质前体细胞（RGPs）直接分化为皮质神经元，跳过中间祖细胞阶段，并发现二甲双胍可通过CREB/CBP相互作用逆转这一过程 | 研究仅在动物模型中进行，结果需在人类中进一步验证 | 探讨孕期甲基汞暴露对自闭症谱系障碍（ASD）发病的影响及其潜在机制 | 孕期暴露于甲基汞的小鼠及其神经发育和行为 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠和胚胎小鼠皮质样本 |
| 8983 | 2024-09-14 |
Single-cell and bulk RNA sequencing identifies T cell marker genes score to predict the prognosis of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023-03-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-30972-7
PMID:36878969
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探索了T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者总生存期和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的生物标志物TMGS，用于预测PDAC患者的预后和治疗反应 | 本研究仅基于特定数据集进行分析，TMGS的泛化能力和在其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索T细胞标记基因评分（TMGS）在预测胰腺导管腺癌（PDAC）患者预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应中的预测能力 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者的预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗反应 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | LASSO-Cox回归 | RNA测序数据 | 多组学数据 |
| 8984 | 2024-09-14 |
Return of the Tbx5; lineage-tracing reveals ventricular cardiomyocyte-like precursors in the injured adult mammalian heart
2023-Mar-03, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00280-9
PMID:36869039
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研究论文 | 本文通过发育方法和单细胞RNA测序技术，在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出一种表达Tbx5的心室心肌细胞样前体细胞群 | 首次在成年哺乳动物心脏损伤模型中鉴定出Tbx5表达的心室心肌细胞样前体细胞群，并发现其转录谱更接近于新生儿而非胚胎心肌细胞前体 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证 | 寻找能够进行心脏再生的细胞群，以解决心脏移植的局限性 | 成年哺乳动物心脏损伤后的心肌细胞再生能力 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型 |
| 8985 | 2024-09-14 |
Further refining the boundaries of the hippocampus CA2 with gene expression and connectivity: Potential subregions and heterogeneous cell types
2023-03, Hippocampus
IF:2.4Q3
DOI:10.1002/hipo.23508
PMID:36786207
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评论 | 本文回顾了海马体CA2区域的基因表达和连接性，并探讨了潜在的亚区域和异质细胞类型 | 利用DropViz单细胞转录组学和Mouse Connectome Project连接组学数据，提出了CA2区域细胞类型异质性和连接性的潜在差异 | NA | 探讨海马体CA2区域的基因表达和连接性，识别和表征潜在的亚区域 | 海马体CA2区域的基因表达和连接性 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8986 | 2024-09-14 |
Spatially informed clustering, integration, and deconvolution of spatial transcriptomics with GraphST
2023-03-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36796-3
PMID:36859400
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GraphST的图自监督对比学习方法，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | GraphST结合了图神经网络和自监督对比学习，通过最小化空间相邻点的嵌入距离来学习信息丰富且具有区分性的点表示，从而优于现有方法 | NA | 开发一种新的分析工具，用于空间转录组学的空间聚类、多样本整合和细胞类型反卷积 | 空间转录组学数据中的基因表达谱 | 生物信息学 | NA | 图神经网络，自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 多个组织类型和技术平台的数据 |
| 8987 | 2024-09-14 |
SGLT2 inhibitors mitigate kidney tubular metabolic and mTORC1 perturbations in youth-onset type 2 diabetes
2023-03-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI164486
PMID:36637914
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研究论文 | 研究探讨了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序和形态学数据分析了SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中的分子机制 | 研究样本量较小，且仅限于青年2型糖尿病患者 | 探讨SGLT2抑制剂在青年2型糖尿病患者中对肾脏代谢和mTORC1信号通路的调节作用 | 青年2型糖尿病患者的肾脏组织 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 16名青年2型糖尿病患者和健康对照组 |
| 8988 | 2024-09-14 |
De-novo reconstruction and identification of transcriptional gene regulatory network modules differentiating single-cell clusters
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad018
PMID:36879901
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DiNiro的新方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建和识别区分单细胞簇的转录基因调控网络模块 | DiNiro方法能够揭示新的、相关的和深入的机制模型，不仅预测而且解释差异性细胞基因表达程序 | NA | 开发一种新的计算方法，从单细胞RNA测序数据中直接学习差异性调控疾病机制 | 单细胞RNA测序数据中的转录基因调控网络模块 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8989 | 2024-09-14 |
Inferring neuron-neuron communications from single-cell transcriptomics through NeuronChat
2023-02-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36800-w
PMID:36854676
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研究论文 | 开发了一种名为NeuronChat的方法和软件包，用于从单细胞转录组数据中推断、可视化和分析神经元特异性通信网络 | 引入了NeuronChat，一种基于单细胞表达数据推断神经元间通信网络的新方法，并结合了人工整理的神经信号分子相互作用数据库 | NA | 开发和验证一种新方法，用于从单细胞转录组数据中推断神经元间的通信网络 | 神经元间的通信网络及其在不同生物背景下的变化 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及多个已发表的数据集和三种不同的神经组织数据集 |
| 8990 | 2024-09-14 |
Single-cell gene regulatory network prediction by explainable AI
2023-02-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac1212
PMID:36629274
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研究论文 | 本文提出了一种可解释的深度学习方法scGeneRAI，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络 | 本文提出的方法能够从单细胞层面重建基因调控网络，而现有最先进的方法只能预测细胞群体的平均网络 | NA | 通过单细胞基因调控网络的预测，揭示肿瘤细胞和正常上皮细胞的特征网络模式，并识别特定患者肿瘤细胞中的子网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因数据 | 一组人类肺癌的单细胞RNA测序数据 |
| 8991 | 2024-09-14 |
Pitfalls and opportunities for applying latent variables in single-cell eQTL analyses
2023-02-23, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02873-5
PMID:36823676
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞eQTL分析中应用潜在变量的陷阱和机遇 | 本文首次系统评估了PEER和PCA在单细胞eQTL分析中的表现，并提出了改进方法以提高eGenes的发现能力 | 本文主要集中在PEER和PCA方法的评估，未涵盖其他潜在变量方法 | 评估和改进在单细胞eQTL分析中使用潜在变量的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的潜在变量应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA-seq | PCA, PEER | 基因表达数据 | 不同细胞类型的单细胞RNA-seq数据 |
| 8992 | 2024-09-14 |
ASGARD is A Single-cell Guided Pipeline to Aid Repurposing of Drugs
2023-02-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36637-3
PMID:36813801
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研究论文 | 提出了一种名为ASGARD的单细胞引导药物再利用管道，通过定义药物评分来推荐药物，考虑所有细胞簇以解决每个患者内的细胞间异质性 | ASGARD在单药治疗方面显示出比基于大量细胞的药物再利用方法更好的平均准确性，并且在细胞簇级别的预测方法中也表现出色 | NA | 开发一种用于精准医学的单细胞引导药物再利用推荐工具 | 单细胞RNA测序数据和药物再利用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | Triple-Negative-Breast-Cancer患者样本 |
| 8993 | 2024-09-14 |
Single-cell biological network inference using a heterogeneous graph transformer
2023-02-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36559-0
PMID:36810839
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研究论文 | 本文介绍了一种用于从单细胞多组学数据中推断生物网络的深度学习方法DeepMAPS | DeepMAPS通过使用异构图和多头图变换器，在局部和全局上下文中学习细胞和基因之间的关系，从而有效地推断不同细胞类型中的活性生物网络及其对外部刺激的响应 | NA | 开发一种能够从单细胞多组学数据中有效推断生物网络的工具 | 单细胞多组学数据中的生物网络 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学 | 多头图变换器 | 单细胞多组学数据 | 包括肺肿瘤白细胞CITE-seq数据和匹配的弥漫性小淋巴细胞淋巴瘤scRNA-seq和scATAC-seq数据 |
| 8994 | 2024-09-14 |
Cell-type deconvolution of bulk RNA-Seq from kidney using opensource bioinformatic tools
2023-Feb-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.13.528258
PMID:36824792
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研究论文 | 本文介绍了一种利用开源生物信息学工具从肾脏组织中进行bulk RNA-Seq细胞类型反卷积的方法 | 提出了一种用户友好的开源方法，利用已发表的单细胞RNA-Seq数据作为参考，评估bulk RNA-Seq数据中异质组织的细胞类型组成 | 该方法依赖于已有的单细胞RNA-Seq数据作为参考，可能不适用于所有类型的组织或样本 | 旨在解决传统bulk RNA-Seq无法评估异质组织中细胞类型组成的问题，以区分生物差异和技术差异 | 研究对象为雌性和雄性狒狒的肾脏皮质bulk RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | NA | RNA-Seq数据 | 雌性狒狒样本8个，雄性狒狒样本9个 |
| 8995 | 2024-09-14 |
Modeling Blast Crisis Using Mutagenized Chronic Myeloid Leukemia-Derived Induced Pluripotent Stem Cells (iPSCs)
2023-02-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12040598
PMID:36831265
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研究论文 | 本文通过使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，特别是爆炸危机（BC-CML），以识别新的治疗靶点 | 首次使用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟慢性髓性白血病（CML）的进展，并识别出CD25作为CML进展的标志物 | 研究仅限于体外实验，尚未在临床上验证 | 模拟CML的进展并识别新的治疗靶点 | 慢性髓性白血病（CML）的诱导多能干细胞（iPSCs） | 细胞生物学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三组CML来源的iPSC细胞系，分别进行60天的ENU处理，并在造血分化第12天进行分析 |
| 8996 | 2024-09-14 |
Inducible disruption of Tet genes results in myeloid malignancy, readthrough transcription, and a heterochromatin-to-euchromatin switch
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2214824120
PMID:37406303
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研究论文 | 本文研究了在小鼠基因组中诱导性删除所有三个TET基因对骨髓恶性肿瘤、转录通读和异染色质到常染色质转换的影响 | 本文首次揭示了TET酶在DNA去甲基化之外的作用，包括增加转录通读和改变三维基因组组织 | 本文主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究TET酶缺乏对体内基因表达和基因组组织的影响 | 小鼠基因组中的TET基因和骨髓细胞 | NA | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个骨髓细胞样本 |
| 8997 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of the Mouse Testicular Germ Cells Reveals Important Role of Phosphorylated GRTH/DDX25 in Round Spermatid Differentiation and Acrosome Biogenesis during Spermiogenesis
2023-Feb-04, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043127
PMID:36834539
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测序分析小鼠睾丸生殖细胞，揭示了磷酸化GRTH/DDX25在圆形精子细胞分化和顶体生物发生中的重要作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞，揭示了磷酸化GRTH在精子细胞分化和顶体形成中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种 | 探讨GRTH在不同精子发生阶段对生殖细胞发育的影响 | 小鼠睾丸生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 野生型、敲除和敲入小鼠的睾丸细胞 |
| 8998 | 2024-09-14 |
Combined Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Metabolic Evolvement of Breast Cancer during Early Dissemination
2023-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202205395
PMID:36594618
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌早期扩散过程中代谢变化的动态过程 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了乳腺癌细胞在早期扩散过程中从糖酵解向氧化磷酸化的转变 | 研究样本量较小，仅包括四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 | 揭示乳腺癌早期扩散过程中的代谢变化 | 乳腺癌细胞及其在早期扩散过程中的代谢变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 65,968个细胞，来自四名乳腺癌患者及其配对的转移性腋窝淋巴结 |
| 8999 | 2024-09-14 |
TCR-engineered adoptive cell therapy effectively treats intracranial murine glioblastoma
2023-02, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-006121
PMID:36808076
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研究论文 | 本文研究了TCR工程化的细胞疗法在治疗小鼠脑胶质母细胞瘤中的有效性 | 首次在临床前胶质瘤模型中生成了针对内源性新抗原的TCR转基因小鼠，并展示了新抗原特异性T细胞的转移治疗潜力 | MISTIC T细胞疗法在具有异质性mImp3表达的肿瘤小鼠中失效，展示了靶向治疗在多克隆人类肿瘤中的障碍 | 研究TCR工程化细胞疗法在治疗脑胶质母细胞瘤中的潜力 | 小鼠脑胶质母细胞瘤模型GL261 | 数字病理学 | 脑胶质母细胞瘤 | 单细胞PCR、流式细胞术、单细胞RNA测序、全外显子和RNA测序 | TCR转基因小鼠 | 基因组数据 | 多个GL261-bearing小鼠样本 |
| 9000 | 2024-09-14 |
Human ureteric bud organoids recapitulate branching morphogenesis and differentiate into functional collecting duct cell types
2023-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01429-5
PMID:36038632
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研究论文 | 本文描述了从人类多能干细胞（hPSCs）高效、无血清分化为输尿管芽（UB）类器官和功能性集合管细胞的方法 | 本文首次展示了从hPSCs高效分化为UB类器官和功能性集合管细胞，并展示了其在三维基质中形成分支形态发生的能力 | NA | 研究旨在开发一种高效的方法，将人类多能干细胞分化为功能性输尿管和集合管上皮细胞，以促进肾脏再生医学 | 人类多能干细胞（hPSCs）及其分化产物输尿管芽（UB）类器官和集合管细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |