单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-07-18	Development of a Starvation Response-Based Model and Its Application in Prognostic Assessment of Liver Hepatocellular Carcinoma 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/8828435 PMID:40662145	研究论文	基于饥饿反应相关基因构建风险模型，用于肝细胞癌的预后评估	首次构建基于饥饿反应相关基因的风险模型，用于肝细胞癌的预后预测	研究依赖于公共数据库的数据，未进行独立队列验证	开发肝细胞癌预后评估模型	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, MCP-Counter, ESTIMATE, TIMER	RiskScore模型	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的肝细胞癌样本
882	2025-07-18	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示了肝癌微小残留病中可靶向的巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	发现了PD-L1+M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的空间相互作用及其通过TGFβ1介导的肿瘤细胞持续存在机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化仍需进一步验证	探索肝癌微小残留病中肿瘤细胞持续存在的机制并寻找潜在治疗靶点	肝癌微小残留病中的肿瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞高维度细胞成像、空间转录组学	转基因小鼠模型、同源原位模型	图像、转录组数据	108名患者，107万个细胞，两种小鼠模型
883	2025-07-18	Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741 PMID:38395378	研究论文	本研究通过单细胞测序和自体类器官技术，识别并验证了胰腺导管腺癌(PDAC)患者中肿瘤反应性T细胞受体(TCRs)，为个性化TCR-T细胞疗法提供了新策略	结合超深度单细胞测序和类器官技术，以抗原/HLA无关的方式快速鉴定肿瘤反应性TCRs	研究仅纳入两名代表性PDAC患者，样本量较小	开发个性化TCR-T细胞疗法的新方法	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的T细胞受体(TCRs)	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌(PDAC)	单细胞TCR/RNA测序，自体类器官培养	NA	单细胞测序数据	两名PDAC患者，超过82,000个细胞
884	2025-07-18	Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799 PMID:38479553	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统比较了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境（TIME）的异同	首次系统性评估了HCC和ICC的TIME差异，并发现HCC中的T细胞表现出更高的免疫抑制和耗竭水平，以及HCC中特异富集的EGR1巨噬细胞簇	研究样本量相对有限（41个单细胞RNA-seq样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质或功能验证	比较HCC和ICC的肿瘤免疫微环境差异，为肝癌治疗靶点开发提供新见解	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	41个单细胞RNA-seq样本（来自HCC和ICC的四种不同组织类型）
885	2025-07-18	Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778 PMID:38458593	研究论文	本研究探讨了术前天门冬氨酸氨基转移酶与血小板比值指数（APRI）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后及肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化/免疫荧光技术，揭示了APRI水平与CRLM肿瘤微环境的关联	研究样本来自多中心，可能存在选择偏倚	寻找能够改善CRLM患者预后预测的生物标志物	1323名接受同步切除的CRLM患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光（mIHC/IF）	NA	血液样本, 肿瘤组织样本	1323名CRLM患者
886	2025-07-18	CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747 PMID:38403110	研究论文	本文揭示了CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20赋予乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性	首次发现CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20介导CDK4/6抑制剂耐药性，并设计了cRGD-miR-20海绵纳米颗粒增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床验证	探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂耐药的分子机制并开发新的治疗策略	ER阳性乳腺癌细胞和肿瘤异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
887	2025-07-18	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-03, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究比较了异基因造血干细胞移植(ASCT)患者与健康个体在接种SARS-CoV-2疫苗后的CD8+ T细胞反应	首次在ASCT患者中进行了纵向多模态分析，包括T细胞功能性和单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，并与健康接种者公开数据集进行比较	样本量相对较小，仅40%患者达到保护性抗体滴度	评估ASCT患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	异基因造血干细胞移植患者和健康个体	免疫学	传染病	单细胞RNA测序, TCR/BCR分析	NA	转录组数据, 免疫组库数据	ASCT患者队列(具体数量未明确提及), 与公开健康接种者数据集对比
888	2025-07-18	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-02-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和功能分析，揭示了CCDC66基因突变与高度近视的关联及其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因的无义突变(c.C172T, p.Q58X)与高度近视表型共分离，并揭示了该基因通过影响视网膜细胞有丝分裂导致高度近视的分子机制	样本量相对有限(1个家族病例和200例散发病例)，且功能研究主要在体外细胞系中进行	探索高度近视的致病基因及其分子机制	高度近视患者家族和散发病例，以及人类和小鼠的视网膜发育过程	遗传学	高度近视	外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，免疫荧光染色，免疫印迹	NA	基因组数据，转录组数据，细胞图像数据	1个高度近视家族和200例散发性高度近视患者
889	2025-07-18	Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01093-1 PMID:34782740	research paper	该研究开发了一种名为CELLO-seq的新方法，用于在单细胞水平上测量转座子元件（TEs）的位点特异性表达	结合长读长单细胞RNA测序与计算分析，解决了年轻TEs因高度重复性难以定位的问题	模拟显示，小鼠中极少数非常年轻的元件仍无法高置信度地映射回参考基因组	研究转座子元件在单细胞中的位点特异性表达及其调控机制	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞	基因组学	NA	CELLO-seq（单细胞长读长RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠二细胞期卵裂球和人类诱导多能干细胞
890	2025-07-17	CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976 PMID:40466617	研究论文	本文探讨了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白（OPN）在快速肺纤维化（RPF）中的作用	揭示了CD163+巨噬细胞通过OPN分泌促进RPF的新机制，并提出了CD163+巨噬细胞-OPN轴作为潜在治疗靶点	研究主要基于COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型，结果在其他类型的RPF中是否适用尚需验证	阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化中的促纤维化作用及其机制	COVID-19相关的RPF患者和小鼠模型	病理学	肺纤维化	scRNA-seq, snRNA-seq	小鼠模型	RNA测序数据	COVID-19相关RPF患者和小鼠模型
891	2025-07-17	Treatment with senolytic drugs ameliorates steroid-induced osteonecrosis of the femoral head by inhibiting osteoclastogenesis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114963 PMID:40480005	研究论文	本文研究了通过清除衰老细胞来改善类固醇诱导的股骨头坏死（ONFH）的治疗方法	首次揭示了巨噬细胞中的细胞衰老促进破骨细胞过度活化和ONFH进展的机制，并验证了衰老清除药物（D + Q）的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索细胞衰老在ONFH中的作用及衰老清除药物的治疗效果	股骨头坏死（ONFH）小鼠模型和骨髓源性巨噬细胞（BMDMs）	骨科疾病研究	股骨头坏死	单细胞测序、TRAP染色、SA-β-gal染色	小鼠疾病模型	基因表达数据、细胞染色数据	未明确说明样本数量，但涉及ONFH患者数据和小鼠模型
892	2025-07-17	Machine learning algorithms integrate bulk and single-cell RNA data to reveal the crosstalk and heterogeneity of NOTCH and autophagy activity following idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115017 PMID:40494203	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序技术，探索了NOTCH和自噬在特发性肺纤维化(IPF)中的异质性和潜在相关性	首次在单细胞水平揭示了NOTCH和自噬活性在IPF不同细胞类型中的异质性和相关性，并鉴定出共同调控这两个通路的关键基因	研究主要基于转录组数据，虽然进行了蛋白质水平验证，但功能实验仍需进一步深入	探索NOTCH和自噬通路在IPF发病机制中的相互作用	特发性肺纤维化(IPF)患者样本	机器学习	肺纤维化	scRNA-seq, BulkRNA-seq, Western blotting	XGBoost, Boruta, random forest, LASSO, GBM, SVM-RFE	RNA测序数据	未明确说明样本数量
893	2025-07-17	High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064 PMID:40513332	研究论文	本研究探讨了ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1状态和肿瘤免疫浸润的关系	首次将ELK3与IDH1野生型胶质瘤及M2巨噬细胞浸润联系起来，并开发了一个预后列线图	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证ELK3的具体作用机制	探究ELK3在胶质瘤预后中的作用及其与IDH1和免疫浸润的关系	胶质瘤患者样本和公共数据库数据	肿瘤生物学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化(IHC)、RT-qPCR、Western blotting	Cox比例风险回归模型、预后列线图	基因表达数据、临床数据	TCGA队列数据及验证队列
894	2025-07-17	ISLR knockdown enhances radiotherapy-induced anti-tumor immunity by disrupting the Treg-mregDC-lymphoid niche in triple-negative breast cancer 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114988 PMID:40517736	研究论文	本研究探讨了放疗如何通过调节ISLR表达影响三阴性乳腺癌的免疫治疗效果	揭示了ISLR通过调节MIF/CD74信号通路在免疫逃逸中的关键作用，并证明靶向ISLR可增强放疗和免疫治疗的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索ISLR在调节三阴性乳腺癌免疫微环境中的作用及其治疗潜力	三阴性乳腺癌细胞系(MDA-MB-231)和小鼠移植瘤模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学分析	小鼠异种移植模型	基因表达数据、细胞功能实验数据	体外细胞实验和体内小鼠模型(具体数量未明确说明)
895	2025-07-17	Macrophages Atp6v0d2 regulates XBP1-mediated cholesterol metabolism to suppress metabolic dysfunction-associated steatohepatitis progression 2025-Aug-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115088 PMID:40526981	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞特异性基因Atp6v0d2通过调控XBP1介导的胆固醇代谢在抑制代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展中的关键作用	首次发现Atp6v0d2通过XBP1调控内质网应激影响巨噬细胞表型转换和胆固醇外流，并阐明了其通过Trem2+巨噬细胞清除凋亡肝细胞的机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究	阐明Atp6v0d2在MASH发病机制中的功能意义并探索其作为治疗靶点的潜力	髓系来源巨噬细胞（MDMs）和MASH肝脏组织	肝脏病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	单细胞RNA测序、基因敲除小鼠模型	Atp6v0d2基因敲除小鼠模型（Atp6v0d2Δmye, Atp6v0d2-/-）	基因表达数据、病理学数据	两种饮食诱导肥胖（DIO）雄性小鼠模型（GAN和CDAHFD）
896	2025-07-17	Pediatric AML prognostication with an m6A-focused LASSO model 2025-Aug, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research IF:2.5Q3 DOI:10.1177/10815589251334964 PMID:40183482	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病(pAML)中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个LASSO风险回归模型来评估AML不同亚组的预后	发现了pAML中m6A相关基因的独特表达模式，并首次将LASSO风险回归模型应用于AML预后评估	研究基于公开数据库的测序数据，缺乏独立验证队列	探索m6A相关基因在儿童急性髓系白血病预后评估中的作用	儿童急性髓系白血病(pAML)患者	生物信息学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的pAML病例数据
897	2025-07-17	Integrative Proteomics and Genomics Identify Novel Biomarkers and Therapeutic Targets in Vitiligo via Mendelian Randomization 2025-Aug, Dermatology and therapy IF:3.5Q1 DOI:10.1007/s13555-025-01448-5 PMID:40536728	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学方法，结合孟德尔随机化分析，识别白癜风的新型生物标志物和治疗靶点	首次采用蛋白质组范围的孟德尔随机化(MR)结合转录组测序分析，鉴定与白癜风风险相关的候选蛋白质标记物和治疗靶点	样本主要来自欧洲人群(EBI数据库和UK Biobank)，可能限制结果在其他人群中的普适性	识别白癜风的生物标志物和潜在治疗靶点	白癜风患者(病例组)和健康对照人群	生物信息学	白癜风	孟德尔随机化(MR)、RNA-seq、单细胞RNA-seq、生物信息学分析、分子对接	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据	EBI数据库:60例白癜风患者和402,672例对照; UK Biobank:95例白癜风患者和337,064例对照
898	2025-07-17	Foxn3 is required to suppress aberrant ciliogenesis in nonphotoreceptor retinal neurons 2025-Jul-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2500871122 PMID:40663603	研究论文	本研究探讨了转录因子Foxn3在视网膜非感光神经元中抑制异常纤毛生成的作用	揭示了Foxn3作为关键转录抑制因子，通过直接结合并抑制纤毛基因及其转录激活因子的启动子，维持视网膜神经元纤毛结构的正确性	未明确Foxn3在人类视网膜疾病中的具体作用机制	探究Foxn3在视网膜神经元纤毛结构分化中的调控机制	视网膜非感光神经元（如双极细胞和无长突细胞）	分子生物学	视网膜疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、染色质分析、转录检测	Foxn3条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、电生理数据	Foxn3条件性敲除小鼠
899	2025-07-17	Rewriting the dendritic cell code in cancer-from subset identity to immunotherapeutic design 2025-Jul-16, FEBS letters IF:3.0Q3 DOI:10.1002/1873-3468.70108 PMID:40667699	综述	本文综述了树突状细胞（DCs）在抗肿瘤免疫中的核心作用，探讨了不同DC亚群的发育路径和功能特性，以及肿瘤微环境（TME）如何动态重编程这些细胞	整合了空间转录组学和单细胞研究的最新发现，揭示了关键的DC-T细胞生态位，并评估了当前和新兴的治疗策略	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综述	探讨树突状细胞在肿瘤免疫中的作用及其治疗潜力	树突状细胞亚群（如cDC1、cDC2、pDCs、DC3s、tDCs、moDCs和RORγt抗原呈递细胞）及其与肿瘤微环境的相互作用	肿瘤免疫学	癌症	空间转录组学、单细胞研究	NA	NA	NA
900	2025-07-17	Leptin Aggravates Thoracic Aortic Dissection Through Impairment of Energy Metabolism in Nrip2+ Smooth Muscle Cells 2025-Jul-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502027 PMID:40667784	研究论文	研究探讨了肥胖激素瘦素在胸主动脉夹层（TAD）中的作用及其通过影响血管平滑肌细胞（VSMCs）能量代谢加剧疾病的机制	发现了一种新型平滑肌细胞簇Nrip2，并揭示了其在抑制瘦素诱导的表型转换和增强线粒体能量代谢中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究瘦素如何通过影响血管平滑肌细胞的能量代谢加剧胸主动脉夹层的发病机制	瘦素、血管平滑肌细胞（VSMCs）、Nrip2平滑肌细胞簇	心血管疾病	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	瘦素敲除小鼠模型	基因表达数据	NA