本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2026-04-10 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Aug-07, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
|
研究论文 | 本研究通过共分化中胚层和内胚层,在诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官中实现器官特异性血管化 | 首次在类器官中通过共分化策略实现器官特异性血管化,并揭示BMP信号调控内皮-上皮祖细胞比例的关键作用 | 研究主要基于体外模型,体内移植实验仅在小鼠中进行,人类疾病模型的临床转化仍需进一步验证 | 研究人类器官发生和疾病中复杂细胞间通讯的机制 | 诱导多能干细胞衍生的肺和肠道类器官 | 发育生物学 | FOXF1突变相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 882 | 2026-04-10 |
Enhanced Translational Activity Is Linked to Lymphatic Endothelial Cell Activation in Cutaneous Leishmaniasis
2025-Aug, Lymphatic research and biology
IF:1.6Q4
DOI:10.1089/lrb.2024.0080
PMID:40279249
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合流式细胞术和嘌呤霉素掺入技术,揭示了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的转录和翻译活性增强,及其在抗原呈递和免疫调节中的潜在作用 | 首次将单细胞RNA测序与翻译活性评估相结合,系统表征了皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态,并证实其具有高效的抗原摄取和处理能力 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本的验证尚需进一步开展,且未深入探讨淋巴管内皮细胞激活的具体分子机制 | 探究皮肤利什曼病中淋巴管内皮细胞的免疫激活状态及其在局部免疫和炎症反应中的作用 | 小鼠皮肤利什曼病模型中的淋巴管内皮细胞 | 数字病理学 | 皮肤利什曼病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 嘌呤霉素掺入 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 883 | 2026-04-10 |
Single-cell elderly blood-CSF atlas implicates peripherally influenced immune dysregulation in normal pressure hydrocephalus
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412159122
PMID:40324076
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了特发性正常压力脑积水患者外周血和脑脊液的细胞图谱,揭示了与认知功能下降相关的免疫失调 | 首次创建了特发性正常压力脑积水的单细胞转录组图谱,并发现了外周血和脑脊液单核细胞的促炎性改变与认知功能的相关性 | 样本仅来自特发性正常压力脑积水患者,缺乏健康对照组或其他神经系统疾病对照 | 探究特发性正常压力脑积水的免疫失调机制及其与认知功能的关系 | 特发性正常压力脑积水患者的外周血和脑脊液细胞 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 140,207个单细胞转录组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 884 | 2026-04-10 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
|
研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口模型中实现了无疤痕再生,揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用 | 首次在大型动物(猪)模型中验证YAP抑制促进伤口再生的效果,并发现与人类相似的成纤维细胞亚群动态变化 | 研究主要基于动物模型,人类临床转化效果仍需进一步验证 | 探究YAP抑制在大型动物伤口愈合中的作用机制,为预防人类皮肤疤痕提供临床转化依据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类新生儿包皮异种移植模型 | 数字病理学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,空间蛋白质组数据 | 红杜洛克猪伤口模型及人类异种移植模型(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 885 | 2026-04-10 |
Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211
PMID:40264770
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,识别了在多种疾病环境中常见的耐药性MDSCs和一个应激耐受基因共表达网络,作为MDSC的共同特征 | 首次结合炎症信号和细胞应激(血清饥饿)诱导出具有保留MDSC特征的细胞群(耐药性MDSCs),并识别了一个特异性于这些细胞的应激耐受基因共表达模块 | 研究主要基于体外诱导模型和已发表的转录组数据集,可能未完全反映体内复杂环境 | 识别跨多个疾病环境的MDSC共同分子特征,以帮助细胞分类 | 人源单核细胞性MDSCs(M-MDSCs)和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 886 | 2026-04-10 |
Regulatory T cell therapies: from patient data to biological insights
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1675114
PMID:41246323
|
综述 | 本文综述了调节性T细胞(Treg)疗法在治疗自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病和促进器官移植耐受方面的应用,并探讨了如何从临床样本和数据中学习以优化Treg疗法 | 整合了临床样本数据与先进的多组学监测技术(如单细胞多组学分析、表观遗传分析和空间转录组学),以优化Treg疗法作为“活体药物” | NA | 优化调节性T细胞疗法,以建立跨多种临床环境的免疫耐受 | 调节性T细胞(Treg),包括多克隆、抗原特异性、转化型、TCR工程化和CAR工程化Treg | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病、炎症性疾病、移植物抗宿主病 | 单细胞多组学分析、表观遗传分析、空间转录组学 | NA | 临床样本数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 887 | 2026-04-10 |
A Strategy Involving Microporous Microneedles Integrated with CAR-TREM2-Macrophages for Scar Management by Regulating Fibrotic Microenvironment
2024-12, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202406153
PMID:39313983
|
研究论文 | 本研究开发了一种结合微孔微针与CAR-TREM2-巨噬细胞的策略,通过调节纤维化微环境来管理疤痕 | 工程化构建了能够靶向DPP4成纤维细胞并调节疤痕微环境中内皮细胞亚型的CAR-TREM2-巨噬细胞,并首次将其与微孔微针递送系统结合用于疤痕治疗 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序分析,缺乏大规模的体内长期疗效和安全性验证 | 开发一种通过多因子调节疤痕微环境来抑制疤痕形成的有效治疗策略 | 皮肤损伤后的疤痕组织,重点关注DPP4阳性成纤维细胞、异质性血管内皮细胞和TREM2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 888 | 2026-04-10 |
Plasma proteomics of acute tubular injury
2024-Aug-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51304-x
PMID:39191768
|
研究论文 | 本研究通过血浆蛋白质组学分析,识别了与急性肾小管损伤严重程度相关的血浆生物标志物,并探讨了其在急性肾损伤中的关联 | 首次利用SomaScan蛋白质组学平台在活检证实的肾病患者中系统识别与ATI严重程度相关的血浆蛋白标志物,并整合区域转录组学、单细胞RNA测序及多队列验证 | 样本量相对有限(434例活检患者),且ATI标志物在更广泛人群中的预测效能仍需进一步验证 | 开发急性肾小管损伤的非侵入性生物标志物,用于早期检测和药物研发 | 肾病患者(活检证实)、急性肾损伤患者及COVID-19患者 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 蛋白质组学(SomaScan平台)、单细胞RNA测序、区域转录组学、通路分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、临床数据 | 活检队列434例,KPMP队列44例,ARIC队列4610例,CHROME队列268例 | SomaLogic | 蛋白质组学 | SomaScan | SomaScan蛋白质组学平台用于血浆蛋白标志物检测 |
| 889 | 2026-04-10 |
Harnessing Porphyrin Accumulation in Liver Cancer: Combining Genomic Data and Drug Targeting
2024-08-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14080959
PMID:39199347
|
研究论文 | 本研究通过基因组数据和单细胞RNA测序,揭示了肝癌中血红素生物合成过程的异常,即“卟啉过度驱动”,导致中间代谢物积累,并探讨了靶向此过程的药物协同策略 | 首次在肝癌中发现“卟啉过度驱动”现象,将血红素中间代谢物积累与肿瘤生存及患者预后不良联系起来,并提出了靶向治疗的药物协同策略 | 研究主要基于体外概念验证数据,缺乏体内实验验证,且样本规模和临床转化潜力未明确说明 | 探究健康和癌变肝脏中血红素和卟啉代谢的差异,以识别肝癌治疗的新靶点 | 人类肝脏组织,包括健康肝脏和肝癌样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),转录组学分析 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 890 | 2026-04-10 |
Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory
2024-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07011-6
PMID:38326616
|
研究论文 | 本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构 | 首次结合单细胞RNA测序和单分子空间转录组学技术,在完整脑切片中提供了长期记忆印迹的丰富空间图谱,并揭示了神经元与星形胶质细胞之间的协同作用 | NA | 阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子机制 | 基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 891 | 2026-04-10 |
Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites
2024-02-16, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj7481
PMID:38354249
|
研究论文 | 本研究探讨了运动如何通过减少血流再循环并激活代谢转导酶SCD1来催化保护性脂质代谢物,从而改善血管内皮功能 | 首次揭示了运动通过调节血流动力学(如减少再循环和振荡剪切指数)并激活内皮SCD1酶,催化油酸和棕榈油酸等抗炎脂质代谢物,为血管保护提供新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中验证;SCD1的具体信号通路和长期效应需进一步探索 | 探究运动如何通过代谢转导酶SCD1介导血管保护作用,以改善心脏代谢疾病 | 野生型小鼠、内皮特异性SCD1敲除小鼠、高脂饮食诱导的小鼠模型以及小鼠主动脉组织 | NA | 心血管疾病 | 非靶向代谢组学分析、单细胞转录组学、计算机模拟分析、腺病毒转染 | NA | 代谢组数据、转录组数据、计算机模拟数据 | 未明确指定样本数量,涉及多种基因型小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 892 | 2026-04-10 |
Hypoblast from human pluripotent stem cells regulates epiblast development
2024-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06871-2
PMID:38052228
|
研究论文 | 本研究通过遗传和非遗传方法从人类多能干细胞生成真正的下胚层细胞,并构建了模拟胚胎发育的三维双层结构 | 首次从人类多能干细胞生成真实的下胚层细胞,并成功构建了能模拟胚胎前后轴模式和前原肠胚阶段细胞形成的三维双层结构 | 研究受限于体外模型,可能无法完全复制体内胚胎发育的复杂性 | 研究人类胚胎发育过程中下胚层和滋养外胚层对胚胎发育的调控机制 | 人类多能干细胞、下胚层细胞、滋养外胚层细胞、三维双层结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 893 | 2026-04-10 |
TWO-SIGMA-G: a new competitive gene set testing framework for scRNA-seq data accounting for inter-gene and cell-cell correlation
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac084
PMID:35325048
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TWO-SIGMA-G的竞争性基因集测试框架,专门用于单细胞RNA测序数据,以解决基因间相关性和细胞间相关性的问题 | TWO-SIGMA-G采用了一种新颖的方法来调整基因集水平的基因间相关性,从而控制假阳性率,相比其他方法在存在基因间相关性时提高了统计功效 | NA | 开发一种用于单细胞RNA测序数据的竞争性基因集测试方法,以更准确地识别差异表达基因集 | 单细胞RNA测序数据,包括来自异种移植小鼠的HIV相关干扰素通路和人类阿尔茨海默病进展相关通路 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 混合效应回归模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 894 | 2026-04-10 |
Deep learning of gene relationships from single cell time-course expression data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab142
PMID:33876191
|
研究论文 | 本文开发了一种基于深度学习的模型,用于从单细胞时间序列表达数据中预测基因间的相互作用 | 提出了一种新颖的单细胞RNA-Seq表达数据编码方法,并利用3D张量表示结合卷积和循环神经网络进行时间序列深度学习,以准确识别基因间的因果和调控关系 | 未明确提及具体的数据集大小或模型泛化能力的详细限制 | 从单细胞时间序列基因表达数据中推断基因间的调控和信号关系 | 基因间的相互作用,包括因果和调控关系 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-Seq | CNN, LSTM | 基因表达数据 | 在五个不同的时间序列单细胞RNA-Seq数据集上进行了测试 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 895 | 2026-04-10 |
ICAM1 initiates CTC cluster formation and trans-endothelial migration in lung metastasis of breast cancer
2021-08-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25189-z
PMID:34381029
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质分析,揭示了ICAM1在乳腺癌肺转移中启动循环肿瘤细胞簇形成和跨内皮迁移的作用 | 首次发现ICAM1在乳腺癌肺转移中表达增加200倍,并通过同型和异型相互作用促进CTC簇形成和跨内皮迁移,为TNBC转移提供了新的治疗靶点 | 研究主要基于三例TNBC患者来源的异种移植模型,样本量较小,且未在更大临床队列中验证 | 探究ICAM1在乳腺癌肺转移中启动循环肿瘤细胞簇形成和跨内皮迁移的机制 | 三阴性乳腺癌的原发肿瘤细胞和肺转移灶 | 机器学习和单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 基于机器学习的算法 | RNA测序数据和蛋白质分析数据 | 三例TNBC患者来源的异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 896 | 2026-04-10 |
A Novel Single Cell RNA-seq Analysis of Non-Myeloid Circulating Cells in Late Sepsis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.696536
PMID:34484194
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者非髓系循环细胞的转录组特征 | 首次在晚期脓毒症中应用CITE-seq技术对非髓系免疫细胞进行单细胞转录组分析,揭示了细菌性与真菌性脓毒症之间的转录组差异 | 样本量较小(仅4例患者和5例健康对照),且仅关注晚期时间点(脓毒症后14-21天) | 通过单细胞转录组分析更好地理解晚期脓毒症的病理机制 | 晚期脓毒症患者和健康对照者的外周血非髓系免疫细胞 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 4例晚期脓毒症患者和5例健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 897 | 2026-04-10 |
3D curvature-instructed endothelial flow response and tissue vascularization
2020-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abb3629
PMID:32938662
|
研究论文 | 本研究开发了一种螺旋微血管模型,用于研究三维曲率对血管内皮细胞表型和转录的影响,并展示了其在肿瘤进展模拟和工程化心脏组织血管化中的应用 | 开发了可精确控制曲率和扭转的螺旋微血管模型,首次在厘米尺度实现均匀组织灌注,并揭示了三维曲率诱导层流下旋转和混合的独特流体动力学效应及其对内皮细胞表型和转录组的特异性影响 | 模型仍处于原理验证阶段,需要进一步在更复杂的组织环境中验证其长期功能和稳定性,且单细胞RNA-seq的样本量可能有限 | 研究三维血管几何特征(特别是曲率和扭转)对血管内皮细胞行为和组织血管化的影响,以解决工程化复杂组织血管化的长期挑战 | 螺旋微血管模型中的内皮细胞,以及在该模型中模拟的肿瘤组织和工程化心脏组织 | 组织工程与血管生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | 螺旋微血管模型(体外三维模型) | 转录组数据, 表型数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 898 | 2026-04-09 |
Neutrophils have altered response to acute respiratory viral infection in sputum of patients with rheumatoid arthritis
2026-May, The journal of allergy and clinical immunology. Global
DOI:10.1016/j.jacig.2026.100665
PMID:41852854
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析类风湿关节炎患者与健康对照者在呼吸道感染前后痰液中的免疫细胞转录组差异 | 首次在类风湿关节炎患者痰液中应用单细胞RNA测序技术,揭示中性粒细胞在感染后30天内持续存在的转录组差异 | 样本量较小(仅5名女性捐赠者),且缺乏长期随访数据 | 探究类风湿关节炎患者肺部免疫细胞在急性呼吸道病毒感染前后的转录组变化 | 类风湿关节炎患者和健康对照者的痰液样本 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5名女性捐赠者(2名健康,3名类风湿关节炎),共23,094个高质量细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Flex | 10x Flex单细胞RNA测序协议 |
| 899 | 2026-04-09 |
Shear stress-induced endothelial HEG1 signalling regulates vascular tone and blood pressure
2026-Apr-07, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehaf742
PMID:40986512
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞中HEG1蛋白在血流剪切应力感应和血压调节中的关键作用及其分子机制 | 首次发现内皮HEG1通过CUL3介导的PHACTR1降解调控eNOS转录和NO产生,从而影响血管舒张和血压 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类样本验证相对有限,且未探讨HEG1信号通路在其他心血管疾病中的潜在作用 | 阐明内皮HEG1在血压调节中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、小鼠模型、人类动脉和血浆样本 | 心血管生物学 | 高血压 | 单细胞RNA测序、计算流体动力学分析、蛋白质组学、转录组学、泛素化分析 | 内皮特异性Heg1敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、血流动力学数据 | 多个独立队列的人类动脉和血浆样本,以及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 900 | 2026-04-09 |
Fibroblast pentose phosphate pathway activation upon decreased circPLCE1 exacerbates intestinal fibrosis in Crohn's disease
2026-Apr-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336415
PMID:41390174
|
研究论文 | 本研究探讨了克罗恩病中成纤维细胞代谢重编程在肠道纤维化中的作用,揭示了circPLCE1通过调控戊糖磷酸途径影响纤维化的新机制 | 首次发现circPLCE1通过直接结合XYLB酶并竞争性抑制其活性来调控戊糖磷酸途径,从而影响肠道纤维化进程 | 研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型,人类样本的验证仍需进一步扩大样本量 | 探索克罗恩病肠道纤维化过程中成纤维细胞的代谢重编程及其上游调控机制 | 人类肠道肌成纤维细胞、小鼠肠道纤维化模型、克罗恩病患者肠道组织 | 单细胞组学与空间转录组学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、空间转录组、代谢组学、circRNA转录组、代谢流分析、海马分析、RNA pull-down | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、代谢组数据、转录组数据 | 配对的狭窄和非狭窄肠道组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |