单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-07-22	GraphCellNet: A deep learning method for integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis with applications in development and disease 2025-Jul-21, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02575-4 PMID:40690004	研究论文	提出了一种名为GraphCellNet的深度学习方法，用于整合单细胞和空间转录组分析，应用于发育和疾病研究	结合了细胞类型去卷积和空间域识别的模型，采用Kolmogorov-Arnold Network层（KAN）增强非线性特征表示和上下文整合	NA	提高空间转录组分析的精确度，解决细胞边界模糊和高异质性问题	心肌梗死、果蝇发育、人类心脏发育	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	GraphCellNet、KAN	基因表达数据、空间位置数据	NA
882	2025-07-22	Integrating scRNA-seq and spatial transcriptomics to explore the implication of G6PD on immune microenvironment in lymphatic metastasis of breast cancer 2025-Jul-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02943-7 PMID:40690087	研究论文	本研究通过整合scRNA-seq和空间转录组学技术，探讨了G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用	发现了G6PD在乳腺癌淋巴转移过程中的高表达及其与Treg细胞介导的免疫抑制微环境的关联	样本量相对较小（8名患者），需要在更大队列中验证结果	探索G6PD在乳腺癌淋巴转移免疫微环境中的作用机制	乳腺癌患者及其转移性腋窝淋巴结	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据, 空间转录组数据	8名患者的118,127个细胞
883	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in tuberculosis: Application and future perspectives 2025-Jul-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003095 PMID:39111829	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在结核病（TB）研究中的应用及其未来前景	强调了scRNA-seq在结核病临床生物标志物探索、宿主导向治疗和精准治疗研究中的潜力	讨论了scRNA-seq在结核病相关研究中广泛应用需要克服的瓶颈	探讨scRNA-seq在结核病研究中的应用及未来发展方向	结核病（TB）及其免疫反应机制	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
884	2025-07-22	The Icarian flight of antibody-drug conjugates: target selection amidst complexity and tackling adverse impacts 2025-Jul-19, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf002 PMID:39813112	综述	本文综述了抗体药物偶联物（ADCs）在癌症治疗中的发展现状、挑战及优化策略	探讨了多靶点策略、pH依赖性抗体和掩蔽肽技术等提高ADC疗效和安全性的新方法，以及单细胞测序和人工智能在靶点选择优化中的应用	未提及具体临床数据或实验验证结果	优化抗体药物偶联物的靶点选择和抗体工程，提高其疗效和安全性	抗体药物偶联物（ADCs）	生物医学	癌症	单细胞测序、人工智能	NA	NA	NA
885	2025-07-22	Identification of biomarkers for Laryngeal squamous cell carcinoma through Mendelian randomization and integrated bioinformatics analysis 2025-Jul-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03114-w PMID:40679719	研究论文	通过孟德尔随机化和整合生物信息学分析，识别喉鳞状细胞癌的生物标志物	整合多组学数据，全面分析泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建了一个具有临床预测价值的风险模型	样本量相对较小，且仅基于公开数据库的数据，未进行大规模临床验证	探索泛凋亡相关基因在喉鳞状细胞癌预后中的作用，并构建预测模型	喉鳞状细胞癌患者样本和正常样本	生物信息学	喉鳞状细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, CNV分析, 差异表达分析, GO/KEGG/Metascape富集分析, Lasso-Cox方法, CIBERSORT算法, qRT-PCR	Lasso-Cox模型	RNA-seq数据, scRNA-seq数据, CNV数据	训练集: 114例喉鳞状细胞癌样本和12例正常样本；验证集: 270例喉鳞状细胞癌样本；scRNA-seq数据: 2例喉鳞状细胞癌样本
886	2025-07-22	Image-based inference of tumor cell trajectories enables large-scale cancer progression analysis 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9466 PMID:40680117	研究论文	开发了一种基于人工智能的模型，利用细胞形态学特征和组织学空间组织，从H&E染色的全切片图像中分类肿瘤细胞分化状态、推断细胞动态轨迹并量化肿瘤进展	提出了一种成本效益高的方法，利用常规病理切片进行大规模肿瘤进展动态分析，揭示了肿瘤内异质性	依赖于H&E染色的图像，可能无法捕捉到所有分子层面的信息	估计细胞轨迹、肿瘤进展动态和肿瘤微环境中的细胞群体多样性	肺腺癌	数字病理学	肺癌	AI模型	NA	图像	三个独立的肺腺癌队列
887	2025-07-22	Architecture mechanics mediated osteogenic progression in bone regeneration of artificial scaffolds 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv8804 PMID:40680128	research paper	本研究探讨了支架结构通过应力传递对骨再生的影响，并揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制	首次揭示了支架结构诱导的应力刺激（SASS）对细胞的生物力学机制，并通过单细胞RNA测序技术明确了SASS对骨间充质干细胞粘着斑和成骨分化途径的富集作用	研究未涉及不同支架材料对SASS效应的影响，且体内实验仅针对临界尺寸缺陷进行了验证	阐明支架结构与成骨进展之间的生物力学线索	石墨、富勒烯和金刚石支架及其对骨间充质干细胞和破骨细胞的影响	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及体外细胞实验和体内临界尺寸骨缺损模型
888	2025-07-22	Nicotinamide boosts oocyte quantity and quality by promoting N4-acetylation modification in lupus mice 2025-Jul-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adu0955 PMID:40680131	research paper	该研究探讨了烟酰胺通过促进N4-乙酰化修饰提高狼疮小鼠卵母细胞数量和质量的作用机制	首次揭示了NAT10介导的acC修饰在系统性红斑狼疮(SLE)异常卵母细胞发育中的关键作用，并发现烟酰胺治疗可安全有效地改善SLE小鼠的生育能力	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证烟酰胺的治疗效果	探究SLE影响卵母细胞减数分裂和发育的分子机制，并寻找潜在治疗方法	系统性红斑狼疮(SLE)小鼠模型的卵母细胞	生殖医学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组测序、翻译组测序、微量细胞acC-RNA免疫沉淀测序(acRIP-seq)	NA	RNA测序数据	SLE小鼠模型的卵母细胞
889	2025-07-22	Single cell transcriptomic profiling of eosinophils and airway immune cells in childhood asthma 2025-Jul-18, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.034 PMID:40684957	研究论文	本研究通过优化单细胞RNA测序技术，提高了儿童哮喘患者鼻灌洗样本中粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）的检测效率，并揭示了不同哮喘表型中的细胞组成和转录差异	采用10x Genomics Flex平台结合定制化数据处理流程，实现了粒细胞检测效率的显著提升（>16倍），并首次在儿童哮喘中识别出具有独特功能特征的嗜酸性粒细胞和中性粒细胞亚群	研究仅基于鼻灌洗样本，可能无法完全反映下呼吸道情况；样本量未明确说明	优化单细胞RNA测序技术以更好地捕获粒细胞，并探索儿童哮喘的发病机制	儿童哮喘患者的鼻灌洗样本中的粒细胞（尤其是嗜酸性粒细胞）和其他免疫细胞	单细胞转录组学	哮喘	scRNA-seq（10x Genomics Flex平台）	定制化数据处理流程	单细胞转录组数据	NA
890	2025-07-22	Discovery of protein lactylation-associated biomarkers and their potential pathogenic mechanisms in recurrent spontaneous abortion 2025-Jul-18, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146004 PMID:40685048	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，结合机器学习方法，鉴定了与蛋白质乳酸化相关的关键基因，并探索了这些基因在复发性自然流产(RSA)中的潜在致病机制	首次揭示了蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的作用机制，特别是通过S100A11基因激活p38 MAPK-TGF-β1-SMAD-IL-10信号通路来调节免疫反应和滋养层细胞功能	研究结果需要进一步在更大样本和临床环境中验证，且具体的乳酸化修饰位点及其功能影响尚未完全阐明	探索蛋白质乳酸化在复发性自然流产中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	复发性自然流产患者的基因表达数据和滋养层细胞功能	生物信息学	复发性自然流产	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	机器学习方法(未指定具体模型)	基因表达数据	整合了三个数据集(GSE214607, GSE26787和GSE165004)，具体样本数量未明确说明
891	2025-07-22	NPLOC4 constructs tumor immunosuppressive microenvironment in pan-cancer and hepatocellular carcinoma 2025-Jul-17, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673344143250604061421 PMID:40685720	研究论文	探讨NPLOC4在泛癌和肝细胞癌中构建肿瘤免疫抑制微环境的作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	首次全面分析NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的表达及其与免疫细胞、免疫检查点和免疫相关分子的关联	研究主要基于公共数据库数据，实验验证仅限于肝细胞癌样本和细胞系	研究NPLOC4在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	泛癌和肝细胞癌患者样本及细胞系	肿瘤免疫学	肝细胞癌	qRT-PCR, 免疫组化(IHC), 单细胞测序	NA	mRNA表达数据, 蛋白质表达数据, 单细胞测序数据	多种肿瘤类型的公共数据库数据及肝细胞癌患者样本和细胞系
892	2025-07-22	Single-Cell Transcriptome and Microbiome Profiling Uncover Ileal Immune Impairment in Intrauterine Growth-Retarded Piglets 2025-Jul-17, Current pharmaceutical design IF:2.6Q2 DOI:10.2174/0113816128411269250707073647 PMID:40685734	研究论文	通过单细胞转录组和微生物组分析揭示宫内发育迟缓(IUGR)仔猪回肠免疫功能障碍的机制	首次在IUGR仔猪中结合单细胞转录组(scRNA-seq)和16S rRNA测序技术，揭示了B细胞和T细胞比例变化、信号通路下调以及肠道菌群失调的关联机制	样本量较小(仅3对IUGR/正常仔猪)，且仅分析了7日龄时的短期影响	探究IUGR仔猪肠道免疫功能异常的基因调控模式和微生物组变化	宫内发育迟缓(IUGR)仔猪与正常同窝仔猪的回肠组织和肠道微生物	免疫基因组学	宫内发育迟缓	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 16S rRNA扩增子测序(16S-seq)	NA	单细胞转录组数据, 微生物组数据	3对IUGR/正常新生仔猪(共6个样本)
893	2025-07-22	Mechanism of Initial Favorable Response to Decitabine in TP53-Mutated MDS/AML and Potential Mechanisms of Subsequent Relapse 2025-Jul-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3192 PMID:40397797	研究论文	本研究探讨了TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨初始治疗反应良好的机制以及随后复发的潜在机制	通过整合靶向测序、纳米孔DNA甲基化测序和单细胞转录组学，揭示了白血病细胞与免疫细胞群体之间的动态变化关系	样本量有限，且为观察性研究，需要更大规模研究验证	阐明TP53突变型MDS/AML患者对地西他滨治疗反应和复发的分子机制	骨髓增生异常综合征(MDS)和急性髓系白血病(AML)患者	肿瘤学	白血病	靶向髓系panel测序、纳米孔DNA甲基化测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	II期临床试验患者(具体数量未明确)
894	2025-07-22	Pan-cancer human brain metastases atlas at single-cell resolution 2025-Jul-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.025 PMID:40215980	研究论文	通过单细胞RNA测序分析108个脑转移样本和111个原发肿瘤样本，研究跨癌症谱系的细胞状态和组成特征及重塑	首次在单细胞分辨率下构建了泛癌人类脑转移图谱，揭示了恶性细胞的共同特征和脑转移相关的免疫抑制微环境	样本量虽然较前扩大但仍有限，且未涉及某些罕见癌症类型的脑转移	探究不同癌症类型脑转移的共同生物学特征和潜在治疗靶点	108例脑转移样本和111例原发肿瘤样本	肿瘤基因组学	脑转移癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	219例样本(108 BrM + 111 PT)
895	2025-07-22	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用，并发现BATF过表达足以驱动CD69CD103 TIL的形成	研究主要基于模型感染和癌症的T细胞受体匹配CD8 T细胞，可能无法完全反映人体内的复杂情况	揭示肿瘤微环境中Trm样TIL分化的机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和CD8 T细胞	生物医学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因组数据、表观遗传数据	模型感染和癌症中的T细胞受体匹配CD8 T细胞
896	2025-07-22	Prenatally derived macrophages support choroidal health and decline in age-related macular degeneration 2025-Jul-07, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20242007 PMID:40261298	研究论文	本研究揭示了人类脉络膜中免疫细胞的组成和空间结构，特别是两种具有不同FOLR2表达的脉络膜巨噬细胞群体在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	首次发现FOLR2+巨噬细胞在非病变眼中占主导地位，并在AMD中数量减少且功能失调，同时证明这些巨噬细胞在维持脉络膜健康中的关键作用	研究主要基于观察性数据，对FOLR2+巨噬细胞功能变化的分子机制尚未完全阐明	探究人类脉络膜免疫景观及其在年龄相关性黄斑变性(AMD)中的变化	人类脉络膜组织和小鼠模型	眼科病理学	年龄相关性黄斑变性	3D多重免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本、基因表达数据	未明确说明样本数量的人类脉络膜组织和小鼠模型
897	2025-07-22	Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids 2025-Jul-04, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930 PMID:40616840	研究论文	本文提出了一种将头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）解离为适合下游应用（如药物筛选和单细胞RNA测序）的活单细胞悬液的方案	通过优化胰蛋白酶浓度和机械解离步骤，最大化单细胞产量并保持细胞活力	未提及该方案在其他类型癌症类器官中的适用性	开发一种高效的头颈鳞状细胞癌类器官单细胞解离方案	头颈鳞状细胞癌患者来源类器官（PDOs）	生物医学工程	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、活细胞成像	NA	细胞悬液	NA
898	2025-07-22	The Dichotomy of Tumor Control by Recruited and Resident Tumor-Associated Macrophages 2025-Jul-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6977440/v1 PMID:40630529	research paper	该研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在癌症中的双重作用，揭示了不同亚群对肿瘤进展的促进或抑制作用	研究发现间质巨噬细胞（IMs）的不同亚群具有促瘤或抗瘤作用，并确定了CCR5阻断剂Maraviroc在肿瘤控制中的潜在应用	研究主要聚焦于黑色素瘤和肺腺癌，结果在其他类型癌症中的普适性尚待验证	探究肿瘤相关巨噬细胞亚群在肿瘤发展中的作用机制	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs），包括招募的巨噬细胞（recMacs）和间质巨噬细胞（IMs）	肿瘤免疫学	黑色素瘤, 肺腺癌	空间转录组学, 基因敲除小鼠模型	Pf4 Cx3cr1小鼠模型	基因表达数据, 空间分布数据	未明确说明样本数量，使用小鼠模型进行研究
899	2025-07-22	Single-cell RNA sequencing in Hirschsprung's disease tissues reveals lack of neuronal differentiation in the aganglionic colon segment 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662516 PMID:40631286	research paper	通过单细胞RNA测序分析先天性巨结肠症患者的健康与无神经节结肠段，揭示无神经节结肠段神经元分化的缺失	首次在先天性巨结肠症患者中应用单细胞RNA测序技术，揭示了无神经节结肠段神经前体细胞分化受阻的分子机制	样本量较小，且仅针对先天性巨结肠症患者进行研究	探究先天性巨结肠症无神经节结肠段神经元分化缺失的分子机制	先天性巨结肠症患者的健康与无神经节结肠段组织	digital pathology	Hirschsprung's disease	scRNA-seq, WGS	NA	RNA-seq data	先天性巨结肠症患者的结肠组织样本
900	2025-07-22	Bi-allelic variants in POPDC2 cause an autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and hypertrophic cardiomyopathy 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.04.016 PMID:40409267	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种表现为心脏传导缺陷和肥厚型心肌病的常染色体隐性综合征	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过实验证明这些变异会降低POPDC2与cAMP结合的能力，影响TREK-1钾通道的电流密度	肌肉活检未显示明显的肌病性疾病，但POPDC1和POPDC2的丰度显著降低，表明POPDC1-POPDC2复合物的稳定性和/或膜运输可能受到致病性变异的影响	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	四个家族中携带POPDC2双等位基因变异的个体	遗传学	心血管疾病	同源建模、体外电生理学研究、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据、电生理数据、RNA测序数据	四个家族中的患者及超过100万人的群体遗传数据