单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-07-23	Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex 2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024 PMID:39741000	研究论文	本研究探讨了抗Aβ抗体在阿尔茨海默病治疗中对大脑免疫反应的急性影响	首次揭示了抗Aβ抗体注射后24小时和3天内大脑中不同细胞类型之间的配体-受体通讯变化，特别是小胶质细胞与非实质免疫细胞之间的TGFβ信号通路通讯	研究仅观察了急性时间点(24小时和3天)的反应，缺乏长期效应数据	理解抗Aβ抗体在大脑中引发的免疫反应机制	14个月大的APP转基因小鼠(雄性和雌性)的大脑皮层	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞测序	APP转基因小鼠模型	单细胞转录组数据	抗Aβ IgG1(6E10)或对照IgG1注射的小鼠皮层组织
882	2025-07-23	Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628715 PMID:39975293	研究论文	提出了一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控连接预测框架scRegNet	利用大规模预训练的单细胞基础模型(scFMs)结合图学习进行基因调控连接预测，提高了预测准确性和鲁棒性	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据实验获取成本高且数量有限	解决基因调控网络(GRN)推断中的基因调控连接预测问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据和转录因子-DNA结合数据(如ChIP-seq)	生物信息学	NA	scRNA-seq, ChIP-seq	scFMs, 图学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集
883	2025-07-23	ARTEMIS integrates autoencoders and Schrödinger Bridges to predict continuous dynamics of gene expression, cell population and perturbation from time-series single-cell data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634618 PMID:39896674	研究论文	ARTEMIS是一种生成模型，结合了变分自编码器和不平衡扩散薛定谔桥，用于从时间序列单细胞数据中预测基因表达、细胞群体和扰动的连续动态	整合VAE与uDSB模型，通过解决薛定谔桥问题重建细胞轨迹，揭示基因表达动态并恢复细胞群体变化	依赖于单细胞测序数据的质量和时间点覆盖范围，可能受限于高成本和破坏性测序技术	解决单细胞测序数据在时间序列上的不连续性问题，重建细胞动态过程	胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和癌症细胞的上皮-间质转化（EMT）过程	生物信息学	癌症	scRNA-seq	VAE, uDSB	单细胞RNA测序数据	三个scRNA-seq数据集（胰腺β细胞分化、斑马鱼胚胎发生和EMT）
884	2025-07-23	Sexual dimorphism in the mouse bone marrow niche regulates hematopoietic engraftment via sex-specific Kdm5c/Cxcl12 signaling 2025-Jan-21, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182125 PMID:39836478	研究论文	本研究揭示了小鼠骨髓微环境中的性别二态性通过性别特异的Kdm5c/Cxcl12信号调控造血移植的机制	首次发现骨髓微环境中的性别二态性及其通过Kdm5c/Cxcl12信号通路调控造血移植的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究骨髓微环境中的性别二态性及其对造血移植的影响	小鼠骨髓中的瘦素受体表达间充质基质细胞(LepR-MSCs)	造血生物学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 骨髓移植	Kdm5c基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
885	2025-07-23	Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging 2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.632900 PMID:39868295	研究论文	本文探讨了造血衰老的三个表型特征的独立调控机制	揭示了NFkappaB活性在造血衰老表型中的不同作用，并提出了新的scRNA-seq HSPC标记框架	研究主要基于实验模型，可能不完全反映人类造血衰老的复杂性	解析造血衰老表型的调控机制	造血干细胞（HSC）和骨髓微环境	生物医学	造血系统衰老	scRNA-seq	IkappaBminus实验模型	基因表达数据	小鼠和人类HSC数据集
886	2025-07-23	Cross-species analyses of thymic mimetic cells reveal evolutionarily ancient origins and both conserved and species-specific elements 2025-Jan-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.025 PMID:39731911	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了人类、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞，揭示了其进化上的古老起源及物种特异性和保守性元素	首次在人类儿科供体中进行了胸腺拟态细胞的单细胞RNA测序，揭示了与小鼠相比的神经内分泌亚型多样化和肌肉亚型扩展	研究主要基于儿科供体，可能无法完全代表成人胸腺拟态细胞的特征	探索胸腺拟态细胞的进化起源和功能特性	人类、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞	生物医学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	人类儿科供体的胸腺拟态细胞、小鼠和斑马鱼的胸腺拟态细胞
887	2025-07-23	Combinatorial phenotypic landscape enables bacterial resistance to phage infection 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.13.632860 PMID:39868116	research paper	该研究通过细菌单细胞RNA测序技术，探究了细菌对噬菌体感染的抵抗机制及其在单个细胞中的表达分布	首次在单细胞水平上量化了噬菌体感染的异步进程，并发现了未被感染的细菌亚群及其保护性宿主因子	研究仅针对一种人类病原共生菌进行，可能无法推广到其他细菌种类	探究细菌对噬菌体感染的防御机制及其在单个细胞中的表达分布	人类病原共生菌及其感染的裂解性噬菌体	微生物学	NA	细菌单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	约50,000个细胞
888	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Suppresses Tumor Progression through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.10.632174 PMID:39868269	研究论文	本研究探讨了抑制谷氨酰胺代谢如何通过重塑巨噬细胞免疫微环境来抑制肿瘤进展	开发了一种生物激活限制在癌组织中的GLNi前药JHU083，并利用scRNA-seq技术无偏解码肿瘤微环境中单细胞对GLNi治疗的反应	研究仅在免疫健全的妇科癌症小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索谷氨酰胺代谢拮抗剂在肿瘤免疫微环境中的作用机制	免疫健全的妇科癌症小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞	癌症代谢	妇科癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	免疫健全小鼠模型	RNA测序数据	免疫健全小鼠模型和骨髓来源的巨噬细胞
889	2025-07-23	Blockade of LIF and PD-L1 Enhances Chemotherapy in Preclinical PDAC Models 2025-Jan-09, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17020204 PMID:39857986	研究论文	本研究评估了化疗与LIF和PD-L1双重阻断联合治疗在胰腺导管腺癌（PDAC）模型中的抗肿瘤效果	首次提出化疗与LIF和PD-L1双重阻断的联合治疗方案，显著提高了抗肿瘤效果并增强了抗肿瘤免疫反应	研究仅在临床前模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索提高胰腺导管腺癌治疗效果的新型联合治疗方案	胰腺导管腺癌（PDAC）的临床前模型	肿瘤免疫治疗	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	NA
890	2025-07-23	Targeting the CD74 signaling axis suppresses inflammation and rescues defective hematopoiesis in RUNX1-familial platelet disorder 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn9832 PMID:39772771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能分析揭示了RUNX1家族性血小板障碍(FPD)中CD74信号轴的异常激活及其在炎症和造血缺陷中的作用，并提出了靶向CD74及其下游信号的治疗策略	首次发现CD74信号轴在FPD中的关键作用，并验证了靶向该通路可逆转造血缺陷和炎症	样本量相对有限(10例单细胞测序，75例功能分析)，且临床前研究结果需进一步临床试验验证	探索FPD发展为白血病的机制并开发早期干预策略	RUNX1-FPD患者的造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液病学	家族性血小板障碍/白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据/蛋白质表达数据	10例单细胞测序样本，75例以上功能分析样本
891	2025-07-23	Multi-Omics Atlas-Assisted Discovery of Transcription Factors for Selective T Cell State Programming 2025-Jan-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.03.522354 PMID:36711632	研究论文	通过多组学图谱辅助发现转录因子，用于选择性T细胞状态编程	构建了九种CD8 T细胞分化状态的转录和表观遗传图谱，预测转录因子活性，并发现了新的调控机制和TEX特异性转录因子	未明确提及具体局限性	精确编程T细胞状态以应对病毒感染和癌症	CD8 T细胞分化状态，特别是终末耗竭T细胞(TEX)和组织驻留记忆T细胞(T)	生物医学	癌症	CRISPR筛选结合单细胞RNA测序(Perturb-seq)	NA	转录和表观遗传数据	九种CD8 T细胞分化状态
892	2025-07-23	CCI: A Consensus Clustering-Based Imputation Method for Addressing Dropout Events in scRNA-Seq Data 2025-Jan-03, Bioengineering (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/bioengineering12010031 PMID:39851305	研究论文	本文提出了一种基于共识聚类的插补方法（CCI），用于解决scRNA-Seq数据中的丢失事件问题	CCI通过基因子集上的聚类和聚类结果的汇总来定义细胞相似性，并利用相似细胞的信息进行基因表达水平的插补	现有插补方法在下游分析中缺乏全面评估，且在不同场景下未表现出鲁棒性	解决scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件问题	scRNA-Seq数据中的基因表达丢失事件	基因组学	NA	scRNA-Seq	共识聚类	基因表达数据	NA
893	2025-07-23	Evolution of a SHOOTMERISTEMLESS transcription factor binding site promotes fruit shape determination 2025-01, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01854-1 PMID:39668212	研究论文	本研究通过全器官活细胞成像和单细胞RNA测序分析，揭示了Capsella果实形状决定的分子机制	发现了一个由生长素诱导的机制，该机制通过单个顺式调控元件决定形态变化，且该元件在Brassicaceae物种中独立进化	研究仅针对Capsella果实，未涉及其他植物器官的形状决定机制	探究植物器官形状决定和多样化的分子机制	Capsella果实	植物发育生物学	NA	全器官活细胞成像, scRNA-seq	NA	图像, RNA序列数据	NA
894	2025-07-23	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征基因表达与乳腺癌患者生存率的关系	首次发现14基因IGG特征与乳腺癌患者死亡风险降低41%-47%显著相关，并确定了其中7个关键基因与B细胞/T细胞克隆性的强相关性	研究结果主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探究肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638例乳腺癌患者(来自三个数据集)
895	2025-07-23	Accurate identification of single-cell types via correntropy-based Sparse PCA combining hypergraph and fusion similarity 2025, Journal of applied statistics IF:1.2Q2 DOI:10.1080/02664763.2024.2369955 PMID:39926175	研究论文	提出了一种新的单细胞类型识别方法CHLSPCA，通过结合correntropy和PCA处理scRNA-seq数据中的噪声和异常值，并利用超图和融合相似性提取更多有价值的信息	创新性地结合correntropy与PCA处理噪声和异常值，引入超图提取局部结构信息，并使用高斯核函数和欧几里得度量挖掘细胞间相似性信息	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据高维度和噪声对聚类带来的挑战，提高单细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CHLSPCA（结合correntropy的稀疏PCA）	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
896	2025-07-23	Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105299 PMID:40303351	研究论文	探讨丝氨酸补充在抑制缺氧诱导的病理性视网膜血管生成中的作用	首次发现丝氨酸补充通过增强视网膜线粒体代谢和脂质利用来抑制病理性血管生成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管形成中的作用	氧诱导视网膜病变(OIR)小鼠模型	眼科疾病研究	视网膜病变	代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	小鼠模型	生物分子数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J OIR幼鼠
897	2025-07-23	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构	开发了一种多尺度聚类（MSC）方法，通过构建稀疏细胞-细胞相关性网络，在无监督的方式下识别多尺度分辨率的细胞类型和亚型	NA	揭示单细胞RNA测序数据中更精细分辨率的细胞结构	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	基因表达数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病scRNA-seq数据
898	2025-07-23	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文探讨了肌成纤维细胞增殖受损在支气管肺发育不良（BPD）病理肺泡简化中的核心作用	通过单细胞RNA测序和多种小鼠模型，揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD病理肺泡简化的核心特征，并挑战了TGFβ信号增强在BPD发病机制中的传统观点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类BPD中的适用性需要进一步验证	探究BPD发病机制中肌成纤维细胞增殖受损的作用	支气管肺发育不良（BPD）的病理机制	病理生理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种小鼠模型（具体数量未提及）
899	2025-07-23	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVMs）中的过度表达及其作用机制	首次发现PIEZO1在HHT2中的过度表达及其通过VEGFR2/AKT、ERK5-p62-KLF4等信号通路促进AVM形成的机制，并验证了PIEZO1抑制对AVM形成的缓解作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且PIEZO1抑制治疗的长期效果和安全性尚未评估	揭示HHT2中AVM形成的分子机制并探索潜在治疗靶点	ALK1敲除小鼠模型及人类HHT病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序、遗传学与药理学抑制实验	Alk1敲除小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠模型和人类病变组织
900	2025-07-23	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于去噪单细胞RNA测序数据，通过估计率和预测文库大小来改善数据质量	ZiPo引入了尺度不变损失项，使权重稀疏化，从而提高了模型的生物可解释性，并采用文库大小预测和残差连接等新策略提升性能	处理时间与细胞数量成正比，可能在大规模数据集上效率有限	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题，提高数据质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度人工神经网络（deep artificial neural network）	基因表达数据	三个数据集（具体数量未提及）