单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-05-29	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-May-22, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的关键作用	研究基于模型和小样本数据，可能无法完全反映人类肿瘤微环境的复杂性	探究肿瘤微环境中T细胞适应和分化的调控机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据	模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
882	2025-05-29	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-05-21, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:40401698	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进肾小球巨噬细胞中IL-1β的产生和狼疮相关基因的表达，加速肾小球肾炎的进展	研究仅限于NZBWF1小鼠模型，未在人类患者中验证	探究巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎中的作用机制	NZBWF1小鼠的肾小球巨噬细胞	免疫学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NZBWF1小鼠模型
883	2025-05-29	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	首次详细比较多种小鼠MASH模型的转录组特征，并提出结合CDA-HFD与HFD或WD模型的实用策略	研究仅基于转录组数据，未考虑其他分子层面的差异	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型（HFD、MCD、CDA-HFD）和人类MASH数据集	肝脏疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型及人类MASH数据集
884	2025-05-29	Differential Localization of β-Catenin Protein in CTNNB1 Mutant Endometrial Cancers Results in Distinct Transcriptional Profiles 2025-May-08, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100791 PMID:40348058	研究论文	本研究探讨了CTNNB1外显子3突变在子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)中β-连环蛋白(β-catenin)蛋白不同定位对下游基因表达的影响	首次揭示了β-连环蛋白在细胞核内或膜/细胞质中的不同定位会导致EECs中产生不同的转录谱，并发现了一个新的治疗靶点TROP2	研究仅关注CTNNB1外显子3突变的EECs，未涉及其他突变类型或其他类型子宫内膜癌	探究β-连环蛋白不同亚细胞定位对EECs转录谱的影响	携带CTNNB1外显子3突变的子宫内膜样子宫内膜癌(EECs)	肿瘤分子生物学	子宫内膜癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但研究了肿瘤内具有核和非核β-连环蛋白定位的不同区域
885	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2025-May-05, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100447 PMID:40329537	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析能力	首次整合ST和snRNA-seq数据，提升了AD相关表型的空间信息和细胞类型特异性DGE分析能力，并识别出多个新的AD风险基因	ST数据样本量较小可能限制了分析能力，且研究仅关注了大脑背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织	增强AD相关表型的空间信息和细胞类型特异性DGE分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关表型，包括β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	线性混合模型	基因表达数据	436个死后大脑的背外侧前额叶皮层（DLPFC）组织中的约150万个细胞
886	2025-05-29	A regulatory variant rs9379874 in T1D risk region 6p22.2 affects BTN3A1 expression regulating T cell function 2025-May, Acta diabetologica IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s00592-024-02389-9 PMID:39417845	research paper	本研究揭示了6p22.2区域与中国汉族人群1型糖尿病(T1D)风险的关系，并确定了该区域内的因果变异及靶基因	发现了功能性变异rs9379874通过调节BTN3A1表达影响T细胞功能，为T1D的基因组风险图谱提供了新见解	未发现rs4320356变异与胰岛功能或自身免疫显著相关	揭示6p22.2风险区域与T1D亚群及相关临床特征的关联，并确定该区域的因果变异和靶基因	中国汉族人群中的T1D患者和健康对照	基因组学	1型糖尿病	GWAS、双荧光素酶报告基因检测、eQTL分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、临床数据	2608例T1D患者和4814例健康对照
887	2025-05-29	The Lung Is Not a Primary Site of Platelet Biogenesis 2025-Apr-30, Physiological research IF:1.9Q3 PMID:40432441	research paper	该研究探讨了肺部是否是血小板生成的主要部位，通过比较人类、大鼠和兔子的血小板参数及巨核细胞特征	研究首次通过多种实验方法（包括单细胞RNA测序）系统比较了不同物种肺部与骨髓中巨核细胞和血小板的生成能力	研究样本量相对有限（人类n=24-93，动物n=19-20），且仅比较了四种哺乳动物	验证肺部是否为血小板生物发生的主要场所	人类、小鼠、大鼠和兔子的血小板及巨核细胞	NA	NA	自动血液分析仪检测、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	NA	血液参数数据、组织切片图像、单细胞基因表达数据	人类93例（静脉血对比）、24例（心房对比）；大鼠20例；兔子19例
888	2025-05-29	Regional differences in progenitor metabolism shape brain growth during development 2025-Apr-28, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.04.003 PMID:40300602	研究论文	该研究通过单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，揭示了前脑神经发生的持续性与脑室区祖细胞代谢差异的关系	首次提供了单细胞分辨率的小鼠大脑出生日期图谱，并鉴定了线粒体蛋白FAM210B作为调控祖细胞自我复制分裂的关键因子	研究主要基于小鼠模型，人类大脑发育的类似机制尚需进一步验证	探索哺乳动物前脑区域扩张的发育机制	小鼠大脑发育过程中的祖细胞	神经发育生物学	NA	单细胞RNA测序，功能获得与缺失实验	NA	单细胞转录组数据	NA
889	2025-05-29	AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001360 PMID:40262132	研究论文	使用AI技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)中的肝纤维形态进行表型分析，以揭示其分子改变	开发了基于AI的FibroNest算法，首次全面表征了MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变，并发现FibroPC4与HCC发生的基因特征相关	样本量相对较小(94例)，且仅针对MASLD患者	揭示MASLD中肝纤维形态表型与分子改变的关系	代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)患者的肝活检样本	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	多层组学分析、空间单细胞转录组(CosMx)	FibroNest算法	图像、转录组数据	94例MASLD肝活检样本(其中12例并发HCC)
890	2025-05-29	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗肽基精氨酸脱亚胺酶4(PAD4)自身抗体的致病机制，通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎	揭示了抗PAD4抗体通过结合单核细胞触发炎症级联反应，促进免疫细胞募集至关节和T细胞激活，最终导致滑膜成纤维细胞激活和更严重的关节炎	研究主要基于胶原诱导的关节炎小鼠模型和体外培养的人类单核细胞，可能不完全反映人类RA的复杂病理过程	阐明抗PAD4抗体在RA发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导的关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了人类外周血单核细胞和RA患者的单细胞RNA测序数据集
891	2025-05-29	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡到病理成纤维细胞的转变促进纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是病理成纤维细胞的主要来源，并确定RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理成纤维细胞的来源及其调控机制	小鼠模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	基因表达数据	两种小鼠模型
892	2025-05-29	Immune-featured stromal niches associate with response to neoadjuvant immunotherapy in oral squamous cell carcinoma 2025-Mar-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102024 PMID:40107247	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学分析了22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本，探讨了肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	首次揭示了免疫化疗应答者中SELP高内皮小静脉和APOD肌成纤维癌相关成纤维细胞的显著上调，以及STMN1毛细血管内皮细胞的下降，这些变化特异于免疫化疗组	样本量较小（仅22名患者），且仅针对口腔鳞状细胞癌	探讨肿瘤基质细胞在肿瘤微环境中的作用及其与免疫治疗反应的关系	22名口腔鳞状细胞癌患者的肿瘤样本	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	22名口腔鳞状细胞癌患者的配对肿瘤样本
893	2025-05-29	Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus 2025-Mar, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-024-03733-z PMID:39725707	review	本文综述了新生儿出血后脑积水（PHH）的分子病理生理学及新兴治疗方法	探讨了神经炎症通路、免疫介质及调控基因在PHH中的作用，并评估了基因组学、表观基因组学和蛋白质组学技术在识别关键分子靶点中的应用	新兴疗法如间充质干细胞干预在新生儿群体中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未解决	研究PHH的病理生理学机制并探索针对性治疗方法	新生儿出血后脑积水（PHH）及其相关分子机制	神经科学	新生儿疾病	全基因组/外显子测序、蛋白质组学、表观遗传学、单细胞转录组学	NA	分子数据	NA
894	2025-05-29	Tissue-resident memory CD8 T cell diversity is spatiotemporally imprinted 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08466-x PMID:39843748	research paper	该研究探讨了小肠组织中组织驻留记忆CD8 T细胞（T细胞）的多样性及其空间时间印记机制	揭示了小肠不同组织微环境如何驱动T细胞的表型异质性，并开发了新的计算方法和基因扰动策略来研究T细胞的分化	研究主要基于小鼠模型和人类样本的空间转录组学，可能不完全反映人体内的全部复杂性	探究组织驻留记忆CD8 T细胞多样性的起源及其在小肠中的空间分布	组织驻留记忆CD8 T细胞	免疫学	NA	空间转录组学、光学编码基因扰动策略	NA	转录组数据、空间分布数据	人类样本和小鼠模型
895	2025-05-29	A comprehensive spatio-cellular map of the human hypothalamus 2025-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08504-8 PMID:39910307	research paper	该研究通过单核测序和空间转录组学技术，构建了一个全面的人类下丘脑空间细胞转录图谱'HYPOMAP'	首次结合单核测序和空间转录组学技术，对人类下丘脑进行全面的转录组分析，并发现了一些与BMI相关的基因	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有细胞类型和功能的复杂性	构建人类下丘脑的空间细胞转录图谱，并探索其与代谢等疾病的关系	人类下丘脑细胞	生物信息学	代谢疾病	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	433,369个人类下丘脑细胞
896	2025-05-29	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-Feb-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	research paper	该研究通过整合多组学数据和单细胞测序分析，全面评估了ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达模式和功能影响，特别关注胶质母细胞瘤	研究发现ANXA2和ANXA4主要由GBM中的M2巨噬细胞表达，并揭示了它们与胶质瘤中巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在的强相关性	研究中使用的分析工具之间存在差异，强调了使用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	研究ANXA家族在癌症中的预后意义，特别是在胶质瘤免疫细胞中的作用	ANXA2和ANXA4在多种癌症中的表达和功能，特别关注胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤	生物信息学	胶质瘤	多组学数据整合、单细胞测序分析	NA	基因组数据、单细胞测序数据	来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)的数据集
897	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析的能力	结合ST和snRNA-seq数据，利用深度学习工具CelEry推断细胞的空间位置，并进行皮层层特异性（CLS）和细胞类型特异性（CTS）DGE分析，发现了传统CTS DGE分析无法检测到的AD相关基因和通路	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的误差，且样本量虽大但仍局限于特定脑区（DLPFC）	增强AD相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）、深度学习	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的DLPFC组织样本，约150万细胞
898	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
899	2025-05-29	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确说明具体样本量，仅提到在真实数据集上进行了广泛验证
900	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型