单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-05-24	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示了隐窝基底干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	结合多种方法揭示隐窝基底Lgr5细胞在维持肠道上皮稳态中的核心作用	NA	研究隐窝组织中干细胞在谱系决定中的作用	肠道隐窝基底干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	RNA-seq data	NA
882	2025-05-24	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病（AD）患者中淀粉样蛋白-β（Aβ）免疫治疗后的清除机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，并发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方法（如lecanemab）	探究Aβ免疫治疗后AD患者脑中Aβ清除的分子机制	AD患者（免疫治疗与非免疫治疗）及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫治疗AD患者、非免疫治疗AD患者及健康对照者
883	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
884	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
885	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
886	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本
887	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
888	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
889	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
890	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者
891	2025-05-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中促进肠道再生的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin等关键分子促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	阐明辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	免疫学与再生医学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞轨迹分析	小鼠辐射损伤模型、人源类器官共培养系统	基因表达数据、影像数据	NA
892	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
893	2025-05-24	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤微环境内CAF-巨噬细胞间的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质癌相关成纤维细胞（mCAFs）构成的基质-髓系生态位介导ICB耐药性	研究样本量有限，且为单中心II期临床试验，需要更大规模的多中心研究验证	阐明GCPM患者对ICB治疗产生耐药性的机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	II期临床试验患者样本（具体数量未明确说明）
894	2025-05-24	Changes in border-associated macrophages after stroke: single-cell sequencing analysis 2025-Jan-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01092 PMID:39927762	研究论文	通过单细胞测序分析探讨中风后边界相关巨噬细胞的变化	首次全面分析了中风后边界相关巨噬细胞的动态转录变化及其在炎症相关通路中的作用，并提出了Stat3抑制作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究中风后边界相关巨噬细胞的变化及其在神经炎症中的作用	小鼠边界相关巨噬细胞	生物医学	中风	单细胞测序、CellChat分析、pySCENIC工具	动物模型	基因表达数据	来自GEO数据库的数据集GSE174574和GSE225948
895	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎进展中的作用机制	NZBWF1小鼠模型中的肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/肾小球肾炎	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量的NZBWF1小鼠
896	2025-05-24	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，探索了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态变化的图谱	NA	研究结直肠癌（CRC）进展和耐药性中癌细胞状态的变化	结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptomic data	NA
897	2025-05-24	Comprehensive analysis of autophagy-related prognostic genes in breast cancer using bulk and single-cell RNA sequencing 2025, American journal of clinical and experimental immunology IF:1.4Q4 DOI:10.62347/XPCM9169 PMID:40401006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和传统高通量RNA测序（bulk RNA-seq）分析了乳腺癌中的自噬相关基因（ARGs），并开发了一个基于3个自噬相关基因的预后模型	首次在乳腺癌中结合单细胞和批量RNA测序数据构建自噬相关基因的预后模型，并识别出FEZ1、STX11和ADAMTSL1这三个关键基因	研究样本量有限，外部验证数据集较少，且未进行功能实验验证基因的生物学机制	阐明乳腺癌中的自噬景观并开发预后模型	乳腺癌患者和肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox比例风险回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集、GSE75688、GSE20685和GSE48390数据集中的样本
898	2025-05-24	Erratum: Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy [Corrigendum] 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S540734 PMID:40406633	correction	该文章是对先前发表的一篇关于糖尿病肾病免疫特征的论文的更正	NA	NA	NA	NA	NA	diabetic nephropathy	NA	NA	NA	NA
899	2025-05-24	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向活化微胶质细胞的治疗药物	阐明了促炎和抗炎微胶质细胞涉及的信号通路，并综述了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及治疗策略	微胶质细胞及其在创伤性脑损伤中的作用	神经科学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
900	2025-05-24	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的作用	首次大规模跨疾病分析人类小胶质细胞异质性，发现与神经退行性疾病相关的特定亚群，并验证了能够模拟这些亚群状态的化合物	研究主要基于转录组数据，可能未能完全捕捉小胶质细胞的功能状态	揭示人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，为靶向治疗开发提供依据	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据	215,680个活体人类小胶质细胞，来自74名捐赠者