单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-04-12	Unique and shared transcriptomic signatures underlying localized scleroderma pathogenesis identified using interpretable machine learning 2025-Apr-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185758 PMID:40197368	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，结合可解释的机器学习方法SLIDE，揭示了局限性硬皮病（LS）在成人和儿童患者中的独特及共享的转录组特征	首次应用可解释的机器学习框架SLIDE分析LS的单细胞转录组数据，揭示了年龄和疾病严重程度相关的细胞类型特异性决定因素，以及LS与系统性硬化症（SSc）共享的信号机制	样本量未明确说明，可能限制结果的广泛适用性	探究局限性硬皮病（LS）的发病机制及炎症驱动的纤维化过程中的细胞内在和外在特征	成人和儿童局限性硬皮病患者及健康对照	机器学习	局限性硬皮病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	SLIDE（可解释的潜在因子回归框架）	转录组数据	NA
882	2025-04-12	Identification of DNA damage and repair gene-related markers in pancreatic ductal adenocarcinoma by single-cell and bulk RNA sequencing 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02293-w PMID:40198431	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序技术，识别胰腺导管腺癌中与DNA损伤和修复基因相关的标志物，并构建预后风险模型	创新性地整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型	未提及样本量的具体限制或数据来源的潜在偏差	研究胰腺导管腺癌中DNA损伤反应相关生物标志物，以促进预后评估和免疫特性预测	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO, 单变量Cox回归分析	RNA测序数据	数据集来自GEO、TCGA和GTEx数据库，具体样本量未明确说明
883	2025-04-12	Acinar cells modulate the tumor microenvironment through the promotion of M1 macrophage polarization via macrophage endocytosis in pancreatic cancer 2025-Apr-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02244-5 PMID:40198509	研究论文	本研究探讨了胰腺腺泡细胞通过促进M1巨噬细胞极化来调节胰腺癌肿瘤微环境的机制	发现了PRSS1和CTRB1作为M1巨噬细胞相关模块的核心基因，并揭示了腺泡细胞通过巨噬细胞内吞作用促进M1极化的新机制	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	寻找与M1巨噬细胞相关的关键基因，探索激活胰腺导管腺癌中M1巨噬细胞表型的新途径	胰腺导管腺癌(PDA)的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	CIBERSORT免疫细胞浸润分析，WGCNA，PPI分析，单细胞测序分析	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	TCGA-PAAD队列和ICGC-PACA队列的数据
884	2025-04-12	LRP8-dependent cholesterol metabolism modulates mTORC1 signaling and apoptotic pathways in multiple myeloma 2025-Apr-08, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07625-w PMID:40199866	研究论文	本研究揭示了LRP8在调节多发性骨髓瘤（MM）细胞胆固醇代谢中的作用及其对mTORC1信号通路和凋亡途径的影响	首次发现LRP8作为MM细胞胆固醇代谢的关键调节因子，并通过代谢相关途径影响细胞凋亡和自噬过程	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证LRP8作为治疗靶点的效果	探究胆固醇代谢在多发性骨髓瘤中的调控机制及其临床意义	多发性骨髓瘤细胞和患者样本	肿瘤代谢	多发性骨髓瘤	转录组分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	动物模型（小鼠）	临床数据、RNA-seq数据	703名新诊断的多发性骨髓瘤患者
885	2025-04-12	Single-nucleus and spatial transcriptomics identify brain landscape of gene regulatory networks associated with behavioral maturation in honeybees 2025-Apr-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58614-8 PMID:40199930	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究蜜蜂行为成熟过程中大脑基因调控网络的空间和细胞异质性	首次整合单核RNA测序与空间转录组学数据，揭示蜜蜂行为转变过程中特定基因调控网络（如stripe调节子）在关键神经元（Keyon细胞）中的激活模式	研究结果基于人工控制年龄的蜂群，可能无法完全反映自然状态下的行为转变机制	探索大脑基因调控网络与行为成熟之间的关联	蜜蜂（从护理到觅食行为转变期的工蜂）	神经科学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	基因表达数据，空间定位数据	未明确提及具体样本数量（研究涉及不同行为阶段的工蜂脑组织）
886	2025-04-12	α-Lipoic acid alleviate myocardial infarction by suppressing age-independent macrophage senescence 2025-Apr-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-92328-7 PMID:40199978	研究论文	探讨α-硫辛酸(ALA)通过抑制巨噬细胞衰老来缓解心肌梗死(MI)的机制	揭示了巨噬细胞衰老与年龄无关的特性，并发现ALA通过调节SIRT1和Nrf2通路减轻巨噬细胞衰老和心肌缺血损伤	未明确ALA在其他类型细胞或组织中的作用机制	研究巨噬细胞衰老在心肌梗死中的作用及ALA的治疗潜力	巨噬细胞和心肌细胞	心血管疾病	心肌梗死	scRNA-seq, qPCR, western blot, 免疫荧光	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	GEO GSE163465数据集及实验动物模型
887	2025-04-12	Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome 2025-Apr-08, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03768-0 PMID:40200265	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制	首次在单细胞水平上研究了雄黄及其主要活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响，揭示了其调控的差异表达基因和潜在信号通路	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的分子机制	骨髓增生异常综合征小鼠模型和体外培养的成红细胞	生物医学	骨髓增生异常综合征	单细胞转录组测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
888	2025-04-12	Combining multi-omics analysis with machine learning to uncover novel molecular subtypes, prognostic markers, and insights into immunotherapy for melanoma 2025-Apr-07, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14012-3 PMID:40200221	research paper	通过多组学分析和机器学习技术，识别黑色素瘤的关键靶基因并提高预后诊断准确性，开发新的治疗策略	结合多组学分析和机器学习，识别了三种具有不同预后特征的黑色素瘤亚型，并开发了基于标记基因的机器学习驱动签名（MLDS）以提高预后预测准确性	研究依赖于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	提高黑色素瘤的预后诊断准确性并开发新的治疗策略	黑色素瘤（SKCM）患者	machine learning	melanoma	multi-omics analysis, RNA-seq, methylation microarray, gene mutation analysis	machine learning-driven signature (MLDS)	transcriptomic data, methylation microarray data, gene mutation data, clinical information	TCGA-SKCM和GEO队列数据
889	2025-04-12	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Apr-07, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了孕期暴露于氟氯氰菊酯对后代神经发育的毒性作用及其机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯后代大脑海马区的单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对后代神经发育的毒性机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠后代	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	不同年龄段的暴露大鼠后代
890	2025-04-12	Spatial multi-omics analysis of metabolic heterogeneity in zebrafish exposed to microcystin-LR and its disinfection byproducts 2025-Apr-05, Water research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.watres.2025.123599 PMID:40209558	研究论文	本研究采用空间多组学方法，探究了斑马鱼暴露于微囊藻毒素-LR及其消毒副产物后的代谢异质性	首次将空间多组学技术应用于研究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物的生物效应，揭示了代谢和基因表达的空间分布变化	研究仅针对斑马鱼模型，结果在人类或其他高等生物中的适用性有待验证	探究微囊藻毒素-LR及其消毒副产物对斑马鱼的代谢和基因表达的影响	斑马鱼	环境毒理学	NA	空间多组学（包括代谢组学、空间代谢组学和空间转录组学）	NA	代谢组和转录组数据	NA
891	2025-04-12	Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis 2025-Apr-04, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355 PMID:40209298	研究论文	研究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为缺陷的影响及其突触稳态干扰机制	首次揭示溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态导致斑马鱼神经行为缺陷，并利用单细胞RNA测序技术解析了跨细胞类型的转录调控机制	研究仅针对斑马鱼模型，对人类或其他哺乳动物的神经毒性尚不明确	探究溴虫氟苯双酰胺对水生生物神经健康的长期风险及其作用机制	成年斑马鱼	神经毒理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、靶向代谢组学分析	斑马鱼模型	基因表达数据、行为数据	暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼
892	2025-04-12	Eosinophilic esophagitis drives tissue fibroblast regenerative programs toward pathologic dysfunction 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.11.028 PMID:39617290	research paper	该研究探讨了嗜酸性食管炎(EoE)如何驱动组织成纤维细胞再生程序向病理性功能障碍发展	揭示了EoE成纤维细胞通过改变CD73活性和细胞外ATP处理导致病理性功能障碍的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化需要进一步验证	探究慢性EoE炎症诱导病理性成纤维细胞的分子机制	嗜酸性食管炎患者的食管成纤维细胞	分子病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选，成纤维细胞分化和迁移实验	NA	基因表达数据，细胞功能数据	EoE患者和健康对照的食管活检样本
893	2025-04-12	Embracing diversity: macrophage complexity in cancer 2025-Apr, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2024.12.002 PMID:39753470	综述	本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）的多样性和复杂性，以及它们在肿瘤中的作用	整合了单细胞和空间转录组学数据，探讨了TAM的多样性和可塑性	缺乏能够完全整合TAM复杂性的模型	探讨肿瘤相关巨噬细胞的多样性和功能	肿瘤相关巨噬细胞（TAM）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
894	2025-04-12	Clustering Mycobacterium tuberculosis-specific CD154+CD4+ T cells for distinguishing tuberculosis disease from infection based on single-cell RNA-seq analysis 2025-Apr, The Journal of infection IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.jinf.2025.106449 PMID:40010539	研究论文	通过单细胞RNA测序分析结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的聚类，以区分结核病和感染	首次通过单细胞RNA测序揭示了结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞的10个不同亚群及其在结核病和感染中的差异	CD154在区分结核病和感染方面的能力仍受限于患者异质性	区分活动性结核病（TBD）和潜伏性结核感染（TBI）	结核分枝杆菌特异性CD154+CD4+ T细胞	单细胞RNA测序	结核病	单细胞RNA测序	随机森林模型	RNA-seq数据	NA
895	2025-04-12	A comprehensive transcriptional profiling of developing gonads reveals the role of TGFβ signaling in female gonadal asymmetry in chickens 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104932 PMID:40014972	研究论文	通过转录组分析揭示TGFβ信号通路在雌鸡性腺不对称发育中的作用	首次结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术全面分析雌鸡性腺不对称发育的转录组特征，并发现TGFβ信号通路的调控作用	研究仅聚焦于胚胎发育早期阶段(E5-E9.5)，未涵盖整个性腺发育过程	阐明鸡雌性性腺不对称发育的分子机制	雌鸡胚胎左右性腺	发育生物学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	E5(HH26)、E6.5(HH30)、E8(HH34)和E9.5(HH36)四个发育阶段的雌鸡性腺样本
896	2025-04-12	Multi-omics joint analysis and identification of candidate genes for the rate of right ovarian degeneration in geese 2025-Apr, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.104966 PMID:40056778	研究论文	通过单细胞转录组测序构建鹅右侧卵巢退化的细胞图谱，并鉴定与退化速率相关的候选基因	首次构建了鹅右侧卵巢退化的单细胞转录组图谱，并鉴定出LHX9和ARID5B作为调控退化速率的关键候选基因	研究仅针对鹅这一物种，结果在其他鸟类中的普适性有待验证	探究鸟类右侧卵巢退化的分子机制及其速率差异的遗传基础	鹅的右侧卵巢组织	基因组学	NA	scRNA-seq, 基因组测序	NA	转录组数据, 基因组数据	未明确说明样本数量（鹅右侧卵巢组织）
897	2025-04-12	Spotiphy enables single-cell spatial whole transcriptomics across an entire section 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02622-5 PMID:40074951	research paper	介绍了一种名为Spotiphy的计算工具包，可将基于测序的空间转录组数据转化为单细胞分辨率的全转录组图像	Spotiphy能够在保持全基因组覆盖的同时实现单细胞分辨率，填补了信息空白，并提供了创新的空间分析流程	NA	开发一种能够实现单细胞分辨率空间转录组分析的计算工具	阿尔茨海默病和健康小鼠大脑中的星形胶质细胞和疾病相关小胶质细胞，以及人类乳腺癌空间转录组数据	digital pathology	Alzheimer's disease, breast cancer	spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	NA
898	2025-04-12	Optimizing Xenium In Situ data utility by quality assessment and best-practice analysis workflows 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02617-2 PMID:40082609	research paper	本文评估了Xenium In Situ平台在空间转录组学中的性能，并提供了最佳实践和分析建议	首次对Xenium平台进行独立性能分析，并与其它八种空间转录组技术进行比较	研究仅基于25个数据集，可能无法涵盖所有应用场景	评估Xenium In Situ平台的性能并建立分析流程标准	25个Xenium数据集及八种其它空间转录组技术	空间转录组学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	25个来自不同组织和物种的Xenium数据集
899	2025-04-12	Feature selection methods affect the performance of scRNA-seq data integration and querying 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02624-3 PMID:40082610	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序数据整合中特征选择方法对性能的影响	首次系统评估了特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合和查询性能的影响，并提供了关于特征数量选择、批次感知特征选择等方面的具体指导	未涉及所有可能的特征选择方法，且研究结果可能受特定数据集的影响	评估不同特征选择方法对单细胞RNA测序数据整合性能的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
900	2025-04-12	A computational pipeline for spatial mechano-transcriptomics 2025-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02618-1 PMID:40097810	research paper	开发了一个计算框架，用于联合统计分析空间转录组学中的转录和机械信号	提出了一个能够联合分析转录和机械信号的计算框架，并应用于小鼠胚胎发育数据，识别组织区室边界的机械、形态和基因表达特征	未明确提及具体局限性	探索生物分子和机械信号在组织中的相互作用	小鼠胚胎发育过程中的细胞和组织	computational biology	NA	spatial transcriptomics, geoadditive structural equation modeling	geoadditive structural equation model	spatial transcriptomics data	未明确提及具体样本数量