单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-07-21	Guidelines for the assessment of high endothelial venule functionality and health 2025, Methods in cell biology DOI:10.1016/bs.mcb.2025.02.001 PMID:40683671	指南	本文提供了评估高内皮小静脉（HEVs）功能性和健康状况的指南	开发了在应激条件下（如炎症或淋巴结转移）评估HEV变化的指南，包括通过免疫荧光染色在蛋白质水平和单细胞RNA测序在RNA水平的评估	分离和培养HEVs会导致其表型丢失，因此体内评估是唯一可靠的检查方法	评估HEVs在应激条件下的变化	高内皮小静脉（HEVs）	NA	NA	免疫荧光染色, 单细胞RNA测序	NA	蛋白质水平数据, RNA水平数据	NA
882	2025-07-21	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	research paper	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型和牙胚组织	发育生物学	牙釉质发育不全	RNA-seq, CUT&RUN-seq, 单细胞RNA-seq, 显微CT, 扫描电镜	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据, 影像数据, 组织学数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
883	2025-07-21	Side- and Disease-Dependent Changes in Human Aortic Valve Cell Population and Transcriptomic Heterogeneity Determined by Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-19, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15121623 PMID:39766890	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类主动脉瓣细胞群和转录组异质性在疾病和不同侧面的变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示主动脉瓣膜细胞在疾病和不同侧面的转录组异质性，并识别出与疾病相关的新型细胞亚群和基因表达模式	样本量较小（仅5名捐赠者），且仅关注了主动脉瓣膜的特定区域	探究钙化性主动脉瓣疾病（CAVD）在主动脉瓣膜不同侧面发展的分子机制	人类主动脉瓣膜细胞	生物医学研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	5名捐赠者的82,356个主动脉瓣膜细胞
884	2025-07-21	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	该研究通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中揭示了皮下脂肪特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要更多纵向研究来确定因果关系和机制	探究HIV感染者皮下脂肪细胞组成与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	生物医学	HIV感染	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, CT扫描	NA	RNA测序数据, 影像数据	92名参与者进行批量RNA测序, 43名进行单细胞RNA测序
885	2025-07-21	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了一种针对神经元和胶质细胞的组合疗法	研究结果基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的组合疗法	阿尔茨海默病相关的神经元和胶质细胞	精准医学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、药物扰动数据库分析	AD小鼠模型	转录组数据、临床记录	AD小鼠模型
886	2025-07-21	Transcriptional reprogramming primes CD8+ T cells toward exhaustion in Myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome 2024-Dec-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2415119121 PMID:39621903	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME)中CD8+ T细胞向耗竭状态转变的转录重编程机制	首次在ME患者中发现CD8+ T细胞耗竭的分子特征，包括转录因子上调、染色质景观改变和代谢重编程	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	阐明ME疾病中T细胞失调的基因调控状态	ME患者的CD8+ T细胞亚群和某些先天T细胞	免疫学	肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征	单细胞RNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq, 流式细胞术	NA	基因组数据, 表观基因组数据, 蛋白质表达数据	未明确说明
887	2025-07-21	Multinucleated giant cells are hallmarks of ovarian aging with unique immune and degradation-associated molecular signatures 2024-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626649 PMID:39677686	research paper	该研究通过先进成像技术和转录组分析，揭示了卵巢衰老过程中多核巨细胞（MNGCs）的独特免疫和降解相关分子特征	首次定义了卵巢MNGCs在衰老过程中的存在及其独特的转录组特征，揭示了它们与免疫细胞（如T细胞）的紧密相互作用	MNGCs的大尺寸限制了其通过单细胞RNA测序等技术进行分离和分析	研究卵巢衰老过程中MNGCs的功能和分子特征	小鼠和非人灵长类动物的卵巢	生物医学	卵巢衰老	激光捕获显微切割和转录组分析	NA	图像和转录组数据	小鼠和非人灵长类动物的卵巢样本
888	2025-07-21	Dysregulated Treg repair responses lead to chronic rejection after heart transplantation 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173593 PMID:39621314	研究论文	该研究探讨了心脏移植后慢性排斥反应中调节性T细胞（Treg）修复反应的失调机制	首次揭示了IL-33通过诱导Treg分泌Areg促进成纤维细胞增殖，从而加剧慢性排斥反应的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限	阐明心脏移植后慢性排斥反应的分子机制	心脏移植模型中的调节性T细胞和成纤维细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	MHC II不匹配小鼠心脏移植模型	基因表达数据	小鼠移植模型和临床移植样本
889	2025-07-21	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	research paper	该研究通过单核染色质可及性和转录组分析，建立了来自不同遗传背景女性的乳腺组织图谱	整合分析揭示了10种不同的细胞类型，包括三种主要上皮亚型，并发现了未表征的标记物和基因调控网络，以及遗传背景依赖的变异性	样本量相对较小（92名女性），可能无法完全代表所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺生物学中遗传背景依赖的变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	digital pathology	breast cancer	单核染色质可及性分析、转录组分析、空间转录组学	NA	单核染色质可及性数据、基因表达数据	92名女性的乳腺组织样本
890	2025-07-21	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次将图信号处理技术应用于单细胞数据中的基因空间映射，并提出了GSPA方法	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射的问题	单细胞测序数据中的基因	生物信息学	NA	单细胞测序	图信号处理	单细胞测序数据	NA
891	2025-07-21	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，提高了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析的检测能力	样本来源仅限于死后大脑组织，可能无法完全反映活体情况	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑组织的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本
892	2025-07-21	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞的异质性分析	利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病伤口中成纤维细胞的异质性，为改善伤口愈合提供新的治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证研究支持	研究糖尿病伤口愈合的机制，特别是成纤维细胞的作用	糖尿病伤口中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病	scRNAseq	NA	RNA测序数据	NA
893	2025-07-21	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	research paper	该研究揭示了产前小鼠和人类大脑中小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，以及这些细胞在促进血管网络形成中的作用，同时发现GMH患儿中的CD45细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性	首次揭示了小胶质细胞在特定脑区血管生成中的作用，并阐明了GMH患儿中免疫细胞通过促炎因子导致血管破裂的机制	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步在人类体内验证这些发现	探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制	产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞	神经发育生物学	早产儿生发基质出血	单细胞转录组学、流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠和人类早产儿样本
894	2025-07-21	Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs 2024-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76722-1 PMID:39463434	研究论文	本研究探讨了囊性纤维化相关糖尿病(CFRD)中胰岛GLP-1受体蛋白表达减少及其对胰岛素分泌的影响	首次发现CFRD患者胰岛中GLP-1R蛋白表达减少，并揭示了α和β细胞特异性转录程序的紊乱	研究样本量未明确说明，且仅关注了胰腺组织层面的变化	探索CFRD中胰岛素分泌受损的分子机制	囊性纤维化相关糖尿病患者与非CF/非糖尿病对照组的胰腺组织	糖尿病研究	囊性纤维化相关糖尿病	免疫组织化学和空间转录组学	NA	组织样本和基因表达数据	未明确说明
895	2025-07-21	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	使用LIPSTIC单细胞转录组学技术，识别出在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞	仅关注树突状细胞与CD4 T细胞的相互作用，未涉及其他免疫细胞类型	研究树突状细胞在肿瘤免疫反应中的作用	树突状细胞和CD4+ T细胞	免疫学	肿瘤	LIPSTIC单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
896	2025-07-21	Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00811-3 PMID:39300320	研究论文	本研究探讨了谷氨酰胺酶抑制剂telaglenastat（CB-839）与阿扎胞苷（AZA）联合治疗晚期骨髓增生异常综合征（MDS）的临床前协同效应及1b/2期临床试验结果	首次在MDS患者中评估了CB-839与AZA联合治疗的临床前协同效应和临床疗效，并发现谷氨酰胺转运蛋白SLC38A1与临床反应相关	单臂开放标签研究设计，样本量较小（共30名参与者）	评估CB-839与AZA联合治疗MDS的安全性、耐受性和临床疗效	晚期骨髓增生异常综合征（MDS）患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据	30名参与者（6名剂量递增研究，24名剂量扩展研究）
897	2025-07-21	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	research paper	该研究提出了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，以超分辨率预测空间基因表达	iStar基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅具备组织学图像的组织切片中预测基因表达	NA	开发一种整合空间转录组学和组织学图像的方法，以提高基因表达预测的分辨率	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	digital pathology	NA	空间转录组学(ST)	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	NA
898	2025-07-21	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	本研究探讨了G蛋白信号调节因子（RGS）在人类肠道内分泌细胞中的表达及其在健康和肥胖状态下对饱腹激素分泌的潜在影响	首次揭示了RGS在人类肠道内分泌细胞中的表达谱，并发现其在肥胖状态下发生改变，提出RGS蛋白作为肠道内分泌细胞中GLP-1和PYY分泌调节因子的新角色	样本量相对有限（61例患者），且部分数据来自公开数据库	探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达及其对饱腹激素分泌的调控作用	人类肠道L型内分泌细胞（EECs）	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNAseq）	体外细胞模型（NCI-H716细胞）	基因表达数据、激素分泌数据	61例患者（42例肥胖，19例瘦削）的肠道组织样本，部分患者餐后血浆样本
899	2025-07-21	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	research paper	该研究通过单细胞多模态分析揭示了单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序技术对437,126个单核细胞进行全面转录和表型分析，发现了多个功能不同的单核细胞亚群及其与心血管疾病风险因素的关联	研究主要关注单核细胞的异质性，可能忽略了其他免疫细胞在心血管疾病中的作用	探索单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	人类和小鼠的单核细胞	免疫学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
900	2025-07-21	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	介绍了一种名为METI的端到端框架，通过整合空间转录组学、细胞形态学和精选基因特征，增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用的理解	METI框架首次将细胞形态学与空间转录组学整合，克服了现有分析工具忽视组织学特征和依赖单细胞RNA测序数据的限制	未明确提及样本量是否足够广泛覆盖所有肿瘤类型，且未讨论在低质量或降解样本中的表现	开发一种能够更全面分析肿瘤微环境中细胞相互作用和分子特征的工具	胃、肺、膀胱等肿瘤组织及癌前组织的空间转录组数据	数字病理学	胃癌、肺癌、膀胱癌	空间转录组学（ST）	端到端框架（METI）	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织（包括胃、肺、膀胱癌及癌前组织）的ST数据