单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis 2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.26.568771 PMID:38405793	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序技术，定义了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）在组织特异性中的反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面评估SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并发现SJS/TEN水疱液是驱动疾病病理的效应性CD8+ T细胞的丰富来源	样本量较小（17名患者），且仅针对SJS/TEN患者进行研究	研究SJS/TEN的细胞免疫病理机制	17名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	生物医学	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	17名SJS/TEN患者的119,784个细胞
882	2025-06-06	Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context 2024-02, Seminars in arthritis and rheumatism IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319 PMID:38040516	研究论文	本文通过空间分析方法探讨免疫-基质相互作用，以理解组织环境中的免疫功能	结合多重免疫荧光组织学和机器学习方法识别罕见免疫细胞群，并发现其优先定位于纤维血管微环境	是否类似机制适用于其他纤维化相关疾病（如自身免疫性疾病）尚待进一步研究	理解免疫细胞在组织环境中的功能及其与微环境的相互作用	免疫细胞及其微环境	数字病理学	COVID-19诱导的肺纤维化	多重免疫荧光组织学、空间转录组学	机器学习	图像、转录组数据	多种人类组织
883	2025-06-06	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	提出了一种基于单细胞测序分析构建巨噬细胞相关治疗疗效预测因子的新方法	开发了一种新的TAMs风险评分(TRS)模型，用于预测结直肠癌患者的预后及对免疫治疗和化疗的反应	研究依赖于公共数据库数据，缺乏独立验证队列	开发结直肠癌预后预测模型并评估其对治疗的预测价值	结直肠癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析	Cox回归模型	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的结直肠癌患者样本
884	2025-06-06	Targeting tumor cell-to-macrophage communication by blocking Vtn-C1qbp interaction inhibits tumor progression via enhancing macrophage phagocytosis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94537 PMID:38773982	research paper	该研究通过CRISPR筛选发现Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，并探索了其在肿瘤治疗中的潜在应用	揭示了Vtn-C1qbp轴作为新的抗吞噬信号，为肿瘤免疫治疗提供了新的分子靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索肿瘤细胞与巨噬细胞之间的通讯机制，并寻找新的免疫治疗靶点	肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	CRISPR筛选、流式细胞术、RNA测序、免疫沉淀、质谱分析、免疫荧光	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
885	2025-06-06	The CEBPB+ glioblastoma subcluster specifically drives the formation of M2 tumor-associated macrophages to promote malignancy growth 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93473 PMID:38994023	研究论文	本研究通过整合胶质瘤单细胞和空间转录组学，揭示了GBM亚群6与M2型肿瘤相关巨噬细胞之间的特异性相互作用及其调控机制	发现了CEBPB转录网络在GBM亚群6中的特异性调控作用，揭示了其通过MCP1和SPP1-Integrin αvβ1-Akt信号通路调控M2型TAMs的招募和极化的机制	研究主要聚焦于GBM亚群6与M2型TAMs的相互作用，可能未全面覆盖GBM微环境中其他细胞亚群的复杂互作网络	探究GBM肿瘤细胞亚群与非肿瘤细胞间的特异性互作机制，以控制GBM的恶性进展	胶质母细胞瘤(GBM)微环境中的肿瘤细胞亚群(GBM亚群6)和M2型肿瘤相关巨噬细胞(M2 TAMs)	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
886	2025-06-06	Energy competition remodels the metabolic glucose landscape of psoriatic epidermal cells 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93764 PMID:38855186	研究论文	探讨代谢竞争在银屑病皮肤表皮细胞增殖和分化中的作用	揭示了银屑病中高增殖性基底细胞通过代谢竞争摄取葡萄糖的机制，以及COX7B通过调节PPAR信号通路促进银屑病发展的新发现	研究主要基于小鼠模型和炎症类器官模型，人类样本的直接验证较少	研究银屑病皮肤表皮细胞代谢适应及其潜在机制	银屑病皮肤表皮细胞	代谢组学	银屑病	批量RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学、葡萄糖摄取实验	咪喹莫特样小鼠模型、炎症类器官模型	RNA测序数据、代谢数据	NA
887	2025-06-06	Comprehensive multi-omics analysis of pyroptosis for optimizing neoadjuvant immunotherapy in patients with gastric cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93124 PMID:38773976	research paper	该研究通过多组学分析探讨了细胞焦亡在胃癌肿瘤微环境重塑和免疫治疗中的作用，并构建了一个细胞焦亡风险评分（PRS）作为生物标志物	构建了PRS作为胃癌免疫治疗的独立生物标志物，并验证其在预测新辅助免疫治疗效果中的价值	研究样本主要来自公共数据库和中国医疗队列，可能缺乏其他种族或地区的数据	优化胃癌患者的新辅助免疫治疗策略	胃癌患者	digital pathology	gastric cancer	multi-omics analysis, single-cell sequencing, multiplex immunofluorescence	NA	genomic data, clinical data	公共数据库样本925例，中国医疗队列978例，新辅助免疫治疗患者48例，新辅助化疗患者49例
888	2025-06-06	Spatial Transcriptomics: A Powerful Tool in Disease Understanding and Drug Discovery 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95908 PMID:38773973	综述	本文介绍了空间转录组学的分析策略及其在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学不仅提供基因表达水平的信息，还提供基因表达的空间信息，为药物发现提供了新的视角	讨论了当前研究领域需要解决的挑战和问题	探索空间转录组学在疾病理解和药物发现中的应用	空间转录组学技术及其在药物发现中的应用	组学研究	NA	空间转录组学(ST)	NA	基因表达数据	NA
889	2025-06-06	Nicotinamide phosphoribosyltransferase prompts bleomycin-induced pulmonary fibrosis by driving macrophage M2 polarization in mice 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94482 PMID:38773984	research paper	该研究探讨了烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）在博莱霉素诱导的肺纤维化中的作用及其机制	首次阐明NAMPT通过驱动巨噬细胞M2极化促进肺纤维化的机制，并验证了靶向单核/巨噬细胞NAMPT的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NAMPT在肺纤维化中的作用机制	特发性肺纤维化（IPF）患者样本和博莱霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	分子病理学	肺纤维化	RNA-Seq、Western blotting、qRT-PCR、ELISA、免疫组化染色、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	临床IPF患者样本和小鼠模型
890	2025-06-06	Highlighting fibroblast plasticity in lung fibrosis: the WI-38 cell line as a model for investigating the myofibroblast and lipofibroblast switch 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93519 PMID:38948058	research paper	该研究探讨了WI-38细胞系作为研究肌成纤维细胞（MYF）和脂成纤维细胞（LIF）转换的模型，及其在特发性肺纤维化（IPF）中的相关性	首次使用WI-38细胞系模拟LIF和MYF的可逆转换，并与IPF患者的成纤维细胞转录组数据关联	研究仅基于体外细胞模型，未涉及体内实验验证	探究成纤维细胞向MYF或LIF表型分化的机制及其在肺纤维化中的作用	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞（LF-IPF）	细胞生物学	特发性肺纤维化（IPF）	免疫荧光（IF）、定量PCR（qPCR）、bulk RNA测序、单细胞转录组分析	体外细胞模型	转录组数据、图像数据	WI-38细胞系和IPF患者来源的肺成纤维细胞
891	2025-06-06	Mechanosensitive protein polycystin-1 promotes periosteal stem/progenitor cells osteochondral differentiation in fracture healing 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.93269 PMID:38646641	研究论文	本研究探讨了机械敏感蛋白polycystin-1在骨折愈合过程中促进骨膜干细胞/祖细胞骨软骨分化的关键作用	揭示了PC1-TAZ轴在机械力感知和骨折愈合中的新机制，并提出了针对该轴的药物治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用仍需进一步验证	探究机械力调控骨折愈合的分子机制	骨膜干细胞/祖细胞(PSPCs)	骨生物学	骨折愈合障碍	单细胞RNA测序、谱系追踪小鼠模型、条件性敲除小鼠模型	小鼠骨折模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用多种小鼠模型
892	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast spatial heterogeneity and EMILIN1 expression in the tumor microenvironment modulate TGF-β activity and CD8+ T-cell infiltration in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.90627 PMID:38505604	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和空间转录组数据，探索了乳腺癌中不同癌症相关成纤维细胞（CAF）群体与免疫细胞排斥之间的关系，并首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度	首次揭示了不同CAF群体在乳腺癌中的空间组织程度，并发现EMILIN1作为TGF-β抑制剂在调节T细胞浸润中的新功能	研究样本量相对较小（N=75），且主要基于乳腺癌，结果在其他癌症类型中的普适性有待验证	探索肿瘤微环境中CAF空间异质性与TGF-β活性及CD8+ T细胞浸润的关系	乳腺癌肿瘤微环境中的CAF群体和CD8+ T细胞	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、免疫组织化学分析	NA	基因表达数据、空间转录组数据、组织学图像数据	75例乳腺癌患者肿瘤样本
893	2025-06-06	G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92909 PMID:38505600	研究论文	本文探讨了Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的潜在作用	揭示了Gαi2在NFAT激活、内皮细胞活化和血管生成中的关键作用，为调控这些过程提供了潜在治疗策略的新见解	NA	研究Gαi2在内皮细胞功能和血管生成中的作用	内皮细胞和视网膜血管生成	分子生物学	糖尿病视网膜病变	shRNA, CRISPR/Cas9, 显性负突变, 过表达, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	实验小鼠（包括对照组和STZ诱导的糖尿病视网膜病变小鼠）
894	2025-06-06	Dynamic pathological analysis reveals a protective role against skin fibrosis for TREM2-dependent macrophages 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.94121 PMID:38505612	research paper	该研究通过建立小鼠疾病模型和单细胞RNA测序，揭示了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用	首次发现TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中具有保护作用，并揭示了其与胎儿皮肤巨噬细胞的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证有限	探究巨噬细胞异质性在皮肤纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类系统性硬化症(SSc)患者的皮肤样本	digital pathology	systemic sclerosis	scRNA-seq	knockout mice	RNA-seq data	小鼠模型和人类SSc患者的皮肤样本
895	2025-06-06	An advanced comprehensive muti-cell-type-specific model for predicting anti-PD-1 therapeutic effect in melanoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91626 PMID:38505619	research paper	该研究开发了一个多细胞类型特异性模型，用于预测黑色素瘤中抗PD-1治疗的效果	识别了四个与抗PD-1治疗效果密切相关的细胞亚群，并开发了一个基于这些亚群的预测模型	需要进一步验证模型的广泛适用性	研究抗PD-1治疗在晚期黑色素瘤中的效果预测	晚期黑色素瘤患者的肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-nucleus sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	NA
896	2025-06-06	Fibroblasts facilitate lymphatic vessel formation in transplanted heart 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92103 PMID:38505621	研究论文	本研究探讨了移植心脏中淋巴管形成的关键机制，特别是成纤维细胞在其中的作用	揭示了移植心脏中新形成的淋巴管主要来源于受体LYVE1细胞，并发现活化的成纤维细胞通过多种信号通路促进淋巴管内皮细胞的管形成	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究移植心脏中淋巴管形成的来源和机制	移植心脏中的淋巴管和成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	scRNA-seq, Elisa检测, Western blotting, Q-PCR, 免疫组化染色, 三维重建	小鼠移植模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 图像数据	多种基因型小鼠的移植心脏样本
897	2025-06-06	Aryl hydrocarbon receptor confers protection against macrophage pyroptosis and intestinal inflammation through regulating polyamine biosynthesis 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.95749 PMID:39113799	研究论文	研究芳烃受体（AhR）在调节巨噬细胞焦亡和肠道炎症中的作用及其机制	揭示了AhR通过调节多胺生物合成抑制巨噬细胞焦亡的新机制，并提出了AhR/ODC1/多胺轴在维持肠道稳态中的功能作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的相关性分析有限	探索AhR在炎症性肠病发病机制中的作用	巨噬细胞和肠道炎症	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、RNA-seq、RT-qPCR、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀、免疫荧光染色	DSS诱导的小鼠结肠炎模型	基因表达数据、蛋白质数据	小鼠模型和溃疡性结肠炎患者的肠黏膜活检样本
898	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing highlights the immunosuppression of IDO1+ macrophages in the malignant transformation of oral leukoplakia 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99112 PMID:39239507	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IDO1+巨噬细胞在口腔白斑恶性转化中的免疫抑制作用	首次在口腔癌变过程中鉴定出具有免疫抑制功能的Macro-IDO1巨噬细胞亚群，并揭示其通过IFN-γ-JAK-STAT通路上调IDO1的机制	样本量较小（仅3例患者），且主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究口腔癌变过程中免疫抑制性肿瘤微环境的形成机制	口腔鳞状细胞癌(OSCC)、癌前口腔白斑(preca-OLK)和癌旁组织(PCA)	digital pathology	oral cancer	single-cell RNA sequencing, multicolor immunofluorescence staining	NA	single-cell transcriptome data	3例患者（同时包含OSCC、preca-OLK和PCA组织）和4NQO诱导的小鼠口腔癌模型
899	2025-06-06	Single cell RNA-sequencing delineates CD8+ tissue resident memory T cells maintaining rejection in liver transplantation 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.96928 PMID:39239518	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等多组学方法，分析了人和小鼠肝移植样本中的组织驻留记忆T细胞（TRMs）在移植排斥中的作用	揭示了CD8+ TRMs在移植排斥中的显著增加及其独特的表达谱，包括组织驻留标记、免疫检查点、细胞毒性标记和增殖标记的上调，以及转录因子EOMES和RUNX3的高表达	样本量相对较小（人类17例，小鼠16例），可能限制统计效力	探索肝移植中与免疫机制相关的组织驻留记忆T细胞的作用	人和小鼠的肝移植样本	免疫学	肝移植	单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫学技术	NA	RNA测序数据	人类17例，小鼠16例，共计235,116个细胞
900	2025-06-06	Activation of Toll-like receptor 2 promotes mesenchymal stem/stromal cell-mediated immunoregulation and angiostasis through AKR1C1 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.100327 PMID:39239520	研究论文	本研究探讨了Toll样受体2（TLR2）激活如何通过AKR1C1促进间充质干细胞/基质细胞（MSCs）的免疫调节和血管生成抑制作用	首次揭示了TLR2-AKR1C1信号通路在MSCs中的免疫调节和血管生成抑制作用，并发现AKR1C1能保护MSCs免于铁死亡	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究TLRs是否影响MSCs在损伤后的稳态功能	间充质干细胞/基质细胞（MSCs）、单核细胞/巨噬细胞、小鼠无菌损伤诱导的炎症性角膜血管生成模型	细胞生物学	炎症性疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA