单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-09-07	Macrophages drive a fibrogenic gene program of periductal fibroblasts in pediatric primary sclerosing cholangitis 2025-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.14.670195 PMID:40894696	研究论文	本研究通过多组学方法揭示巨噬细胞通过驱动肝星状细胞的纤维化基因程序促进儿童原发性硬化性胆管炎的胆管周围纤维化	首次整合空间转录组、批量RNA测序和蛋白质组学技术，系统性解析胆管周围纤维化区域的细胞互作网络，并识别出17个巨噬细胞纤维化驱动基因和6个肝星状细胞效应基因	研究主要聚焦儿科患者群体，成年患者中的普适性仍需验证；空间互作机制的因果性需进一步功能实验证实	阐明原发性硬化性胆管炎胆管周围纤维化的细胞互作机制	儿童原发性硬化性胆管炎患者的肝组织样本和血浆样本	空间多组学	自身免疫性肝病	MERSCOPE空间转录组、bulk RNA-seq、SomaScan蛋白质组学、MR弹性成像	NA	空间转录组数据、RNA测序数据、蛋白质组数据、影像数据	包含不同纤维化阶段的PSC患者、自身免疫性肝炎患者及肝硬度异常患者的组织与血浆样本
882	2025-09-07	Spatial and multi-omic profiling reveals genes and pathways associated with cytotoxic lymphocyte infiltration in malignant rhabdoid tumor 2025-Aug-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7303174/v1 PMID:40894019	研究论文	本研究利用空间转录组学和多组学分析揭示恶性横纹肌样瘤中细胞毒性淋巴细胞浸润的相关基因和通路	首次结合空间转录组学与多组学分析MRT免疫细胞浸润，发现骨骼肌发育因子上调与CD8+T细胞浸润相关，并识别肿瘤相关巨噬细胞特异性基因	样本量有限且为观察性研究，需进一步验证机制	探究恶性横纹肌样瘤免疫细胞浸润的分子机制	恶性横纹肌样瘤（MRT）样本	数字病理学	儿科癌症	空间转录组学，多组学分析	NA	转录组数据，空间表达数据	未明确样本数量的MRT肿瘤样本
883	2025-09-07	Systematic characterization of cell type-specific master metabolic regulators in Alzheimer's disease 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7207381/v1 PMID:40894034	研究论文	本研究开发了scFUMES算法，系统识别阿尔茨海默病中细胞类型特异性代谢主调控因子	开发了整合多组学数据的scFUMES算法，首次在单细胞水平揭示AD中神经元和小胶质细胞的代谢调控网络差异	NA	识别阿尔茨海默病中脑细胞类型特异性代谢主调控因子	人类大脑组织（中颞回和背外侧前额叶皮层）	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、相互作用组学、基因组学、转录组学、代谢组学	scFUMES算法	多组学数据	来自大型人脑生物样本库的样本
884	2025-09-07	Spatial transcriptomics reveals distinct cell type dynamics following opioid dependence in mice with the common human variant in the μ-opioid receptor, Oprm1 A118G 2025-Aug-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7199524/v1 PMID:40894067	研究论文	利用空间转录组学技术研究携带人类μ-阿片受体常见变异A118G的小鼠在阿片依赖后的细胞类型动态变化	首次结合空间转录组学揭示A118G变异通过胶质细胞（而非神经元）适应介导阿片依赖风险的新机制	NA	探究OPRM1基因A118G变异影响阿片依赖风险的分子机制	携带人类OPRM1 A118G变异的小鼠模型	空间转录组学	阿片使用障碍	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
885	2025-09-07	TET2-mutant myeloid cells mitigate Alzheimer's disease progression via CNS infiltration and enhanced phagocytosis in mice 2025-Aug-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.006 PMID:40609533	研究论文	研究发现TET2突变的克隆性造血可降低阿尔茨海默病风险，并通过小鼠模型揭示其通过外周髓系细胞浸润发挥保护作用的机制	首次发现TET2特异性突变（而非其他CH驱动因子）与AD风险降低47%相关，并证实突变髓系细胞通过增强吞噬和炎症反应渗透中枢神经系统	研究主要基于小鼠模型和UK Biobank数据，人类直接证据仍需进一步验证	探究克隆性造血与阿尔茨海默病的相互作用机制	小鼠AD模型、UK Biobank人群数据、人iPSC来源的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、iPSC技术、骨髓移植	NA	基因组数据、转录组数据、行为学数据	UK Biobank队列数据、小鼠模型实验
886	2025-09-07	Single-Cell Transcriptomic Changes in Patient-Derived Glioma and U87 Glioblastoma Cell Cultures Infected with the Oncolytic Virus VV-GMCSF-Lact 2025-07-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26146983 PMID:40725231	研究论文	利用单细胞RNA测序比较溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact感染后人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞和U87胶质母细胞瘤细胞的转录组响应	首次在单细胞分辨率下揭示溶瘤病毒对不同类型胶质瘤细胞的感染特异性及早期转录事件决定细胞命运的机制	研究仅限于体外细胞模型，未涉及体内肿瘤微环境的影响	探究溶瘤病毒VV-GMCSF-Lact对胶质瘤细胞的感染机制和转录组响应	人源胶质瘤细胞、非恶性脑细胞、U87 MG胶质母细胞瘤细胞系	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	患者来源胶质瘤培养物和U87细胞系的多细胞样本
887	2025-09-07	Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors 2025-Jul-17, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010 PMID:40683559	研究论文	本研究探讨慢性酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力	首次在非人灵长类模型中揭示慢性酒精摄入通过改变HSPC的分化倾向促进破骨细胞生成	研究基于猕猴模型，结果向人类直接推广需谨慎	阐明酒精导致骨密度降低的细胞机制	猕猴造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	NA	骨质疏松症	光谱流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据, 基因表达数据	猕猴模型样本
888	2025-09-07	Inflammatory, Functional, and Compositional Changes of the Uterine Immune Microenvironment in a Lymphangioleiomyomatosis Mouse Model 2025, Journal of cellular immunology DOI:10.33696/immunology.7.227 PMID:40893807	研究论文	通过小鼠模型研究淋巴管平滑肌瘤病中子宫免疫微环境的炎症、功能及组成变化	首次在子宫特异性Tsc2敲除小鼠模型中揭示uNK细胞功能失调与LAMCore细胞肺转移的免疫逃逸机制	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究LAM疾病中子宫免疫微环境对肿瘤细胞转移的影响机制	Tsc2敲除LAM小鼠模型的子宫免疫细胞及血清样本	肿瘤免疫学	淋巴管平滑肌瘤病	单细胞RNA测序，ELISA，流式细胞术，IHC，功能实验	NA	基因表达数据，蛋白质浓度数据，细胞表型数据	Tsc2敲除小鼠及对照组的子宫组织和血清样本（具体数量未明确说明）
889	2025-09-07	Deciphering cellular heterogeneity and pathway dynamics in urinary samples: a UMAP-Based approach to understanding acute kidney injury 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573469 PMID:40900831	研究论文	本研究利用UMAP方法分析急性肾损伤（AKI）患者尿液样本的单细胞RNA测序数据，揭示细胞异质性和ECM相关通路变化	首次应用UMAP技术解析AKI尿液样本的细胞组成差异，并鉴定MAPK1作为ECM通路调控的关键基因	研究基于公开数据集GSE180595，样本来源有限，需要进一步实验验证临床意义	探索AKI患者尿液样本中细胞组成和基因表达模式，识别与AKI相关的关键细胞互作和通路激活	AKI和非AKI患者的尿液单核细胞	生物信息学	急性肾损伤	scRNA-seq, UMAP, 差异基因表达分析	UMAP	基因表达数据	公开数据集GSE180595中的AKI和非AKI患者尿液样本
890	2025-09-07	PI3 as a Common Hub Gene Linking Atopic Dermatitis and Ulcerative Colitis Through Immune Cell Recruitment Mechanisms 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S527507 PMID:40901026	研究论文	本研究通过生物信息学分析识别了特应性皮炎和溃疡性结肠炎的共享枢纽基因PI3及其免疫细胞招募机制	首次发现PI3作为连接两种疾病的枢纽基因，并揭示其通过CCL/CXCL趋化因子招募免疫细胞的共同机制	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要实验验证	探究特应性皮炎和溃疡性结肠炎之间的共同发病机制和分子连接	GSE121212和GSE75214基因表达数据集中的患者样本	生物信息学	特应性皮炎和溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序, WGCNA, PPI网络分析	三种机器学习算法	基因表达数据	来自两个GEO数据集的多例患者样本
891	2025-09-07	Tumor associated neutrophils promote prostate cancer progression by mediating neutrophil trap secretion through PSMA1- NF-κB-HIF-1α signaling axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1467357 PMID:40901472	研究论文	本研究通过多组学分析揭示肿瘤相关中性粒细胞通过PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴介导中性粒细胞陷阱分泌促进前列腺癌进展	首次发现PSMA1-NF-κB-HIF-1α信号轴调控中性粒细胞陷阱形成的新机制，并构建了基于6个基因的预后预测模型	回顾性研究设计，需要前瞻性验证	探究肿瘤相关中性粒细胞在前列腺癌进展中的作用机制并开发预后预测模型	前列腺癌患者临床样本和数据	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、LASSO回归、机器学习分析、去卷积算法、器官样模型	预后预测模型	临床数据、基因组数据、单细胞测序数据	前列腺癌患者回顾性临床数据
892	2025-09-07	Elevated THOC5 expression in liver cancer and its implications for tumor progression and therapeutic response 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1596120 PMID:40901498	研究论文	本研究探讨THOC5基因在多种癌症中的表达及其对肝细胞癌（LIHC）预后和治疗的影响	首次全面分析THOC5在多种癌症中的表达模式，并揭示其通过激活EGFR、缺氧和MAPK等信号通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于公共数据集和体外实验，需要进一步体内实验验证	评估THOC5作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	肝细胞癌（LIHC）及其他多种癌症类型	癌症生物学	肝癌	单细胞RNA测序、RNA-seq、免疫组化、蛋白质组学分析、伤口愈合实验、Transwell迁移实验	NA	基因表达数据、蛋白质数据、细胞实验数据	公共数据集中的多种癌症样本及LIHC细胞系
893	2025-09-07	Uncovering key biomarkers, potential therapeutic targets and development of deep learning model in heart failure 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0330780 PMID:40901835	研究论文	通过生物信息学分析和深度学习技术识别心力衰竭的关键生物标志物并开发诊断模型	结合WGCNA、机器学习、PPI分析和单细胞RNA测序鉴定出四个关键基因(ITIH5, ISLR, ASPN, FNDC1)，并首次使用CNN构建心力衰竭诊断模型	基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证	发现心力衰竭的生物标志物和潜在治疗靶点，并开发诊断模型	心力衰竭相关基因表达数据和患者样本	生物信息学	心血管疾病	RNA测序，单细胞RNA测序，分子对接	CNN	基因表达数据	来自GEO数据库的公共数据集
894	2025-09-07	Multi-Omics Integration with Machine Learning and Molecular Docking Reveals Crosstalk Mechanisms and Drug Candidates in Metastatic Melanoma and Vitiligo 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S533281 PMID:40904412	研究论文	本研究通过多组学整合与机器学习方法，揭示转移性黑色素瘤与白癜风之间的交叉对话机制并筛选候选药物	首次系统阐明转移性黑色素瘤与白癜风的遗传交叉对话机制，并基于机器学习构建预后模型及通过分子对接筛选靶向治疗化合物	基于公开数据库的回顾性分析，需进一步实验验证	阐明两种疾病间的分子机制并开发个性化治疗策略	转移性黑色素瘤与白癜风患者基因数据	生物信息学	黑色素瘤与白癜风	多组学整合、差异表达分析、WGCNA、scRNA-seq、分子对接	机器学习预后模型	基因组数据与单细胞数据	基于GEO和TCGA公开数据库的多个独立队列
895	2025-09-07	Exploring immunological alterations of B cells in peripheral immunity via single-cell RNA sequencing: insights into primary membranous nephropathy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1622395 PMID:40904455	研究论文	通过单细胞RNA测序探索原发性膜性肾病中B细胞的免疫学改变及其在疾病机制中的作用	首次在PMN患者中应用单细胞RNA测序揭示B细胞亚群（特别是浆细胞亚群0和B10调节性B细胞）的异质性、功能多样性及其与单核细胞的相互作用	样本量较小（6例患者和3例健康对照），需更大规模研究验证	探究原发性膜性肾病中B细胞的免疫病理机制	原发性膜性肾病（PMN）患者和健康对照的外周血单个核细胞	免疫学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6例PMN患者和3例健康对照的外周血单个核细胞样本
896	2025-09-07	From trash to treasure: tumor draining lymph nodes as a multi-omics goldmine in cancer therapy 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1636942 PMID:40904508	综述	探讨肿瘤引流淋巴结在癌症治疗中的双重角色及多组学研究价值	提出'淋巴结多模态保护研究(LNMPR)'概念，整合空间转录组学等新技术解析淋巴结免疫动态	NA	系统梳理TDLN生物学认知演变并探索其临床治疗优化策略	肿瘤引流淋巴结(TDLNs)	肿瘤免疫学	癌症	空间转录组学, 单细胞分析, 成像技术	NA	多组学数据	NA
897	2025-09-07	SPINK1 facilitates tumor progression via the EGFR/JAK/STAT3 axis in oral squamous cell carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1585277 PMID:40904507	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了SPINK1在口腔鳞状细胞癌中通过EGFR/JAK/STAT3轴促进肿瘤进展的分子机制	首次发现SPINK1通过EGFR/JAK/STAT3信号轴驱动口腔鳞癌进展，并揭示其在肿瘤发生和免疫调节中的双重作用	NA	阐明SPINK1在口腔鳞状细胞癌中的功能作用和分子机制	口腔鳞状细胞癌组织和细胞系	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、免疫印迹、功能获得/缺失实验	NA	转录组数据、实验数据	GEO数据库转录组数据集和实验验证样本
898	2025-09-07	An immune-focused supplemental alignment pipeline captures information missed from dominant single-cell RNA-seq analyses, including allele-specific MHC-I regulation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596760 PMID:40861433	研究论文	介绍一种名为nimble的补充性RNA-seq分析工具，专注于提升免疫相关基因数据的捕获和分析能力	开发了可定制化基因空间和评分标准的伪比对工具，能够恢复标准分析中遗漏的等位基因特异性调控和复杂多基因家族数据	NA	改善单细胞RNA-seq分析中对免疫相关基因（如MHC和KIR）的检测准确性和完整性	免疫基因家族（主要组织相容性复合体和杀伤细胞免疫球蛋白样受体）及组织驻留记忆T细胞	生物信息学	传染病（结核分枝杆菌感染）	RNA-seq（包括bulk和单细胞），伪比对技术	NA	基因表达数据	NA
899	2025-09-07	Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts 2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.12.623270 PMID:39605411	研究论文	通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞基因表达谱影响急性治疗队列中HIV-1病毒库的大小	首次通过无偏倚高通量单细胞测序揭示单核细胞基因表达与HIV-1病毒库大小的负相关关系，并发现IL1B通过NF-κB通路具有天然潜伏逆转活性	样本量相对有限（初始队列14人，验证队列38人），且主要聚焦急性感染期开始ART治疗的人群	研究宿主基因表达差异是否调节抑制性ART治疗期间HIV-1病毒库的大小	HIV-1感染个体（急性感染期开始ART治疗且病毒抑制有效但总HIV-1 DNA量不同的参与者）	生物信息学	艾滋病	scRNA-seq, IPDA	NA	单细胞RNA测序数据	初始队列14人，验证队列38人
900	2025-09-07	Liquid Biopsy for Proliferative Diabetic Retinopathy: Single-Cell Transcriptomics of Human Vitreous Reveals Inflammatory T-Cell Signature 2024 Nov-Dec, Ophthalmology science IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.xops.2024.100539 PMID:39220810	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示增殖性糖尿病视网膜病变患者玻璃体中T细胞的炎症特征	首次对疾病状态下人类玻璃体进行单细胞转录组表征，发现PDR玻璃体主要由T细胞组成且中性粒细胞基本缺失	样本量较小（5名患者6只眼睛），属于病例系列研究	识别PDR中可靶向的细胞类型及信号通路，探索玻璃体液活检的可行性	增殖性糖尿病视网膜病变患者的玻璃体和外周血细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序），Chromium 10x平台	NA	单细胞转录组数据	5名成年患者（6只眼睛）的玻璃体细胞和外周血单核细胞