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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 881 - 900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 881 | 2025-10-05 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
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研究论文 | 本研究使用AlphaFold2预测了超过11,000种人类剪接异构体的结构，系统分析了选择性剪接对蛋白质结构的影响 | 首次大规模预测人类剪接异构体的三维结构，并系统分析剪接变异对结构特征和功能的影响 | 仅基于计算预测，缺乏实验验证；分析范围限于已知的剪接异构体 | 探究选择性剪接对蛋白质结构的影响及其功能意义 | 人类蛋白质剪接异构体 | 计算生物学 | NA | 蛋白质结构预测，单细胞RNA测序 | AlphaFold2 | 蛋白质序列，单细胞RNA-seq数据 | 超过11,000种人类剪接异构体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens项目的单细胞RNA-seq数据 |
| 882 | 2025-10-05 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
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研究论文 | 提出一种名为SpatialAnno的空间转录组数据注释方法，能够有效利用非标记基因和标记基因的定性信息 | 通过因子模型估计非标记基因的低维嵌入，同时利用Potts模型促进相邻点间的空间平滑性，无需参考数据集 | NA | 开发空间转录组数据的细胞/区域类型注释方法 | 空间转录组数据中的细胞/点 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 因子模型, Potts模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和4个真实数据集 | 10x Genomics, ST, Slide-seq, seqFISH | 空间转录组学 | 10x Visium, ST, Slide-seqV1/2, seqFISH | 10x Visium平台, ST平台, Slide-seqV1/2平台, seqFISH平台 |
| 883 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of the human heart
2023-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01918-1
PMID:37568021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 884 | 2025-10-05 |
p53 governs an AT1 differentiation programme in lung cancer suppression
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06253-8
PMID:37468633
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研究论文 | 本研究揭示了p53通过调控肺泡1型细胞分化程序抑制肺腺癌发展的新机制 | 首次发现p53通过促进AT1细胞分化程序来抑制肺癌，揭示了p53在肺泡损伤修复和肿瘤抑制中的双重作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究p53抑制肺腺癌发展的分子机制 | 肺腺癌细胞、肺泡2型细胞、肺泡1型细胞 | 癌症生物学 | 肺癌 | RNA测序, ATAC测序, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据, 单细胞转录组数据 | 表达致癌Kras和不同Trp53等位基因的转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
| 885 | 2025-10-05 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
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研究论文 | 构建了人类肾脏健康和损伤状态下的高分辨率细胞图谱 | 首次通过多组学方法系统描绘了人类肾脏51种主要细胞类型，包括罕见和未描述细胞群体，并定义了28种肾脏损伤相关的细胞状态 | 样本数量相对有限（45名健康供体和48名患者），且为观察性研究 | 理解肾脏疾病的细胞类型复杂性、分子特征和组织微环境相互作用 | 人类肾脏组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序,单核测序,空间成像技术,空间转录组学,3D成像分析 | NA | 单细胞数据,空间转录组数据,成像数据 | 45名健康肾脏供体和48名肾脏疾病患者，超过400,000个细胞/细胞核 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 886 | 2025-10-05 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
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研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了人类心脏八个区域的细胞生态位特征 | 首次在人类心脏中整合单细胞和空间转录组学数据，开发了drug2cell药物靶点预测工具，并发现了心脏传导系统的独特特征 | 研究仅针对人类心脏的八个特定区域，可能未涵盖所有心脏结构 | 探索人类心脏不同区域的细胞生态位和微环境特征 | 人类心脏八个区域的细胞和组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类心脏八个区域 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 887 | 2025-10-05 |
Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06157-7
PMID:37286600
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研究论文 | 本研究揭示了核结构异常（如微核和染色体桥）会导致可遗传的转录抑制 | 首次发现微核和染色体桥等核结构异常可引起可遗传的转录缺陷，并建立了核结构异常与表观遗传变化之间的直接联系 | 表观遗传变化的异质性渗透机制尚未完全阐明 | 探究癌症中表观遗传变异的机制及其与核结构异常的关系 | 癌细胞中的微核和染色体桥 | 表观遗传学 | 癌症 | 长期活细胞成像，单细胞RNA测序（Look-Seq2） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 888 | 2025-10-05 |
Ultraviolet radiation shapes dendritic cell leukaemia transformation in the skin
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06156-8
PMID:37286599
|
研究论文 | 本研究通过肿瘤系统基因组学和单细胞转录组学分析，揭示了紫外线辐射在皮肤部位塑造树突状细胞白血病转化的机制 | 首次证明紫外线辐射可在远位解剖部位影响前恶性克隆的演化，发现Tet2功能缺失突变使浆细胞样树突状细胞对UV诱导的细胞死亡产生抗性 | 研究样本量有限，主要聚焦于BPDCN这一罕见疾病，机制研究仍需进一步验证 | 探究浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)的发病机制和进化过程 | 浆细胞样树突状细胞肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 白血病 | 肿瘤系统基因组学, 单细胞转录组学, 基因分型 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 889 | 2025-10-05 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
|
研究论文 | 开发了一种用于结核分枝杆菌感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序方案 | 同时获取每个感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息 | NA | 阐明不同免疫细胞在控制或促进结核分枝杆菌感染中的作用 | 结核分枝杆菌感染的肺巨噬细胞 | 单细胞测序 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | NA |
| 890 | 2025-10-05 |
Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer's disease: review, recommendation, implementation and application
2022-03-02, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00517-z
PMID:35236372
|
综述 | 本文系统综述了单细胞测序数据分析的生物信息学方法及其在阿尔茨海默病研究中的应用 | 提供了14个主要分析方向的推荐工作流程并在大型单核RNA测序数据集上实施验证 | 未明确说明所用数据集的样本量限制和模型验证的局限性 | 为阿尔茨海默病单细胞测序数据分析提供生物信息学指南 | 阿尔茨海默病患者和小鼠模型的单细胞测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 891 | 2025-10-05 |
Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics
2025-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153
PMID:40157420
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式技术揭示了银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示了矛盾性湿疹的炎症特征，并发现趋化因子和TNF通路信号传导的遗传易感性独立于已知的特应性风险位点 | 样本量相对有限，需要在更大规模的研究中验证发现 | 探究银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的发病机制 | 接受生物制剂治疗的银屑病患者 | 单细胞组学 | 银屑病，湿疹 | 单细胞RNA测序，质谱流式技术 | NA | 单细胞转录组数据，蛋白质组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序，质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 892 | 2025-10-05 |
Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy
2025-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03109-y
PMID:40646287
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研究论文 | 本研究通过靶向核糖体生物合成重塑肿瘤微环境并增强癌症免疫治疗效果 | 首次揭示核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境中免疫细胞的调控作用，发现对免疫治疗敏感的关键免疫细胞亚群 | 研究主要基于临床前模型，在人体中的具体效果需要进一步验证 | 探索核糖体生物合成阻断对肿瘤免疫微环境的重编程作用及其对免疫治疗的增强效应 | 免疫活性小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据、临床样本 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 893 | 2025-10-05 |
Harnessing Machine Learning and Multiomics to Construct a Tumor-Specific T Cell Signature for Prognostic Assessment and Precision Medicine in Lung Adenocarcinoma
2025-Sep-22, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-18330-5
PMID:40976828
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习和多组学数据构建了肺腺癌特异性T细胞特征，用于预后评估和精准医疗 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学开发新型T细胞相关基因预后指标，并在多个队列中验证其预测能力 | 研究依赖于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 开发肺腺癌预后评估工具和免疫治疗反应预测指标 | 肺腺癌患者 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 加权基因共表达网络分析 | RSF + Ridge机器学习框架 | 转录组数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 894 | 2025-10-05 |
Polyethylene terephthalate microplastics exposure enhances the risk of ulcerative colitis: insights from multi-omics integration, machine learning, and molecular docking reveal intestinal toxicity mechanisms
2025-Sep-22, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003476
PMID:40981471
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研究论文 | 本研究通过多组学整合、机器学习和分子对接揭示了聚乙烯对苯二甲酸酯微塑料暴露增加溃疡性结肠炎风险的肠道毒性机制 | 首次整合多组学数据与机器学习算法筛选PET-MPs诱导UC的关键基因，并通过分子对接和动物实验验证其作用机制 | 研究主要基于公共数据库数据和动物模型，需要进一步临床验证 | 探究PET微塑料暴露与溃疡性结肠炎风险增加的分子机制 | PET微塑料、溃疡性结肠炎相关基因、动物模型肠道组织 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 多组学整合、机器学习、分子对接、单细胞测序、Western blot | 三种机器学习算法筛选关键基因，八种算法SHAP分析 | 基因组数据、蛋白表达数据 | 动物模型实验组（DSS + PET-MPs组）与对照组 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 895 | 2025-10-05 |
DiSTect: a Bayesian model for disease-associated gene discovery and prediction in spatial transcriptomics
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf530
PMID:40981505
|
研究论文 | 提出一种名为DiSTect的贝叶斯收缩模型，用于空间转录组学中的疾病相关基因发现和预测 | 通过自回归项整合组织点的空间相关性，采用分层结构分析多个相关样本，并能处理组织内的缺失数据 | NA | 识别疾病指示基因并预测组织点的疾病状态 | HER2阳性乳腺癌和阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 乳腺癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 贝叶斯收缩模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 896 | 2025-10-05 |
CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528
PMID:40981522
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研究论文 | 提出了一种名为CLUEY的知识引导框架，用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析 | 将先验生物学知识整合到聚类过程中，为最佳聚类数量提供指导并增强结果的可解释性 | NA | 解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题，提供更可靠的细胞类型检测方法 | 单细胞组学数据，包括单模态（如scRNA-seq、scATAC-seq）和多模态数据集（如CITE-seq、SHARE-seq） | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，多组学测序 | 知识引导聚类框架 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 897 | 2025-10-05 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Sep-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
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研究论文 | 提出一种用于空间转录组数据降维的双曲流形深度学习方法 | 首次将双曲几何空间与扩散过程结合用于空间转录组数据表示，通过Minkowski空间中的线性混合有效整合空间扩散信息 | 仅验证了聚类性能，未全面评估在其他下游任务（如细胞类型注释、空间域识别）的表现 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构的表示学习问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 变分自编码器, 图卷积网络 | 空间基因表达数据 | 多个空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 898 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境，发现CD8效应T细胞活化可作为免疫治疗疗效预测标志物 | 首次系统揭示CD8Teff细胞在三阴性乳腺癌免疫治疗中的预测价值，并发现CXCL13作为关键调节因子 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索三阴性乳腺癌免疫治疗的疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 人工智能模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 899 | 2025-10-05 |
A dynamic model for Waddington's landscape accounting for cell-to-cell communication
2025-Sep-19, Mathematical biosciences
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.mbs.2025.109537
PMID:40976482
|
研究论文 | 本研究提出了一个考虑细胞间通讯的Waddington景观动态模型 | 将细胞间通讯整合到Waddington景观模型中，通过偏微分方程和常微分方程耦合系统描述细胞状态密度和配体浓度 | 模型验证主要基于单细胞转录组数据，需要更多实验数据进一步验证 | 开发能够准确描述生物发育过程的数学模型 | 细胞成熟和发育过程 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | 偏微分方程和常微分方程耦合系统 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 900 | 2025-10-05 |
Mechanistic insights into iguratimod action in asthma-COPD overlap through multi-omics and in-silico modelling
2025-Sep-18, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152673
PMID:40976228
|
研究论文 | 通过多组学和计算机模拟研究艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的作用机制 | 整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合分子对接和分子动力学模拟揭示艾拉莫德在ACO中的多靶点作用机制 | 研究基于生物信息学分析和计算机模拟，缺乏实验验证 | 阐明艾拉莫德在哮喘-慢阻肺重叠综合征中的治疗机制 | 哮喘-慢阻肺重叠综合征相关基因和艾拉莫德药物分子 | 生物信息学 | 呼吸系统疾病 | 批量RNA测序,单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | PPI网络分析,分子对接模型,分子动力学模型 | 基因表达数据,蛋白质结构数据 | 来自GEO数据库的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |