单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-04-18	Gut microbiota-derived tryptophan metabolites improve total parenteral nutrition-associated infections by regulating Group 3 innate lymphoid cells 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70007 PMID:40236767	研究论文	本研究探讨了肠道微生物群衍生的色氨酸代谢物通过调节第3组先天淋巴细胞（ILC3s）改善全肠外营养相关感染的机制	揭示了ILC3s分泌IL-22减少是导致TPN相关感染的重要因素，并发现特定代谢物通过激活核受体Rorγt促进IL-22分泌的分子机制	具体代谢物名称在摘要中未明确提及，机制研究仍需进一步验证	阐明全肠外营养相关感染的发病机制并探索改善方法	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物群及ILC3s	免疫学	肠功能衰竭相关感染	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、16S rRNA基因测序、宏基因组测序	NA	基因测序数据	慢性肠功能衰竭患者和小鼠的肠道微生物样本
882	2025-04-18	HLF and PPARα axis regulates metabolic-associated fatty liver disease through extracellular vesicles derived from the intestinal microbiota 2025-Apr, iMeta IF:23.7Q1 DOI:10.1002/imt2.70022 PMID:40236774	研究论文	本研究探讨了肠道微生物来源的细胞外囊泡通过HLF/PPARα轴在代谢相关脂肪肝病(MAFLD)中的作用机制	首次发现肠道HLF通过调节PPARα表达影响肠道屏障功能，并通过微生物囊泡介导的TCDCA抑制肝细胞铁死亡	研究主要基于动物模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肠道参与MAFLD发展的分子机制	食蟹猴肠道组织、基因敲除小鼠模型	代谢疾病研究	代谢相关脂肪肝病	单细胞转录组分析、脂质组学	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明样本数量
883	2025-04-18	Predicting Single-Cell Drug Sensitivity Utilizing Adaptive Weighted Features for Multi-Source Domain Adaptation 2025-Mar-20, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3553126 PMID:40111773	研究论文	提出了一种名为scAdaDrug的新型多源域适应模型，用于预测单个细胞的药物反应	利用自适应重要性感知表示学习，通过对抗域适应从多个源域提取与药物反应相关的域不变特征，并引入即插即用模块生成重要性感知且相互独立的权重	未明确提及具体局限性	预测单细胞水平的药物反应	单细胞转录组数据	机器学习	肿瘤	单细胞测序技术	多源域适应模型	单细胞转录组数据	多个独立数据集，包括来自细胞系、患者来源异种移植(PDX)模型以及临床肿瘤患者队列的单细胞数据集
884	2025-04-18	Pro-Fibrotic Macrophage Subtypes: SPP1+ Macrophages as a Key Player and Therapeutic Target in Cardiac Fibrosis? 2025-02-27, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14050345 PMID:40072075	研究论文	本文探讨了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	揭示了SPP1+巨噬细胞在心脏纤维化发病机制中的核心作用，并提出了针对这些细胞的创新治疗策略	目前研究主要基于动物模型，临床转化效果尚待验证	研究心脏纤维化的发病机制并探索新的治疗靶点	SPP1+巨噬细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学	动物模型	基因表达数据	NA
885	2025-04-18	Identification of the immune infiltration and biomarkers in ulcerative colitis based on liquid-liquid phase separation-related genes 2025-02-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89252-1 PMID:39915583	研究论文	该研究通过机器学习算法鉴定了与溃疡性结肠炎(UC)免疫浸润相关的液-液相分离相关基因(LLPS-RGs)，并验证了这些基因在UC中的诊断价值和免疫调节作用	首次揭示了LLPS-RGs在UC免疫浸润中的作用，鉴定了7个高诊断准确性的hub基因，为UC的精准治疗提供了新靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床队列验证hub基因的诊断价值	探索LLPS-RGs在UC免疫浸润中的作用机制并寻找诊断标志物	溃疡性结肠炎患者组织和细胞模型	生物信息学	溃疡性结肠炎	机器学习算法、qRT-PCR、scRNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	微阵列和单细胞RNA测序数据集
886	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2025-02-04, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82218-9 PMID:39905117	研究论文	本文通过实验与计算相结合的方法，探索了紫杉醇对三阴性乳腺癌细胞的影响及其分子机制	揭示了紫杉醇诱导的干扰素样反应及细胞周期相关耐药机制，并鉴定ELF3上调作为紫杉醇耐药的潜在生物标志物	研究主要基于体外细胞实验，临床样本验证有限	探索紫杉醇在三阴性乳腺癌中的治疗反应机制及耐药性	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、siRNA敲降、活细胞成像	NA	基因表达数据、影像数据	未明确说明细胞系数量，但包含公共乳腺癌患者数据分析
887	2025-04-18	Spatially resolved transcriptomics and graph-based deep learning improve accuracy of routine CNS tumor diagnostics 2025-02, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00904-z PMID:39880907	研究论文	本文介绍了一种名为NePSTA的空间转录组学分析方法，结合图神经网络，用于中枢神经系统肿瘤的自动组织学和分子评估	开发了NePSTA方法，利用空间转录组学和图神经网络，从单个5微米组织切片中实现全面的形态学和分子神经病理学诊断	需要进一步验证其在更广泛样本和临床环境中的适用性	提高中枢神经系统肿瘤的诊断准确性和效率	中枢神经系统肿瘤患者和健康捐赠者的组织样本	数字病理学	中枢神经系统肿瘤	空间转录组学、NGS、甲基化分析	图神经网络	组织切片图像、分子数据	130名参与者，包括CNS恶性肿瘤患者和健康捐赠者，来自四个医疗中心
888	2025-04-18	Cellular Crosstalk Promotes Hepatic Progenitor Cell Proliferation and Stellate Cell Activation in 3D Co-culture 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101472 PMID:39892785	研究论文	该研究通过3D共培养系统探讨了肝祖细胞与肝星状细胞之间的直接相互作用及其在肝纤维化中的作用	开发了一种3D共培养系统，实时观察肝祖细胞与肝星状细胞的相互作用，并验证了它们在人类肝组织中的共表达	研究主要基于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探究肝祖细胞与肝星状细胞在肝损伤和纤维化过程中的相互作用机制	小鼠肝星状细胞和荧光标记的肝祖细胞	细胞生物学	肝纤维化	3D共培养系统、空间转录组学	3D器官共培养模型	基因表达数据、细胞形态数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠肝星状细胞和人类肝组织样本
889	2025-04-18	Exploring the impact of cuproptosis on prostate cancer prognosis via RNA methylation regulation based on single cell and bulk RNA sequencing data 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1573611 PMID:40235543	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序数据，探讨铜死亡对前列腺癌预后的影响及其RNA甲基化调控机制	首次结合铜死亡和RNA甲基化调控因子，构建前列腺癌预后风险模型，并通过单细胞RNA测序揭示免疫特征和药物敏感性	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模临床样本验证	探究铜死亡和RNA甲基化调控因子在前列腺癌预后中的作用机制	前列腺癌患者	数字病理	前列腺癌	scRNA-seq, qPCR, IHC	Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集及外部验证队列
890	2025-04-18	Unveiling purine metabolism dysregulation orchestrated immunosuppression in advanced pancreatic cancer and concentrating on the central role of NT5E 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569088 PMID:40236698	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学分析，揭示了胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调对免疫抑制的调控作用，并聚焦于NT5E的核心角色	首次在胰腺癌微环境中系统性地研究了嘌呤代谢的异质性及其对免疫抑制的影响，并确定了NT5E作为关键调控因子	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证NT5E的分子机制	探究胰腺癌微环境中嘌呤代谢失调如何调控免疫抑制	胰腺癌微环境中的肿瘤细胞、成纤维细胞和免疫细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、细胞共培养实验	AUCell、Ucell评分算法、Cellchat分析	转录组数据、空间数据	未明确说明样本数量，但涉及胰腺癌患者的转录组数据分析
891	2025-04-18	PM2.5 exposure reprograms cell cycle dynamics in uterine immune cells at single-cell resolution 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561290 PMID:40236703	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PM2.5暴露对小鼠子宫免疫细胞周期动态的影响	首次在单细胞分辨率下揭示PM2.5暴露如何重编程子宫免疫细胞的细胞周期动态	研究仅基于小鼠模型，人体效应尚不明确	探究PM2.5暴露影响生殖功能的细胞机制	小鼠子宫免疫细胞	单细胞组学	生殖功能障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	9000个平衡细胞
892	2025-04-18	Modeling reproductive and pregnancy-associated tissues using organ-on-chip platforms: challenges, limitations, and the high throughput data frontier 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1568389 PMID:40236940	综述	本文综述了用于模拟生殖和妊娠相关组织的器官芯片技术，探讨了其挑战、局限性和高通量数据前沿	介绍了克服器官芯片技术局限性的新方法，如空间转录组学、飞行时间成像细胞术和外泌体分析	器官芯片技术的局限性包括细胞数量少、上清液体积小以及制造材料的限制	探讨器官芯片技术在生殖和妊娠相关组织建模中的应用及其潜力	生殖和妊娠相关的器官芯片平台	生物医学工程	NA	空间转录组学、飞行时间成像细胞术、外泌体分析	器官芯片（OC）平台	显微镜成像、免疫细胞化学、实时聚合酶链反应、细胞因子多重分析	NA
893	2025-04-18	Multi-omics Analysis of Histone-related Genes in Osteosarcoma: A Multidimensional Integrated Study Revealing Drug Sensitivity and Immune Microenvironment Characteristics 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251336275 PMID:40241525	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和大规模临床信息，系统分析了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义	首次系统揭示了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，提出了'表观遗传-免疫'调控网络假说，并开发了基于组蛋白修饰的预后模型	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，开发预后模型和精准治疗策略	骨肉瘤组织和相关细胞类型	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据和临床信息	未明确说明样本数量，但包含外部验证队列
894	2025-04-18	Current insights into human pathogenic phenuiviruses and the host immune system 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2384563 PMID:39072499	综述	本文综述了人类致病性phenuiviruses与宿主免疫系统的最新研究进展	全面概述了phenuiviruses的宿主识别机制、病毒免疫逃逸及潜在治疗方法，特别关注RVFV和SFTSV	NA	探讨phenuiviruses的致病机制及宿主免疫反应	人类致病性phenuiviruses（如RVFV、SFTSV和HRTV）及其与宿主免疫系统的相互作用	病毒学	病毒感染	宏基因组学、代谢组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、基因编辑、单克隆抗体和疫苗	NA	NA	NA
895	2025-04-18	Hidden liver-joint axis: HBV infection causes rheumatoid arthritis via TRAFD1 with imbalance of HBV X protein and trans-ferulic acid 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2422540 PMID:39484999	研究论文	该研究揭示了乙型肝炎病毒（HBV）通过TRAFD1和HBx蛋白与反式阿魏酸（TFA）的失衡导致类风湿性关节炎（RA）的机制	首次发现HBV通过上调TRAFD1促进RA中的纤维母细胞-肌纤维母细胞转化（FMT），并识别出TFA通过抑制TRAFD1表达改善HBx诱导的RA	研究主要基于细胞和小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探究HBV感染与RA之间的关联及其分子机制	HBV感染患者、RA患者、纤维母细胞样滑膜细胞（FLS）、HBV转基因小鼠、HBx转基因小鼠和TRAFD1敲除小鼠	分子生物学与免疫学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析、代谢组学、WGCNA	CIA小鼠模型	转录组数据、代谢组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者样本、细胞模型和小鼠模型
896	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	research paper	该研究通过建立一种多功能体内平台，探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化机制	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用及其对治疗时机的重要性	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全模拟人类前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌神经内分泌转化的机制及其对治疗的影响	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官模型	基因表达数据和图像数据	使用具有不同驱动突变的小鼠前列腺类器官
897	2025-04-18	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	research paper	该研究通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞之间的基因表达和染色质可及性特征	首次在单细胞水平上揭示了乳腺癌亚型特异性转录网络与染色质可及性的关联，并鉴定了关键调控因子	样本量相对有限（61个样本来自37名患者），且未涉及其他癌症类型的比较	阐明乳腺癌不同分子亚型与其起源细胞之间的转录调控网络	乳腺癌患者肿瘤样本及其假定的起源细胞	digital pathology	breast cancer	bulk/single-cell/single-nucleus multi-omics, spatial transcriptomics, multiplex imaging	NA	genomic, transcriptomic, epigenomic	61个样本（来自37名乳腺癌患者）
898	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
899	2025-04-18	Morphine-responsive neurons that regulate mechanical antinociception 2024-08-30, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.ado6593 PMID:39208104	研究论文	通过单细胞转录组学和对吗啡响应神经元的操作，研究揭示了rostral ventromedial medulla (RVM)中一组调节小鼠机械性伤害感受的神经元	识别了RVM中调节机械性伤害感受的神经元群体，并揭示了它们通过BDNF/TrkB依赖机制和抑制性脊髓galanin阳性神经元的激活来调节吗啡诱导的机械性抗伤害感受	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类中验证	探索阿片类药物镇痛作用的神经解剖学基础	rostral ventromedial medulla (RVM)中的神经元	神经科学	疼痛管理	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
900	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照