单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-05-22	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	开发了一种名为CH-ATAC-seq的组合杂交方法，用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞染色质可及性图谱	首次在非哺乳动物物种中构建单细胞染色质可及性图谱，并整合多物种数据系统识别细胞类型特异性调控元件	研究范围限于斑马鱼、果蝇和蚯蚓等特定非哺乳动物物种，未涵盖更广泛的生物多样性	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞	表观基因组学	NA	scATAC-seq, CH-ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	约80万个细胞类型特异性cCREs，涵盖152种主要细胞类型
882	2025-05-22	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究通过Wnt信号剂量递增实验，探索干细胞分化的分子调控机制，并发现小分子药物tranilast可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化	结合单细胞RNA测序、多元回归模型和Connectivity Map数据库，建立了一个集成工作流程，用于识别控制细胞分化的小分子化合物	研究主要基于体外hiPSC分化和鹌鹑胚胎的体内分析，尚未在更复杂的生物模型中进行验证	探索Wnt信号在干细胞分化中的分子调控机制，并寻找能够调控细胞分化的小分子药物	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
883	2025-05-22	Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006 PMID:38295793	研究论文	通过单细胞转录组学对人类胎儿性腺及生殖道进行表征	首次对男性和女性人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道进行单细胞转录组学分析，揭示了性别分化过程中的形态和分子变化	研究仅涵盖第一和第二孕期样本，未涉及更晚期的发育阶段	揭示人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育的分子机制	人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	第一和第二孕期的男性和女性人类胎儿性腺及生殖道样本
884	2025-05-22	The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001 PMID:38295794	研究论文	本文揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制	首次发现PIF3在根系穿透土壤中的作用，并阐明其与FER的互作机制	研究主要基于拟南芥和大豆突变体，在其他植物中的普适性有待验证	探究植物根系穿透土壤的分子机制	拟南芥(Arabidopsis thaliana)和大豆(Glycine max)的根系	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验	NA	基因表达数据, 图像数据	拟南芥和大豆突变体
885	2025-05-22	Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.28.560068 PMID:37808782	research paper	开发了一种基于transformer的深度学习模型，用于从组织学图像预测癌症转录组	首次将transformer架构应用于组织学图像，通过预训练和微调策略解决了小数据集和参数爆炸的问题	模型在组织水平上训练，空间基因表达模式的预测能力仍需进一步验证	通过深度学习从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗	癌症组织学图像和转录组数据	digital pathology	cancer	深度学习	transformer	image	预训练使用1,802个正常组织样本，微调和评估使用4,331个肿瘤样本，验证使用1,305个肿瘤样本
886	2025-05-22	Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.19.523242 PMID:36712064	研究论文	本研究揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制，以及它们与邻近乳糜管组装的关键信号通路	首次发现绒毛平滑肌细胞来源于上皮下成纤维体祖细胞的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在肌肉与乳糜管组装中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道中得到验证	探究肠道绒毛平滑肌细胞的起源、分化机制及其在成年期的更新过程	小鼠肠道绒毛平滑肌细胞	细胞生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、定量谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
887	2025-05-22	Schlafen4+-MDSC in Helicobacter-induced gastric metaplasia reveals role for GTPases 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1139391 PMID:37334372	研究论文	研究揭示了SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部中的MDSCs细胞中的作用及其对GTPase通路的调控	首次发现SLFN4在MDSCs中调控GTPase通路，并揭示了其在幽门螺杆菌诱导的胃化生中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究SLFN4在幽门螺杆菌感染胃部MDSCs细胞中的身份和作用	幽门螺杆菌感染的小鼠胃部MDSCs细胞	分子生物学	胃癌	单细胞RNA测序、siRNA敲降、GTPase-Glo检测、DCF-DA荧光染色	Gli1CreERT2 x Slfn4 fl/fl小鼠模型	RNA测序数据、荧光信号数据	未感染和6个月幽门螺杆菌感染的小鼠
888	2025-05-22	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一大挑战，旨在推动这一新兴领域的发展	提出了单细胞数据科学中的十一大挑战，为未来研究指明了方向	未提供具体的解决方案或实验验证	推动单细胞数据科学领域的发展	单细胞数据科学的研究问题和方法	单细胞数据科学	NA	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
889	2025-05-21	Nanoparticles may influence mast cells gene expression profiles without affecting their degranulation function 2025-Jun, Nanomedicine : nanotechnology, biology, and medicine IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.nano.2025.102818 PMID:40185352	研究论文	开发并验证了一种体外监测纳米颗粒对IgE依赖性肥大细胞脱颗粒影响的方法	发现某些纳米材料对免疫细胞的影响超出功能性免疫检测的范围，特别是Abraxane和Doxil对肥大细胞基因表达谱的影响	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	评估纳米颗粒对肥大细胞脱颗粒功能和基因表达的影响	肥大细胞	免疫学	过敏性疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	七种纳米材料（四种临床级纳米药物和三种商业研究级纳米材料）
890	2025-05-21	Exploring Sex Differences in Type 2 Diabetes via a Male-Dominant Beta-Cell Cluster from Single-Cell Pancreatic Sequencing of Public Datasets 2025-May-19, Endocrinology and metabolism (Seoul, Korea) DOI:10.3803/EnM.2025.2297 PMID:40389209	研究论文	通过单细胞胰腺测序公共数据集，探索2型糖尿病中的性别差异，发现了一个男性主导的β细胞簇	识别了一个男性主导的β细胞簇，该簇具有独特的基因表达模式、信号通路和细胞间相互作用	研究依赖于公共数据集，可能存在批次效应或其他混杂因素	探索2型糖尿病中的性别差异及其分子机制	2型糖尿病患者的β细胞	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	来自四个公共数据集的样本
891	2025-05-21	Integrating single-cell with transcriptome-proteome Mendelian randomization reveals colorectal cancer targets 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02636-7 PMID:40381082	研究论文	通过整合单细胞数据、转录组数据、蛋白质组数据和GWAS数据进行MR分析，识别出结直肠癌的潜在靶点	首次结合单细胞转录组学、转录组学、蛋白质组学和MR方法，解析结直肠癌发病机制中的细胞类型特异性驱动基因	仅基于公开数据库数据，未进行实验验证	识别结直肠癌发病机制中的关键基因	结直肠癌相关基因	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序、GWAS、eQTL/pQTL分析、孟德尔随机化(MR)	SMR分析	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	4909个差异表达基因(DEGs)
892	2025-05-21	Effects of ER-phagy regulatory genes on the microenvironment of hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02649-2 PMID:40381129	研究论文	本研究通过综合分析方法探讨了ER自噬调控基因对肝细胞癌微环境的影响	结合单细胞测序数据、孟德尔随机化和生物信息学分析，首次阐明了ER自噬基因与HCC微环境中免疫细胞含量的因果关系	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步实验验证	阐明ER自噬调控基因在肝细胞癌微环境中的作用并构建预后模型	肝细胞癌微环境中的T细胞、树突状细胞、巨噬细胞和单核细胞	生物信息学	肝细胞癌	单细胞测序、孟德尔随机化、生物信息学分析	预后预测模型	测序数据	NA
893	2025-05-21	Machine learning and single-cell analysis uncover distinctive characteristics of CD300LG within the TNBC immune microenvironment: experimental validation 2025-May-17, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01690-3 PMID:40382513	研究论文	通过机器学习和单细胞分析揭示CD300LG在三阴性乳腺癌免疫微环境中的独特特征，并进行实验验证	首次将机器学习与单细胞测序技术结合，系统性地识别并验证CD300LG作为TNBC的新型预后生物标志物及其在免疫微环境中的调控作用	研究主要基于转录组和单细胞数据，缺乏体内功能实验验证CD300LG的具体分子机制	探究CD300LG在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中的功能及其作为治疗靶点的潜力	三阴性乳腺癌患者的转录组数据、单细胞测序数据及免疫微环境特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CIBERSORT/ssGSEA/TIDE/TCGA算法	四种未指明具体类型的机器学习算法	转录组数据、单细胞测序数据、免疫组化图像	未明确说明样本数量的TNBC患者数据集（含独立验证集）
894	2025-05-21	Mendelian randomization analysis reveals potential association between allergic rhinitis and nasopharyngeal carcinoma 2025-May-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02658-1 PMID:40382519	研究论文	通过孟德尔随机化分析等方法，研究了过敏性鼻炎与鼻咽癌之间的潜在关联，并详细分析了鼻咽癌的免疫微环境和分子机制	首次通过孟德尔随机化分析揭示过敏性鼻炎与鼻咽癌的潜在关联，并利用单细胞测序等技术鉴定了独特的B细胞亚群及其时空分布特征	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和人群多样性可能有限	探索鼻咽癌的免疫微环境特征及其与并发症的关联	鼻咽癌患者及其免疫微环境	医学研究	鼻咽癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序、基因表达谱分析、时空分析	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确说明样本量
895	2025-05-21	BAX-mediated ammonia-driven cell death: a novel prognostic and therapeutic target in clear cell renal cell carcinoma 2025-May-17, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00764-3 PMID:40382614	研究论文	本研究通过整合生物信息学分析和实验验证，构建了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的氨相关特征（AS），并探讨了其在预后评估和治疗靶点中的潜在应用	首次揭示了BAX介导的氨驱动细胞死亡在ccRCC中的作用，并构建了氨相关预后模型，为克服免疫抑制和改善临床预后提供了新的治疗策略	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，需要进一步的体内实验和临床验证来确认其临床应用的可行性	探讨氨相关细胞死亡在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者样本和细胞系	癌症研究	肾细胞癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭实验	氨相关特征（AS）预后模型	基因表达数据、单细胞测序数据	多个独立队列，包括TCGA、PMID 35,440,542队列、E-MTAB-1980和GSE29609
896	2025-05-21	Navigating single-cell RNA-sequencing: protocols, tools, databases, and applications 2025-May-17, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00044-5 PMID:40382658	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的协议、工具、数据库及其应用，探讨了数据分析、解释和多组学数据整合的挑战	强调了增强单细胞水平分辨率和准确性的创新技术，并探讨了scRNA-seq在药物发现、肿瘤微环境等领域的应用	讨论了scRNA-seq在数据分析和多组学数据整合方面的复杂性挑战	优化scRNA-seq方法并理解单细胞世界及其动态	单细胞RNA测序技术及其应用	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
897	2025-05-21	A single-cell transcriptomic atlas of immune cells in Wilson disease identifies copper-specific immune regulation 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112450 PMID:40384935	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了威尔逊病（WD）患者免疫细胞的转录组图谱，揭示了铜特异性免疫调控的机制	首次在单细胞水平上描绘了WD患者的免疫景观，并发现了铜代谢异常对免疫细胞功能和造血发育的影响，为铜凋亡在癌症治疗中的应用提供了新见解	研究仅基于外周血单个核细胞（PBMCs），未涉及其他组织或器官的免疫细胞	探究铜代谢异常对免疫调控和造血发育的影响，以及铜凋亡与免疫调控的关系	威尔逊病患者的免疫细胞	单细胞转录组学	威尔逊病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，研究对象为WD患者和健康对照（HDs）的外周血单个核细胞
898	2025-05-21	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-May-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种抵抗	首次揭示了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞治疗抵抗中的关键作用，并展示了抗SPP1抗体在克服抵抗中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤中的普适性需要进一步验证	探索CAR T细胞治疗实体瘤抵抗的机制并寻找克服方法	胶质瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫治疗	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	41名胶质瘤患者和小鼠模型
899	2025-05-21	Subcellular level spatial transcriptomics with PHOTON 2025-May-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59801-3 PMID:40368943	研究论文	介绍了一种名为PHOTON的方法，结合高分辨率成像和高通量测序，实现亚细胞水平空间转录组分析	PHOTON方法首次实现了在亚细胞分辨率下进行空间转录组分析，能够精确捕获目标细胞类型的转录组以及亚细胞区室内的RNA内容	NA	通过转录组学视角理解亚细胞分子动态	RNA的亚细胞定位及其功能	空间转录组学	NA	高分辨率成像, 高通量测序	NA	图像, 转录组数据	NA
900	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals human cortical layer and area specification 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09010-1 PMID:40369074	研究论文	利用空间转录组学技术揭示人类大脑皮层分层和区域的特异性	首次使用MERFISH技术结合深度学习核分割，在空间单细胞分辨率下研究人类胎儿皮层的分子、细胞和结构发育	研究仅涵盖胎儿发育期间的七个时间点，可能无法全面反映整个发育过程	探索人类大脑皮层分层和区域分子特异性的空间关系	人类胎儿大脑皮层	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差鲁棒荧光原位杂交）和单核RNA测序	深度学习	空间单细胞转录组数据	超过1800万个单细胞，涵盖七个发育时间点的八个皮层区域