单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
881	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据
882	2025-05-23	Uncovering functional lncRNAs by scRNA-seq with ELATUS 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54005-7 PMID:39521797	研究论文	本文介绍了一种名为ELATUS的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中增强功能性长链非编码RNA（lncRNA）的检测	开发了ELATUS框架，结合伪对齐工具Kallisto和选择性功能过滤，提高了lncRNA在单细胞水平上的检测准确性和一致性	依赖于参考注释的准确性，对于注释不准确的lncRNA可能仍有局限性	提高单细胞RNA测序数据中功能性lncRNA的检测能力	长链非编码RNA（lncRNA）	生物信息学	乳腺癌	scRNA-seq, ATAC-seq	ELATUS（基于Kallisto的计算框架）	单细胞RNA测序数据	NA
883	2025-05-23	Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.24.619910 PMID:39554174	研究论文	研究探讨了细胞因子混合物对人类THP-1巨噬细胞的重新编程能力，使其向阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型转变	首次使用特定细胞因子混合物（IL4、CSF1/MCSF、IL34和TGFβ）诱导人类巨噬细胞向疾病相关微胶质细胞（DAM）和脂质相关巨噬细胞（LAM）的转录状态转变	研究仅限于体外实验，未在体内验证细胞因子诱导的巨噬细胞重编程效果	探索细胞因子对人类巨噬细胞重编程的影响，以理解其在神经退行性疾病中的作用和潜在治疗应用	人类THP-1巨噬细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、转录组分析、功能实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	体外培养的人类THP-1巨噬细胞
884	2025-05-23	Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015 PMID:39270646	research paper	该研究探讨了乳腺癌脑转移的早期阶段，重点关注三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）在脑部定植的不同肿瘤结构和微环境	揭示了TNBC和HER2BC在脑部定植时形成的不同肿瘤结构和微环境，以及它们如何引发不同的阿尔茨海默病相关小胶质细胞（DAM）反应和GAS6受体AXL的参与	研究主要基于小鼠模型和人类组织样本，可能无法完全反映人类疾病的复杂性	理解乳腺癌脑转移的早期阶段和不同亚型乳腺癌在脑部定植的机制	三阴性乳腺癌（TNBC）和HER2阳性乳腺癌（HER2BC）	肿瘤学	乳腺癌	单细胞转录组学	小鼠模型	组织样本和转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括小鼠模型和人类组织样本
885	2025-05-23	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	介绍了一个名为STimage-1K4M的新型数据集，该数据集通过为子图块提供基因组特征，弥补了现有医学图像-文本数据集的不足	STimage-1K4M数据集首次将病理图像的子图块与高维基因表达数据配对，提供了前所未有的细粒度数据	数据集仅包含1,149张图像，可能不足以覆盖所有病理情况	推动多模态数据分析和计算病理学领域的先进研究	病理图像和基因表达数据	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	1,149张图像，4,293,195对子图块和基因表达数据
886	2025-05-23	Bioengineered vascular grafts with a pathogenic TGFBR1 variant model aneurysm formation in vivo and reveal underlying collagen defects 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg6298 PMID:38718134	research paper	该研究通过结合人类诱导多能干细胞(hiPSCs)、生物工程血管移植物(BVGs)和基因编辑技术，建立了一种功能性的人类胸主动脉瘤(TAA)动物模型	利用基因编辑和生物工程技术创建了携带Loeys-Dietz综合征(LDS)相关致病变异的血管移植物，成功在动物体内模拟了人类TAA的形成过程	研究仅针对特定基因变异(LDS相关)导致的TAA，可能无法完全代表所有类型TAA的发病机制	建立更好的人类胸主动脉瘤疾病模型并研究其发病机制	人类诱导多能干细胞衍生的血管平滑肌细胞和生物工程血管移植物	生物医学工程	胸主动脉瘤	基因编辑、hiPSC技术、生物工程技术、空间转录组学分析	动物模型(裸鼠)	基因表达数据、蛋白质数据、组织学数据	使用基因编辑细胞和患者来源细胞构建的生物工程血管移植物
887	2025-05-23	Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis 2024-04-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506 PMID:38598614	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的基因表达模块，并验证了滑膜成纤维细胞与疼痛感知神经元之间的相互作用	开发了基于图的基因表达模块识别方法（GbGMI），首次揭示了滑膜成纤维细胞基因表达与疼痛感知神经元生长之间的关联	研究主要基于体外实验和小样本验证，需要进一步在更大样本和体内模型中验证	探究类风湿关节炎疼痛机制与滑膜成纤维细胞基因表达的关系	类风湿关节炎患者的滑膜活检样本和疼痛感知神经元	生物信息学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、机器学习（GbGMI）	NA	基因表达数据	两个独立队列的滑膜活检样本（已确诊RA患者和早期未治疗RA患者）
888	2025-05-23	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具，包括转录组学、蛋白质组学和分子成像技术	整合了转录组学、蛋白质组学和分子成像技术，为CAVD研究提供了全面的方法，并有可能识别新的调控通路	NA	促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)和药物靶点研究的进展	钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)	生物医学研究	心血管疾病	转录组学、蛋白质组学、分子成像、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描/计算机断层扫描(PET/CT)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	NA
889	2025-05-23	Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9 2024-02-28, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581 PMID:38416842	research paper	研究发现内皮细胞通过诱导转录因子SOX9的表达在小鼠中驱动器官纤维化	揭示了内皮细胞在纤维化过程中的关键作用，特别是通过SOX9转录因子促进纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究内皮细胞在器官纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类心脏组织	生物医学	心血管疾病, 肺纤维化, 肝纤维化	RNA测序, 单细胞RNA测序	小鼠基因编辑模型	基因表达数据	多种小鼠纤维化模型及人类心脏衰竭组织样本
890	2025-05-23	Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease 2024-02-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501 PMID:38381845	research paper	该研究通过单细胞RNA测序在小鼠急性移植物抗宿主病（aGVHD）中鉴定出一个表达脂质运载蛋白-2（LCN2）的中性粒细胞群体，并探讨了其在减轻aGVHD严重程度中的作用机制	首次发现LCN2表达的中性粒细胞群体通过调节巨噬细胞功能减轻aGVHD严重程度，并提出了LCN2作为aGVHD治疗新策略的可能性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据仍需进一步验证	探索肠道组织耐受性在aGVHD中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和人类aGVHD患者肠道活检样本	免疫学	急性移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个aGVHD患者队列的肠道活检样本
891	2025-05-23	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize the molecular and cellular architecture of the ischemic mouse brain 2024-02-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg1323 PMID:38324639	research paper	该研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，描述了缺血小鼠大脑的分子和细胞结构，并发现LGALS9-CD44信号通路在缺血性损伤后的重要作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，详细描述了缺血大脑的分子和细胞结构，并发现LGALS9-CD44信号通路的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究缺血性中风后非神经元细胞的分子和空间特征以及细胞间的相互作用	缺血小鼠大脑	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	murine stroke model	transcriptomic data	19,777 spots sequenced
892	2025-05-23	CD23+IgG1+ memory B cells are poised to switch to pathogenic IgE production in food allergy 2024-02-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi0673 PMID:38324641	研究论文	该研究描述了在儿童花生过敏中，一种CD23+IgG1+记忆B细胞群体在2型免疫反应中出现，含有高亲和力的花生特异性克隆，并在激活后产生IgE生成细胞	发现了CD23+IgG1+记忆B细胞群体作为高亲和力致病性IgE生成细胞的前体，可能参与花生过敏的长期持续	研究主要针对儿童花生过敏，可能不适用于其他食物过敏或成人群体	探究食物过敏中B细胞记忆对持续性IgE反应的机制	儿童花生过敏患者	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	儿童花生过敏患者样本
893	2025-05-23	Understanding the cell fate and behavior of progenitors at the origin of the mouse cardiac mitral valve 2024-02-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.006 PMID:38198889	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多色克隆分析，揭示了小鼠心脏二尖瓣起源祖细胞的命运决定及其衍生物在瓣膜小叶中的行为与分布	首次定义了祖细胞特化的代谢过程及其对瓣膜细胞亚型的贡献，并描述了心内膜细胞衍生克隆的特定生长和行为模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类二尖瓣发育的直接证据	探究心脏二尖瓣发育过程中祖细胞的命运决定机制及其衍生物的行为	小鼠胚胎和出生后二尖瓣的心内膜细胞及其衍生物	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多色克隆分析	NA	基因表达数据	基因标记的心内膜细胞和显微解剖的小鼠胚胎及出生后二尖瓣组织
894	2025-05-23	Myeloid and lymphoid expression of C9orf72 regulates IL-17A signaling in mice 2024-01-31, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg7895 PMID:38295187	研究论文	该研究探讨了C9orf72基因在髓系和淋巴系中对IL-17A信号传导的调控作用及其在肌萎缩侧索硬化症(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)中的机制	首次揭示了C9orf72在造血系统中的双重调控作用，并提出了IL-17A作为ALS/FTD相关神经炎症治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明C9orf72基因突变导致ALS/FTD患者自身免疫和炎症反应的分子机制	小鼠造血系统细胞和人类ALS患者脊髓小胶质细胞	神经免疫学	肌萎缩侧索硬化症,额颞叶痴呆	条件性基因敲除、质谱流式细胞术、单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	多种造血谱系细胞及人类ALS患者样本
895	2025-05-23	Spatiotemporal modulation of growth factors directs the generation of multilineage mouse embryonic stem cell-derived mammary organoids 2024-01-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.003 PMID:38159568	research paper	通过定向分化小鼠胚胎干细胞，研究团队成功生成了多谱系ESC来源的乳腺类器官（MEMOs），并研究了其发育过程	首次通过BMP4和PTHrP的顺序激活及HH信号抑制，将皮肤类器官模型中的真皮间充质转化为乳腺特异性间充质，并生成MEMOs	研究仅在小鼠胚胎干细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	研究乳腺等外胚层附属器官的发育过程，为再生医学和疾病建模提供基础	小鼠胚胎干细胞（mESCs）及其衍生的乳腺类器官（MEMOs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	乳腺类器官模型（MEMO）	基因表达数据	NA
896	2025-05-23	YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulation in murine bone development 2024-01-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.11.029 PMID:38141609	research paper	该研究揭示了YAP和TAZ在小鼠骨骼发育中如何协调成骨前体细胞的动员与血管生成及力学调控	首次发现YAP和TAZ在胚胎骨骼发育中协调成骨前体细胞动员与血管生成，并介导力学调控	研究主要基于小鼠模型，人类细胞共培养实验仅作为补充验证	探究胚胎骨骼发育中成骨前体细胞动员与血管生成协调的分子机制	小鼠胚胎骨骼发育过程中的成骨前体细胞和血管系统	发育生物学	骨骼发育异常	单细胞RNA测序，3D人类细胞共培养	小鼠模型	基因表达数据，细胞培养数据	NA
897	2025-05-23	Deciphering maternal-fetal cross-talk in the human placenta during parturition using single-cell RNA sequencing 2024-01-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adh8335 PMID:38198568	研究论文	利用单细胞RNA测序技术解析人类胎盘在分娩过程中的母胎交流	首次建立人类胎盘的单细胞图谱，揭示分娩过程中母体和胎儿细胞类型的转录组活性变化，并发现胎盘源性单细胞特征可用于无创预测早产	研究主要关注足月分娩，对早产的预测仍需进一步验证	解析分娩过程中母胎交流的细胞贡献和通讯机制	人类胎盘中的母体和胎儿细胞	单细胞转录组学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	人类胎盘组织样本（具体数量未明确说明）
898	2025-05-23	Insights into midgut cell types and their crucial role in antiviral immunity in the lepidopteran model Bombyx mori 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1349428 PMID:38420120	review	该综述探讨了鳞翅目模型家蚕中肠细胞类型及其在抗病毒免疫中的关键作用	揭示了昆虫中肠细胞在免疫防御中的新机制，包括单细胞转录组学发现的新亚群以及昆虫与高等哺乳动物胃肠道的相似性	NA	阐明中肠细胞类型在昆虫免疫防御中的复杂作用	家蚕中肠细胞（柱状细胞、肠内分泌细胞、杯状细胞和再生细胞）	昆虫免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
899	2025-05-23	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells from pregnant women with Systemic lupus erythematosus 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2376649 PMID:39066603	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了系统性红斑狼疮（SLE）孕妇外周血单个核细胞的免疫细胞组成和基因表达谱	首次在单细胞水平上比较了妊娠期活动性和非活动性SLE患者的免疫细胞类型比例和转录模式	样本量较小（仅12例患者），且未包含健康孕妇对照组	阐明妊娠期SLE患者的免疫细胞变化和分子机制	系统性红斑狼疮孕妇的外周血单个核细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（10x Genomics技术）	NA	RNA测序数据	12例患者（分为4组，每组3人）
900	2025-05-23	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	通过单细胞RNA测序技术对先兆子痫孕妇及产后妇女的免疫细胞进行分析	首次在单细胞水平上描绘了先兆子痫患者母体免疫系统的景观和异质性	样本量较小（3例患者和2例对照）	研究先兆子痫与免疫系统改变的关系	先兆子痫孕妇及产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	先兆子痫	单细胞RNA测序（10× genomics平台）	NA	单细胞转录组数据	3例早发型先兆子痫孕妇和2例健康对照的PBMCs样本，共获得80,429个单细胞转录组