单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 8961 - 8980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8961 | 2024-09-19 |
Stemness signature and targeted therapeutic drugs identification for Triple Negative Breast Cancer
2023-11-20, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02709-8
PMID:37985782
|
研究论文 | 本研究旨在分析三阴性乳腺癌（TNBC）的癌症干细胞相关基因特征，以确定患者的危险分层和预后特征 | 本研究应用一类别逻辑回归（OCLR）算法计算TNBC患者的干细胞指数，并建立了基于16个基因的预后特征，通过分子对接筛选出针对预测基因的小分子化合物 | NA | 分析TNBC的癌症干细胞相关基因特征，确定患者的危险分层和预后特征 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 一类别逻辑回归（OCLR）算法、Cox回归分析、LASSO回归分析、分子对接 | NA | 基因表达数据、scRNA-seq数据 | TCGA和METABRIC合并数据集、GSE176078数据集 |
| 8962 | 2024-09-19 |
Cancer-associated fibroblasts in early-stage lung adenocarcinoma correlate with tumor aggressiveness
2023-10-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-43296-3
PMID:37848457
|
研究论文 | 研究早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞与肿瘤侵袭性的关系 | 首次发现早期肺腺癌中ADH1B癌症相关成纤维细胞的数量与肿瘤侵袭性呈负相关，并发现其与特定的细胞外基质和免疫细胞特征相关 | 研究仅基于早期肺腺癌样本，结果可能不适用于其他阶段或类型的肺癌 | 探讨早期肺腺癌中癌症相关成纤维细胞对肿瘤侵袭性的影响，以改进诊断和治疗策略 | 早期肺腺癌患者的组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 早期肺腺癌患者的组织样本 |
| 8963 | 2024-09-19 |
PLA2G2E-mediated lipid metabolism triggers brain-autonomous neural repair after ischemic stroke
2023-10-04, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.06.024
PMID:37490917
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研究论文 | 研究揭示了PLA2G2E介导的脂质代谢在缺血性脑损伤后触发脑自主神经修复的机制 | 首次发现PLA2G2E通过生成二高-γ-亚麻酸（DGLA）触发脑自主神经修复，并确定15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）作为促进功能恢复的关键代谢物 | NA | 阐明脑损伤后脑自主恢复的内在机制 | PLA2G2E、二高-γ-亚麻酸（DGLA）及其代谢物15-羟基-二十碳三烯酸（15-HETrE）在脑损伤后的作用 | NA | 脑卒中 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、表观遗传分析 | NA | RNA | NA |
| 8964 | 2024-09-19 |
OX40L-expressing recombinant modified vaccinia virus Ankara induces potent antitumor immunity via reprogramming Tregs
2023-08-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20221166
PMID:37145142
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研究论文 | 本文报道了一种通过理性工程改造的重组MVA病毒，该病毒表达OX40L并能有效诱导抗肿瘤免疫，通过重新编程肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs） | 通过删除vaccinia E5R基因并表达Flt3L和OX40L，成功设计了一种能够重新编程肿瘤微环境中Tregs的重组MVA病毒 | NA | 开发一种新的癌症免疫治疗方法，通过重新编程肿瘤微环境中的Tregs来增强抗肿瘤免疫 | 肿瘤微环境中的调节性T细胞（Tregs） | 癌症免疫治疗 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8965 | 2024-09-19 |
Netrin-1 blockade inhibits tumour growth and EMT features in endometrial cancer
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06367-z
PMID:37532934
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研究论文 | 研究探讨了Netrin-1在子宫内膜癌中的上调及其通过抗Netrin-1抗体NP137抑制肿瘤生长和上皮-间质转化（EMT）的机制 | 首次在临床试验中验证了Netrin-1阻断剂NP137在子宫内膜癌中的疗效，并展示了其通过抑制EMT来增强标准治疗效果的潜力 | 研究主要基于小鼠模型和一期临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证 | 探讨Netrin-1在子宫内膜癌中的作用及其阻断剂NP137的临床应用潜力 | 子宫内膜癌患者及其肿瘤组织 | NA | 子宫内膜癌 | RNA测序（RNA-seq），空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名晚期子宫内膜癌患者 |
| 8966 | 2024-09-19 |
Evaluation of genetic demultiplexing of single-cell sequencing data from model species
2023-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301979
PMID:37197983
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研究论文 | 评估基因型基础的单细胞测序数据去复用技术在不同模型物种中的应用 | 提出了一种基因型基础的去复用技术，适用于非同基因的模型物种，减少了成本并增加了实验的可重复性和多样性 | 该方法的局限性在于需要单细胞测序数据和从头转录组资源 | 研究基因型基础的去复用技术在不同模型物种中的适用性 | 从斑马鱼到非人灵长类等多种非同基因的模型物种 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因型数据 | 多个个体混合的单细胞测序数据 |
| 8967 | 2024-09-19 |
Origin and segregation of the human germline
2023-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202201706
PMID:37217306
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研究论文 | 研究人类原始生殖细胞（PGCs）在体外模型中的动态变化，并结合体内数据进行深入分析 | 揭示了人类原始生殖细胞命运决定的关键分子特征，并展示了TFAP2A在PGC命运中的重要作用 | 主要依赖于体外模型和非人类灵长类动物的数据，缺乏直接的人类胚胎研究 | 探讨人类生殖细胞与体细胞分离的机制 | 人类原始生殖细胞（PGCs）和胚胎后端的转录相似的TFAP2A阳性前体细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括人类和非人类灵长类动物的体内数据，以及体外模型的数据 |
| 8968 | 2024-09-19 |
Pharmacological targeting of netrin-1 inhibits EMT in cancer
2023-Aug, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06372-2
PMID:37532929
|
研究论文 | 本文研究了通过药物抑制netrin-1来抑制癌症中的上皮间质转化（EMT） | 首次提出了通过药物抑制netrin-1来靶向EMT的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证 | 探索通过药物抑制netrin-1来抑制癌症中的EMT | 皮肤鳞状细胞癌（SCC）和A549人类癌细胞 | NA | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠皮肤鳞状细胞癌模型和A549人类癌细胞系 |
| 8969 | 2024-09-19 |
Integrated Multi-omics Analysis of Early Lung Adenocarcinoma Links Tumor Biological Features with Predicted Indolence or Aggressiveness
2023-07, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0373
PMID:37501683
|
研究论文 | 本文研究了早期肺腺癌的生物学特征与预测的惰性或侵袭性之间的关系 | 通过整合多组学数据，揭示了放射组学与肿瘤生物学之间的关联，为区分惰性和侵袭性肺腺癌提供了新的见解 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨早期肺腺癌惰性或侵袭性的生物学决定因素 | 早期肺腺癌患者及其肿瘤特征 | 数字病理学 | 肺癌 | CyTOF, RNA-seq | NA | 图像, 基因表达数据 | 92名肺腺癌患者 |
| 8970 | 2024-09-19 |
ADEPT: Autoencoder with differentially expressed genes and imputation for robust spatial transcriptomics clustering
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106792
PMID:37235055
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法ADEPT，用于提高空间转录组数据的聚类鲁棒性 | ADEPT通过图自编码器和差异表达基因矩阵的迭代聚类方法，显著提高了空间转录组数据在不同平台上的聚类性能 | NA | 开发一种鲁棒的聚类方法，以提高空间转录组数据在不同平台上的分析效果 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 8971 | 2024-09-19 |
APOL1 promotes endothelial cell activation beyond the glomerulus
2023-Jun-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106830
PMID:37250770
|
研究论文 | 研究探讨了APOL1高风险基因型通过内皮细胞内在激活和功能障碍促进慢性肾病的可能性 | 首次揭示了APOL1在多个肾血管床中作为内皮细胞激活诱导剂的作用，并可能影响肾小球血管以外的区域 | 研究主要基于单细胞RNA测序和转录组数据，缺乏直接的体内实验验证 | 探讨APOL1高风险基因型在慢性肾病中的作用机制 | 内皮细胞和APOL1表达 | NA | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括来自Kidney Precision Medicine Project的数据集、非洲裔美国人的肾组织数据集以及APOL1表达的转基因小鼠数据集 |
| 8972 | 2024-09-19 |
Single-cell and spatial transcriptomics: deciphering brain complexity in health and disease
2023-06, Nature reviews. Neurology
DOI:10.1038/s41582-023-00809-y
PMID:37198436
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研究论文 | 本文讨论了单细胞和空间转录组学技术在解析健康和疾病状态下大脑复杂性中的应用 | 本文介绍了单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的创新应用，特别是在选择性神经元脆弱性、神经免疫功能障碍和细胞类型特异性治疗反应方面的见解 | 单细胞RNA测序需要组织样本的解离，导致细胞间相互关系的信息丢失；空间转录组学技术虽然保留了空间信息，但仍存在局限性，并讨论了未来的发展方向 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在解析大脑疾病病理机制中的应用 | 大脑在健康和疾病状态下的复杂性 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 数千个细胞 |
| 8973 | 2024-09-19 |
Comprehensive landscape of TGFβ-related signature in osteosarcoma for predicting prognosis, immune characteristics, and therapeutic response
2023-Jun, Journal of bone oncology
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jbo.2023.100484
PMID:37234254
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研究论文 | 本研究通过RNA-seq数据识别出与TGFβ相关的82个差异表达基因，并开发了一种新的TGFβ相关预后标志物，用于预测骨肉瘤患者的预后、免疫特征和治疗反应 | 首次系统地研究了TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的预后标志物，结合临床特征和风险评分构建了预测模型 | 研究主要基于数据库中的RNA-seq数据，缺乏临床样本的直接验证 | 研究TGFβ相关基因在骨肉瘤中的作用，开发新的预后标志物以提高骨肉瘤患者的个性化治疗效果 | 骨肉瘤患者及其TGFβ相关基因的表达情况 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq | LASSO和多因素Cox分析 | RNA-seq数据 | 基于TARGET和GETx数据库的RNA-seq数据，具体样本数量未明确提及 |
| 8974 | 2024-09-19 |
The hidden depths of zebrafish skin
2023-05-23, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88597
PMID:37218526
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现某些细胞产生的蛋白质对人类牙齿釉质的形成至关重要 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了斑马鱼皮肤形成的信号通路，并发现了与人类牙齿釉质形成相关的蛋白质 | NA | 揭示斑马鱼皮肤形成的信号通路及其与人类牙齿釉质形成的关系 | 斑马鱼细胞和人类牙齿釉质形成 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8975 | 2024-09-19 |
Cytotoxic CNS-associated T cells drive axon degeneration by targeting perturbed oligodendrocytes in PLP1 mutant mice
2023-May-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106698
PMID:37182098
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研究论文 | 研究了PLP1突变小鼠中与中枢神经系统相关的细胞毒性T细胞通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制 | 首次揭示了细胞毒性CD8 T细胞在PLP1突变小鼠中通过靶向异常少突胶质细胞导致轴突退化的机制 | 研究主要集中在PLP1突变小鼠模型上，可能不适用于所有与髓鞘缺陷和神经炎症相关的神经系统疾病 | 探讨髓鞘缺陷和神经炎症条件下神经免疫相互作用机制 | PLP1突变小鼠中的CD8 T细胞和少突胶质细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | PLP1突变小鼠的CD8 T细胞和少突胶质细胞样本 |
| 8976 | 2024-09-19 |
Feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2023-May-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.09.540043
PMID:37214963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于识别能够重现细胞轨迹的动态表达分子特征子集 | DELVE采用自下而上的方法，通过建模动态特征模块来减轻不必要变异源对推断的干扰，从而与以往方法不同 | NA | 提高细胞轨迹推断的准确性，并揭示生物轨迹上特征之间的共变异 | 单细胞数据中的动态生物过程，如细胞分化、免疫反应和疾病进展 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 8977 | 2024-09-19 |
Structured Illumination Microscopy Improves Spot Detection Performance in Spatial Transcriptomics
2023-05-04, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12091310
PMID:37174710
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研究论文 | 研究了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中单基因转录检测性能的提升效果 | 首次探讨了结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学中的应用，显著提高了基因转录点的检测效率 | 检测效率的提升依赖于基因转录密度和物镜的数值孔径，尤其是密集聚集的点 | 评估结构化照明显微镜（SIM）在空间转录组学实验中对单基因转录检测性能的影响 | 小鼠冠状脑组织切片中的多个基因 | 数字病理学 | NA | 结构化照明显微镜（SIM） | NA | 图像 | 小鼠冠状脑组织切片 |
| 8978 | 2024-09-19 |
FISHFactor: a probabilistic factor model for spatial transcriptomics data with subcellular resolution
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad183
PMID:37039825
|
研究论文 | 本文提出了一种名为FISHFactor的概率因子模型，用于处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | FISHFactor结合了空间非负因子分析和泊松点过程似然，能够直接处理单分子分辨率数据，并共享多个细胞的权重矩阵，提高了潜在变量的估计 | NA | 开发一种新的方法来处理具有亚细胞分辨率的空间转录组数据 | 空间转录组数据，特别是单分子分辨率数据 | 生物信息学 | NA | 因子分析 | 概率因子模型 | 空间转录组数据 | NA |
| 8979 | 2024-09-19 |
LogBTF: gene regulatory network inference using Boolean threshold network model from single-cell gene expression data
2023-05-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad256
PMID:37079737
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研究论文 | 本文提出了一种名为LogBTF的新型嵌入式布尔阈值网络方法，用于从单细胞基因表达数据中推断基因调控网络 | 该方法结合了正则化逻辑回归和布尔阈值函数，有效解决了现有方法在处理时间序列数据噪声和过拟合问题上的不足 | NA | 从高吞吐量的单细胞RNA测序数据中推断和分析基因调控网络 | 基因调控网络的动态更新逻辑规则 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 布尔阈值网络模型 | 基因表达数据 | 包括一个模拟布尔值数据集、数十个模拟数据集和三个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 8980 | 2024-09-19 |
Biophysical modeling with variational autoencoders for bimodal, single-cell RNA sequencing data
2023-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.13.523995
PMID:36712140
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研究论文 | 本文介绍了一种结合变分自编码器框架和双变量模型的生物物理建模方法，用于处理双模态单细胞RNA测序数据 | 本文提出的方法考虑了测量之间的因果关系，通过模拟基准测试证明了其在低维空间中捕捉细胞类型结构的能力，并能准确重现参数值和拷贝数分布 | NA | 开发一种可扩展的方法，用于识别基因表达背后的生物物理机制，并适用于处理由高通量单细胞基因组测序产生的多模态数据集 | 双模态单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器 | RNA测序数据 | NA |