单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8961	2024-09-19	Single-cell and spatial transcriptomics: Advances in heart development and disease applications 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.04.007 PMID:37181659	综述	本文综述了单细胞和空间转录组学技术在心脏发育和疾病应用中的进展	介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在心脏发育和疾病研究中的应用，提供了对基因表达时空动态的新见解	NA	总结单细胞和空间转录组学技术在心脏领域的应用，并探讨其在转化研究和精准医学中的潜力	心脏发育和心脏疾病，包括先天性心脏病、冠心病、瓣膜病、心肌病和心力衰竭	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
8962	2024-09-19	Deciphering pathological behavior of pediatric medullary thyroid cancer from single-cell perspective 2023, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.15546 PMID:37744240	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术研究了儿童髓样甲状腺癌的病理行为	首次对儿童髓样甲状腺癌进行单细胞转录组测序，揭示了肿瘤细胞与其微环境之间的相互作用	仅基于一个患者的样本进行研究，可能存在样本量不足的问题	揭示儿童髓样甲状腺癌的病理机制	儿童髓样甲状腺癌的肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	一个患者的原发肿瘤和转移淋巴结样本
8963	2024-09-19	Ion channel gene GJB2 influences the intercellular communication by Up-regulating the SPP1 signaling pathway identified by the single-cell RNA sequencing in lung adenocarcinoma 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1146976 PMID:37188183	研究论文	研究GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其通过单细胞RNA测序揭示的细胞间通讯作用	首次揭示GJB2基因通过上调SPP1信号通路影响肺腺癌中的细胞间通讯	研究主要基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨GJB2基因在肺腺癌中的预后意义及其在细胞间通讯中的作用	GJB2基因在肺腺癌中的表达及其生物学功能	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	基于公共数据库和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未提及
8964	2024-09-19	Application of single-cell RNA sequencing on human testicular samples: a comprehensive review 2023, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.82191 PMID:37151874	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类睾丸样本中的应用	首次系统性地综述了scRNA-seq在人类睾丸整个生命周期（从胚胎到老年男性）中的应用	NA	总结scRNA-seq在人类睾丸生物样本中的应用，揭示睾丸发育和变化的机制	人类睾丸样本，包括从胚胎到老年男性的不同阶段	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	81项研究
8965	2024-09-19	Microenvironmental Landscape of Human Melanoma Brain Metastases in Response to Immune Checkpoint Inhibition 2022-08-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0870 PMID:35706413	研究论文	研究了黑色素瘤脑转移瘤（MBM）在免疫检查点抑制剂（ICI）作用下的肿瘤微环境（TME）特征	首次对MBM的TME进行了单细胞RNA测序和T细胞受体克隆型分析，揭示了TME中髓系细胞的异质性和中性粒细胞的不同状态，以及这些特征与ICI反应的关系	样本量较小，仅收集了32个新鲜MBM样本	探讨MBM在ICI作用下的TME特征及其与ICI反应的关系	黑色素瘤脑转移瘤（MBM）的肿瘤微环境（TME）和T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	32个新鲜MBM样本
8966	2024-09-19	Biological Sequence Classification: A Review on Data and General Methods 2022, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0011 PMID:39285948	综述	本文综述了基于机器学习的生物序列分类方法及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	本文旨在建立一个长期支持网站，提供详细的分类方法信息和相关数据集的下载链接	本文未深入探讨所有已开发的生物序列分类模型及其具体方法的细节	综述生物序列分类的研究现状，并探讨未来的挑战和前景	生物序列数据及其在DNA、RNA、蛋白质和肽的功能和修饰分类中的应用	机器学习	NA	NA	NA	序列数据	NA
8967	2024-09-19	Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat 2021-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21246-9 PMID:33597522	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断和分析细胞间通信网络	开发了CellChat工具，能够准确表示细胞间信号连接并进行系统级分析，预测细胞的主要信号输入和输出，并通过网络分析和模式识别方法协调细胞和信号的功能	NA	理解和分析细胞间的全局通信	细胞间信号连接和通信网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括小鼠和人类皮肤数据集
8968	2024-09-18	Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study 2024-Sep-16, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.15946 PMID:39285685	研究论文	研究铜代谢相关基因与代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌之间的关联	首次探讨铜代谢相关基因在代谢功能障碍相关脂肪性肝病不同阶段的作用，特别是与肝纤维化和肝细胞癌的关系	研究依赖于现有的RNA测序数据和基因组关联研究，缺乏直接的实验验证	探索铜代谢相关基因与代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌的关联	铜代谢相关基因、代谢功能障碍相关脂肪性肝病及其相关肝细胞癌	基因组学	肝病	RNA测序、基因组关联研究	NA	RNA数据	331例代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者和271例相关肝细胞癌患者，以及656例独立队列的代谢功能障碍相关脂肪性肝病患者
8969	2024-09-17	Targeting CNS myeloid infiltrates provides neuroprotection in a progressive multiple sclerosis model 2024-Nov, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.08.032 PMID:39179123	研究论文	研究通过靶向中枢神经系统（CNS）中的髓系浸润细胞，提供了一种在渐进性多发性硬化症模型中的神经保护策略	首次展示了通过调节CNS髓系细胞的毒性来减少不可逆组织损伤，并提出了一种新的疾病修饰方法	研究仅在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中进行，尚未在临床试验中验证	探讨靶向CNS髓系细胞是否能预防慢性免疫介导的脱髓鞘疾病的不可逆组织损伤	实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型中的髓系细胞和神经保护效果	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	Biozzi小鼠模型中的脊髓CD11b+细胞
8970	2024-09-17	Integrative analysis of pan-cancer single-cell data reveals a tumor ecosystem subtype predicting immunotherapy response 2024-Sep-15, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00703-w PMID:39277681	研究论文	本研究通过整合泛癌单细胞数据，揭示了一种肿瘤生态系统亚型，该亚型与免疫治疗反应的改善相关	建立了新的免疫治疗反应生态型特征（IRE.Sig），并通过机器学习模型成功预测了ICI反应	缺乏直接的临床证据支持	揭示肿瘤生态系统亚型与免疫治疗反应的关系，并开发预测工具	泛癌单细胞数据和ICI治疗患者的数据	数字病理学	NA	scRNA-Seq	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	涉及5个CRISPR筛选队列和多个验证与测试队列
8971	2024-09-17	Single-cell sequencing analysis of multiple myeloma heterogeneity and identification of new theranostic targets 2024-Sep-14, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07027-4 PMID:39271659	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析多发性骨髓瘤的异质性，并识别新的治疗靶点	通过单细胞转录组测序揭示了多发性骨髓瘤与健康捐赠者之间B淋巴细胞系通讯的破坏，并发现了独特的信号分子	NA	阐明多发性骨髓瘤的异质性并识别新的治疗靶点	多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞和健康捐赠者的骨髓细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	48,293个骨髓细胞，包括多发性骨髓瘤患者和健康捐赠者
8972	2024-09-17	Cell therapy using ex vivo reprogrammed macrophages enhances antitumor immune responses in melanoma 2024-Sep-14, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03182-w PMID:39272209	研究论文	研究通过体外重编程巨噬细胞进行细胞疗法，增强黑色素瘤中的抗肿瘤免疫反应	首次展示了使用HDAC6抑制剂体外重编程巨噬细胞作为治疗实体瘤的可行性细胞疗法	NA	设计新策略以增加肿瘤微环境中M1/M2比例，从而增强基于巨噬细胞的细胞疗法	巨噬细胞、肿瘤微环境、黑色素瘤	细胞疗法	黑色素瘤	HDAC6抑制剂、流式细胞术、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	使用SM1小鼠黑色素瘤模型和NSG-SGM3人源化小鼠模型进行研究
8973	2024-09-17	Single-cell profiling uncovers proliferative cells as key determinants of survival outcomes in lower-grade glioma patients 2024-Sep-14, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01302-8 PMID:39276278	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA测序，识别出一种与低级别胶质瘤患者预后不良相关的新型细胞类型，并构建了基于该细胞类型的预测模型	本研究首次识别出一种名为“Prol”的细胞类型，该细胞类型与低级别胶质瘤患者的预后不良相关，并构建了基于该细胞类型的预测模型，具有泛癌预测潜力	NA	本研究旨在通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，识别出与低级别胶质瘤患者预后相关的新型细胞类型，并开发新的预测模型	低级别胶质瘤患者及其细胞类型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	AI网络	RNA	NA
8974	2024-09-17	Single-cell RNA sequencing analysis of peripheral blood mononuclear cells in PD-1-induced renal toxicity in patients with lung cancer 2024-Sep-14, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03754-0 PMID:39277735	研究论文	研究分析了PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的单细胞RNA测序特征	首次通过单细胞RNA测序分析了PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的差异表达基因及其富集的生物学过程	样本量较小，仅包括六名患者	旨在分析PD-1治疗引起的肾毒性中，外周血单核细胞的特征	外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名患者
8975	2024-09-17	Single-cell RNA sequencing reveals the differentiation and regulation of endplate cells in human intervertebral disc degeneration 2024-Sep-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-71891-5 PMID:39271714	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类椎间盘退变中的终板细胞的分化和调控	首次通过单细胞RNA测序分析了退变终板细胞的细胞命运和特性，并发现了两种软骨细胞分化途径	NA	揭示椎间盘退变过程中终板细胞的分化和调控机制	人类椎间盘退变中的终板细胞	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8534个单细胞
8976	2024-09-17	Machine learning algorithms for predicting glioma patient prognosis based on CD163+FPR3+ macrophage signature 2024-Sep-13, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00692-w PMID:39271911	研究论文	研究利用机器学习算法基于CD163+FPR3+巨噬细胞特征预测胶质瘤患者预后	首次基于CD163+FPR3+巨噬细胞相关特征构建了预测胶质瘤患者预后的机器学习模型，并展示了其优于传统临床因素和其他已发表签名的预测准确性	NA	开发一种基于CD163+FPR3+巨噬细胞特征的机器学习模型，以提高胶质瘤患者预后的预测准确性	胶质瘤患者及其肿瘤相关巨噬细胞	机器学习	脑肿瘤	单细胞测序分析	机器学习算法	基因表达数据	六个胶质瘤队列
8977	2024-09-17	scBubbletree: computational approach for visualization of single cell RNA-seq data 2024-Sep-13, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05927-y PMID:39271980	研究论文	本文介绍了一种名为scBubbletree的新方法，用于可视化单细胞RNA测序数据	scBubbletree方法通过将细胞聚类可视化为树状图上的气泡，解决了现有方法在可视化高维数据时的过绘制、缺乏定量信息和扭曲全局及局部生物模式的问题	NA	开发一种新的可视化方法，以更好地量化和展示单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq数据	包括一个超过120万细胞的大规模数据集
8978	2024-09-17	Permethrin exposure primes neuroinflammatory stress response to drive depression-like behavior through microglial activation in a mouse model of Gulf War Illness 2024-Sep-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03215-3 PMID:39272155	研究论文	研究评估了接触除虫菊酯如何通过小胶质细胞激活引发与海湾战争疾病相关的抑郁样行为	首次揭示了除虫菊酯暴露通过小胶质细胞激活引发抑郁样行为的机制，并使用单细胞RNA测序分析了相关转录网络	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	评估除虫菊酯暴露对神经炎症应激反应的影响，并探讨其与海湾战争疾病相关抑郁样行为的关系	小鼠模型中的小胶质细胞激活和抑郁样行为	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	21,566个单核细胞
8979	2024-09-17	Single-cell, single-nucleus and xenium-based spatial transcriptomics analyses reveal inflammatory activation and altered cell interactions in the hippocampus in mice with temporal lobe epilepsy 2024-Sep-13, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00636-3 PMID:39272194	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单核RNA测序和基于Xenium的空间转录组学分析，揭示了颞叶癫痫小鼠海马体中炎症激活和细胞相互作用的改变	首次建立了颞叶癫痫小鼠海马体的高分辨率单细胞转录组图谱，揭示了潜在的内在机制驱动炎症激活和细胞相互作用的改变	NA	探讨颞叶癫痫相关海马硬化发展的潜在机制	颞叶癫痫小鼠海马体中的胶质细胞和神经元	数字病理学	癫痫	单细胞RNA测序、单核RNA测序、Xenium空间转录组学分析	NA	转录组数据	31,390个胶质细胞和48,221个神经元核
8980	2024-09-17	CYR61/CCN1: A Novel Mediator of Redox Response in Corneal Stromal Cells of Keratoconus 2024-Sep-12, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110093 PMID:39277098	研究论文	研究探讨了CYR61/CCN1在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的作用	首次揭示了CYR61在圆锥角膜基质细胞氧化应激反应中的关键作用	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床数据支持	阐明氧化应激在圆锥角膜病理生理中的分子机制	圆锥角膜基质细胞	NA	圆锥角膜	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	圆锥角膜组和对照组的基质细胞