单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 8941 - 8960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8941 | 2025-10-07 |
Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44103-3
PMID:38123534
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研究论文 | 提出基于网络的计算框架CEFCON，用于从单细胞转录组数据中识别控制细胞命运决定的驱动调控因子 | 开发了结合图神经网络和网络控制理论的创新方法，能够构建细胞谱系特异性基因调控网络并识别驱动调控因子 | 方法主要适用于单细胞RNA测序数据，在其他类型单细胞数据上的应用效果需要进一步验证 | 研究细胞命运决定的调控机制 | 小鼠造血干细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) with attention mechanism | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 8942 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
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研究论文 | 通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导的神经再生过程 | 首次系统比较发育和再生过程中视网膜细胞的基因调控网络差异，发现不同类型视网膜细胞损伤会诱导独特的米勒胶质细胞再生反应 | 研究仅限于斑马鱼模型，结果可能不完全适用于哺乳动物 | 探究视网膜损伤后神经再生的分子机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的米勒胶质细胞和视网膜祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生过程中的斑马鱼视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 8943 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44305-9
PMID:38123589
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研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学分析揭示人类睾丸生殖细胞肿瘤的分子特征和微环境 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术系统解析精原细胞瘤的分子特征，发现其与原始生殖细胞的基因表达程序相似性，并鉴定TFAP2C在肿瘤侵袭迁移中的关键作用 | 研究样本量有限，主要基于精原细胞瘤样本和细胞系，需要更多验证 | 探索精原细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境组成 | 人类睾丸生殖细胞肿瘤（精原细胞瘤）样本和精原细胞瘤细胞系 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学, 基因组学分析 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | 精原细胞瘤样本和细胞系（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8944 | 2025-10-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
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研究论文 | 通过谱系追踪模型重新评估小鼠骨髓中内皮-间质转化的发生情况 | 结合单细胞RNA测序与多种谱系追踪模型，首次系统评估内皮细胞向骨髓基质细胞的转化潜力 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；使用的遗传模型可能存在局限性 | 探究内皮细胞是否通过内皮-间质转化过程贡献于骨髓基质细胞的生成 | 小鼠骨髓中的内皮细胞和骨髓基质细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪，转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据，细胞定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8945 | 2025-10-07 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
|
研究论文 | 介绍GSDensity方法，用于单细胞RNA测序和空间转录组数据的通路中心分析 | 无需进行细胞聚类即可实现通路中心的单细胞和空间转录组数据分析，能够发现现有方法忽略的细胞-通路关联 | NA | 开发新的计算方法来解析高度异质性的单细胞和空间转录组数据 | 小鼠大脑发育过程和人类肿瘤组织 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 图模型 | 单细胞基因表达数据，空间转录组数据 | 六种不同肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 8946 | 2025-10-07 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
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研究论文 | 本研究揭示了肾脏缺血再灌注损伤中通过OTUD5自噬降解GPX4诱导铁死亡的新机制 | 首次发现OTUD5作为GPX4结合蛋白通过稳定GPX4赋予铁死亡抗性，并揭示mTORC1介导的自噬导致OTUD5降解的新通路 | 未明确说明研究样本的具体数量和组织来源 | 探究肾脏缺血再灌注损伤中铁死亡的空间分布和GPX4减少的分子机制 | 肾脏组织、肾小管细胞 | 空间转录组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、AAV介导的基因递送 | NA | 空间转录组数据、分子相互作用数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8947 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Sep-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1
PMID:37790324
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导再生的基因调控网络 | 首次系统比较了不同视网膜神经元亚型缺失后诱导的米勒胶质细胞重编程差异，以及再生过程与发育过程的异同 | 研究仅限于斑马鱼模型，结果可能不完全适用于哺乳动物 | 探索视网膜损伤后再生与发育过程中基因调控网络的共同点和差异 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的米勒胶质细胞和神经元前体细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生视网膜样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-nuclear RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 8948 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导的神经再生过程 | 首次系统比较了不同视网膜神经元亚型缺失后Müller胶质细胞重编程的差异，揭示了损伤诱导神经再生与发育过程在基因调控网络上的异同 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探索视网膜损伤后神经再生的分子机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的Müller胶质细胞和神经祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生过程中的斑马鱼视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8949 | 2025-10-07 |
Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis
2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355
PMID:40209298
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研究论文 | 研究溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态诱导斑马鱼神经行为缺陷的机制 | 首次在斑马鱼模型中揭示溴虫氟苯双酰胺通过跨细胞类型的转录调控介导神经毒性 | 仅研究单一农药的长期暴露效应，缺乏多农药联合暴露的对比研究 | 探究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为的影响及其神经细胞异质性机制 | 成年斑马鱼 | 神经毒理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,靶向代谢组学,神经行为测试 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据,代谢组数据,行为数据 | 暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8950 | 2025-10-07 |
Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy
2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742
PMID:40233505
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研究论文 | 本研究利用空间多组学技术揭示了肾华片通过调节谷胱甘肽代谢、糖酵解和L-脯氨酸代谢干预IgA肾病的分子机制 | 首次采用空间多组学策略解析中药复方在肾脏不同区域的代谢重编程作用机制 | 研究基于大鼠模型，缺乏人体临床试验验证 | 探索肾华片干预IgA肾病的分子机制 | IgA肾病大鼠模型 | 空间多组学 | IgA肾病 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 质谱成像 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 图像数据 | IgA肾病大鼠模型 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8951 | 2025-10-07 |
Discovering governing equations of biological systems through representation learning and sparse model discovery
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf048
PMID:40290314
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研究论文 | 提出了一种名为CLERA的端到端计算框架，通过表示学习和稀疏模型发现来揭示生物系统的控制方程 | 将监督自编码器架构与非线性动力学稀疏识别相结合，利用先验知识同时提取低维表示并发现驱动过程的潜在动力系统 | NA | 从单细胞RNA测序数据中发现简约的动态模型并识别活跃基因程序 | 合成数据和生物数据中的基因表达动态 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督自编码器, Sparse Identification of Nonlinear Dynamics | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8952 | 2025-10-07 |
ScRNA-Seq reveals T cell immunity in COVID-19 patients and implications for immunotherapy
2025-May-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114663
PMID:40233451
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术揭示COVID-19患者T细胞免疫特征及其对免疫治疗的启示 | 首次系统阐述scRNA-seq在解析COVID-19患者T细胞异质性和功能障碍中的应用，揭示不同临床表型患者的T细胞特征差异 | 现有靶向T细胞的治疗策略效果不一致，需联合治疗方法 | 阐明T细胞异质性对COVID-19疾病严重程度的影响机制 | COVID-19患者的常规T细胞（CD8、CD4 T细胞）和非常规T细胞（NKT、MAIT、γδT细胞） | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 不同临床表现的COVID-19患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8953 | 2025-10-07 |
Therapeutic and prognostic values of ferroptosis signature in glioblastoma
2025-May-16, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114597
PMID:40239336
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研究论文 | 探讨铁死亡特征在胶质母细胞瘤中的治疗和预后价值 | 通过单细胞RNA测序揭示胶质母细胞瘤中铁死亡的分子特征及其与肿瘤微环境的相互作用 | 铁死亡与GBM免疫景观的关系复杂，可能产生正向或负向影响 | 研究铁死亡在胶质母细胞瘤中的治疗潜力和预后价值 | 胶质母细胞瘤细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8954 | 2025-10-07 |
Characterization of the Biochemical Recurrence Prediction Ability and Progression Correlation of Peroxiredoxins Family in Prostate Cancer Based on Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Cohorts
2025-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70855
PMID:40281661
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探讨了过氧化物氧化还原酶家族在前列腺癌中的预后预测价值及与疾病进展的关联 | 首次系统评估PRDXs家族在前列腺癌中的临床价值，发现PRDX5与疾病进展最相关，并开发了整合PRDX5表达和临床特征的预测模型 | 研究主要基于公共数据集，部分发现需进一步实验验证 | 评估PRDXs家族在前列腺癌预后预测和治疗反应中的作用 | 前列腺癌患者样本和去势抵抗性前列腺癌细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫组织化学, 体外细胞实验 | 列线图预测模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 2个单细胞RNA数据集和8个批量RNA数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 8955 | 2025-10-07 |
Role of different Lyl1 transcripts in zebrafish primitive hematopoiesis
2025-May, Yi chuan = Hereditas
DOI:10.16288/j.yczz.24-288
PMID:40287790
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研究论文 | 本研究通过分析斑马鱼单细胞RNA测序数据，发现Lyl1基因存在长短两种转录本，并在原始造血过程中发挥不同调控作用 | 首次在斑马鱼和人类中发现Lyl1基因的长短转录本，并揭示它们在原始髓系造血中的不同功能 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类中的功能验证需要进一步研究 | 探究Lyl1不同转录本在原始造血过程中的作用机制 | 斑马鱼胚胎造血细胞 | 发育生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序, 5'RACE, Morpholino基因敲降 | NA | 单细胞RNA测序数据, RNA测序数据 | 斑马鱼造血细胞 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 8956 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptome Reveals the Cellular Response to PEG-Induced Stress in Wheat Leaves
2025-Apr-27, Journal of agricultural and food chemistry
IF:5.7Q1
DOI:10.1021/acs.jafc.4c12749
PMID:40287963
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了小麦叶片在PEG诱导胁迫下的细胞响应机制 | 首次构建小麦叶片单细胞图谱，揭示不同细胞类型在干旱胁迫下的响应异质性和调控网络 | 研究仅基于PEG模拟的干旱胁迫，未涉及真实田间干旱条件 | 探究小麦在细胞水平对干旱胁迫的响应机制 | 抗旱和感旱小麦幼苗叶片 | 单细胞组学 | 植物胁迫响应 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8957 | 2025-10-07 |
Single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics reveal the mechanism by which Xiaozhiling injection treats internal hemorrhoids
2025-Apr-27, World journal of gastrointestinal surgery
IF:1.8Q2
DOI:10.4240/wjgs.v17.i4.103494
PMID:40291892
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学揭示了消痔灵注射液治疗内痔的作用机制 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术研究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制，发现Sphk1-S1P通路在促进纤维化中的关键作用 | 研究仅基于大鼠模型，缺乏人类临床样本验证 | 探究消痔灵注射液治疗内痔的分子机制 | 内痔模型大鼠的成纤维细胞 | 空间转录组学 | 内痔 | 单核RNA测序,空间转录组学,电子显微镜,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,空间转录组数据,图像数据 | 大鼠内痔模型（分为对照组和治疗组） | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 8958 | 2025-10-07 |
Integrated Analysis of Single-Cell and Transcriptome Data Reveals the Role and Regulatory Mechanisms of Neuroinflammation in Parkinson's Disease
2025-Apr-26, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02306-4
PMID:40285838
|
研究论文 | 通过整合单细胞和转录组数据分析，揭示神经炎症在帕金森病中的作用及STAT3转录因子的调控机制 | 首次通过整合单细胞RNA测序和微阵列数据，系统揭示STAT3作为小胶质细胞促炎活化的核心调控因子在帕金森病中的关键作用 | 研究主要基于公共数据库数据，样本来源有限；动物和细胞模型可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 探究帕金森病中不同细胞类型的炎症特征及其调控机制 | 人类PD中脑黑质致密部组织、MPTP诱导的PD小鼠模型、MPP+诱导的BV2细胞和SH-SY5Y细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 微阵列分析, GSVA, GSEA, KEGG, GO分析, 轨迹分析, SCENIC分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自GEO数据库的人类PD中脑组织数据，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 8959 | 2025-10-07 |
Blockade of TIGAR prevents CD8+ T cell dysfunction and elicits anti-AML immunity
2025-Apr-26, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04042-y
PMID:40285889
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研究论文 | 本研究通过阻断TIGAR基因表达，揭示了其能够防止CD8+ T细胞功能失调并诱导抗急性髓系白血病免疫反应的机制 | 首次证明TIGAR沉默不仅能直接抑制AML细胞，还能增强T细胞功能，通过调节糖代谢途径逆转T细胞耗竭状态 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证 | 探究TIGAR沉默是否能够消除AML细胞并恢复功能失调的T细胞功能 | C57BL/6J背景的TIGAR基因敲除小鼠和C1498细胞建立的AML小鼠模型 | 免疫学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，细胞因子检测 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，细胞表型数据，生存数据 | 未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8960 | 2025-10-07 |
In silico-based analysis and in vitro experiments identify SIGMAR1 as a potential marker of putative lung cancer stem cells
2025-Apr-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02394-6
PMID:40285994
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结合体外实验，鉴定SIGMAR1作为肺癌干细胞潜在标志物 | 首次通过单细胞RNA测序数据识别SIGMAR1在肺癌干细胞中的特异性表达，并验证其在调控干细胞自我更新能力中的功能 | 研究主要基于体外实验和已有数据集，未来需要进一步探索SIGMAR1调控干细胞特性的具体机制 | 识别肺癌干细胞的新型标志物并验证其功能 | A549细胞系来源的肿瘤球体及人类肺癌组织单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，轨迹分析，siRNA敲低 | NA | 单细胞RNA测序数据，体外实验数据 | 两个公共单细胞RNA测序数据集及A549细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |