单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 8941 - 8960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8941 | 2025-10-07 |
Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche
2024-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00594-3
PMID:38553564
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学系统分析部分重编程对老年小鼠脑室下区神经发生生态位的影响 | 首次揭示部分重编程可特异性恢复老年神经发生生态位中的神经母细胞比例，并证明其改善作用具有生态位内在性 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性仍需验证 | 探索部分重编程对老年大脑神经发生生态位的影响机制 | 老年小鼠的脑室下区神经发生生态位和神经干细胞培养物 | 神经科学 | 老年性脑功能衰退 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 老年小鼠神经发生生态位和神经干细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8942 | 2025-10-07 |
Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts
2024-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44427-0
PMID:38172108
|
研究论文 | 本研究通过血管生成芯片结合单细胞RNA测序技术，揭示了自噬在血管新生芽孢中不同空间位置的差异性激活模式 | 首次将血管生成芯片与单细胞RNA测序相结合，揭示了自噬在血管新生芽孢中不同细胞群体的空间差异性激活 | 研究依赖于体外芯片模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管生成微环境 | 探究自噬在血管新生过程中不同空间位置的功能异质性 | 血管内皮细胞 | 单细胞生物学 | 血管生成相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 血管生成芯片模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8943 | 2025-10-07 |
The molecular landscape of neural differentiation in the developing Drosophila brain revealed by targeted scRNA-seq and multi-informatic analysis
2021-04-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109039
PMID:33909998
|
研究论文 | 通过靶向单细胞RNA测序和多信息学分析揭示果蝇大脑发育过程中的神经分化分子图谱 | 首次在果蝇II型神经母细胞谱系中应用靶向scRNA-seq技术，结合计算分析和原位验证，从单一发育时间点解析分子景观 | 研究仅基于三龄幼虫大脑的单一发育时间点，缺乏时间序列动态观察 | 研究果蝇大脑发育过程中的神经分化分子机制 | 果蝇三龄幼虫大脑中的II型神经母细胞谱系 | 单细胞基因组学 | NA | 靶向单细胞mRNA测序, 多信息学分析, 原位验证 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 果蝇三龄幼虫大脑细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8944 | 2025-10-07 |
Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data
2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:30963074
|
研究论文 | 应用拓扑数据分析方法Mapper可视化单细胞RNA测序数据，同时捕捉细胞聚类结构和连续基因表达拓扑 | 将拓扑数据分析与基因共表达网络分析相结合，在可视化中揭示基因共表达模块的差异表达模式 | NA | 开发能够保留单细胞RNA测序数据内在连续结构的可视化方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Mapper（拓扑数据分析方法） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8945 | 2025-10-07 |
Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics
2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:30963075
|
研究论文 | 本文评估了深度变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的参数调优重要性 | 揭示了参数调优对变分自编码器性能的关键影响，发现未经调优的模型性能可能显著低于传统方法 | 研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性 | 评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分自编码器(VAE) | 基因表达数据 | 模拟数据集，包含数千至数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8946 | 2025-10-07 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
|
研究论文 | 利用大规模单细胞转录组数据识别跨细胞类型可重复的转录调控因子共表达模式 | 整合了223个单细胞RNA-seq数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种共表达网络，优先考虑跨细胞类型的可重复模式 | 未深入分析特定背景下的信号保存，主要关注跨生物背景的一致性 | 识别人类和小鼠转录调控因子最协调的基因伙伴，理解跨生物背景的共表达谱一致性 | 人类和小鼠转录调控因子及其共表达基因 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 223个数据集，超过2800万个细胞（120个人类数据集，103个小鼠数据集） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8947 | 2025-10-07 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
|
研究论文 | 本研究探讨了肺泡上皮细胞中铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的作用及Lipoxin A4/FPR2信号通路的保护机制 | 首次揭示了Lipoxin A4通过FPR2受体激活NRF2通路抑制肺泡上皮细胞铁死亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化价值需进一步验证 | 探究铁死亡在肺缺血再灌注损伤中的细胞特异性作用及Lipoxin A4的保护机制 | 肺移植患者样本、C57BL/6小鼠、Fpr2-/-和Nrf2-/-基因敲除小鼠、肺泡II型上皮细胞 | 分子生物学 | 肺缺血再灌注损伤 | 单细胞RNA测序、基因敲除模型、原位肺移植模型、体外细胞研究 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据、生理指标、生化指标 | 未明确样本数量，包含患者组织样本和多个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8948 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates
2024-Apr, European journal of protistology
IF:1.9Q4
DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062
PMID:38368736
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示捕食性裂口纲纤毛虫的基因组进化机制 | 首次对六种捕食性裂口纲纤毛虫进行单细胞转录组测序，发现与跨膜活性和氧化应激反应相关的基因家族扩张及三次全基因组复制事件 | 样本数量有限（仅六种捕食性物种），基因组进化机制仍需功能验证 | 探究纤毛虫捕食能力的遗传进化基础 | 六种捕食性裂口纲纤毛虫 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 6种捕食性裂口纲纤毛虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8949 | 2024-08-07 |
Author Correction: Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2024-Feb-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45929-1
PMID:38351163
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8950 | 2025-10-07 |
Unique adipose tissue invariant natural killer T cell subpopulations control adipocyte turnover in mice
2023-12-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44181-3
PMID:38129377
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脂肪组织中恒定自然杀伤T细胞(iNKT)的异质性及其在脂肪细胞更新调控中的关键作用 | 首次发现KLRG1 iNKT细胞是脂肪组织特有的iNKT细胞亚群，并阐明CX3CR1 iNKT细胞通过杀伤肥大炎症脂肪细胞和招募巨噬细胞调控脂肪组织稳态 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究脂肪组织iNKT细胞的异质性及其在脂肪细胞更新调控中的作用机制 | 瘦型和肥胖小鼠的脂肪组织iNKT细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖相关代谢疾病 | 单细胞RNA测序，过继转移实验 | NA | 单细胞转录组数据 | 瘦型和肥胖小鼠的脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8951 | 2025-10-07 |
Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44103-3
PMID:38123534
|
研究论文 | 提出基于网络的计算框架CEFCON，用于从单细胞转录组数据中识别控制细胞命运决定的驱动调控因子 | 开发了结合图神经网络和网络控制理论的创新方法，能够构建细胞谱系特异性基因调控网络并识别驱动调控因子 | 方法主要适用于单细胞RNA测序数据，在其他类型单细胞数据上的应用效果需要进一步验证 | 研究细胞命运决定的调控机制 | 小鼠造血干细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN) with attention mechanism | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 8952 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导的神经再生过程 | 首次系统比较发育和再生过程中视网膜细胞的基因调控网络差异，发现不同类型视网膜细胞损伤会诱导独特的米勒胶质细胞再生反应 | 研究仅限于斑马鱼模型，结果可能不完全适用于哺乳动物 | 探究视网膜损伤后神经再生的分子机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的米勒胶质细胞和视网膜祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生过程中的斑马鱼视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, ATAC测序 | NA | NA |
| 8953 | 2025-10-07 |
Single-cell multi-omics analysis of human testicular germ cell tumor reveals its molecular features and microenvironment
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44305-9
PMID:38123589
|
研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学分析揭示人类睾丸生殖细胞肿瘤的分子特征和微环境 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学技术系统解析精原细胞瘤的分子特征，发现其与原始生殖细胞的基因表达程序相似性，并鉴定TFAP2C在肿瘤侵袭迁移中的关键作用 | 研究样本量有限，主要基于精原细胞瘤样本和细胞系，需要更多验证 | 探索精原细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境组成 | 人类睾丸生殖细胞肿瘤（精原细胞瘤）样本和精原细胞瘤细胞系 | 数字病理学 | 睾丸癌 | 单细胞多组学测序, 空间转录组学, 基因组学分析 | NA | 单细胞多组学数据, 空间转录组数据 | 精原细胞瘤样本和细胞系（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8954 | 2025-10-07 |
Reassessing endothelial-to-mesenchymal transition in mouse bone marrow: insights from lineage tracing models
2023-12-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44312-w
PMID:38123537
|
研究论文 | 通过谱系追踪模型重新评估小鼠骨髓中内皮-间质转化的发生情况 | 结合单细胞RNA测序与多种谱系追踪模型，首次系统评估内皮细胞向骨髓基质细胞的转化潜力 | 研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证；使用的遗传模型可能存在局限性 | 探究内皮细胞是否通过内皮-间质转化过程贡献于骨髓基质细胞的生成 | 小鼠骨髓中的内皮细胞和骨髓基质细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪，转基因小鼠模型 | NA | 基因表达数据，细胞定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8955 | 2025-10-07 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
|
研究论文 | 介绍GSDensity方法，用于单细胞RNA测序和空间转录组数据的通路中心分析 | 无需进行细胞聚类即可实现通路中心的单细胞和空间转录组数据分析，能够发现现有方法忽略的细胞-通路关联 | NA | 开发新的计算方法来解析高度异质性的单细胞和空间转录组数据 | 小鼠大脑发育过程和人类肿瘤组织 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 图模型 | 单细胞基因表达数据，空间转录组数据 | 六种不同肿瘤类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 8956 | 2025-10-07 |
Autophagy of OTUD5 destabilizes GPX4 to confer ferroptosis-dependent kidney injury
2023-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44228-5
PMID:38110369
|
研究论文 | 本研究揭示了肾脏缺血再灌注损伤中通过OTUD5自噬降解GPX4诱导铁死亡的新机制 | 首次发现OTUD5作为GPX4结合蛋白通过稳定GPX4赋予铁死亡抗性，并揭示mTORC1介导的自噬导致OTUD5降解的新通路 | 未明确说明研究样本的具体数量和组织来源 | 探究肾脏缺血再灌注损伤中铁死亡的空间分布和GPX4减少的分子机制 | 肾脏组织、肾小管细胞 | 空间转录组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学、AAV介导的基因递送 | NA | 空间转录组数据、分子相互作用数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8957 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Sep-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1
PMID:37790324
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导再生的基因调控网络 | 首次系统比较了不同视网膜神经元亚型缺失后诱导的米勒胶质细胞重编程差异，以及再生过程与发育过程的异同 | 研究仅限于斑马鱼模型，结果可能不完全适用于哺乳动物 | 探索视网膜损伤后再生与发育过程中基因调控网络的共同点和差异 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的米勒胶质细胞和神经元前体细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生视网膜样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-nuclear RNA-seq, single-cell ATAC-seq | NA | NA |
| 8958 | 2025-10-07 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.08.552451
PMID:37609307
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术比较斑马鱼视网膜发育和损伤诱导的神经再生过程 | 首次系统比较了不同视网膜神经元亚型缺失后Müller胶质细胞重编程的差异，揭示了损伤诱导神经再生与发育过程在基因调控网络上的异同 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性需要进一步验证 | 探索视网膜损伤后神经再生的分子机制及其与发育过程的异同 | 斑马鱼视网膜发育和损伤再生过程中的Müller胶质细胞和神经祖细胞 | 发育生物学 | 视网膜损伤 | 单核RNA测序, 单细胞RNA测序, ATAC测序 | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 发育和再生过程中的斑马鱼视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 8959 | 2025-10-07 |
Broflanilide induces zebrafish neurobehavioral defects by interfering with synaptic homeostasis
2025-Jun, Aquatic toxicology (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.aquatox.2025.107355
PMID:40209298
|
研究论文 | 研究溴虫氟苯双酰胺通过干扰突触稳态诱导斑马鱼神经行为缺陷的机制 | 首次在斑马鱼模型中揭示溴虫氟苯双酰胺通过跨细胞类型的转录调控介导神经毒性 | 仅研究单一农药的长期暴露效应，缺乏多农药联合暴露的对比研究 | 探究溴虫氟苯双酰胺对斑马鱼神经行为的影响及其神经细胞异质性机制 | 成年斑马鱼 | 神经毒理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,靶向代谢组学,神经行为测试 | 斑马鱼模型 | 基因表达数据,代谢组数据,行为数据 | 暴露于5和25 μg/L溴虫氟苯双酰胺30天的斑马鱼 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8960 | 2025-10-07 |
Spatially resolved multi-omics reveals the renal cortex-metabolic reprogramming of Shenhua Tablet for intervention on IgA nephropathy
2025-Jun, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.156742
PMID:40233505
|
研究论文 | 本研究利用空间多组学技术揭示了肾华片通过调节谷胱甘肽代谢、糖酵解和L-脯氨酸代谢干预IgA肾病的分子机制 | 首次采用空间多组学策略解析中药复方在肾脏不同区域的代谢重编程作用机制 | 研究基于大鼠模型，缺乏人体临床试验验证 | 探索肾华片干预IgA肾病的分子机制 | IgA肾病大鼠模型 | 空间多组学 | IgA肾病 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 质谱成像 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 图像数据 | IgA肾病大鼠模型 | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |