单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 8921 - 8940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8921 | 2024-09-13 |
SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae458
PMID:39051702
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研究论文 | 介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制 | SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据 | NA | 开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8922 | 2024-09-13 |
Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038691
PMID:39093774
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研究论文 | 研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响 | 首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制 | 研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证 | 探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响 | 肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞 | NA | 肾癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞 |
| 8923 | 2024-09-13 |
ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae480
PMID:39073888
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐 | ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性 | NA | 开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稳定匹配优化模型 | 基因表达数据 | NA |
| 8924 | 2024-09-13 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae494
PMID:39110511
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析 | APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 三个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 8925 | 2024-09-13 |
Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae498
PMID:39115884
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研究论文 | 本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同 | 提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性 | NA | 比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能 | 单细胞RNA测序数据中的转录表达差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型 | 基因表达数据 | NA |
| 8926 | 2024-09-13 |
TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae475
PMID:39120880
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组 | TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素 | NA | 开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上 | 人类转录组和组织特异性基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 199,166个人类转录本 |
| 8927 | 2024-09-13 |
Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection
2024-Jul-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172261
PMID:39253971
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研究论文 | 研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物 | 了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件 | 人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 免疫学 | 麻疹 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者 |
| 8928 | 2024-09-13 |
Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway
2024-Jul-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.180198
PMID:39042459
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用 | 本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用 | 研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较 | 探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响 | PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs） | 基因组学 | 遗传性疾病 | 单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜 | NA | RNA、蛋白质 | PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs） |
| 8929 | 2024-09-13 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
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研究论文 | 研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制 | 首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案 | 银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学和免疫荧光技术 | NA | 细胞和组织 | 来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠 |
| 8930 | 2024-09-13 |
The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study
2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13868
PMID:39031921
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研究论文 | 研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系 | 首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系 | 样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性 | 探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系 | 银屑病和白癜风患者的皮肤组织 | NA | 皮肤病 | 转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者 |
| 8931 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
|
研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8932 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
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研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8933 | 2024-09-13 |
Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease
2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023
PMID:38601985
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研究论文 | 研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用 | 利用公开的单细胞RNA测序数据和bulk转录组数据，首次详细描述了Esm-1在肾脏内皮细胞中的表达及其在糖尿病肾病中的变化 | 研究主要基于小鼠和人类的数据，缺乏其他物种的验证 | 探究Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用及其对疾病进展的影响 | 肾脏内皮细胞和糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 27,786个肾脏内皮细胞，20个健康受试者和41个糖尿病肾病患者 |
| 8934 | 2024-09-13 |
Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2024-May-14, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176963
PMID:38743491
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研究论文 | 本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调 | 揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系 | NA | 探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制 | JDM患者的血液样本 | NA | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本 |
| 8935 | 2024-09-13 |
Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14481
PMID:37986676
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制 | 首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型 | 研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性 | 揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物 | 肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因 | 机器学习 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 正常皮肤和肥厚性瘢痕样本 |
| 8936 | 2024-09-13 |
Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17950
PMID:39253602
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研究论文 | 研究探讨了多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的共同病理机制，并揭示了PI3K-AKT信号通路在其中的作用 | 首次揭示了PCOS和RSA之间共同的病理机制，并探讨了PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用 | NA | 阐明导致多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的机制 | 多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的病理机制 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（RT-qPCR）、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的PCOS和RSA患者的单细胞RNA-seq数据集 |
| 8937 | 2024-09-13 |
Chemokine receptors in primary and secondary lymphoid tissues
2024, International review of cell and molecular biology
DOI:10.1016/bs.ircmb.2023.11.003
PMID:39260934
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综述 | 本文综述了趋化因子受体在初级和次级淋巴组织中的存在和功能 | 介绍了新技术如高维光谱流式细胞术和单细胞测序在趋化因子受体网络及其配体研究中的应用 | NA | 探讨趋化因子受体在免疫细胞中的作用及其在初级和次级淋巴器官中的分布 | 趋化因子受体及其在骨髓、胸腺、脾脏、淋巴结和派尔集合淋巴结等淋巴组织中的功能 | NA | NA | 高维光谱流式细胞术、单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 8938 | 2024-09-13 |
Gestational ozone inhalation elicits maternal cardiac dysfunction and transcriptional changes to placental pericytes and endothelial cells
2023-11-28, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfad092
PMID:37695302
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研究论文 | 研究了孕期臭氧吸入对母体心脏功能和胎盘细胞转录变化的影响 | 首次揭示了孕期臭氧暴露对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的显著影响 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨孕期臭氧暴露对母体心血管功能和胎盘发育的影响 | 孕期吸入臭氧对母体心脏功能和胎盘细胞转录组的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 孕期第10.5天暴露于1PPM臭氧或过滤空气的小鼠样本 |
| 8939 | 2024-09-13 |
Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution
2023-10, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-022-00568-4
PMID:36737647
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综述 | 本文综述了利用现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组测序数据，以及新兴的单细胞测序、基因操作和干细胞培养技术，来探索人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 本文介绍了利用单细胞测序、基因操作和干细胞培养等新兴技术，结合基因组测序数据，来研究人类特异性遗传变化及其对人类进化分子和细胞基础的影响 | 由于大量低效应大小的遗传变化、细胞类型水平上发育差异的有限描述以及缺乏实验模型，将人类特异性遗传变化与物种差异联系起来一直具有挑战性 | 理解人类特异性遗传变化如何影响人类的形态、认知和代谢变化，从而揭示人类进化的分子和细胞基础 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组，以及人类特异性遗传变化对人类进化分子和细胞基础的影响 | 基因组学 | NA | 单细胞测序、基因操作、干细胞培养 | NA | 基因组数据 | 现代和古代人类、大猩猩和其他灵长类动物的基因组样本 |
| 8940 | 2024-09-13 |
Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture
2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.28.550873
PMID:37546772
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研究论文 | 本文研究了人类皮质类器官（hCO）在不同研究站点之间的可重复性，揭示了细胞类型组成和结构的稳定性 | 首次评估了使用统一协议在多个站点生成的人类皮质类器官的可重复性 | 研究中发现了类器官大小和形态的跨站点差异，以及代谢和细胞应激的差异 | 评估人类皮质类器官在不同研究站点之间的可重复性，为神经发育障碍的建模提供基础 | 人类皮质类器官的细胞类型组成和结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、三维荧光成像、相位对比成像、qPCR和流式细胞术 | NA | 细胞 | 三个独立研究组使用一个诱导多能干细胞（iPSC）系生成的类器官 |