单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8921	2024-09-08	Single-cell genomics reveals population structures from in vitro evolutionary studies of Salmonella 2022-09, Microbial genomics IF:4.0Q2 DOI:10.1099/mgen.0.000871 PMID:36125951	研究论文	本文介绍了使用单细胞基因组学方法研究体外进化实验中沙门氏菌群体结构的方法	首次将单细胞方法应用于研究进化中的克隆微生物群体，并展示了其在抗生素压力下的抗性和多样性	NA	研究沙门氏菌在抗生素压力下的进化和群体结构	沙门氏菌的单细胞基因组	基因组学	NA	单细胞DNA测序	NA	基因组序列	多个单细胞样本
8922	2024-09-08	Heparanase Blockade as a Novel Dual-Targeting Therapy for COVID-19 2022-04-13, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00057-22 PMID:35319225	研究论文	研究评估了肝素酶抑制剂Roneparstat在COVID-19病理和治疗中的作用	首次提出肝素酶抑制剂Roneparstat作为COVID-19的双靶点治疗药物，既能减少病毒感染又能抑制炎症反应	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序分析，尚未进行临床试验验证	探索肝素酶抑制剂Roneparstat在COVID-19病理中的作用，并验证其作为双靶点治疗药物的潜力	SARS-CoV-2、SARS-CoV-1、HTLV-1和HIV-1病毒，以及COVID-19患者的肺泡灌洗液细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	COVID-19患者的肺泡灌洗液细胞
8923	2024-09-08	Single-cell RNA-sequencing analysis of aortic valve interstitial cells demonstrates the regulation of integrin signaling by nitric oxide 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.742850 PMID:36386365	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析主动脉瓣间质细胞，揭示了硝酸氧化物通过调节整合素信号通路来预防钙化过程	首次描述了硝酸氧化物介导的S-亚硝基化作为预防钙化过程的新机制	研究仅限于猪主动脉瓣间质细胞，且需要持续的硝酸氧化物暴露来抑制钙化	探讨硝酸氧化物和S-亚硝基化在主动脉瓣钙化中的作用机制	主动脉瓣间质细胞和硝酸氧化物	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1,247个差异表达基因
8924	2024-09-08	Single-cell transcriptomic characterization reveals the landscape of airway remodeling and inflammation in a cynomolgus monkey model of asthma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1040442 PMID:36439114	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的细胞图谱	发现了新的成纤维细胞亚型，该亚型介导了哮喘肺中的I型炎症反应，并揭示了细胞间相互作用网络在哮喘和气道重塑中的作用	NA	研究哮喘猕猴模型中气道重塑和炎症的机制	哮喘猕猴模型的肺部组织	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
8925	2024-09-08	Identification of COVID-19 severity biomarkers based on feature selection on single-cell RNA-Seq data of CD8+ T cells 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.1053772 PMID:36437952	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据中的特征选择，识别了CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物	首次通过单细胞RNA测序数据和多种特征选择方法，识别出CD8+ T细胞中与COVID-19严重程度相关的潜在生物标志物	研究仅基于三个CD8 T细胞亚型和三种疾病状态的数据，样本量有限	探究CD8+ T细胞在COVID-19感染中的免疫调节机制，并识别潜在的严重程度生物标志物	CD8+ T细胞的单细胞基因表达数据	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	梯度提升机	基因表达数据	三个CD8 T细胞亚型（效应T细胞、记忆T细胞和幼稚T细胞），每种亚型包含三种疾病状态（急性COVID-19、康复期COVID-19和未暴露个体）
8926	2024-09-08	Reprogramming landscape highlighted by dynamic transcriptomes in therapy-induced neuroendocrine differentiation 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.10.031 PMID:36382181	研究论文	本文研究了在药物治疗诱导的神经内分泌分化过程中，动态转录组学揭示的重编程景观	通过结合单细胞和批量mRNA测序工作流程，本文首次在时间解析的方式下展示了前列腺癌细胞在AR抑制剂enzalutamide作用下，从上皮形态转变为神经内分泌样形态，并激活了特定的神经内分泌相关转录程序	本文主要集中在AR抑制剂诱导的神经内分泌分化过程，未涉及其他治疗方式或不同类型前列腺癌的影响	探讨在AR抑制剂治疗下，前列腺癌从AR阳性腺癌向AR阴性神经内分泌前列腺癌转变的分子机制	前列腺癌细胞在AR抑制剂治疗下的转录组变化和形态学转变	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和批量mRNA测序	NA	转录组数据	涉及17-25%接受AR抑制剂治疗的患者样本
8927	2024-09-08	A review of spatial profiling technologies for characterizing the tumor microenvironment in immuno-oncology 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.996721 PMID:36389765	综述	本文综述了空间分析技术在免疫肿瘤学中表征肿瘤微环境的作用	介绍了最新的基于成像和下一代单细胞测序技术的空间转录组学方法，这些技术为系统量化整个肿瘤微环境中所有或大多数基因的表达提供了平台	NA	探讨空间分析技术在免疫肿瘤学中的应用及其对肿瘤生物学和精准治疗靶点的潜在影响	肿瘤微环境中的基因表达和转录活性	数字病理学	肿瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
8928	2024-09-08	Alzheimer's disease alters the transcriptomic profile of natural killer cells at single-cell resolution 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1004885 PMID:36405736	研究论文	研究阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	首次在单细胞分辨率下分析了阿尔茨海默病患者自然杀伤细胞的转录组特征，并发现了一个独特的自然杀伤细胞亚群	研究仅限于血液中的自然杀伤细胞，未涵盖其他组织或器官中的细胞	探讨阿尔茨海默病对自然杀伤细胞转录组特征的影响	阿尔茨海默病患者和对照组血液中的自然杀伤细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	转录组数据	阿尔茨海默病患者和对照组的血液样本
8929	2024-09-08	Immune niches orchestrated by intestinal mesenchymal stromal cells lining the crypt-villus 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1057932 PMID:36405734	综述	本文综述了肠道间质基质细胞在免疫微环境中的作用及其空间分布和功能异质性	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了肠道间质基质细胞在不同肠段的功能多样性及其对免疫细胞和上皮细胞的调节作用	NA	提供对肠道间质基质细胞异质性及其与免疫细胞相互作用的整体视图，以丰富对这些细胞免疫调节功能的理解	肠道间质基质细胞及其在免疫微环境中的作用	NA	NA	单细胞和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
8930	2024-09-08	Increased stromal PFKFB3-mediated glycolysis in inflammatory bowel disease contributes to intestinal inflammation 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.966067 PMID:36405760	研究论文	研究探讨了PFKFB3在炎症性肠病（IBD）中的作用及其对肠道炎症的影响	首次揭示了PFKFB3在IBD患者中的表达增加，并探讨了其在肠道炎症中的作用	NA	研究PFKFB3在IBD中的作用及其对肠道炎症的影响	炎症性肠病患者的肠道样本和纤维母细胞	NA	炎症性肠病	单细胞测序、ssGSEA、海马实时细胞代谢分析	NA	基因表达数据	IBD患者和健康对照者的肠道样本
8931	2024-09-08	Single-cell and single-nuclei RNA sequencing as powerful tools to decipher cellular heterogeneity and dysregulation in neurodegenerative diseases 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.884748 PMID:36353512	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的细胞异质性和失调方面的最新进展	介绍了单细胞和单核RNA测序技术在解析神经退行性疾病中的应用，提供了新的细胞类型和状态的识别方法	讨论了在研究阿尔茨海默病和帕金森病中应用这些技术的挑战和局限性	探讨单细胞和单核RNA测序技术在理解神经退行性疾病中的应用	阿尔茨海默病和帕金森病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
8932	2024-09-08	Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.945347 PMID:36339426	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析和细胞簇反卷积，探讨了人类排卵前卵泡液细胞在卵巢低反应性中的病理生理机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了卵巢低反应患者与正常反应患者在卵泡液细胞类型和基因表达上的差异，并发现了与卵巢反应性相关的关键细胞簇	研究样本量较小，仅包括18名IVF患者，可能影响结果的普适性	探讨卵巢低反应性的病理生理机制，并评估其在IVF临床结果预测中的作用	人类排卵前卵泡液中的体细胞	数字病理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	18名接受IVF治疗的患者
8933	2024-09-08	Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs 2020-12-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006229 PMID:32614947	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性	本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路	本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失	研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法	从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞
8934	2024-09-07	Isolation and Preparation of Embryonic Zebrafish Retinal Cells for Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_6 PMID:39240518	研究论文	本文描述了一种从胚胎斑马鱼眼中分离和制备高质量单细胞悬液的方法，用于单细胞RNA测序	本文提供了一种可重复生成高质量单细胞悬液的方法，适用于斑马鱼眼和其他发育或再生组织的单细胞RNA测序实验	本文主要集中在斑马鱼眼组织的单细胞RNA测序，未涉及其他物种或组织类型	开发一种可靠的方法来生成高质量的单细胞悬液，用于单细胞RNA测序，以推动眼发育和再生领域的研究	胚胎斑马鱼视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	胚胎斑马鱼眼组织
8935	2024-09-07	Identifying the importance of PCK1 in maintaining ileal epithelial barrier integrity in Crohn's disease 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148872 PMID:39159791	研究论文	研究探讨了PCK1基因在克罗恩病中维持回肠上皮屏障完整性的重要性	首次揭示了PCK1基因在克罗恩病中对回肠上皮屏障的维持作用	研究样本量较小，且仅限于回肠组织	探讨克罗恩病患者肠道屏障功能障碍的关键基因	克罗恩病患者的回肠组织和Caco-2细胞系	NA	克罗恩病	单细胞RNA测序、基因芯片、免疫组化	NA	基因表达数据	11名克罗恩病患者和多个对照组的回肠组织样本
8936	2024-09-07	A nomoscore of four genes for predicting the rupture risk in abdominal aortic aneurysm patients with osteoarthritis 2024-Dec-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148877 PMID:39173977	研究论文	本研究旨在通过基因表达数据和机器学习算法，识别与腹主动脉瘤破裂风险相关的潜在生物标志物，并开发预测模型	本研究首次结合基因表达数据和单细胞RNA测序数据，利用机器学习算法识别出四个关键基因，并开发了一个高预测性能的诺模图	本研究主要基于已有的基因表达和单细胞RNA测序数据，未来需要在更多样本和临床数据中验证其有效性	发现并验证能够预测腹主动脉瘤破裂风险的潜在生物标志物	腹主动脉瘤患者及其破裂风险	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	LASSO, 随机森林, SVM-RFE	基因表达数据	两个基因表达数据集（GSE98278, GSE51588）和两个单细胞RNA测序数据集（GSE164678, GSE152583）
8937	2024-09-07	RIPK3 causes mitochondrial dysfunction and albuminuria in diabetic podocytopathy through PGAM5-Drp1 signaling 2024-Oct, Metabolism: clinical and experimental DOI:10.1016/j.metabol.2024.155982 PMID:39089491	研究论文	研究探讨了RIPK3在糖尿病肾病中的作用及其通过PGAM5-Drp1信号通路导致线粒体功能障碍和蛋白尿的机制	首次揭示了RIPK3在糖尿病肾病中通过PGAM5-Drp1信号通路导致线粒体功能障碍和蛋白尿的作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步的人体临床验证	探讨RIPK3在糖尿病肾病中的作用及其机制	糖尿病肾病患者的肾脏和动物模型	NA	糖尿病	ELISA、单细胞RNA测序	NA	RNA	包括糖尿病患者和糖尿病小鼠模型
8938	2024-09-07	Dynamic changes of the immune microenvironment in the development of gastric cancer caused by inflammation 2024-Sep-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200849 PMID:39228396	研究论文	本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，探讨了胃癌发展过程中不同细胞类型的分子变化	首次系统分析了从非萎缩性胃炎到胃癌过程中免疫微环境的动态变化，并发现了IL-17信号通路和Th17细胞分化的显著上调	研究主要基于单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据，缺乏体内实验验证	揭示胃癌发展过程中从癌前病变到胃癌的分子机制，为早期诊断和治疗提供依据	胃癌发展过程中的免疫微环境和信号通路变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞RNA测序数据集和The Cancer Genome Atlas的bulk RNA测序数据
8939	2024-09-07	Knocking Out CD70 Rescues CD70-Specific NanoCAR T Cells from Antigen-Induced Exhaustion 2024-Sep-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0677 PMID:38874582	研究论文	研究通过敲除CD70来提高CD70特异性纳米CAR T细胞在实体和液体恶性肿瘤治疗中的功能	通过CRISPR/Cas9技术敲除CD70，显著增强了CD70特异性纳米CAR T细胞在弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型中的功能，并保护其免受抗原诱导的耗竭	研究主要集中在体外和PDX模型中，尚未在临床试验中验证	优化CD70特异性CAR T细胞疗法，提高其在恶性肿瘤治疗中的疗效	CD70特异性纳米CAR T细胞及其在恶性肿瘤治疗中的应用	细胞疗法	淋巴瘤	CRISPR/Cas9	NA	单细胞转录组数据	涉及恶性横纹肌瘤类器官和弥漫性大B细胞淋巴瘤PDX模型
8940	2024-09-07	Itm2a expression marks periosteal skeletal stem cells that contribute to bone fracture healing 2024-Sep-03, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176528 PMID:39225088	研究论文	研究确定了Itm2a作为骨膜骨干细胞的膜蛋白标记物，并探讨了其在骨折愈合中的作用	首次确定了Itm2a作为骨膜骨干细胞的标记物，并展示了其在骨折愈合中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全验证其在人类中的适用性	确定骨膜骨干细胞的标记物，并研究其在骨折愈合中的作用	骨膜骨干细胞及其在骨折愈合中的贡献	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型