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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8861 | 2025-10-07 |
adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168
PMID:40234247
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研究论文 | 开发了一个名为adverSCarial的R软件包,用于评估单细胞RNA测序分类器对对抗性攻击的脆弱性 | 首次提供了专门针对单细胞转录组数据的对抗性攻击模拟工具,支持从轻微到激进的不同攻击模式 | 仅评估了五种机器学习分类器,在四个数据集上进行测试,样本范围有限 | 评估单细胞RNA测序分类器对对抗性攻击的脆弱性,提高模型可靠性 | 单细胞RNA测序分类器和对抗性攻击方法 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习分类器 | 基因表达数据 | 四个不同数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8862 | 2025-10-07 |
Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546
PMID:39786999
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研究方案 | 本文提出了一种利用单细胞RNA测序检测SARS-CoV-2阳性及康复患者免疫细胞中胞内微生物多样性的实验方案 | 开发了针对非可培养状态胞内微生物的单细胞RNA测序检测流程,专门应用于新冠病毒感染研究 | NA | 建立检测免疫细胞中胞内微生物多样性的标准化实验流程 | SARS-CoV-2阳性患者和康复患者的免疫细胞 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8863 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation†
2025-Mar-16, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf004
PMID:39756438
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建妊娠母马子宫内膜在胚胎植入前后的细胞图谱 | 首次在母马中发现常驻先天淋巴细胞和黏膜相关恒定T细胞等新型免疫细胞亚群,并揭示子宫内膜自然杀伤细胞是植入期间最丰富的白细胞群体 | 仅分析了两个时间点(妊娠第33天和第42天)的样本,样本时间点有限 | 确定和比较马胚胎植入前后子宫内膜细胞的转录组和细胞亚群 | 母马子宫内膜细胞 | 单细胞组学 | 生殖生物学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约97,000个子宫内膜细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8864 | 2025-10-07 |
Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity
2025-Mar-04, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0589
PMID:39745778
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间分析揭示了巨噬细胞空间聚集在CTL富集型肝细胞癌中的免疫抑制作用和预后价值 | 首次发现巨噬细胞空间聚集是CTL富集型肝癌的独特空间模式,揭示了空间分布对巨噬细胞重编程和CTL耗竭的影响 | 样本量相对有限,需要更大规模验证 | 探究CTL富集型肝细胞癌中空间免疫变异对临床结局的影响机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 多重原位染色,单细胞转录组测序,空间转录组测序 | 随机森林,Cox回归 | 图像,转录组数据 | 20例CTL富集型HCC用于深度分析,386例患者队列用于验证 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
8865 | 2025-10-07 |
A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution
2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.156114
PMID:39732364
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研究论文 | 本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂通过诱导单核细胞来源库普弗细胞坏死性凋亡来改善代谢功能障碍相关脂肪肝病的作用机制 | 首次揭示A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解导致线粒体功能障碍,进而诱导促炎性MoKCs坏死性凋亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 研究A3AR拮抗对代谢功能障碍相关脂肪肝病的治疗作用及机制 | MASLD患者和快餐饮食喂养的小鼠 | 肝脏疾病研究 | 代谢功能障碍相关脂肪肝病 | 空间转录组学,基因敲除,体内药物治疗 | A3AR基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织病理学数据 | MASLD患者和FFD喂养的小鼠样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8866 | 2025-10-07 |
Integrative approaches to m6A and m5C RNA modifications in autism spectrum disorder revealing potential causal variants
2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10095-8
PMID:39738578
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研究论文 | 通过整合m6A和m5C RNA修饰分析识别自闭症谱系障碍的潜在因果变异 | 首次整合m6A和m5C RNA修饰变异进行自闭症基因组分析,结合cis-eQTL和基因差异表达分析 | 需要实验验证和单细胞RNA-seq数据进一步确认因果关系 | 识别自闭症谱系障碍的潜在因果变异和调控机制 | 自闭症谱系障碍相关基因和RNA修饰变异 | 基因组学 | 自闭症谱系障碍 | 整合基因组分析、cis-eQTL分析、基因差异表达分析、基因富集分析 | NA | 基因组数据、基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、微阵列基因表达分析 | NA | NA |
8867 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136
PMID:39740725
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示原始生殖细胞命运决定的新机制 | 首次通过单细胞RNA测序发现细胞周期驱动细胞异质性,识别了参与PGC自我更新的活跃群体和衰老细胞命运特征 | 未明确说明样本来源物种和具体实验室间重复性问题的量化数据 | 研究培养原始生殖细胞系网络建立的分子动力学机制 | 原始生殖细胞(PGCs) | 单细胞生物学 | 生殖生物学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8868 | 2025-10-07 |
Immune Cell Biology in Peripheral Nervous System Injury
2025-Mar, Neurorehabilitation and neural repair
IF:3.7Q1
DOI:10.1177/15459683241304325
PMID:39744962
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综述 | 总结免疫细胞在周围神经系统损伤与修复过程中的关键作用 | 通过单细胞测序分析为巨噬细胞表型争议提供新见解,系统阐述各类免疫细胞在神经损伤中的动态变化 | 主要基于现有文献总结,缺乏原始实验数据验证 | 阐明免疫细胞在周围神经系统损伤修复中的机制 | 周围神经系统损伤后的免疫细胞(巨噬细胞、中性粒细胞、淋巴细胞等) | 神经科学 | 周围神经损伤 | 单细胞测序 | NA | 文本综述 | NA | NA | NA | NA | NA |
8869 | 2025-10-07 |
The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis
2025-Mar, The American journal of clinical nutrition
DOI:10.1016/j.ajcnut.2024.12.026
PMID:39746397
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研究论文 | 通过整合多组学分析探讨高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的因果关系 | 首次采用孟德尔随机化方法结合单细胞测序和转录组学分析,揭示特定肠道菌群在高脂饮食诱导炎症中的介导作用 | 研究数据主要来源于欧洲人群,可能限制结果在其他人群的普适性 | 探究高脂饮食通过肠道微生物组影响系统性慢性炎症的机制 | 人类遗传数据、肠道微生物组、炎症细胞因子、免疫细胞特征、血清代谢物和小鼠结肠组织 | 多组学整合分析 | 代谢性疾病 | 孟德尔随机化, 全基因组关联分析, 转录组测序, 单细胞测序, 代谢组学 | 孟德尔随机化模型, 中介分析 | 遗传数据, 微生物组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 代谢组数据 | 欧洲人群GWAS数据和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
8870 | 2025-10-07 |
Lymphocytes-Associated Extracellular Vesicles Activate Natural Killer Cells in HNSCC
2025-Mar, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16440
PMID:39749376
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的异质性及其对自然杀伤细胞的激活作用 | 首次在液滴水平分析HNSCC中sEVs的异质性,发现T细胞是sEVs主要分泌源,并揭示其通过sEVs间接激活NK细胞的抗肿瘤机制 | 研究主要基于计算算法SEVtras的分析结果,需要进一步实验验证 | 探究头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的异质性及其在肿瘤免疫中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者样本中的小细胞外囊泡、T细胞和自然杀伤细胞 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | SEVtras算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8871 | 2025-10-07 |
Persistent pre-exhausted CD8+ T cells shape the tumor immune microenvironment in anaplastic thyroid cancer
2025-Mar-01, Endocrine-related cancer
IF:4.1Q2
DOI:10.1530/ERC-24-0169
PMID:39752183
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析未分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤免疫微环境,重点关注预耗竭CD8+ T细胞的特征及其生物标志物 | 首次在未分化甲状腺癌中发现普遍存在的预耗竭CD8+ T细胞,并通过实验验证GNLY作为其潜在生物标志物 | 需要进一步研究GNLY及其他已识别生物标志物在甲状腺癌免疫应答调控中的功能意义 | 解析未分化甲状腺癌肿瘤免疫微环境的细胞和基因表达动态,为靶向免疫治疗提供依据 | 未分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌患者样本 | 单细胞转录组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,共培养实验 | 计算分析流程 | 单细胞转录组数据 | 多个独立的ATC和PTC单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8872 | 2025-10-07 |
Longitudinal single-cell RNA sequencing reveals a heterogeneous response of plasma cells to colonic inflammation
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139307
PMID:39753172
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研究论文 | 通过纵向单细胞RNA测序揭示浆细胞在结肠炎症中的异质性反应 | 首次在DSS诱导的小鼠结肠炎模型中系统分析浆细胞在不同炎症阶段的动态变化,发现Ube2c+浆细胞亚群的关键作用及Chchd10-C1qbp相互作用的保护机制 | 研究仅使用DSS诱导的小鼠结肠炎模型,结果在人类疾病中的适用性需要进一步验证 | 探究浆细胞在结肠炎症过程中的动态变化和分子机制 | DSS诱导的结肠炎小鼠模型中的浆细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄雄性C57BL/6小鼠结肠组织(炎症高峰期、恢复期和恢复结束期) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8873 | 2025-10-07 |
Analysis of multi-condition single-cell data with latent embedding multivariate regression
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01996-0
PMID:39753773
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研究论文 | 提出一种名为LEMUR的潜在嵌入多元回归模型,用于分析多条件单细胞RNA测序数据 | 无需预先进行离散分类即可整合多条件数据并预测基因表达变化 | NA | 识别异质组织中跨条件的基因表达差异 | 癌症、斑马鱼发育和阿尔茨海默病空间梯度中的单细胞数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 潜在嵌入多元回归(LEMUR) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8874 | 2025-10-07 |
LncRNA-MEG3/miR-93-5p/SMAD7 axis mediates proliferative and inflammatory phenotypes of fibroblast-like synoviocytes in rheumatoid arthritis
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139390
PMID:39755314
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,揭示了MEG3/miR-93-5p/SMAD7轴在类风湿关节炎滑膜成纤维细胞增殖和炎症表型中的调控机制 | 首次发现MEG3通过竞争性吸附miR-93-5p促进SMAD7表达,从而缓解RA滑膜成纤维细胞的增殖和炎症表型 | RA的细胞、分子和免疫学机制仍不完全清楚 | 阐明类风湿关节炎滑膜的细胞景观、分化轨迹、转录组特征和免疫浸润特征 | 类风湿关节炎滑膜组织和滑膜成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8875 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: Current progress and future prospects
2025-Mar, Progress in biophysics and molecular biology
DOI:10.1016/j.pbiomolbio.2025.01.002
PMID:39778630
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌研究中的应用现状与未来展望 | 首次系统总结多篇研究中scRNA-seq在卵巢癌领域的应用成果,填补了该领域综合评述的空白 | 作为综述文章,不包含原始实验数据,主要依赖已有文献的整合分析 | 总结scRNA-seq技术在卵巢癌研究中的应用进展并探讨未来发展方向 | 卵巢癌相关研究文献和scRNA-seq技术应用案例 | 自然语言处理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8876 | 2025-10-07 |
Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies
2025-Mar, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-024-00390-4
PMID:39991096
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研究论文 | 本研究通过多组学和机器学习方法揭示了B细胞在肺腺癌预后中的关键作用,并开发了预测模型以支持精准医疗 | 首次整合多组学数据和多种机器学习算法构建Scissor+相关B细胞评分(SRBS),系统阐明B细胞在肺腺癌预后和个性化治疗中的作用 | 需要进一步实验验证和更大样本量的临床验证 | 探索B细胞在肺腺癌预后预测和个性化治疗策略中的关键作用 | 肺腺癌患者和相关的多组学数据 | 机器学习 | 肺癌 | 多组学整合分析,机器学习 | 多种机器学习算法整合模型 | 多组学数据包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA、空间转录组测序 | 训练集和验证集样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
8877 | 2025-10-07 |
Modeling GATA2 deficiency in mice: the R396Q mutation disrupts normal hematopoiesis
2025-Mar, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02508-z
PMID:39774796
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研究论文 | 本研究通过建立携带R396Q突变的Gata2小鼠模型,揭示了GATA2缺陷对造血系统的早期影响及其与白血病转化的潜在关联 | 首次建立了与白血病进展相关的Gata2 R396Q突变小鼠模型,揭示了不同于以往GATA2缺失模型的特定干细胞亚群偏向性 | 研究仅限于小鼠模型,人类疾病机制的完全重现可能存在物种差异 | 研究GATA2缺陷中R396Q突变对造血系统的影响及白血病转化机制 | 携带Gata2 R396Q突变的转基因小鼠 | 血液病研究 | GATA2缺陷症 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
8878 | 2025-10-07 |
Droplet microfluidics: unveiling the hidden complexity of the human microbiome
2025-Feb-25, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d4lc00877d
PMID:39775305
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综述 | 本文系统介绍了液滴微流控技术在揭示人类微生物组复杂性的原理、功能和应用 | 重点阐述液滴微流控在增强单细胞测序技术、培养不可培养微生物及研究微生物相互作用方面的突破性作用 | 作为综述文章未涉及具体实验数据验证 | 探讨液滴微流控技术在微生物组研究中的转化潜力 | 人类微生物组 | 微生物组学 | NA | 液滴微流控,单细胞测序 | NA | 基因组数据,RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,基因组测序 | NA | NA |
8879 | 2025-10-07 |
Spatial proteomics reveals sirtuin 1 to be a determinant of T-cell infiltration in human melanoma
2025-Feb-18, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljae433
PMID:39739311
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研究论文 | 本研究通过空间蛋白质组学技术揭示SIRT1是黑色素瘤中T细胞浸润的关键决定因子 | 首次结合多种空间蛋白质组学技术系统分析黑色素瘤微环境,发现SIRT1作为mTOR信号负调控因子在T细胞富集区高表达 | 研究主要基于小鼠模型和回顾性数据分析,需要进一步临床验证 | 解析决定肿瘤浸润淋巴细胞分布的生物学过程及其对免疫检查点抑制剂疗效的影响 | 人类黑色素瘤组织样本和同源小鼠黑色素瘤模型 | 空间蛋白质组学 | 黑色素瘤 | 显微镜技术,基质辅助激光解吸质谱成像,液相色谱-质谱联用,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | 蛋白质组数据,转录组数据,免疫组织化学数据 | 人类黑色素瘤组织样本和两种同源小鼠模型 | NA | 空间蛋白质组学,单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
8880 | 2025-10-07 |
PTN secreted by cardiac fibroblasts promotes myocardial fibrosis and inflammation of pressure overload-induced hypertrophic cardiomyopathy through the PTN-SDC4 pathway
2025-Feb-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2024.123356
PMID:39765325
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现心脏成纤维细胞分泌的PTN通过PTN-SDC4通路促进压力超负荷诱导的肥厚型心肌病的心肌纤维化和炎症反应 | 首次揭示心脏成纤维细胞通过分泌PTN配体与巨噬细胞SDC4受体相互作用在压力超负荷诱导的肥厚型心肌病中的关键作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探索压力超负荷诱导的肥厚型心肌病中心脏不同细胞间的通讯网络 | 横主动脉缩窄手术诱导的肥厚型心肌病小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 肥厚型心肌病 | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 免疫荧光, Western blot, 超声心动图 | NA | 单细胞RNA测序数据, 实验验证数据 | GSE137167数据集的小鼠心脏单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |