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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8841 | 2025-10-07 |
Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon
2025-Apr-28, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02196-w
PMID:40289111
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术表征了大西洋鲑皮肤中推定间充质基质细胞在伤口愈合过程中的转录组特征 | 首次绘制了伤口愈合过程中推定分化间充质基质细胞亚群的转录组活性图谱,揭示了不同MSC亚群的空间生态位 | 研究仅针对大西洋鲑,结果可能不适用于其他鱼类物种 | 表征大西洋鲑皮肤中推定间充质基质细胞在健康和伤口愈合状态下的转录组特征 | 大西洋鲑皮肤中的推定间充质基质细胞(成纤维细胞样成体干细胞) | 空间转录组学 | 伤口愈合 | 单细胞核测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
8842 | 2025-10-07 |
E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5
2025-Apr-28, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.114662
PMID:40300357
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研究论文 | 本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减轻肝脏炎症的分子机制 | 首次揭示TRIM38通过与HSPA5相互作用并介导其K63依赖性泛素化来稳定HSPA5,从而促进M2巨噬细胞极化 | TRIM38在肝脏其他细胞类型中的作用及其在MASLD不同阶段的具体调控机制仍需进一步研究 | 探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用,寻找控制炎症的关键靶点 | 巨噬细胞极化、肝脏炎症、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 分子生物学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞RNA测序、分子相互作用分析、泛素化检测 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | MASLD患者的肝脏巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8843 | 2025-10-07 |
InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape
2025-Apr-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03554-1
PMID:40275395
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研究论文 | 开发了InSituCor工具包,用于在考虑细胞类型分布的条件下探索空间转录组数据中的空间相关基因 | 能够发现无法用已知细胞类型分布解释的空间基因相关性,避免了传统方法中因细胞类型空间排列导致的伪相关 | NA | 开发空间转录组数据分析工具,识别真正有生物学意义的空间基因相关性 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8844 | 2025-10-07 |
Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010365
PMID:40280564
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研究论文 | 本研究探讨肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应中的作用 | 首次发现肿瘤内微生物群多样性和负荷与治疗反应相关,并开发了基于微生物群的预测模型 | 样本量相对有限(89例),且仅针对三阴性乳腺癌患者 | 探索肿瘤内微生物群作为三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测标志物的价值 | 早期三阴性乳腺癌女性患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 16S rDNA测序,单细胞转录组测序,机器学习 | 机器学习模型 | 微生物组数据,单细胞转录组数据,临床数据 | 89例早期三阴性乳腺癌患者 | NA | 16S rDNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
8845 | 2025-10-07 |
Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2423677122
PMID:40244673
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研究论文 | 本研究揭示了SEMA6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化修饰,促进病理性血管生成的新机制 | 首次发现SEMA6A的C端无序区域通过液-液相分离形成凝聚体,招募RHOA和P300促进组蛋白乳酸化循环 | 研究主要聚焦于视网膜病变模型,在其他血管疾病中的普适性仍需验证 | 探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制 | 视网膜内皮细胞和氧诱导视网膜病变模型 | 表观遗传学 | 视网膜缺血性疾病 | CUT&Tag, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据,表观遗传学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8846 | 2025-10-07 |
St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury
2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2426187122
PMID:40244680
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研究论文 | 本研究揭示了中性粒细胞表面糖蛋白CD177通过St3gal5介导的唾液酸化修饰在调节中枢神经系统损伤后神经炎症中的关键作用 | 首次发现St3gal5介导的CD177糖基化修饰对中性粒细胞抗炎功能的调控机制,并证实FDA批准的药物丙戊酸可通过上调St3gal5发挥治疗作用 | NA | 探究中性粒细胞CD177糖生物学在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控机制 | 人和小鼠的中性粒细胞 | 免疫学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序,糖蛋白组学,基因敲除 | NA | 基因表达数据,蛋白质组学数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
8847 | 2025-10-07 |
Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development
2025-Apr-16, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.155981
PMID:40300524
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研究论文 | 通过整合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术,系统揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,系统阐明CD33+髓系细胞通过补体级联和趋化因子信号通路驱动黑色素瘤免疫微环境失调的机制 | 研究主要基于遗传关联分析和计算反卷积,需要进一步实验验证CD33+髓系细胞的具体功能机制 | 探索免疫细胞群体与癌症发展之间的因果关系,特别关注黑色素瘤中的免疫调节特征 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的全基因组关联研究数据,黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群 | 计算生物学 | 黑色素瘤 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 计算反卷积分析 | NA | 基因组关联数据, 单细胞RNA测序数据, 癌症基因组图谱数据 | 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的GWAS数据,TCGA黑色素瘤队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8848 | 2025-10-07 |
Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke
2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL37429
PMID:40302336
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研究论文 | 通过跨物种多组学分析揭示了缺血性卒中中髓系细胞驱动的内皮氧化应激机制 | 首次整合人类和小鼠模型的多种组学数据,系统揭示了髓系细胞与内皮细胞代谢重编程在血脑屏障破坏中的协同作用 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步的人类临床验证 | 探究缺血性卒中中外周与中枢免疫反应的相互作用机制 | 人类和小鼠缺血性卒中模型,包括外周血和脑组织样本 | 生物信息学 | 缺血性卒中 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, scMetabolism分析 | 计算分析模型 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 人类和小鼠缺血性卒中模型样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
8849 | 2025-10-07 |
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882
PMID:39762147
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研究论文 | 通过多组学分析构建神经母细胞瘤分子标志物模型,用于风险分层和肿瘤微环境差异评估 | 首次整合多组学数据识别关键枢纽基因,构建恶性亚群1相关特征(MSRS),并发现PLK1作为关键治疗靶点 | 未明确说明样本规模和验证队列的具体细节 | 开发神经母细胞瘤精准风险分类器和探索肿瘤微环境差异 | 神经母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 多组学分析, 单细胞转录组测序 | 分子特征模型 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
8850 | 2025-10-07 |
Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia
2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048
PMID:39741411
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研究论文 | 本研究揭示巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路调控脓毒症诱导血小板减少症的机制 | 首次发现BTK磷酸化通过Rap1/NF-κB信号通路调控巨噬细胞促炎极化在SIT中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步开展 | 探讨脓毒症诱导血小板减少症的发病机制 | SIT患者、脓毒症小鼠模型、巨噬细胞和巨核细胞 | 分子生物学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、共培养实验、信号通路抑制实验 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据 | SIT患者和脓毒症小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8851 | 2025-10-07 |
Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution
2025-Apr-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605
PMID:39774838
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研究论文 | 通过整合胃癌的空间转录组和单细胞RNA测序数据,揭示肿瘤内空间异质性与不同免疫微环境的关联 | 发现两种独立的进化轨迹,并识别肿瘤-基质界面作为独特的肿瘤生态状态 | NA | 研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态 | 多个胃癌样本 | 空间转录组学 | 胃癌 | 空间转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | GeoMx Digital Spatial Profiler | NA |
8852 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway
2025-Apr, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06341-y
PMID:39694915
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现内皮细胞来源的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖 | 首次揭示内皮细胞来源的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探索调控生理性β细胞增殖的细胞内和细胞外信号通路 | 小鼠胰腺β细胞、内皮细胞、小鼠和大鼠β细胞系、原代小鼠胰岛 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外功能验证 | CellChat | 单细胞转录组数据 | 43,724个胰岛内分泌和非内分泌细胞,其中15,569个β细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8853 | 2025-10-07 |
Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis
2025-Apr, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010
PMID:39732390
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研究论文 | 本研究探讨肠道微生物群对角膜稳态的影响及短链脂肪酸的修复作用 | 首次揭示抗生素诱导的肠道菌群失调会破坏角膜昼夜节律基因表达和屏障功能,并证明短链脂肪酸具有修复作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 研究肠道微生物群对角膜稳态的调控机制 | 小鼠角膜组织 | 微生物组学 | 角膜功能障碍 | RNA测序,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠角膜组织样本 | NA | RNA-seq,单细胞测序 | NA | NA |
8854 | 2025-10-07 |
Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes
2025-Apr, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02204-w
PMID:39760782
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌肿瘤微环境对β细胞质量损失的影响,揭示3c型糖尿病的发病机制 | 首次在单细胞水平系统分析PDAC肿瘤微环境中不同细胞类型与内分泌细胞的相互作用,并比较近端和远端肿瘤旁区域胰岛特征的差异 | 样本量相对有限,主要关注胰腺导管腺癌,未涵盖其他胰腺肿瘤类型 | 探索胰腺癌肿瘤微环境与β细胞质量损失之间的复杂相互作用,阐明3c型糖尿病发病机制 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤组织、正常胰腺供体组织、INS-1E细胞系、PANC-1细胞系 | 单细胞生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, TUNEL染色, RT-qPCR, CCK8检测 | NA | 单细胞转录组数据, 组织病理学数据, 细胞实验数据 | 正常胰腺供体、非糖尿病患者和3c型糖尿病患者的肿瘤旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8855 | 2025-10-07 |
MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy
2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16182
PMID:39777974
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研究论文 | 本研究通过microRNA测序和单细胞测序分析,揭示了非增殖性糖尿病视网膜病变中一种新型microRNA通过抑制Ets1介导的抗血管生成机制 | 发现了一种靶向Ets1的新型microRNA在NPDR患者血浆中上调,并揭示了其在视网膜内皮细胞中的抗血管生成作用机制 | 研究样本量有限,主要基于病例对照设计,需要更大规模研究验证 | 探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的调控机制 | 2型糖尿病患者(伴有和不伴有NPDR)的血浆和视网膜样本,以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞 | 分子生物学 | 糖尿病视网膜病变 | microRNA测序, 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 2型糖尿病患者病例对照样本 | NA | 单细胞测序, microRNA测序 | NA | NA |
8856 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary
2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfaf001
PMID:39752319
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的毒性作用 | 首次在单细胞水平揭示邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用,发现其对不同细胞亚型的影响差异 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证;仅测试单一浓度(10µg/ml)的邻苯二甲酸盐代谢物混合物 | 探究邻苯二甲酸盐在卵巢中的分子毒性机制 | 小鼠窦卵泡中的颗粒细胞、卵泡膜细胞和基质细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠窦卵泡(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8857 | 2025-10-07 |
Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium
2025-Apr, The Journal of international medical research
IF:1.4Q4
DOI:10.1177/03000605251333646
PMID:40287984
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研究论文 | 通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的关键免疫调节基因FOSL2和RHoBTB1 | 首次结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术系统鉴定膝骨关节炎滑膜中的核心免疫调节基因 | 需要进一步的研究验证这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力 | 探索膝骨关节炎滑膜的分子机制和免疫调节机制 | 膝骨关节炎滑膜组织、小鼠模型 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序、机器学习算法、基因组关联分析 | LASSO、支持向量机 | 基因表达数据 | GSE55235和GSE51588数据集,膝骨关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8858 | 2025-10-07 |
scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924
PMID:40294099
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研究论文 | 提出一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 采用基于两部分广义伽马分布的深度自编码器学习自表达矩阵,并结合其二阶幂生成相似度矩阵 | NA | 解决单细胞RNA测序数据聚类分析中的高维度、噪声和稀疏性挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器, 稀疏子空间聚类 | 基因表达数据 | 12个真实生物数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8859 | 2025-10-07 |
The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration
2025-Apr, Genesis (New York, N.Y. : 2000)
DOI:10.1002/dvg.70013
PMID:40300044
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综述 | 本文总结了单细胞RNA测序技术在心脏发育与再生研究中的应用 | 系统梳理了scRNA-seq技术在揭示心脏损伤修复分子机制方面的最新进展 | NA | 探索单细胞RNA测序在心脏发育和再生研究中的应用价值 | 哺乳动物心脏、斑马鱼心脏、心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
8860 | 2025-10-07 |
Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131
PMID:40139667
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研究论文 | 提出一个用于评估空间转录组学中空间可变基因识别算法的基准框架 | 首次构建了包含30个合成数据集和74个真实数据集的综合基准框架,用于系统评估空间可变基因识别算法 | NA | 评估空间可变基因识别算法的性能并确定最佳算法及其适用场景 | 空间转录组学数据分析算法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据分析 | NA | 空间转录组数据 | 30个合成数据集和74个真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |