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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8821 | 2025-10-07 |
STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-12-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43915-7
PMID:38065970
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研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组数据对齐工具,使用微分同胚度量映射技术解决不同切片间的空间对齐问题 | 采用微分同胚度量映射方法处理部分匹配的组织切片和局部非线性扭曲,显著提升了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应关系 | NA | 解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术间的比较难题 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,微分同胚度量映射 | 微分同胚度量映射 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8822 | 2025-10-07 |
Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.534630
PMID:37090640
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研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组学数据对齐工具,能够处理部分匹配的组织切片和局部非线性形变 | 使用微分同胚度量映射方法实现空间转录组数据对齐,显著改善了基于标志点的仿射对齐方法 | NA | 解决跨切片、样本和技术的空间转录组数据比较难题 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 微分同胚度量映射 | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8823 | 2025-10-07 |
CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging
2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC
PMID:35687485
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研究论文 | 本研究揭示了CD38通过促进肺泡上皮细胞衰老介导肺纤维化的机制 | 首次发现CD38作为主要NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用,并提出靶向CD38的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验,在人类患者中的直接证据仍需进一步验证 | 探究CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用机制 | 肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化患者肺组织、小鼠肺纤维化模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 人类IPF肺组织、年轻和年老小鼠纤维化肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8824 | 2025-10-07 |
The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts
2025-Aug, Non-coding RNA research
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004
PMID:40297152
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研究论文 | 本研究探讨了MALAT1/CREG1通过自噬介导羊膜成纤维细胞分化调控胎膜早破的机制 | 首次发现MALAT1与CREG1相互作用调控自噬过程,介导羊膜成纤维细胞向肌成纤维细胞分化 | NA | 探索通过干预成纤维细胞修复羊膜的科学问题,为临床治疗胎膜早破提供证据 | 胎膜组织和原代羊膜成纤维细胞 | 生物医学研究 | 胎膜早破 | 单细胞测序,天狼星红染色,荧光染色,拉曼光谱,Western blot,PCR,RNA Pulldown,RIP,分子对接 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8825 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio)
2025-Jun-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515
PMID:39947082
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究全氟辛烷磺酸(PFOS)对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响 | 首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS的组织特异性毒性机制 | 仅使用16μM单一浓度PFOS暴露,缺乏剂量效应关系研究 | 探究PFOS发育毒性的分子机制和组织特异性效应 | 斑马鱼(Danio rerio)幼虫 | 单细胞生物学 | 发育毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫样本(3-72小时受精后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8826 | 2025-10-07 |
Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types
2025-Jun, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf077
PMID:40297020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同空心菜品种根部细胞类型在镉积累能力差异中的机制 | 首次在单细胞水平比较了低镉积累和高镉积累空心菜品种根部细胞类型的基因表达差异,揭示了表皮细胞木质素沉积和激素相关基因在镉固定与转运中的关键作用 | 研究仅针对两个栽培品种,样本规模有限,且机制验证主要基于基因表达分析和荧光检测,需要进一步的功能实验证实 | 阐明不同空心菜品种根部细胞类型在镉积累能力差异中的分子机制 | 空心菜(Ipomoea aquatica)QLQ(低镉积累)和T308(高镉积累)两个栽培品种的根尖细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,荧光检测 | NA | 基因表达数据,荧光成像数据 | 两个空心菜栽培品种的根尖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8827 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury
2025-May, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24671
PMID:39760225
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示创伤性脑损伤后神经发生破坏的分子特征 | 首次通过大规模单细胞转录组测序识别出表达Tubb3基因的NSC-4亚群减少是神经发生破坏的关键原因,并发现转录因子Dlx2的下调及其过表达可促进神经元谱系分化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究创伤性脑损伤后神经干细胞分化偏向的分子机制 | 小鼠脑室下区神经干细胞及其衍生细胞 | 单细胞测序 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8828 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots
2025-May, Plant, cell & environment
DOI:10.1111/pce.15321
PMID:39763237
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小麦根尖细胞的转录组异质性和发育轨迹 | 首次在小麦中应用单细胞RNA测序技术解析根尖细胞类型组成和发育轨迹,并进行跨物种比较分析 | 仅分析了中国春小麦品种的根尖组织,样本来源相对有限 | 解析小麦根尖细胞类型特异的转录程序和发育机制 | 中国春小麦品种的根尖细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 中国春小麦根尖单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8829 | 2025-10-07 |
Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70315
PMID:40289345
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研究论文 | 本研究揭示了ZBP1蛋白在脓毒症心肌病中的作用机制,发现巨噬细胞中STAT1-ZBP1轴促进心肌功能障碍 | 首次发现巨噬细胞中STAT1-ZBP1信号轴在脓毒症心肌病中的关键作用,并证明ZBP1缺失可促进巨噬细胞向M2亚型极化 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究ZBP1在脓毒症心肌病发生发展中的分子机制 | LPS处理的小鼠模型,重点关注心肌组织中的巨噬细胞 | 分子生物学 | 脓毒症心肌病 | 单细胞mRNA测序, 单核mRNA测序, 免疫荧光, 超声心动图 | NA | 基因表达数据, 影像数据 | LPS处理的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
8830 | 2025-10-07 |
cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70323
PMID:40292672
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研究论文 | 本研究通过小鼠原位气管移植模型,揭示了cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制加剧闭塞性细支气管炎的分子机制 | 首次证明巨噬细胞中cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性方式加重移植排斥反应,并发现STING抑制可增强CTLA4-Ig的治疗效果 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的具体作用 | 小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞特异性Sting1基因敲除小鼠 | 免疫学 | 闭塞性细支气管炎 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, qRT-PCR, 流式细胞术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据, 组织病理数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8831 | 2025-10-07 |
Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer
2025-May, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70319
PMID:40292733
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学解析胃癌肿瘤内异质性,揭示转移相关元程序MP7与肌成纤维细胞的相互作用机制 | 首次在胃癌中鉴定出7个具有不同生物学意义的元程序,并阐明MP7与肌成纤维细胞通过GDF15/TGFBR2和RSPO3/EGR1通路形成相互作用环路 | NA | 解析胃癌肿瘤内异质性及肿瘤细胞与基质细胞的相互作用机制 | 胃癌组织、患者来源类器官 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 体外实验, 患者来源类器官模型 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
8832 | 2025-10-07 |
Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment
2025-May, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70915
PMID:40292920
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研究论文 | 本研究探讨KIF2C在骨肉瘤中的过表达通过调控Wnt/β-catenin信号通路和促进免疫抑制微环境驱动肿瘤进展的机制 | 首次揭示KIF2C在骨肉瘤中通过结合β-catenin调控Wnt信号通路并影响肿瘤免疫微环境的作用机制,并发现butein作为潜在抑制剂 | 未明确说明样本量大小,机制研究主要依赖体外实验和公共数据集分析 | 探究KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制及治疗靶点价值 | 骨肉瘤细胞系、公共数据库中的骨肉瘤样本数据 | 肿瘤生物学 | 骨肉瘤 | KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接、分子动力学 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据、体外实验数据、体内实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
8833 | 2025-10-07 |
Investigation into the Spatial Heterogeneity of Lung Composite Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma Spatial Transcriptomic Analysis of Combined Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma
2025-Apr-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2025.0043
PMID:40304569
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析肺复合性大细胞神经内分泌癌的空间异质性,并鉴定关键基因SMC1A的功能 | 首次应用空间转录组学技术研究CoLCNEC的空间异质性,发现SMC1A基因在肿瘤区域显著上调并促进癌细胞恶性行为 | 仅使用单个患者样本,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索CoLCNEC的空间转录组表达模式并鉴定关键基因 | 肺复合性大细胞神经内分泌癌患者组织样本及NCI-H661、LTEP-a-2细胞系 | 空间转录组学 | 肺癌 | 空间转录组学,高通量测序,免疫组织化学,RT-qPCR,Western blot,流式细胞术 | 无监督聚类 | 空间基因表达数据,图像数据 | 1例CoLCNEC患者样本,包含LCNEC、腺癌和鳞状细胞癌三种成分 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Genomics Visium福尔马林固定石蜡包埋空间转录组试剂盒 |
8834 | 2025-10-07 |
Decoding Alzheimer's Disease: Single-Cell Sequencing Uncovers Brain Cell Heterogeneity and Pathogenesis
2025-Apr-30, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-04997-0
PMID:40304967
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综述 | 系统总结单细胞测序技术在阿尔茨海默病研究中的应用,揭示脑细胞异质性和疾病发病机制 | 整合单细胞转录组、表观基因组和空间转录组技术,揭示AD中选择性易损神经细胞和胶质细胞亚群的转录调控异常 | NA | 深入理解阿尔茨海默病的细胞分子异质性和发病机制 | 阿尔茨海默病患者脑组织细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 表观基因组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 空间转录组学 | NA | NA |
8835 | 2025-10-07 |
Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing
2025-Apr-29, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society
IF:3.1Q2
DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892
PMID:40301103
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研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,分析腹主动脉瘤中乳酸化相关特征及其与免疫微环境的关系 | 首次系统研究乳酸化在腹主动脉瘤中的作用,发现乳酸化水平在不同免疫细胞类型中的异质性及其与免疫反应的关联 | NA | 阐明乳酸化与腹主动脉瘤免疫反应之间的相互关系 | 腹主动脉瘤患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
8836 | 2025-10-07 |
Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset
2025-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11614-w
PMID:40301713
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研究论文 | 本研究开发了一种名为COSER的数据分析框架,用于评估组织环境对单细胞转录组的独立影响 | 提出了COSER框架,首次使用图论方法枚举适当子数据集来解决统计混杂问题,能够评估离散变量在单细胞中的独立效应 | 仅在小鼠单细胞转录组图谱数据上验证,尚未在其他物种或更大规模数据集中测试 | 评估组织环境对基因表达的独立影响,消除细胞类型效应的统计混杂 | 小鼠单细胞转录组数据 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图论算法 | 单细胞转录组数据 | Tabula Muris Senis单细胞转录组图谱数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8837 | 2025-10-07 |
SpaNorm: spatially-aware normalization for spatial transcriptomics data
2025-Apr-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03565-y
PMID:40301877
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研究论文 | 开发了一种名为SpaNorm的空间转录组学数据标准化方法,能够同时建模文库大小效应和基础生物学信息 | 首个空间感知的标准化方法,能够分离文库大小效应和生物学信息,在去除文库大小效应的同时保留生物信息 | NA | 解决空间转录组学数据标准化中的空间关联问题 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间感知标准化模型 | 空间转录组数据 | 来自6个数据集的27个组织样本,涵盖4个技术平台 | NA | 空间转录组学 | NA | 支持多细胞和亚细胞空间转录组学数据,在不同分割方法下表现稳健 |
8838 | 2025-10-07 |
Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology
2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology
IF:2.2Q3
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研究论文 | 基于多模态人工智能和免疫学开发神经心理胃肠疾病临床诊疗系统,用于结直肠癌预测和治疗辅助 | 整合神经免疫基因调控与AI多模态技术,结合单细胞测序和分子模拟技术阐明特征选择的生物学机制 | NA | 设计和开发基于神经免疫基因调控的人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 分子模拟技术 | AI多模态模型 | 基因表达数据, 免疫细胞状态数据, 生活习惯数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8839 | 2025-10-07 |
Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma
2025-Apr-28, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf049
PMID:39913669
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研究论文 | 本研究通过全外显子测序发现常染色体显性SLURP1基因变异是导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的原因 | 首次发现常染色体显性遗传的SLURP1基因变异通过改变信号肽切割机制导致新型皮肤疾病表型 | 研究样本量有限,仅包含三个无亲缘关系的家系 | 鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新型遗传变异 | 患有表皮分化障碍(包括PPK和PSEK表型)的患者队列 | 遗传学 | 皮肤疾病 | 全外显子测序, 空间转录组学, 质谱分析, 细胞因子定量分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | 三个无亲缘关系的家系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8840 | 2025-10-07 |
LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence
2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02162-7
PMID:40289085
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据,揭示了LAMA4+ CD90+ eCAFs通过诱导CD8+ T细胞衰老为肝癌提供免疫抑制微环境的机制 | 首次鉴定出与不良预后相关的CD90+ eCAFs亚型,并阐明其通过LAMA4-ITGA6信号轴诱导CD8+ T细胞衰老的新机制 | 对CAFs亚型的功能理解仍有限,需要进一步研究其他CAFs亚型的作用 | 探究肝癌微环境中癌症相关成纤维细胞与免疫细胞的相互作用机制 | 肝癌患者样本和自发性小鼠肝癌模型 | 肿瘤免疫学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, siRNA转染, Western blot, 流式细胞术 | 自发性小鼠肝癌模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |