单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8821	2024-09-13	The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma 2024-Aug-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770 PMID:39253204	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制	揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系	研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持	探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性	胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
8822	2024-09-13	Isogenic patient-derived organoids reveal early neurodevelopmental defects in spinal muscular atrophy initiation 2024-Aug-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101659 PMID:39067446	研究论文	研究使用同基因患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型和脊髓类器官（SCO）系统，揭示脊髓性肌萎缩症（SMA）早期神经发育缺陷	首次使用同基因患者来源的iPSC模型和脊髓类器官系统，揭示SMA早期神经发育缺陷，并发现SMN2-to-SMN1转换不能完全逆转这些发育异常	研究仅限于脊髓类器官模型，未涉及其他器官或组织，且未评估所有患者的治疗效果	探讨脊髓性肌萎缩症早期神经发育缺陷及其对后期神经元退化的影响	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官	数字病理学	神经肌肉疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	脊髓性肌萎缩症患者来源的诱导多能干细胞和脊髓类器官
8823	2024-09-13	Nova-ST: Nano-patterned ultra-dense platform for spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100831 PMID:39111312	研究论文	本文介绍了一种名为Nova-ST的纳米图案化超密集平台，用于空间转录组学	Nova-ST技术基于随机条码的Illumina测序流动池，实现了定制化、低成本、灵活且高分辨率的大组织切片空间分析	NA	开发一种新的空间转录组学技术，以解决现有技术在捕获阵列密度或成本上的限制	小鼠脑切片	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠脑切片
8824	2024-09-13	Precise detection of cell-type-specific domains in spatial transcriptomics 2024-Aug-19, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100841 PMID:39127046	研究论文	本文提出了一种名为De-spot的方法，用于在空间转录组学中精确检测低比例细胞类型的特异性域	De-spot整合了分割和反卷积技术，能够生成细胞类型模式，检测低比例细胞类型的特异性域，并直观地展示这些域	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组学中精确检测细胞类型的特异性域	空间转录组学中的细胞类型特异性域	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
8825	2024-09-13	SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae458 PMID:39051702	研究论文	介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制	SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据	NA	开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	转录组数据	NA
8826	2024-09-13	Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma 2024-Aug-02, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038691 PMID:39093774	研究论文	研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响	首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制	研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证	探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响	肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞	NA	肾癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞
8827	2024-09-13	ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae480 PMID:39073888	研究论文	本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐	ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性	NA	开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稳定匹配优化模型	基因表达数据	NA
8828	2024-09-13	Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae494 PMID:39110511	研究论文	本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析	APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现	NA	研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	基因表达数据	三个公开的单细胞RNA测序数据集
8829	2024-09-13	Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae498 PMID:39115884	研究论文	本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同	提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性	NA	比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能	单细胞RNA测序数据中的转录表达差异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性混合模型	基因表达数据	NA
8830	2024-09-13	TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups 2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae475 PMID:39120880	研究论文	本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组	TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素	NA	开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上	人类转录组和组织特异性基因表达	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	199,166个人类转录本
8831	2024-09-13	Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection 2024-Jul-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172261 PMID:39253971	研究论文	研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件	首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	样本量较小，仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物	了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件	人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况	免疫学	麻疹	单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析	NA	RNA、蛋白质	涉及5%-15%的细胞，来自多个捐赠者
8832	2024-09-13	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、蛋白质组学和高级显微镜技术，分析了原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征，揭示了纤毛中谷胱甘肽途径的独特作用	本文首次揭示了PCD患者呼吸道细胞中独特的转录组特征，并发现谷胱甘肽-S-转移酶GSTA2在纤毛运动中的关键作用	研究仅限于PCD患者及其母亲的细胞，样本量较小，且未涉及其他遗传条件下的比较	探讨原发性纤毛运动障碍（PCD）患者呼吸道细胞的转录组特征及其对纤毛运动的影响	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）	基因组学	遗传性疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、高级显微镜	NA	RNA、蛋白质	PCD患者、其母亲和健康个体的呼吸道上皮细胞，以及由PCD患者诱导的多能干细胞（iPScs）
8833	2024-09-13	Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice 2024-Jul-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178213 PMID:39114979	研究论文	研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎（PsA）的亚型及其发病机制	首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型，并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探讨银屑病关节炎的发病机制，并开发个性化治疗方案	银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型	免疫学	银屑病关节炎	空间转录组学和免疫荧光技术	NA	细胞和组织	来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清，以及NSG-SGM3转基因小鼠
8834	2024-09-13	The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study 2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13868 PMID:39031921	研究论文	研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系	首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系	样本主要来自欧洲人群，可能限制了研究结果的普遍性	探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系	银屑病和白癜风患者的皮肤组织	NA	皮肤病	转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析	NA	基因组数据、转录组数据	261,018名欧洲个体，4510名银屑病患者，4680名白癜风患者
8835	2024-09-13	Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174746 PMID:38869957	研究论文	研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制	首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制	研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证	探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制	肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8836	2024-09-13	Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546927 PMID:37425795	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略	NA	探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用	乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8837	2024-09-13	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究探讨了Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用	利用公开的单细胞RNA测序数据和bulk转录组数据，首次详细描述了Esm-1在肾脏内皮细胞中的表达及其在糖尿病肾病中的变化	研究主要基于小鼠和人类的数据，缺乏其他物种的验证	探究Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化作用及其对疾病进展的影响	肾脏内皮细胞和糖尿病肾病患者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	27,786个肾脏内皮细胞，20个健康受试者和41个糖尿病肾病患者
8838	2024-09-13	Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2024-May-14, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176963 PMID:38743491	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调	揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系	NA	探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制	JDM患者的血液样本	NA	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本
8839	2024-09-13	Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14481 PMID:37986676	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制	首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型	研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性	揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物	肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因	机器学习	皮肤疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	正常皮肤和肥厚性瘢痕样本
8840	2024-09-13	Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17950 PMID:39253602	研究论文	研究探讨了多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的共同病理机制，并揭示了PI3K-AKT信号通路在其中的作用	首次揭示了PCOS和RSA之间共同的病理机制，并探讨了PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用	NA	阐明导致多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的机制	多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的病理机制	NA	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（RT-qPCR）、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）、流式细胞术	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的PCOS和RSA患者的单细胞RNA-seq数据集