单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 8821 - 8840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8821 | 2025-10-07 |
Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML)
2024-Dec-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26010071
PMID:39795930
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综述 | 本文探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病研究中的最新进展及其临床应用潜力 | 系统总结单细胞RNA测序在发现白血病干细胞稀有亚群方面的突破性进展 | 测序技术的临床广泛应用仍受成本、数据复杂性和伦理问题限制 | 评估DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病诊疗中的应用前景 | 急性髓系白血病分子机制和白血病干细胞 | 基因组学 | 急性髓系白血病 | 全基因组测序, 全外显子组测序, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全基因组测序, 全外显子组测序, 转录组测序 | NA | NA |
| 8822 | 2025-10-07 |
MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE
2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.09.588665
PMID:38645176
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了海马区小胶质细胞在衰老过程中的中间状态及其对神经炎症和认知衰退的驱动作用 | 首次识别了小胶质细胞衰老过程中的中间状态，并证明这些中间状态通过异种共生实验和药理学方法驱动炎症激活和认知功能下降 | 研究主要基于小鼠模型，在人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明小胶质细胞在衰老过程中从稳态到功能障碍的进展机制 | 小鼠海马区小胶质细胞 | 神经科学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序，假时间分析，条件性基因敲除 | 小鼠模型，异种共生模型 | 单细胞转录组数据 | 跨越成年寿命期的小鼠海马区小胶质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8823 | 2025-10-07 |
Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis
2024-12, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2024.103401
PMID:39471640
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术系统分析了胶原蛋白诱导关节炎模型中骨髓来源中性粒细胞的功能特征，揭示了活性氧在免疫启动阶段的保护作用机制 | 首次在免疫启动阶段发现高表达NCF1的中性粒细胞亚群，并揭示ROS通过代谢重编程调控中性粒细胞炎症表型的双向作用机制 | 研究基于小鼠关节炎模型，在人类RA疾病中的直接适用性需要进一步验证 | 探究中性粒细胞在类风湿关节炎发病机制中的作用，特别是ROS调控的分子机制 | 胶原蛋白诱导的关节炎模型小鼠骨髓来源中性粒细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 单细胞测序技术，功能分析，代谢组学 | NA | 单细胞测序数据，代谢组数据，功能实验数据 | 胶原蛋白诱导关节炎模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8824 | 2025-10-07 |
[Molecular mechanism of Xinyang Tablets in improving myocardial fibrosis in uremic cardiomyopathy based on single-cell sequencing technology]
2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术探讨了心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的改善作用及其分子机制 | 首次在单细胞水平揭示心阳片通过抑制内源性和外源性骨桥蛋白改善尿毒症心肌病心肌纤维化的作用机制 | 研究仅使用小鼠模型，样本量有限，需要进一步临床验证 | 研究心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的治疗作用及分子机制 | 尿毒症心肌病小鼠模型的心脏组织细胞 | 单细胞测序分析 | 尿毒症心肌病 | 单细胞RNA测序 | t-SNE, K-means聚类, Seurat, Monocle3, CellChat | 单细胞基因表达数据 | 尿毒症心肌病小鼠模型分组研究 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 8825 | 2025-10-07 |
Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae720
PMID:39799000
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研究论文 | 提出了一种用于单细胞和空间转录组数据中可变多聚腺苷酸化分析的监督分析框架spvAPA | 开发了首个专门针对单细胞和空间转录组APA数据的监督分析框架，整合了基因表达和APA双模态数据 | 未明确说明方法在特定数据类型或实验条件下的潜在限制 | 开发专门针对单细胞和空间转录组数据中可变多聚腺苷酸化分析的计算方法 | 单细胞和空间转录组数据中的可变多聚腺苷酸化特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 加权最近邻算法, 稀疏偏最小二乘判别分析 | 基因表达数据, APA数据 | 九个单细胞和空间转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8826 | 2025-10-07 |
Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae711
PMID:39800872
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研究论文 | 提出一种名为scMI的异构图嵌入方法，通过跨模态注意力机制整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 设计了跨类型注意力机制来有效捕获基因与染色质可及性区域之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库 | 未明确说明方法在特定细胞类型或疾病背景下的适用性限制 | 开发单细胞多组学数据整合方法，改善跨模态关系学习 | 单细胞RNA测序和ATAC测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 异构图神经网络, 注意力机制 | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8827 | 2025-10-07 |
Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae719
PMID:39800876
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综述 | 系统回顾深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用 | 首次系统综述深度学习整合空间转录组学与多模态数据的方法，提出分类框架并总结整合策略 | 作为综述文章，不包含原始实验验证 | 促进开发更全面利用多模态信息的稳健计算方法 | 空间转录组学数据整合方法 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序，组织学成像，染色质成像 | 深度学习 | 空间转录组数据，组织学图像，染色质图像，scRNA-seq数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，空间多组学 | NA | NA |
| 8828 | 2025-10-07 |
CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae716
PMID:39800874
|
研究论文 | 提出了一种基于图卷积网络的细胞间通讯分析计算框架CellMsg | 结合配体-受体多模态特征和图卷积网络识别高可信度配体-受体相互作用，采用三点估计方法量化细胞间通讯强度 | NA | 开发计算工具解析细胞间通讯 | 细胞间通讯和配体-受体相互作用 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络(GCN) | 单细胞RNA测序数据 | 四个基准LRI数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8829 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages
2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.29.620810
PMID:39554015
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤，揭示了惰性和恶性谱系的分化 | 首次使用数字空间RNA分析技术识别IPMN中与癌症风险相关的三种不同转录组状态 | 样本量较小(仅10个IPMN标本)，需要更大规模研究验证 | 开发改善IPMN风险分类准确性的分子诊断方法 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA),全转录组测序 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | 10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的各级异型增生 | Illumina | 空间转录组学,全转录组测序 | Illumina测序平台 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA)技术 |
| 8830 | 2025-10-07 |
Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.08.588525
PMID:38645263
|
研究论文 | 本研究开发了一种稳健的单核RNA测序技术，并应用于揭示肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群动态变化 | 开发了适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量；首次系统表征了肥胖过程中脂肪组织不同区域的细胞动态变化；通过整合bulk核RNA测序识别了按大小和功能分类的脂肪细胞亚群 | 未在摘要中明确说明研究局限性 | 研究肥胖过程中脂肪组织重塑的细胞群动态变化机制 | 脂肪组织中的各种细胞类型，特别是不同大小的脂肪细胞亚群 | 单细胞测序 | 肥胖 | 单核RNA测序(snRNA-seq), bulk核RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单核RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 8831 | 2025-10-07 |
Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung
2024-Feb-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2
PMID:38077002
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研究论文 | 本研究揭示了成人肺脏中存在功能性造血祖细胞及其在血管丰富的肺泡间质生态位中的分布 | 首次在人类肺脏中发现具有增殖和移植潜能的造血前体细胞，其频率与骨髓相当，并揭示了肺源性祖细胞特有的免疫和造血通路激活特征 | NA | 探索肺脏作为髓外造血器官的功能潜力 | 成人肺组织中的CD34+造血祖细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8832 | 2025-10-07 |
GNTD: reconstructing spatial transcriptomes with graph-guided neural tensor decomposition informed by spatial and functional relations
2023-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44017-0
PMID:38092776
|
研究论文 | 提出一种图引导神经张量分解模型GNTD，用于从稀疏空间转录组数据中重建完整空间转录组 | 采用分层张量结构和三层神经网络进行非线性分解，并结合空间位置关系和基因功能关系提升重建准确性 | 未明确说明模型在特定组织类型或技术平台上的局限性 | 开发空间转录组数据重建方法，解决技术限制导致的数据稀疏性问题 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 图引导神经张量分解(GNTD), 神经网络 | 空间基因表达数据 | 22个Visium数据集和3个高分辨率Stereo-seq数据集以及模拟数据 | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | 10x Visium, Stereo-seq | 10x Visium空间转录组技术, BGI Stereo-seq高分辨率空间转录组技术 |
| 8833 | 2025-10-07 |
Geometric constraint-triggered collagen expression mediates bacterial-host adhesion
2023-12-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43827-6
PMID:38071397
|
研究论文 | 本研究揭示了空间几何约束通过触发胶原蛋白IV的异质性表达调控细菌-宿主粘附的机制 | 首次发现几何约束通过空间异质性胶原蛋白表达调控细菌粘附，并提出了胶原抑制剂作为抗生素佐剂的新策略 | 研究主要基于体外微图案化细胞模型，体内复杂性可能未被完全模拟 | 探究空间几何约束对细菌-宿主相互作用的调控机制 | 受几何约束的细胞单层与细菌的相互作用 | 细胞生物学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序, 微图案化技术 | NA | 基因表达数据, 力学测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8834 | 2025-10-07 |
STalign: Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-12-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43915-7
PMID:38065970
|
研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组数据对齐工具，使用微分同胚度量映射技术解决不同切片间的空间对齐问题 | 采用微分同胚度量映射方法处理部分匹配的组织切片和局部非线性扭曲，显著提升了基因表达和细胞类型在匹配空间位置上的对应关系 | NA | 解决空间转录组数据在不同切片、样本和技术间的比较难题 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，微分同胚度量映射 | 微分同胚度量映射 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8835 | 2025-10-07 |
Alignment of spatial transcriptomics data using diffeomorphic metric mapping
2023-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.11.534630
PMID:37090640
|
研究论文 | 开发了一种名为STalign的空间转录组学数据对齐工具，能够处理部分匹配的组织切片和局部非线性形变 | 使用微分同胚度量映射方法实现空间转录组数据对齐，显著改善了基于标志点的仿射对齐方法 | NA | 解决跨切片、样本和技术的空间转录组数据比较难题 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 微分同胚度量映射 | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8836 | 2025-10-07 |
CD38 Mediates Lung Fibrosis by Promoting Alveolar Epithelial Cell Aging
2022-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202109-2151OC
PMID:35687485
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研究论文 | 本研究揭示了CD38通过促进肺泡上皮细胞衰老介导肺纤维化的机制 | 首次发现CD38作为主要NAD水解酶在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的关键作用，并提出靶向CD38的治疗策略 | 研究主要基于动物模型和体外实验，在人类患者中的直接证据仍需进一步验证 | 探究CD38在肺泡上皮细胞衰老和肺纤维化中的作用机制 | 肺泡上皮细胞、特发性肺纤维化患者肺组织、小鼠肺纤维化模型 | 细胞生物学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、实时PCR、流式细胞术、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、细胞表型数据 | 人类IPF肺组织、年轻和年老小鼠纤维化肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8837 | 2025-10-07 |
The mechanism by which MALAT1/CREG1 regulates premature rupture of fetal membrane through autophagy mediated differentiation of amniotic fibroblasts
2025-Aug, Non-coding RNA research
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.ncrna.2025.04.004
PMID:40297152
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研究论文 | 本研究探讨了MALAT1/CREG1通过自噬介导羊膜成纤维细胞分化调控胎膜早破的机制 | 首次发现MALAT1与CREG1相互作用调控自噬过程，介导羊膜成纤维细胞向肌成纤维细胞分化 | NA | 探索通过干预成纤维细胞修复羊膜的科学问题，为临床治疗胎膜早破提供证据 | 胎膜组织和原代羊膜成纤维细胞 | 生物医学研究 | 胎膜早破 | 单细胞测序,天狼星红染色,荧光染色,拉曼光谱,Western blot,PCR,RNA Pulldown,RIP,分子对接 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8838 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio)
2025-Jun-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515
PMID:39947082
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究全氟辛烷磺酸(PFOS)对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响 | 首次在斑马鱼幼虫中应用单细胞RNA测序技术揭示PFOS的组织特异性毒性机制 | 仅使用16μM单一浓度PFOS暴露，缺乏剂量效应关系研究 | 探究PFOS发育毒性的分子机制和组织特异性效应 | 斑马鱼(Danio rerio)幼虫 | 单细胞生物学 | 发育毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼幼虫样本(3-72小时受精后) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8839 | 2025-10-07 |
Uncovering differences in cadmium accumulation capacity of different Ipomoea aquatica cultivars at the level of root cell types
2025-Jun, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhaf077
PMID:40297020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了不同空心菜品种根部细胞类型在镉积累能力差异中的机制 | 首次在单细胞水平比较了低镉积累和高镉积累空心菜品种根部细胞类型的基因表达差异，揭示了表皮细胞木质素沉积和激素相关基因在镉固定与转运中的关键作用 | 研究仅针对两个栽培品种，样本规模有限，且机制验证主要基于基因表达分析和荧光检测，需要进一步的功能实验证实 | 阐明不同空心菜品种根部细胞类型在镉积累能力差异中的分子机制 | 空心菜（Ipomoea aquatica）QLQ（低镉积累）和T308（高镉积累）两个栽培品种的根尖细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序，荧光检测 | NA | 基因表达数据，荧光成像数据 | 两个空心菜栽培品种的根尖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8840 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Molecular Features Underlying the Disrupted Neurogenesis Following Traumatic Brain Injury
2025-May, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24671
PMID:39760225
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示创伤性脑损伤后神经发生破坏的分子特征 | 首次通过大规模单细胞转录组测序识别出表达Tubb3基因的NSC-4亚群减少是神经发生破坏的关键原因，并发现转录因子Dlx2的下调及其过表达可促进神经元谱系分化 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究创伤性脑损伤后神经干细胞分化偏向的分子机制 | 小鼠脑室下区神经干细胞及其衍生细胞 | 单细胞测序 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |