单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-05-31	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	该研究建立了一个由沙蝇传播的皮肤利什曼病的受控人类感染模型（CHIM），以促进疫苗开发	首次提供了人类皮肤利什曼病病变中免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱，揭示了离散的免疫生态位	由于CL和活检程序的结合，疤痕明显	促进疫苗开发，建立皮肤利什曼病的受控人类感染模型	14名参与者暴露于感染利什曼原虫的沙蝇	传染病学	皮肤利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	受控人类感染模型（CHIM）	临床数据和免疫学数据	14名参与者
862	2025-05-31	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	research paper	该研究探讨了生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞的保护作用差异，并发现KLK10在动脉粥样硬化斑块中与生理剪切应力的解耦现象	揭示了动脉粥样硬化条件下生理剪切应力与保护性分子KLK10的解耦机制，为理解心血管高风险个体中动脉粥样硬化的进展提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究生理剪切应力在健康与动脉粥样硬化动脉中对内皮细胞保护作用的差异	健康小鼠、轻度病变小鼠和高度病变小鼠的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、图像数据	健康（C57BL/6）小鼠、轻度病变（Apoe-/-正常饮食）小鼠和高度病变（Apoe-/-高脂饮食）小鼠的内皮细胞
863	2024-10-25	Spatial Transcriptomics: A New Frontier in Atherosclerosis Research? 2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321652 PMID:39441914	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
864	2025-05-31	Single-cell transcriptomics unveils skin cell specific antifungal immune responses and IL-1Ra- IL-1R immune evasion strategies of emerging fungal pathogen Candida auris 2024-Nov, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012699 PMID:39536069	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体耳念珠菌的特异性抗真菌免疫反应及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面分析了耳念珠菌皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了耳念珠菌通过上调IL-1RN基因表达和利用细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类皮肤组织中得到验证	探究耳念珠菌皮肤感染的宿主免疫反应和病原体免疫逃逸机制	耳念珠菌感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
865	2025-05-31	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	research paper	该研究通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并锚定了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中上皮细胞的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），构建了迄今为止最大的健康胃肠道单细胞参考图谱，并发现了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏蛋白质水平和功能验证数据	研究健康与疾病状态下胃肠道的细胞组成及其变化	健康对照和胃肠道疾病患者的胃肠道组织细胞	基因组学	胃肠道疾病（包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本（来自189名健康对照）和12种胃肠道疾病数据集，总计约160万个细胞
866	2025-05-31	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	research paper	该研究通过建立胸腺的定量形态学框架，结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，绘制了人类胸腺细胞的空间图谱，揭示了T细胞发育过程中的微解剖学基础	建立了胸腺的定量形态学框架（Cortico-Medullary Axis），并应用该框架揭示了胎儿发育早期胸腺细胞的空间分布和发育轨迹	研究主要关注胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺，未涉及成人胸腺或胸腺退化后的情况	理解T淋巴细胞发育的微解剖学基础	人类胸腺细胞，特别是T细胞和胸腺上皮细胞	digital pathology	NA	空间转录组学，高分辨率多重成像，单细胞图谱	NA	空间转录组数据，成像数据，单细胞数据	胎儿发育早期和出生前阶段的胸腺样本
867	2025-05-31	A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08189-z PMID:39567793	研究论文	该研究通过多组学方法构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱，揭示了骨骼和关节形成的细胞状态、表观遗传过程及关键调控因子	结合转录组和表观遗传数据建模，揭示了肢体和颅骨成骨祖细胞的区域特异性轨迹，并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell	研究仅覆盖了受孕后5至11周的胚胎发育阶段	探索人类胚胎骨骼发育的细胞命运决定机制	人类胚胎骨骼和关节发育	发育生物学	骨关节炎、颅缝早闭	空间转录组学、多组学分析	NA	转录组数据、表观遗传数据	约336,000个核液滴
868	2025-05-31	Multi-site Ultrasound-guided Fine Needle Aspiration to Study Cells and Soluble Factors From Human Lymph Nodes 2024-Nov, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.70063 PMID:39579041	研究论文	本文描述了超声引导下细针穿刺（FNA）技术在采集人类淋巴结样本中的应用	提出了一种微创技术，用于采集与神经免疫疾病和基本淋巴功能相关的免疫细胞和无细胞材料	NA	研究人类淋巴结中的免疫细胞和无细胞材料，以了解其在免疫反应中的作用	人类头颈部颈部淋巴结	医学研究	神经免疫疾病	超声引导下细针穿刺（FNA）、流式细胞术、单细胞转录组测序（RNA-seq）、蛋白质组学	NA	细胞样本、无细胞上清液	NA
869	2025-05-31	Mouse enteric neurons control intestinal plasmacytoid dendritic cell function via serotonin-HTR7 signaling 2024-10-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53545-2 PMID:39455564	研究论文	研究揭示了小鼠肠道神经元通过血清素-HTR7信号通路调控肠道浆细胞样树突状细胞功能，从而增强黏膜防御	首次发现肠道5-羟色胺能神经元通过HTR7信号轴调控pDC介导的IgA B细胞分化，揭示了神经-免疫互作新机制	研究仅限于小鼠模型，未验证人类肠道中是否存在相同机制	探究肠道5-羟色胺能神经元在免疫稳态调控中的作用	小鼠肠道5-羟色胺能神经元和浆细胞样树突状细胞(pDC)	免疫神经生物学	肠道感染	小鼠遗传学模型、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
870	2025-05-31	Single-Cell Transcriptomics Unveils Skin Cell Specific Antifungal Immune Responses and IL-1Ra- IL-1R Immune Evasion Strategies of Emerging Fungal Pathogen Candida auris 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619653 PMID:39463935	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了皮肤细胞对新兴真菌病原体Candida auris的特异性抗真菌免疫反应以及IL-1Ra-IL-1R免疫逃逸策略	首次使用单细胞转录组学技术全面解析了Candida auris皮肤感染期间的免疫和非免疫细胞的转录组特征，并揭示了该病原体通过上调IL-1RN基因表达和独特细胞壁甘露聚糖外层逃逸宿主防御的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明宿主免疫因素如何调控Candida auris在皮肤组织的定植和持久性	Candida auris感染的鼠皮肤组织	免疫学	真菌感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
871	2025-05-31	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析，研究多发性硬化症(MS)患者脑脊液和血液中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性	首次全面分析了MS患者中CD8+ T细胞的克隆特性、功能和抗原特异性，并识别出识别EB病毒抗原和多个新模拟表位的CD8+ T细胞克隆型	样本量相对较小，且仅包括未接受治疗的MS患者	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其在疾病中的作用	多发性硬化症患者和对照参与者的脑脊液和血液中的CD8+ T细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据	一组未接受治疗的多发性硬化症患者和对照参与者
872	2025-05-31	Single-cell transcriptomic profiling of human pancreatic islets reveals genes responsive to glucose exposure over 24 h 2024-Oct, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06214-4 PMID:38967666	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究人类胰岛细胞在24小时内对葡萄糖暴露的基因表达变化	首次在单细胞分辨率下全面描述人类胰岛细胞对葡萄糖暴露的24小时转录组响应，并结合遗传关联研究数据鉴定出与2型糖尿病相关的候选效应基因	仅使用两名捐赠者的胰岛细胞样本，样本量较小	探索高血糖条件下人类胰岛细胞基因表达的变化及其与2型糖尿病发病机制的关系	人类胰岛细胞（α细胞、β细胞、γ细胞、δ细胞、导管细胞和腺泡细胞）	单细胞转录组学	2型糖尿病	scRNA-seq, CRISPR干扰	离散时间和连续时间模型	单细胞RNA测序数据	两名捐赠者的胰岛细胞
873	2025-05-31	OrganogenesisDB: A Comprehensive Database Exploring the Cell-Type Identities and Gene Expression Dynamics during Organogenesis 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301758 PMID:38967205	研究论文	介绍了一个名为OrganogenesisDB的综合性数据库，用于探索器官发生过程中的细胞类型识别和基因表达动态	开发了一个包含超过140万个细胞的单细胞RNA测序数据的数据库，并手动整理了3324个细胞标记物，覆盖1120种细胞类型	NA	为解密细胞谱系确定和揭示器官发生机制提供关键资源和有用工具	人类和小鼠的器官发生过程中的细胞类型和基因表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	超过140万个细胞，来自49个已发表的数据集
874	2025-05-31	Single Nucleus Total RNA Sequencing of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Gliomas 2024-10, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301801 PMID:38958078	研究论文	开发了一种名为snRandom-seq的高通量单核总RNA测序平台，用于分析福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本，以探索其分子多样性和肿瘤进化	开发了自动化snRandom-seq平台，优化用于FFPE样本的单核RNA测序，能够处理多种样本类型，并识别了丰富的非编码RNA和复发相关靶点	当前的单细胞RNA测序平台在大规模临床应用方面存在不足	探索胶质瘤的分子多样性和进化过程，以促进新治疗方法的开发	福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的胶质瘤样本	数字病理学	胶质瘤	单核总RNA测序（snRandom-seq）	NA	RNA测序数据	17个FFPE样本中的116,492个单核
875	2025-05-31	Single-cell transcriptomics identifies aberrant glomerular angiogenic signalling in the early stages of WT1 kidney disease 2024-10, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6339 PMID:39177649	研究论文	通过单细胞转录组学和配体-受体分析，研究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常	揭示了WT1肾病早期阶段肾小球血管生成信号异常的新机制，并发现肾上腺髓质素作为一种促血管生成因子在早期损伤中的上调	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究WT1肾病早期阶段肾小球细胞间通讯异常的分子机制	WT1基因突变小鼠模型和人类WT1肾小球病变活检样本	单细胞转录组学	肾病	scRNA-seq, 配体-受体分析	NA	单细胞RNA测序数据	WT1基因突变小鼠模型和人类活检样本
876	2025-05-31	Single-nucleus and spatial transcriptomics of paediatric ovary: Molecular insights into the dysregulated signalling pathways underlying premature ovarian insufficiency in classic galactosemia 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70043 PMID:39440457	research paper	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究经典半乳糖血症（CG）患儿卵巢组织中基因表达和信号通路的动态变化，以揭示早发性卵巢功能不全（POI）的分子机制	首次创建了CG患儿卵巢组织的单核转录组图谱和空间景观，揭示了内质网应激、氧化应激及DNA损伤反应相关基因的激活，以及PTEN/PI3K/AKT信号通路的失调	研究样本量较小，且仅针对青春期前女孩的卵巢组织，可能无法完全代表所有CG患者的卵巢病理变化	探究经典半乳糖血症患儿卵巢功能早衰的分子机制	青春期前经典半乳糖血症患儿的卵巢组织	digital pathology	classic galactosemia	single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq), spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	卵巢组织活检样本（具体数量未明确说明）
877	2025-05-31	The pericardium forms as a distinct structure during heart formation 2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.18.613484 PMID:39345600	研究论文	该研究通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，揭示了心包在斑马鱼心脏形成过程中的独立起源和发育机制	首次明确了心包起源于侧板中胚层中的特定前部间皮祖细胞，而非经典心区，并发现心包形成与心脏管形成是两个独立过程	主要研究在斑马鱼模型中进行，虽发现基因表达特征在哺乳动物中保守，但需进一步验证人类发育中的适用性	探究心包的发育起源及其在心脏形态发生中的作用	斑马鱼胚胎心脏发育过程	发育生物学	小儿扩张型心肌病	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学、光片显微镜、原子力显微镜	机器学习辅助细胞追踪	图像数据、转录组数据	斑马鱼胚胎模型及新生大鼠模型
878	2025-05-31	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	research paper	该研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的耗竭表型及其与SPP1+巨噬细胞的相互作用	研究主要基于小鼠模型和有限的患者数据，可能不完全适用于人类	研究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其在肿瘤转移中的作用	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤	免疫学	肝癌和结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CODEX蛋白质组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、蛋白质组学数据	小鼠肿瘤模型和患者样本
879	2025-05-31	Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche 2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612751 PMID:39314376	研究论文	本文研究了炎症如何通过重塑骨髓微环境的特定区域来影响造血过程	通过结合scRNA-seq分析和流式细胞术分离，首次系统地验证了骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的存在，并揭示了炎症对不同区域的特定影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类系统中的适用性需要进一步验证	探究骨髓微环境空间区室化在炎症和肿瘤反应中的重要性	造血干细胞和祖细胞(HSPC)与骨髓基质细胞的相互作用	细胞生物学	造血系统疾病	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据	多个小鼠品系
880	2025-05-31	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.056 PMID:39142287	research paper	该研究探讨了光和 dopamine 如何影响果蝇的两个昼夜节律神经元以促进早晨清醒	揭示了 dopamine 受体 Dop1R1 在早晨清醒中的关键作用，并发现光依赖性上调早晨 Dop1R1 转录水平	研究仅基于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探究光和 dopamine 如何调控果蝇的早晨清醒行为	果蝇的两个 lateral neurons (LNs)	神经科学	NA	CRISPR-Cas9 mutagenesis, live imaging	NA	mRNA levels, cAMP responses	果蝇的两个 ITP LNs 神经元