单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-07-23	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于空间转录组学中的联合细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割和分子注释，通过转移图嵌入和多模态输入丰富基因关系	当前方法严重依赖细胞核或细胞体染色，导致转录组深度显著损失和空间共定位关系潜在表示学习能力有限	提高空间转录组学中细胞分割和注释的准确性	2D和3D空间转录组学数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	graph deep learning	spatial transcriptomics data	NA
862	2025-07-23	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别了一个26基因表达特征，用于高风险胃黏膜肠化生（GIM）的早期检测和预防	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，识别并验证了一个26基因特征，该特征与高风险GIM和胃癌相关	样本量相对较小，尤其是空间验证队列仅包含5个样本，可能影响结果的普遍性	识别高风险胃黏膜肠化生（GIM）的分子标志物，以改进胃癌的预防和早期检测	胃黏膜肠化生（GIM）患者和胃癌患者的临床及基因组数据	数字病理学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 单分子多重荧光原位杂交	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	总样本量546（GAPS队列303, TCGA 198, scRNA-seq 40, 空间验证队列5）
863	2025-07-23	DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection 2023-09-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03049-x PMID:37730638	研究论文	本文提出了一种名为DISCERN的深度生成网络，用于精确重建缺失的单细胞基因表达数据，以改善细胞聚类和细胞亚型及状态检测	DISCERN是一种新型的深度生成网络，能够利用参考数据集精确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著优于现有算法，并在细胞聚类、细胞类型和活性检测方面表现出色	尽管DISCERN在批次差异处理上表现出鲁棒性，但其性能可能仍受限于参考数据集的质量和覆盖范围	开发一种工具以改善单细胞测序数据中的基因表达重建，从而提升细胞聚类和细胞类型识别的准确性	单细胞基因表达数据	生物信息学	COVID-19	单细胞测序	深度生成网络	基因表达数据	NA
864	2025-07-23	Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911 PMID:37516968	research paper	研究探讨了转录因子T-bet和FOXO1在疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应中的协同作用	揭示了在佐剂疫苗接种中，T-bet和FOXO1转录程序的协调调控对CD8 T细胞反应的必要性，与感染引发的反应不同	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应的分子机制	CD8+ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
865	2025-07-23	Anaplastic transformation in thyroid cancer revealed by single-cell transcriptomics 2023-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169653 PMID:37053016	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了甲状腺癌中的间变性转化过程	利用单细胞转录组学和遗传变异数据，揭示了甲状腺癌从分化型向间变型转化的细胞谱系和命运转变过程，并识别了转化过程中的关键阶段和细胞表型	NA	探究甲状腺癌中间变性转化的分子机制和细胞动态变化	甲状腺癌患者的不同亚型肿瘤细胞	单细胞转录组学	甲状腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
866	2025-07-23	Exploring the optimization of autoencoder design for imputing single-cell RNA sequencing data 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.041 PMID:37671239	研究论文	本文通过实证研究探讨了自编码器设计在单细胞RNA测序数据插补中的优化方法	首次系统地研究了自编码器网络结构、激活函数和正则化策略对单细胞RNA测序数据插补性能的影响，并提出了与计算机视觉领域不同的优化建议	研究结果主要基于特定数据集，可能在不同类型或规模的单细胞数据上表现不同	优化自编码器设计以提高单细胞RNA测序数据插补的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
867	2025-07-23	Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment 2022-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019 PMID:36516855	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了健康脑老化和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化	揭示了单核细胞中脂质转运基因随年龄上调的现象，并在认知障碍患者中发现了脂质转运基因下调及CXCL16-CXCR6信号通路的异常	样本量较小，认知障碍患者仅14例，可能影响结果的普遍性	探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的变化	45名54至82岁的认知正常受试者和14名认知障碍受试者的脑脊液样本	生物医学研究	认知障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	59名受试者（45名认知正常，14名认知障碍）
868	2025-07-23	CRISPRi screens in human iPSC-derived astrocytes elucidate regulators of distinct inflammatory reactive states 2022-11, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-022-01180-9 PMID:36303069	研究论文	通过CRISPRi筛选和单细胞转录组学技术，研究人类iPSC衍生的星形胶质细胞中炎症反应状态的调控机制	首次在人类iPSC衍生的星形胶质细胞中应用CRISPR干扰筛选技术，结合单细胞转录组学，系统性地研究了炎症反应状态的分子机制	研究主要基于体外培养的星形胶质细胞，可能无法完全反映体内复杂的微环境	阐明星形胶质细胞在不同炎症反应状态下的分子调控机制	人类iPSC衍生的星形胶质细胞	细胞生物学	阿尔茨海默病, 缺氧缺血性脑病	CRISPRi, 单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
869	2025-07-23	Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data 2022-04, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-01091-3 PMID:34764492	研究论文	介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合单细胞和批量表达数据来识别与特定表型相关的细胞亚群	Scissor方法首次实现了通过整合单细胞和批量表达数据直接关联细胞簇与特定表型	未提及方法在更大规模数据集上的验证情况	开发一种能够识别与表型相关细胞亚群的计算方法	单细胞RNA测序数据和批量表达数据	生物信息学	肺癌、黑色素瘤、面肩肱型肌营养不良症、阿尔茨海默病	scRNA-seq	回归模型	基因表达数据	NA
870	2025-07-23	Loss of Mir146b with aging contributes to inflammation and mitochondrial dysfunction in thioglycollate-elicited peritoneal macrophages 2021-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66703 PMID:34423778	研究论文	本文探讨了随着年龄增长，巨噬细胞中Mir146b的缺失如何导致炎症和线粒体功能障碍	首次发现Mir146b在巨噬细胞老化过程中的表达下降及其对炎症和线粒体功能的影响	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	揭示巨噬细胞老化的分子机制	硫乙醇酸盐诱导的小鼠腹腔巨噬细胞	免疫学	老年疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，使用小鼠巨噬细胞
871	2025-07-23	Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147984 PMID:34003795	research paper	该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化	首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	Ldlr敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本
872	2025-07-23	TWO-SIGMA: A novel two-component single cell model-based association method for single-cell RNA-seq data 2021-03, Genetic epidemiology IF:1.7Q3 DOI:10.1002/gepi.22361 PMID:32989764	研究论文	本文开发了一种名为TWO-SIGMA的新型双组分单细胞模型关联方法，用于单细胞RNA测序数据中的差异表达分析	TWO-SIGMA是首个能够同时实现多项特性的scRNA-seq数据分析方法，包括不要求对数转换结果、允许过度分散和零膨胀计数、通过随机效应项适应同一样本细胞间的相关性结构等	未明确提及具体局限性，但可能包括对特定数据结构的依赖或计算复杂度	开发一种灵活且功能全面的单细胞RNA测序数据分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	混合效应逻辑回归模型和混合效应负二项回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
873	2025-07-22	Single-cell transcriptomic profiling uncovers cellular complexity and microenvironment in gastric tumorigenesis associated with Helicobacter pylori 2025-Aug, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.10.012 PMID:39414226	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了幽门螺杆菌相关胃癌发生过程中的细胞复杂性和微环境变化	首次构建了涵盖胃炎、肠上皮化生和胃癌的单细胞图谱，揭示了幽门螺杆菌阳性样本中特异的细胞间通讯网络	样本量相对较小(18例)，验证队列需要进一步扩大	阐明幽门螺杆菌驱动的胃癌发生过程中的细胞异质性和分子机制	人类胃组织样本(胃炎、肠上皮化生和胃癌)	单细胞组学	胃癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, qRT-PCR, 生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	18例胃组织标本(胃炎/肠上皮化生/胃癌)
874	2025-07-22	Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma 2025-Aug, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03435-8 PMID:40369338	研究论文	本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制	首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的分子机制，并发现其与M2型巨噬细胞极化的关联	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的免疫调控功能	肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）和巨噬细胞	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据、组织样本	NA（文中未明确说明具体样本数量）
875	2025-07-22	TREM-1 as a potential biomarker for malignant transformation risk in oral leukoplakia: Insights from bioinformatics and dual immunofluorescence analysis 2025-Aug, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2025.156088 PMID:40555060	研究论文	本研究通过生物信息学和双重免疫荧光分析探讨TREM-1在口腔白斑(OLK)恶性转化中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	首次将TREM-1与OLK恶性转化风险联系起来，并通过单细胞RNA测序确定巨噬细胞是主要的TREM-1表达细胞	虽然TREM-1表达与恶性转化显著相关，但Cox回归未能确认这一关联	探索TREM-1在OLK恶性转化中的作用机制并评估其作为预后生物标志物的潜力	口腔白斑(OLK)患者组织样本(69例OLK和63例对照组织)	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序, 双重免疫荧光分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier分析	基因表达数据, 组织图像数据	69例OLK组织和63例对照组织
876	2025-07-22	Heterogeneity of lymphoid cells in PBMCs in the acute phase of SFTS: single-cell transcriptome profiling 2025-Jul-25, Journal of biomedical research IF:2.2Q3 DOI:10.7555/JBR.39.20250250 PMID:40685857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了严重发热伴血小板减少综合征（SFTS）急性期淋巴细胞功能异常的机制及糖皮质激素对淋巴细胞的调节作用	首次在单细胞水平解析SFTS急性期淋巴细胞异质性，揭示糖皮质激素治疗对炎症反应和病毒特异性抗体产生的双重影响	样本量较小（13例患者+3例健康对照），未进行长期随访验证临床结局	阐明SFTS急性期免疫功能障碍机制及糖皮质激素治疗对淋巴细胞的影响	外周血单个核细胞（PBMCs）中的淋巴细胞亚群	免疫学	病毒感染（严重发热伴血小板减少综合征）	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据	16例（13例急性期SFTS患者+3例健康志愿者）
877	2025-07-22	A Deep Learning Approach to Assessing Cell Identity in Stem Cell-Based Embryo Models 2025-Jul-22, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2025_654 PMID:40690128	research paper	使用深度学习评估干细胞胚胎模型中细胞身份的研究	开发了一个集成模型，利用单细胞RNA测序数据对体外细胞类型进行分类并评估分类可靠性	未提及具体样本量或模型验证的详细结果	评估干细胞胚胎模型与真实胚胎发育的相似性	胚胎干细胞（ESCs）和体外培养的细胞类型	digital pathology	NA	scRNA-seq, scvi-tools	DL	RNA-seq数据	NA
878	2025-07-22	IGCLAPS: an interpretable graph contrastive learning method with adaptive positive sampling for scRNA-seq data analysis 2025-Jul-21, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf411 PMID:40689508	研究论文	提出了一种名为IGCLAPS的可解释图对比学习方法，用于单细胞RNA测序数据分析	结合图变换器和双头图对比学习模块，同时进行降维和细胞聚类，并设计了自适应正采样模块动态识别真实正样本对	NA	提高单细胞RNA测序数据中的细胞聚类性能并生成可解释的基因表达模式	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	图变换器, 对比学习	基因表达数据	一系列真实数据集
879	2025-07-22	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Jul-21, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	research paper	本研究旨在鉴定一种非侵入性上皮衬液（ELF）生物标志物，用于预测2型慢性鼻窦炎（T2 CRS）	首次发现CST1在T2 CRS上皮细胞中特异性表达，并通过免疫荧光染色证实，同时发现ELF中的cystatin SN水平与T2炎症显著相关	研究样本量未明确说明，且未提及多中心验证	鉴定T2 CRS的非侵入性生物标志物以实现个体化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和ELF样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	scRNA-seq、Luminex多重检测、酶联免疫吸附试验	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	NA
880	2025-07-22	Cellular-resolution spatial transcriptomics of skin remodelling after fractional CO2 laser treatment 2025-Jul-21, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20870 PMID:40689597	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA