单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-06-03	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得耐药性的机制	首次揭示了Gorlin综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得SMO抑制剂耐药性的机制，并提名了PCYT2、ETNK1和磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为耐药性的遗传抑制因子	研究仅基于一个病例，样本量较小	探究Gorlin综合征肿瘤对SMO抑制剂产生耐药性的机制	Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤	肿瘤学	基底细胞痣综合征/基底细胞癌	多组学分析、空间转录组学、空间全外显子组基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	1例Gorlin综合征患者的耐药性肿瘤
862	2025-06-03	Unique challenges and best practices for single cell transcriptomic analysis in toxicology 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100475 PMID:38645720	综述	本文探讨了单细胞转录组学在毒理学中应用的独特挑战及最佳实践	提出了针对毒理学中单细胞转录组数据分析的具体挑战和解决方案	NA	解决毒理学中单细胞转录组数据分析的关键挑战并提供实用分析方案	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
863	2025-06-03	Endothelial Cell Flow-Mediated Quiescence Is Temporally Regulated and Utilizes the Cell Cycle Inhibitor p27 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320671 PMID:38602102	研究论文	研究内皮细胞在血流介导的静止状态下的细胞周期调控机制及其时间调节特性	揭示了血流介导的内皮细胞静止状态具有时间调节特性，并依赖于细胞周期抑制剂p27的转录调控	研究主要基于体外实验和小鼠、斑马鱼模型，人类体内应用的直接证据有限	探究血流介导的内皮细胞静止状态的建立和维持机制	人原代内皮细胞、小鼠和斑马鱼的内皮细胞	细胞生物学	血管功能障碍	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、基因表达调控	NA	基因表达数据、细胞行为数据	NA
864	2025-06-03	Performing Suction Blister Skin Biopsies 2024-Jun, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.1073 PMID:38924322	研究论文	本文介绍了一种替代传统皮肤活检方法的无创、无疤痕的吸疱皮肤活检技术	提出了一种使用负压和温和加热诱导皮肤吸疱的微创活检方法，避免了传统方法的疼痛和疤痕	NA	开发一种更温和的皮肤采样方法用于表皮和真皮上层的细胞及液体成分分析	人体皮肤组织	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	生物样本（皮肤组织、疱液）	每次活检可产生最多5个直径10mm的吸疱
865	2025-06-03	IL-1β Inhibition Partially Negates the Beneficial Effects of Diet-Induced Atherosclerosis Regression in Mice 2024-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.320800 PMID:38695167	研究论文	本研究探讨了IL-1β抑制对饮食诱导的动脉粥样硬化逆转在小鼠中的部分负面影响	揭示了IL-1β在维持饮食诱导的动脉粥样硬化斑块负担减少和稳定性增加中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，结果可能无法直接外推到人类	研究减少饮食脂质对晚期动脉粥样硬化病变组成和稳定性的影响及其调控机制	Apoe-/-小鼠的动脉粥样硬化病变	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、飞行时间细胞术、免疫染色加高分辨率共聚焦显微镜z-stack分析	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	Apoe-/-小鼠（具体数量未明确说明）
866	2025-06-03	Cellular-resolution gene expression mapping reveals organization in the head ganglia of the gastropod, Berghia stephanieae 2024-06, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25628 PMID:38852042	研究论文	本研究通过高通量单细胞RNA测序和原位杂交链反应技术，揭示了裸鳃类动物Berghia stephanieae头部神经节中细胞类型的基因表达模式和组织结构	首次在裸鳃类动物中结合单细胞RNA测序和原位杂交技术，发现了神经节内和神经节间新的细胞类型和区域结构	仅针对一种裸鳃类动物进行研究，结果可能无法直接推广到其他腹足类动物	理解腹足类动物神经系统的基本细胞组织结构	裸鳃类动物Berghia stephanieae的头部神经节	神经科学	NA	单细胞RNA测序，原位杂交链反应	NA	基因表达数据	NA
867	2025-06-03	Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment 2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041 PMID:38685385	研究论文	研究通过敲除Xkr8基因增强化疗效果，并调节肿瘤免疫微环境	揭示了Xkr8敲除通过阻碍凋亡细胞的正常清除导致免疫原性细胞死亡（ICD），并结合化疗药物展示了显著的抗肿瘤效果	研究主要基于临床相关原位模型，尚未进行广泛的人体临床试验	探索Xkr8敲除与化疗联合治疗对肿瘤免疫微环境的影响及其抗肿瘤效果	Xkr8基因、肿瘤免疫微环境、化疗药物（5-氟尿嘧啶和奥沙利铂前药复合物）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA敲除技术	原位胰腺肿瘤模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
868	2025-06-03	Neutrophil-derived PAD4 induces citrullination of CKMT1 exacerbates mucosal inflammation in inflammatory bowel disease 2024-Jun, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-024-01158-6 PMID:38720063	研究论文	本研究揭示了PAD4通过CKMT1的瓜氨酸化在炎症性肠病(IBD)中加剧黏膜炎症的机制	首次发现中性粒细胞来源的PAD4通过胞外囊泡进入肠上皮细胞，导致CKMT1瓜氨酸化并破坏线粒体稳态	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证有限	阐明PAD4在IBD发病机制中的具体作用	中性粒细胞、肠上皮细胞、CKMT1蛋白	分子病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、底物瓜氨酸化定位	DSS诱导的结肠炎小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明样本量(包含小鼠模型和IBD患者临床样本)
869	2025-06-03	Esm-1 mediates transcriptional polarization associated with diabetic kidney disease 2024-Jun-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00419.2023 PMID:38601985	研究论文	研究Esm-1在糖尿病肾病(DKD)中的转录极化作用及其在肾内皮细胞中的表达特征	首次利用单细胞RNA测序数据揭示Esm-1在糖尿病肾病中的转录极化现象及其与血管发育基因的关联	研究样本量相对有限，且主要依赖公开数据库数据	探究Esm-1在糖尿病肾病中的表达特征及其功能意义	小鼠和人类的肾内皮细胞	分子生物学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序、RNAscope	NA	RNA测序数据	27,786个肾内皮细胞(来自3个小鼠和4个人类数据库)，20名健康受试者和41名DKD患者的批量转录组数据
870	2025-06-03	Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Jun, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008 PMID:38458319	研究论文	本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性胆管癌（CCA）小鼠模型，以探索肿瘤免疫微环境（TIME）并测试新型免疫治疗策略	开发了模拟人类肝内胆管癌（iCCA）的Fbxw7ΔF/Akt驱动的小鼠模型，并比较了不同遗传驱动模型在肿瘤基因组学、免疫生物学和治疗反应上的差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探索胆管癌的肿瘤免疫微环境及免疫治疗反应	小鼠模型和人类胆管癌患者队列	肿瘤免疫学	胆管癌	scRNA-seq, CITE-seq, 全外显子测序, 批量RNA测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	多个小鼠模型及人类胆管癌患者队列
871	2025-06-03	Inter- and trans-generational impacts of environmental exposures on the germline resolved at the single-cell level 2024-Jun, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2024.100465 PMID:38586548	review	本文讨论了单细胞技术在生殖毒理学研究中的应用及其对理解环境暴露对生殖细胞功能影响的潜力	利用单细胞RNA测序、ATAC测序和多组学技术，深入分析环境暴露对生殖细胞功能的影响及其在组织和细胞类型中的差异分布	讨论主要集中在两种模式生物（果蝇和小鼠）上，可能无法完全反映人类生殖系统的复杂性	探讨单细胞技术如何促进生殖毒理学研究，以理解环境暴露对生殖细胞功能的影响	生殖细胞及其在不同环境暴露（如酒精和电子烟）下的反应	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序, ATAC测序, 多组学	NA	单细胞数据, 核转录组数据	两种模式生物（果蝇和小鼠）
872	2025-06-03	TCL1A-expressing B cells are critical for tertiary lymphoid structure formation and the prognosis of oral squamous cell carcinoma 2024-05-19, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05292-7 PMID:38764038	research paper	该研究探讨了TCL1A表达B细胞在口腔鳞状细胞癌(OSCC)三级淋巴结构形成及预后中的作用	揭示了TCL1A通过调控B细胞的增殖和trogocytosis促进三级淋巴结构形成，从而改善OSCC预后的新机制	样本量相对有限，且机制研究主要在细胞系中进行	阐明B细胞在OSCC免疫治疗中的作用机制	口腔鳞状细胞癌患者组织和B淋巴细胞	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、慢病毒转导	NA	RNA测序数据、组织微阵列数据	13例OSCC组织+8例癌旁组织(单细胞测序)，146例临床样本(组织芯片)，359例TCGA样本
873	2025-06-03	Single-cell approaches define two groups of mammalian oligodendrocyte precursor cells and their evolution over developmental time 2024-05-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.03.002 PMID:38579710	研究论文	利用单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞空间转录组学技术，研究小鼠皮质少突胶质前体细胞在出生后的发育过程中的特征	识别出两种转录和表观遗传不同的PDGFRα OPCs群体，并揭示了它们在发育和成年期的功能差异	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物	探究哺乳动物少突胶质前体细胞在发育过程中的异质性和功能差异	小鼠皮质少突胶质前体细胞(OPCs)	单细胞组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、表观遗传数据、空间转录组数据	NA
874	2025-06-03	Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2 2024-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006 PMID:38518781	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，发现SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的关键作用，并证明SOX17过表达结合FGF2处理可高效生成内皮祖细胞	揭示了SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的新作用，并开发了一种高效生成内皮祖细胞的方法	未探讨SOX17过表达对其他细胞类型分化的潜在影响	研究转录因子在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的作用	人类多能干细胞(hPSCs)和内皮祖细胞(EPs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas13d	NA	RNA测序数据	NA
875	2025-06-03	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	research paper	该研究识别并表征了具有显著骨软骨再生和微环境适应能力的MSX1间充质祖细胞，并开发了一种从人多能干细胞生成MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞（LML）的策略，用于人类软骨再生	发现了MSX1间充质祖细胞中的PDGFRA亚群具有最强的骨软骨能力，并成功从人多能干细胞生成LML细胞用于软骨再生	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	寻找更有效的干细胞来源用于人类软骨再生	MSX1间充质祖细胞和从人多能干细胞生成的LML细胞	再生医学	骨退行性疾病	单细胞测序	小鼠损伤模型	基因表达数据	NA
876	2025-06-03	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及其祖细胞分化的影响	揭示了MSCs分泌的CCL2在髓系细胞分化早期阶段的重要作用，并通过单细胞RNA测序分析在人类骨髓细胞中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究MSCs通过CCL2/CCR2信号通路对HSPCs及其祖细胞分化的调控机制	小鼠和人类的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及间充质干细胞/基质细胞（MSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
877	2025-06-03	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	使用人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育，研究糖尿病对先天性心脏缺陷的影响	首次使用人类心脏类器官系统模拟糖尿病条件下的胚胎心脏发育，揭示了内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的作用	研究结果仍需在更复杂的体内模型中验证	探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制	人类心脏类器官	发育生物学	先天性心脏病	scRNA-seq, 脂质组学	人类心脏类器官系统	基因表达数据, 脂质组数据	NA
878	2025-06-03	SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors 2024-02-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006 PMID:38215756	research paper	本文提出了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子	SinCMat是首个专门考虑功能性细胞成熟过程的计算方法，能够识别身份转录因子和信号依赖性转录因子对，共同驱动功能成熟的基因	NA	旨在生成组织特异性成熟和功能性细胞，推动再生医学的发展	功能成熟转录因子	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	大规模应用于Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens数据集
879	2025-06-03	Cross-site reproducibility of human cortical organoids reveals consistent cell type composition and architecture 2023-Jul-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.28.550873 PMID:37546772	research paper	该研究通过跨站点实验评估了人类皮质类器官（hCO）在细胞类型组成和结构上的可重复性	首次评估了使用统一协议在不同研究站点生成的hCO在细胞类型比例和组织结构上的一致性	研究中仍存在非目标分化、坏死核心和细胞应激等hCO模型的已知局限性	评估人类皮质类器官模型在神经发育障碍研究中的可重复性	人类诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮质类器官	神经科学	神经发育障碍	scRNA-seq, 3D荧光成像, 相差成像, qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据, 图像数据	多个研究站点使用同一iPSC细胞系生成的hCO样本
880	2025-06-02	Endogenous Retroelement Activation is Implicated in Interferon-α Production and Anti-Cyclic Citrullinated Peptide Autoantibody Generation in Early Rheumatoid Arthritis 2025-Jun, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43083 PMID:39681508	研究论文	本研究探讨了内源性逆转录元件(EREs)在早期类风湿性关节炎(eRA)中的表达及其与干扰素-α(IFN-α)产生和抗环瓜氨酸肽(anti-CCP)自身抗体生成的关系	首次在eRA中研究了外周血和滑膜组织中ERE的表达，揭示了ERE与IFN-I产生之间的潜在因果关系以及与anti-CCP自身抗体的有趣关联	样本量相对较小(eRA滑膜组织n=22，全血样本n=56)，且未进行机制验证实验	探究EREs作为类风湿性关节炎(RA)中干扰素源性触发因素的潜在作用	早期类风湿性关节炎(eRA)患者和早期银屑病关节炎(ePsA)患者的血液和滑膜组织样本	风湿病学	类风湿性关节炎	逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、NanoString技术、流式细胞分选、单细胞测序数据分析	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据、单细胞测序数据	eRA滑膜组织样本22例，全血样本56例，以及ePsA患者样本