单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-07-23	GatorST: A Versatile Contrastive Meta-Learning Framework for Spatial Transcriptomic Data Analysis 2025-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662625 PMID:40672304	研究论文	介绍了一种名为GatorST的新型框架，用于空间转录组数据分析，结合图建模和先进学习策略以提高下游任务性能	GatorST结合图建模与对比元学习，能同时捕获局部和全局空间背景，并通过伪标签和对比学习框架增强泛化能力	依赖伪标签可能引入噪声，且模型性能受限于空间邻域图构建的质量	开发一个多功能框架，用于改进空间转录组数据的下游分析任务	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	图神经网络(GNN)与对比学习结合	空间转录组数据	14个空间转录组数据集
862	2025-07-23	Single-cell analysis reveals CD34+CD90+ endothelial cells promote tumor metastasis in gallbladder cancer 2025-Jul-18, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01040-2 PMID:40681742	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究发现CD34+CD90+内皮细胞在胆囊癌转移中起关键作用	首次在胆囊癌中鉴定出CD34+CD90+内皮细胞亚群，并揭示其通过TGF-β信号通路促进肿瘤转移的机制	未明确CD34+CD90+内皮细胞与其他肿瘤微环境成分的具体相互作用机制	探究胆囊癌中肿瘤内皮细胞的异质性及其在肿瘤转移中的作用	胆囊癌患者样本中的内皮细胞	肿瘤生物学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量（胆囊癌患者组织样本）
863	2025-07-23	Using machine learning to discover DNA metabolism biomarkers that direct prostate cancer treatment 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11457-1 PMID:40681784	研究论文	通过机器学习发现指导前列腺癌治疗的DNA代谢生物标志物	整合多组学数据和先进计算模型，揭示了DNA代谢基因在前列腺癌进展和免疫动态中的关键作用，并提出了新的预后生物标志物和治疗靶点	研究依赖于TCGA队列和外部验证数据集，可能存在样本选择偏差	探索DNA代谢基因在前列腺癌中的作用及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	前列腺癌(PC)中的DNA代谢基因	机器学习	前列腺癌	转录组数据分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CoxBoost算法	转录组数据	TCGA队列和外部验证数据集中的536个差异表达基因(DEGs)
864	2025-07-23	SCNT: an R package for data analysis and visualization of single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06209-x PMID:40681987	研究论文	介绍了一个名为SCNT的R包，用于单细胞和空间转录组数据的分析与可视化	SCNT包整合了Seurat和ggplot2等工具，支持高效的数据处理和高质量的可视化，简化了单细胞和空间转录组数据分析流程	目前支持的ST平台有限，未来需要扩展更多平台支持并增强多组学数据整合功能	开发一个高效且用户友好的工具，以处理、分析和可视化单细胞及空间转录组数据	单细胞（SC）和空间转录组（ST）数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	单细胞和空间转录组数据	公开可用的PBMC数据集、Visum和Visium HD人类肾脏组织数据
865	2025-07-23	Single-cell RNA sequencing technology was employed to construct a risk prediction model for genes associated with pyroptosis and ferroptosis in lung adenocarcinoma 2025-Jul-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03323-5 PMID:40682067	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了肺腺癌中与细胞焦亡和铁死亡相关基因的风险预测模型	首次整合单细胞RNA测序、批量转录组数据和临床信息，全面分析肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达模式和功能作用，并构建了七基因预后模型	未明确说明样本量大小及具体实验验证的样本来源	探索肺腺癌中细胞焦亡相关基因的表达特征及其预后价值	肺腺癌(LUAD)患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA seq)、RNA测序、qPCR	预后模型	单细胞RNA测序数据、批量转录组数据、临床信息	NA
866	2025-07-23	STHD: probabilistic cell typing of single spots in whole transcriptome spatial data with high definition 2025-Jul-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03608-4 PMID:40682076	研究论文	本文提出了一种名为STHD的方法，用于在全转录组空间转录组数据中实现高清晰度的单点概率细胞分型	STHD通过结合计数统计和邻居正则化的机器学习模型，准确预测亚细胞点的细胞类型身份，揭示了全局组织结构和局部多细胞邻域	NA	解决空间转录组技术中高稀疏性和高维度带来的计算挑战，实现高清晰度的单点细胞分型	全转录组空间转录组数据中的单点	数字病理学	肿瘤微环境	空间转录组技术	机器学习模型	基因表达数据	NA
867	2025-07-23	SNRPB/CCNB1 axis promotes hepatocellular carcinoma progression and cisplatin resistance through enhancing lipid metabolism reprogramming 2025-Jul-18, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03463-y PMID:40682115	研究论文	本研究探讨了SNRPB在肝细胞癌（HCC）中的作用及其通过调节FOXM1-CCNB1轴和脂质代谢促进HCC进展和顺铂耐药的机制	揭示了SNRPB通过FOXM1介导的转录调控CCNB1表达，进而影响脂质代谢重编程和顺铂耐药的新机制	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	探索SNRPB在HCC进展和化疗耐药中的分子机制	肝细胞癌（HCC）细胞和患者样本	癌症生物学	肝细胞癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, ChIP, Co-IP	NA	RNA测序数据, 转录组数据	多个HCC患者队列的样本
868	2025-07-23	Integrative spatial omics reveals distinct tumor-promoting multicellular niches and immunosuppressive mechanisms in Black American and White American patients with TNBC 2025-Jul-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61034-3 PMID:40675986	研究论文	本研究通过整合空间组学技术，揭示了非裔美国人和白人三阴性乳腺癌患者中不同的肿瘤促进多细胞生态位和免疫抑制机制	首次结合成像质谱流式和空间转录组学，系统比较了不同种族TNBC患者的肿瘤微环境差异	样本量相对有限，且仅针对美国黑人和白人患者群体	探究三阴性乳腺癌临床结局种族差异的生物学机制	自我认同为非裔美国人(BA)和白人(WA)的三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	成像质谱流式、空间转录组学	NA	空间多组学数据	BA和WA TNBC患者队列
869	2025-07-23	Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens 2025-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655669 PMID:40475436	研究论文	探讨使用条形码单克隆胚胎体解决嵌合体器官筛选中的混杂瓶颈问题	开发了一种可扩展的方案，通过单克隆来源和遗传条形码标记的胚胎体来更好地量化转录因子扰动的影响	生物重复间的结果不可重复性，以及EB分化过程中的细胞瓶颈限制了统计功效	加速基因组学与发育生物学交叉领域的发现	小鼠胚胎干细胞（mESCs）和胚胎体（EBs）	发育生物学	NA	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
870	2025-07-23	PIEZO1 Overexpression in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Arteriovenous Malformations 2025-Jul-16, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.073630 PMID:40665909	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症动静脉畸形中的过度表达及其作用机制	发现PIEZO1在ALK1缺陷型内皮细胞中表达和信号传导升高，并通过遗传和药理学抑制PIEZO1减轻动静脉畸形形成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究ALK1变异导致的信号传导改变及寻找更有效的动静脉畸形治疗靶点	ALK1敲除小鼠视网膜内皮细胞和人类2型遗传性出血性毛细血管扩张症病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序	Alk1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
871	2025-07-23	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Jul-16, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0219-25.2025 PMID:40670155	research paper	研究阿片受体如何调节前扣带回皮层（ACC）与屏状核（CLA）之间的谷氨酸能信号传导	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的不同调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物模型	探索阿片受体如何调节控制疼痛和情绪的脑回路	小鼠的CLA-ACC神经回路	神经科学	疼痛和情绪障碍	空间转录组学、脑片电生理学、光遗传学和药理学方法	NA	电生理数据	小鼠（性别未明确说明数量）
872	2025-07-23	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jul-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	本文介绍了一种名为SMURF的新型软分割算法，用于将空间转录组学数据中的mRNA映射到单个细胞，并揭示了肠道中基因表达程序的区域化	开发了SMURF算法，能够将mRNA从条形码捕获点映射到附近的细胞核，并将复杂组织结构中的细胞展开到标准笛卡尔坐标系中	未明确提及算法的适用范围或与其他方法的比较	研究肠道中基因表达程序的区域化及其调控机制	肠道中的细胞及其基因表达程序	空间转录组学	NA	空间转录组学	SMURF算法	空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
873	2025-07-23	Inhibition of Glutamine Metabolism Attenuates Tumor Progression Through Remodeling of the Macrophage Immune Microenvironment 2025-Jul-13, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202400738 PMID:40653724	研究论文	该研究探讨了通过抑制谷氨酰胺代谢来重塑巨噬细胞免疫微环境，从而减缓肿瘤进展的效果	开发了一种选择性在癌组织中生物激活的谷氨酰胺拮抗剂前药JHU083，并发现其不仅能直接靶向依赖谷氨酰胺的癌细胞，还能改变M1/M2巨噬细胞的比例，促进免疫刺激微环境	研究仅使用了小鼠肿瘤模型，尚未在人体中进行验证	评估谷氨酰胺拮抗剂对肿瘤细胞和免疫微环境的影响	小鼠肿瘤模型和巨噬细胞	癌症治疗	肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	两种免疫完整的小鼠癌症模型
874	2025-07-23	Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning 2025-Jul-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932 PMID:40650899	研究论文	本文提出了一种使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议	开发了scVIDR（单细胞剂量反应变分推断）模型，这是一种专门用于模拟单细胞基因表达对化学剂量依赖扰动的VAE	需要依赖Docker容器化应用来访问代码和数据，可能对部分用户造成技术门槛	预测单细胞在化学剂量扰动下的基因表达变化	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	NA
875	2025-07-23	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Jul-08, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	开发了一种名为OmicsTweezer的分布无关细胞反卷积模型，用于多组学数据的细胞类型比例估计	通过结合最优传输和深度学习，OmicsTweezer在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	研究组织微环境和疾病中的细胞类型比例	多组学数据（包括RNA-seq、蛋白质组学和空间转录组学）	生物信息学	前列腺癌和结肠癌	RNA-seq、蛋白质组学、空间转录组学	深度学习	多组学数据	模拟和真实世界数据集
876	2025-07-23	Single-cell transcriptomics reveal individual and cooperative effects of trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2025-Jul-04, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102577 PMID:40680731	研究论文	通过单细胞转录组学揭示21三体和GATA1s对造血功能的个体及协同效应	揭示了GATA1s如何独立于染色体背景改变谱系特异性转录程序的时间调控，并发现早期多能造血祖细胞中的异质性和谱系启动	研究主要基于体外诱导的多能干细胞和原代细胞，可能无法完全模拟体内环境	解析21三体和GATA1s对造血发育的影响	人类诱导多能干细胞、原代人类胎儿和新生儿细胞	分子生物学	唐氏综合征相关血液疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量
877	2025-07-23	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-Jul, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑蓝斑核（LC）周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	首次鉴定出LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，并阐明其通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证仍需进一步研究	探究局部神经调节输入如何控制LC功能及其在觉醒和行为调控中的作用	小鼠蓝斑核（LC）及周围GABA能神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒示踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据、行为数据	NA（未明确说明样本数量）
878	2025-07-23	Dynamic WT1 expression during gastrulation specifies peritoneal smooth muscle fate independently of mesothelial fate 2025-Jul-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204332 PMID:40554754	研究论文	本研究揭示了WT1在小鼠原肠胚形成过程中动态表达，独立于间皮细胞命运指定腹膜平滑肌细胞命运的新机制	首次发现WT1在原肠胚形成阶段表达，并独立于间皮细胞形成指定平滑肌细胞命运	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探究WT1在平滑肌细胞发育谱系中的作用机制	小鼠胚胎发育过程中的平滑肌前体细胞	发育生物学	NA	他莫昔芬诱导的遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、共聚焦显微镜	NA	基因表达数据、显微镜图像	小鼠胚胎（E7.5-E12.5阶段）
879	2025-07-23	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf234 PMID:40662809	research paper	介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种基于'虚拟颜色'的改进伪对齐方案，显著提高了处理速度和内存效率	未提及具体的技术局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	NA
880	2025-07-23	Prediction of gene regulatory connections with joint single-cell foundation models and graph-based learning 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf217 PMID:40662821	研究论文	提出了一种名为scRegNet的新框架，利用单细胞基础模型和基于图的联合学习进行基因调控链接预测	结合大规模预训练的单细胞基础模型（scFMs）和基于图的联合学习，显著提高了基因调控链接预测的准确性和鲁棒性	监督学习方法需要大量已知的TF-DNA结合数据，这些数据实验成本高且数量有限	解决基因调控链接预测问题，提高基因调控网络（GRN）推断的准确性和可靠性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和转录因子-DNA结合数据	机器学习	NA	scRNA-seq	scFMs, 基于图的学习	基因表达数据	七个scRNA-seq基准数据集