单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 38530 篇文献,本页显示第 861 - 880 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
861 2026-04-09
COVARE for modeling latent random effect correlations to detect genes with specific spatial expression patterns
2026-Apr-04, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 本文提出了一种名为COVARE的新方法,用于建模潜在随机效应相关性,以检测具有特定空间表达模式的基因 COVARE基于线性混合效应模型框架,能够整合多种预定义的生物信息并考虑协变量间的潜在交互作用,从而精确分析基因空间表达中的多因素共调控,这在现有方法基于协变量独立性假设的分析中无法实现 NA 检测具有特定空间表达模式的基因,以解决现有方法忽视协变量交互作用的问题 空间转录组学数据中的基因表达模式 空间转录组学 NA 空间转录组学 线性混合效应模型 空间转录组学数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
862 2026-04-09
OMICX: An AI-powered web platform for integrative analysis of multi-condition single-cell transcriptomics data
2026-Apr-04, Genomics IF:3.4Q2
研究论文 介绍OMICX,一个基于大型语言模型(LLM)的交互式无代码网络平台,用于多条件单细胞转录组数据的综合分析 通过自然语言对话实现单细胞数据分析,结合LLM助手OMICX-Agent,使高级生物信息学分析对非专业用户可及 未提及具体技术限制或性能评估细节 开发一个用户友好的网络平台,以简化多条件单细胞转录组数据的整合分析 单细胞转录组数据(scRNA-seq)、批量RNA-seq数据和GWAS汇总统计数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、全基因组关联研究(GWAS) 大型语言模型(LLM) 转录组数据、汇总统计数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
863 2026-04-09
New perspectives on the mechanisms and treatment of valvular heart disease: Mendelian randomization and systematic analysis based on plasma proteins
2026-Apr-03, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究利用孟德尔随机化和系统分析,基于血浆蛋白质数据,识别了瓣膜性心脏病的关键分子靶点和潜在治疗候选物 采用孟德尔随机化结合功能富集、药物重定位、蛋白质-蛋白质相互作用网络及单细胞RNA测序分析,系统性地探索了瓣膜性心脏病的分子机制和治疗靶点 研究依赖于公开的基因组关联研究汇总统计数据,可能受限于样本异质性和潜在混杂因素,且预测的候选药物需进一步实验验证 识别瓣膜性心脏病的关键分子靶点和潜在治疗候选物 瓣膜性心脏病相关的血浆蛋白质和基因 生物信息学 心血管疾病 孟德尔随机化、功能富集分析、药物重定位、分子对接、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序 NA 基因组关联研究汇总统计数据、单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
864 2026-04-09
Transcriptome data combined with two-sample Mendelian randomization reveal IRF1 and PRKD1 as UPR-related key regulators in intervertebral disc degeneration
2026-Apr-03, Medicine IF:1.3Q2
研究论文 本研究通过整合转录组数据与双样本孟德尔随机化,揭示了IRF1和PRKD1作为UPR相关关键调控因子在椎间盘退变中的作用 首次结合多组学数据与孟德尔随机化方法,系统识别并验证了UPR相关基因IRF1和PRKD1在IDD中的因果关联和细胞类型特异性表达 研究主要基于公共数据集和生物信息学分析,缺乏实验验证;样本量相对有限,且孟德尔随机化结果可能受混杂因素影响 探究内质网应激和未折叠蛋白反应在椎间盘退变中的分子机制,并识别关键调控基因 人类髓核组织 生物信息学 椎间盘退变 转录组测序, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 NA 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 基于公共数据集GSE70362和GSE56081,具体样本数量未明确说明 NA RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
865 2026-04-09
NRF2/SLC7A11 axis-mediated metabolic reprogramming drives Benzo[a]pyrene-induced malignant transformation: Evidence from lung organoid and 16HBE cell models
2026-Apr-03, Free radical biology & medicine
研究论文 本研究利用肺类器官和BaP诱导的恶性转化细胞模型,揭示了NRF2/SLC7A11轴介导的氨基酸代谢重编程在苯并[a]芘诱导的细胞恶性转化中的关键作用 首次在肺类器官和细胞模型中系统阐明了NRF2通过直接结合SLC7A11启动子调控氨基酸代谢,从而驱动BaP诱导的恶性转化的分子机制 研究主要基于体外模型(类器官和细胞系),缺乏体内动物模型的验证,且临床相关性有待进一步探索 阐明苯并[a]芘诱导肺癌发生的分子机制 肺类器官和BaP诱导的恶性转化人支气管上皮细胞(16HBE-T) 单细胞组学 肺癌 单细胞测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
866 2026-04-09
scGraphDap: Integrating Functional State Pseudo-Labels and Graph Structure Learning for Robust Cell Type Annotation in Tumor Microenvironments
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文提出了一种名为scGraphDap的图神经网络框架,通过整合功能状态伪标签和图结构学习,以改善肿瘤微环境中的细胞类型注释和细胞间通讯推断 利用通路活性评分作为伪标签优化细胞-细胞图,以捕捉超越几何相似性的功能邻近性,并引入图域适应模块对齐不同患者间的细胞嵌入,增强跨个体泛化能力 NA 改善肿瘤微环境中基于非空间单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和细胞间通讯推断 肿瘤微环境中的细胞 机器学习 肿瘤 单细胞RNA测序 图神经网络 单细胞RNA测序数据 来自15名患者的38,667个细胞,涵盖三种癌症 NA 单细胞RNA-seq NA NA
867 2026-04-09
AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文提出了AutoGRN,一个用于基因调控网络推断的自动化图神经网络框架,通过遗传搜索算法优化GNN架构以适应单细胞RNA测序数据的特性 AutoGRN通过将影响GRN推断性能的多种组件纳入搜索空间,并利用信息熵约束的遗传搜索算法,自动适应不同单细胞RNA测序数据集的特征,从而优化GNN架构,解决了固定架构难以泛化的问题 未在摘要中明确提及 开发一个自动化框架以提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力 基因调控网络(GRN) 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 图神经网络(GNN) 基因表达数据 多个公共数据集(具体数量未提及) NA 单细胞RNA测序 NA NA
868 2026-04-09
scProca: A Cross-Attention-Enhanced Deep Generative Model for Single-Cell Transcriptomics and Proteomics Integration and Imputation
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文介绍了一种名为scProca的深度生成模型,用于整合和插补单细胞转录组学和蛋白质组学数据 scProca通过交叉注意力机制整合细胞间关系,以处理异质性输入数据,并在高蛋白质稀疏性下保持鲁棒性,实现了最先进的整合和插补性能 NA 旨在通过整合单细胞转录组学和蛋白质组学数据,更深入地理解复杂疾病的分子机制和细胞状态 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 机器学习 复杂疾病 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 深度生成模型(基于交叉注意力机制) 单细胞转录组学和蛋白质组学数据 NA NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组学和蛋白质组学共分析 NA NA
869 2026-04-09
TMEM158-mediated TGF-β signaling pathway modulates the sensitivity of TP53-deficient osteosarcoma to USP14 inhibitors
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 本研究探讨了TMEM158介导的TGF-β信号通路在调节TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性中的作用 首次揭示了TMEM158作为关键调节因子,通过TGF-β信号通路介导TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂的敏感性,并发现其与USP14/UCHL5表达正相关且可作为独立预后标志物 研究主要基于细胞系和动物模型,临床转化需进一步验证;单细胞RNA测序数据的分析可能受样本量限制 阐明TP53缺陷型骨肉瘤对USP14抑制剂敏感性的分子机制,探索TMEM158-TGF-β通路作为治疗靶点的潜力 TP53缺陷型骨肉瘤细胞(原代肿瘤细胞、SAOS-2和U-2OS细胞系)、TP53缺陷型骨肉瘤小鼠模型、临床骨肉瘤数据库 癌症生物学 骨肉瘤 生物信息学分析(聚类分析、差异表达分析、功能富集分析)、qPCR、单细胞RNA测序 NA 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 多个细胞系、动物模型及临床数据库数据(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
870 2026-04-09
Unraveling the role of cuproptosis in pulmonary fibrosis pathogenesis and prognosis: an integrative single-cell transcriptomics and microarray analysis
2026-Apr, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3
研究论文 本研究通过整合单细胞转录组学和微阵列分析,揭示了铜死亡在肺纤维化发病机制和预后中的作用,并建立了一个基于4个铜死亡相关基因的预后模型 首次将铜死亡与肺纤维化联系起来,并通过整合单细胞和批量RNA-seq数据构建了一个新的预后基因特征 研究主要基于小鼠模型和公共数据集,需要在更大队列的临床样本中进行验证 阐明铜死亡在肺纤维化中的生物学功能并建立预后模型 博来霉素诱导的小鼠模型、特发性肺纤维化患者样本以及TGF-β1刺激的成纤维细胞 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, qRT-PCR, 免疫组织化学分析 LASSO回归, Cox回归 转录组数据 GSE70866队列中的特发性肺纤维化患者数据以及博来霉素诱导的小鼠模型 NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
871 2026-04-09
Enhancing Deep Learning Inference of Gene Regulatory Networks via Construction of Image Representation of Cell-Cell Interactions From scRNA-Seq Data
2026-Apr, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1
研究论文 本文提出了一种基于scRNA-seq数据构建细胞间相互作用图像表示(CelloGraph)并结合CNN进行基因调控网络推断的高精度计算方法 首次引入空间语义图像表示CelloGraph来描绘基因在细胞间的表达模式,并通过最大化细胞间相互作用的系统熵来确定细胞在空间网格中的位置,结合定制CNN进行模式识别 未明确说明方法在处理大规模数据集时的计算效率具体表现,以及在不同生物体系中的泛化能力验证 提高基于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断的准确性和计算效率 基因调控网络(GRNs) 机器学习 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq) 卷积神经网络(CNN) 图像表示(基于scRNA-seq数据构建) NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
872 2026-04-09
Linking Targeted Pancreatic Cancer Genes With Metabolic Disorders: A Cross-Species Translational Pathway
2026-Apr, Cancer medicine IF:2.9Q2
研究论文 本研究通过分析人类和小鼠的RNA-Seq数据,探索了胰腺导管腺癌相关基因与代谢紊乱通路之间的分子相互作用 首次将PDAC相关基因与肥胖、糖尿病等代谢紊乱通路在跨物种水平上联系起来,并利用单细胞RNA-Seq数据识别了与代谢失调相关的转录群体 研究主要基于公开数据集和qPCR验证,缺乏体内功能实验验证这些基因在PDAC发展中的直接作用 探究胰腺导管腺癌相关基因与代谢紊乱通路之间的分子关联 人类和小鼠的脂肪组织样本,以及晚期PDAC的单细胞RNA-Seq数据 生物信息学 胰腺癌 RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, qPCR 无监督聚类 RNA-Seq数据, 单细胞RNA-Seq数据 未明确指定具体样本数量,但包括人类和小鼠的脂肪组织样本及晚期PDAC单细胞数据 NA bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
873 2026-04-09
Targeting HIF-1α promotes ferroptosis and boosts antitumor immunity in MSS colorectal cancer
2026-Apr-01, Redox biology IF:10.7Q1
研究论文 本研究探讨了靶向HIF-1α与铁死亡诱导剂RSL3联合治疗微卫星稳定结直肠癌的效果,发现该策略能克服耐药性并增强抗肿瘤免疫反应 首次通过单细胞测序揭示HIF-1α在RSL3耐药MSS结直肠癌细胞中的异常激活,并证明靶向HIF-1α可恢复铁死亡敏感性,同时增强抗PD1治疗的疗效 研究主要基于细胞系和小鼠模型,临床转化效果尚需进一步验证,且耐药机制可能涉及其他通路未完全阐明 开发针对微卫星稳定结直肠癌的有效治疗策略,克服化疗耐药性 微卫星稳定结直肠癌细胞系及小鼠移植瘤模型 肿瘤生物学 结直肠癌 单细胞测序、染色质免疫沉淀 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 细胞系及小鼠模型,具体数量未明确说明 NA 单细胞RNA-seq NA NA
874 2026-04-09
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2026-Mar-31, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究探讨了在烟曲霉菌感染期间,肺成纤维细胞的激活如何通过免疫调节和组织重塑增强肺部防御 首次揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉菌感染中的保护性免疫调节作用,并利用细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序技术,明确了成纤维细胞动态变化及其在宿主防御中的关键功能 研究主要基于动物模型,未在人类样本中验证,且成纤维细胞激活的具体分子机制仍需进一步探索 探究肺成纤维细胞在烟曲霉菌感染中的功能响应及其对肺部损伤的调节作用 烟曲霉菌感染的免疫正常和免疫抑制宿主中的肺成纤维细胞 数字病理学 肺部感染 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
875 2026-04-09
Chemotherapy-induced reactive myelopoiesis promotes expansion of immunosuppressive neutrophil-like monocytes in mice and humans
2026-Mar-31, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 本研究揭示了化疗诱导的反应性骨髓生成促进免疫抑制性中性粒细胞样单核细胞在小鼠和人类中的扩增 首次在淋巴瘤患者中发现化疗诱导的免疫抑制性单核细胞,并通过单细胞测序技术在小鼠模型中揭示了其分子特征和生成机制 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,临床相关性需要更大规模的验证 探究化疗诱导的骨髓生成对免疫抑制性单核细胞扩增的影响及其临床意义 小鼠骨髓单核细胞和淋巴瘤患者外周血单核细胞 单细胞测序 淋巴瘤 单细胞RNA测序(scRNA-seq),转座酶可及染色质测序(ATAC-seq) NA 单细胞转录组数据,染色质可及性数据 小鼠模型和淋巴瘤患者样本(具体数量未明确) NA 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq NA NA
876 2026-04-09
HFB301001, an OX40-based immunotherapy, drives Treg clearance and CTL activation through optimized OX40 receptor clustering
2026-Mar-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究开发了一种低亲和力的OX40激动剂抗体HFB301001,通过优化受体聚集来增强T细胞活化和清除调节性T细胞,从而提升抗肿瘤免疫效果 提出了低亲和力OX40激动剂抗体在诱导更强受体聚集、增强T细胞活化和更有效的Treg清除方面优于高亲和力变体的新策略 研究主要基于临床前模型和体外实验,虽然已进入I期临床试验,但人体内的长期疗效和安全性仍需进一步验证 阐明亲和力对OX40靶向免疫疗法疗效的影响机制,并开发更有效的OX40激动剂 OX40受体、T细胞(特别是调节性T细胞和细胞毒性T细胞)、多种小鼠肿瘤模型、食蟹猴以及晚期实体瘤患者的临床样本 免疫治疗 实体瘤 噬菌体展示、AI预测建模、氢-氘交换、共聚焦显微镜、报告细胞检测、单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISpot、免疫荧光 NA 序列数据、图像数据、细胞计数数据、基因表达数据 多种小鼠肿瘤模型、食蟹猴安全评估、临床患者样本(来自NCT05229601试验) NA 单细胞RNA测序 NA NA
877 2026-04-09
RASA2 deletion rescues immune synapse dysfunction, enhancing CAR T cell efficacy against DMGs
2026-Mar-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过删除RASA2基因,改善了CAR T细胞与弥漫性中线胶质瘤(DMG)之间的免疫突触功能,从而增强了CAR T细胞的疗效 首次揭示DMG通过损害免疫突触形成限制CAR T细胞疗效,并证明RASA2删除能通过改善突触功能增强CAR T细胞活性 研究主要基于体外和动物模型,临床转化效果尚需验证,且RASA2删除的长期安全性未评估 探究CAR T细胞在DMG中疗效受限的机制,并通过基因编辑改善其功能 B7-H3 CAR T细胞、SJ-DIPGX7c(DMG)和U87-MG(成人胶质母细胞瘤)细胞系 免疫治疗 弥漫性中线胶质瘤 活细胞成像、单细胞RNA测序、基因编辑 NA 图像、转录组数据 使用患者来源的细胞系进行体外和体内实验 NA 单细胞RNA测序 NA NA
878 2026-04-09
Systemic immune profiling uncovers divergent mechanisms and predictive biomarkers of response to combination immunotherapies in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究通过单细胞测序揭示了晚期肝细胞癌患者对两种不同联合免疫疗法(Atez/Bev和Dur/Tre)产生应答的系统性免疫机制和预测性生物标志物 首次在单细胞水平上系统比较了两种主流联合免疫疗法(Atez/Bev与Dur/Tre)在晚期肝细胞癌患者外周免疫系统中的不同作用机制,并识别了各自特异的预测性生物标志物 样本量较小(共19例患者),且为观察性研究,需要更大规模的前瞻性队列验证 阐明晚期肝细胞癌患者对联合免疫疗法产生应答的系统性免疫机制,并寻找预测治疗反应的生物标志物 晚期肝细胞癌患者的外周血单个核细胞 单细胞组学 肝细胞癌 单细胞RNA测序,CITE-seq,T细胞受体(TCR)谱分析,细胞间通讯建模 CellChat 单细胞转录组数据,表面蛋白数据 19例晚期肝细胞癌患者(Atez/Bev组:5例应答者,5例无应答者;Dur/Tre组:4例应答者,5例无应答者),治疗前和治疗期间采样,共345,962个单细胞转录组 NA 单细胞RNA-seq,CITE-seq NA NA
879 2026-04-09
Tetraspanin 7-mediated endothelial migrasomes unveil a novel mechanism of angiogenesis through the PI3K/AKT pathway in diabetic wound healing
2026-Mar-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 本研究揭示了Tetraspanin 7(TSPAN7)通过介导内皮细胞迁移体形成,激活PI3K/AKT信号通路,从而促进糖尿病伤口血管生成和愈合的新机制 首次发现迁移体在糖尿病足溃疡(DFU)组织修复中的作用,并阐明TSPAN7通过介导迁移体形成激活PI3K/AKT通路促进血管生成的新机制 研究主要基于小鼠模型和体外实验,在人体中的临床转化效果仍需进一步验证 探究迁移体在糖尿病足溃疡(DFU)发病机制和修复过程中的作用,并寻找潜在治疗靶点 糖尿病足溃疡(DFU)患者组织样本、公共转录组数据集、体外培养的内皮细胞、糖尿病小鼠伤口模型 生物信息学与分子生物学 糖尿病足溃疡 RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫组织化学(IHC)、蛋白质印迹(western blot)、荧光染色、腺相关病毒(AAV)基因递送 机器学习算法(用于筛选关键基因)、DESeq2(差异表达分析) 转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据、蛋白质表达数据 公共DFU转录组数据集(GEO来源)、人类DFU组织样本、糖尿病小鼠伤口模型 NA 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序 NA NA
880 2026-04-09
Nuclear prostaglandin E synthase 3 promotes hepatocellular carcinoma growth with immunosuppressive macrophage polarization via the SP1/TGF-β axis
2026-Mar-25, Molecular biomedicine IF:6.3Q1
研究论文 本文揭示了核内前列腺素E合成酶3(PTGES3)通过SP1/TGF-β轴促进肝细胞癌生长并诱导免疫抑制性巨噬细胞极化的新机制 发现了PTGES3的非经典核功能,作为连接肿瘤内在生长与外在免疫重塑的双功能调节因子,并阐明了其通过SP1介导的TGF-β分泌驱动肿瘤增殖和免疫抑制微环境形成的具体机制 研究主要基于小鼠模型,人类临床样本验证有限;机制研究虽深入,但潜在的其他信号通路或细胞类型相互作用可能未完全揭示 探究PTGES3在肝细胞癌进展和免疫微环境重塑中的作用及其分子机制 肝细胞癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、免疫活性小鼠模型 癌症生物学 肝细胞癌 单细胞RNA测序、电泳迁移率变动分析、CUT&Tag技术、组织学分析 NA 基因表达数据、组织图像 免疫活性小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA测序 NA NA
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