单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-07-24	DNTT-mediated DNA damage response drives inotuzumab ozogamicin resistance in B-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Mar-13, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024026085 PMID:39791601	研究论文	本文研究了B细胞急性淋巴细胞白血病中DNTT介导的DNA损伤反应如何驱动inotuzumab ozogamicin（InO）耐药性	通过全基因组CRISPR筛选发现DNTT缺失是InO耐药的主要驱动因素，并揭示了DNTT在白血病中对calicheamicin反应的关键调控作用	研究主要基于体外实验和动物模型，需要更多临床数据验证DNTT作为生物标志物的可靠性	探究B细胞急性淋巴细胞白血病患者对InO治疗反应差异的遗传基础	B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）细胞	癌症生物学	B细胞急性淋巴细胞白血病	全基因组CRISPR筛选、单细胞RNA测序	患者来源异种移植模型	基因组数据、转录组数据	参与儿童肿瘤学组AALL1621试验的B-ALL患者样本
862	2025-07-24	Efficient count-based models improve power and robustness for large-scale single-cell eQTL mapping 2025-Mar-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.01.18.25320755 PMID:40093202	research paper	提出了一种名为jaxQTL的高效单细胞eQTL映射框架，用于分析大规模单细胞转录组数据	jaxQTL采用基于计数的高效模型，能够识别低表达eGenes，并在大规模数据集中保持计算可行性	虽然提高了识别能力，但仍未完全解决GWAS与eQTLs之间的缺失关联问题	开发高效的单细胞eQTL映射方法，以识别疾病相关eQTLs	单细胞转录组数据（scRNA-seq）	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	负二项模型	单细胞转录组数据	982个样本（OneK1K scRNA-seq数据）
863	2025-07-24	Endogenously generated Dutch-type Aβ nonfibrillar aggregates dysregulate presynaptic neurotransmission in the absence of detectable inflammation 2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.25.639746 PMID:40060689	研究论文	本研究探讨了荷兰型Aβ非纤维聚集体在内源性生成情况下对突触前神经传递的调节作用，且未检测到炎症反应	揭示了荷兰型Aβ非纤维聚集体在无炎症情况下对突触前神经传递的异常调节作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究荷兰型Aβ非纤维聚集体对神经传递的影响	转基因小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	A11免疫组化、循环D,L-α-肽-FITC显微镜、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	图像数据、转录组数据	转基因小鼠样本
864	2025-07-24	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过微胶质细胞介导的炎症机制促进认知障碍的新机制，并发现SPP1基因在代谢驱动的认知障碍中的潜在作用	研究主要基于小鼠模型和有限的人类尸检组织，可能无法完全反映活体人类的复杂情况	探讨代谢应激如何导致认知障碍及其潜在的炎症机制	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	高脂饮食小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和人类AD及T2D患者的脑组织样本
865	2025-07-24	TAp63γ is the primary isoform of TP63 for tumor suppression but not development 2025-Feb-06, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02326-x PMID:39915463	研究论文	本研究通过CRISPR-cas9技术删除p63γ特异性编码外显子10'，生成小鼠模型，探讨了TP63γ在肿瘤抑制和发育中的生物学功能	首次明确了TP63γ是TP63在肿瘤抑制中的主要亚型，而非发育过程，揭示了其通过维持正常炎症反应和脂质稳态来发挥肿瘤抑制作用的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TP63γ亚型的生物学功能及其在肿瘤抑制和发育中的作用	p63γ缺陷小鼠模型	分子生物学	肿瘤	CRISPR-cas9基因编辑技术、单细胞RNA-seq	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
866	2025-07-24	Transcript-specific enrichment enables profiling of rare cell states via single-cell RNA sequencing 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02036-7 PMID:39779958	研究论文	本文开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，用于通过特定RNA转录本的丰度来定义亚群，从而实现单细胞RNA测序分析	开发了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术的可编程分选逻辑来分离稀有细胞群，克服了传统流式分选需要高保真抗体的限制	方法在新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织中的应用效果尚未全面验证	解决单细胞RNA测序中稀有细胞状态分析的技术限制	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA流式细胞术	NA	RNA转录本数据	免疫细胞群(n=184,126个细胞), 新鲜冷冻和福尔马林固定、石蜡包埋的脑组织(n=33,145个细胞核)
867	2025-07-24	Development of Monoclonal Antibodies for Identifying Plant-Parasitic Nematodes 2025-Feb, Journal of nematology IF:1.4Q2 DOI:10.2478/jofnem-2025-0024 PMID:40687771	研究论文	开发用于识别植物寄生线虫的单克隆抗体	利用单细胞RNA-seq技术从免疫小鼠的成熟B细胞中生成数万种单克隆抗体的核苷酸序列信息，用于线虫识别，并通过体外合成两种单克隆抗体并利用ELISA验证其特异性	目前仅提供了概念验证，尚未大规模应用	开发更精确的植物寄生线虫识别技术，以区分病原性或毒力的变异	植物寄生线虫	分子生物学	植物寄生线虫病	单细胞RNA-seq, ELISA	NA	核苷酸序列数据	NA
868	2025-07-24	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该研究开发了一种名为bacterial-MERFISH的新方法，用于在细菌中实现高通量、空间分辨的转录组分析	结合1000倍体积扩展与多重错误鲁棒荧光原位杂交（MERFISH），解决了细菌mRNA高密度带来的技术挑战	未明确说明该方法在不同种类细菌中的适用性或潜在的技术限制	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌（包括肠道共生菌）的mRNA和操作子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）	NA	空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及单个细菌内数千个操作子的分析
869	2025-07-24	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本研究揭示了肝细胞癌中存在胆碱能神经细胞和携带可靶向毒蕈碱受体的肿瘤肝细胞，为肝癌治疗提供了新思路	首次在人类HCC中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+神经细胞簇，并提出神经元评分新概念	研究主要基于回顾性数据，需要进一步前瞻性临床验证	探索肝细胞癌中胆碱能神经调控机制及其治疗潜力	人类肝细胞癌组织、大鼠HCC模型、TCGA等多组学数据集	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞生物学实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	法国肝脏生物样本库样本、TCGA数据集、欧洲验证队列
870	2025-07-24	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	研究论文	本文提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	提出了一种新的网络模型，用于量化ST数据中的配体-受体相互作用信号活性，并验证了其在真实ST数据集上的有效性	仅验证了三种相互作用，可能无法涵盖所有细胞间通讯情况	开发一种用于空间转录组学数据的细胞间通讯分析方法	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	空间转录组学	NA	网络分析	网络模型	空间转录组学数据	一个真实的ST数据集
871	2025-07-24	Melanocyte dysfunctions: future and promise of stem cells 2025, American journal of stem cells IF:1.5Q4 DOI:10.62347/EOIC7075 PMID:40686746	综述	本文综述了黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）在皮肤色素沉着和附属器官色素沉着中的作用，以及它们在治疗白癜风、头发灰白、伤口愈合障碍和黑色素瘤等疾病中的潜在应用	探讨了McSCs在皮肤稳态和修复中的关键作用，以及利用单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑和全基因组测序等前沿技术对McSCs生物学及其调控微环境的深入理解	对McSCs在黑色素细胞功能障碍（如白癜风）中的特性缺乏全面理解	探讨McSCs在皮肤健康和疾病治疗中的作用及潜在应用	人类黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）	再生医学	白癜风	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑、全基因组测序	NA	NA	NA
872	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	research paper	通过单细胞转录组分析研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在骨肉瘤中利用单细胞转录组测序技术分析四个疼痛相关基因（ARTN、PSPN、GDNF、NRTN）在不同细胞类型中的表达差异	研究仅分析了基因表达模式，未验证这些基因在疼痛调控中的具体功能机制	探究骨肉瘤中疼痛相关基因的细胞特异性表达模式	人类骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq	NA	gene expression data	骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系
873	2025-07-24	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了帕金森病中与整合应激反应(ISR)相关的基因，这些基因在免疫调控中起关键作用	首次在帕金森病中系统研究了ISR相关基因的作用，并发现了DDIT4等关键基因在神经炎症调控中的新机制	研究主要基于公开数据库数据，部分发现需进一步实验验证	探索帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, Lasso回归, 随机森林算法	随机森林, Lasso回归	转录组数据	公开数据库GEO中的数据集(具体数量未明确说明)
874	2025-07-24	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	本研究通过生物信息学方法结合机器学习算法和单细胞测序数据，识别了与铁死亡和细胞衰老相关的动脉粥样硬化生物标志物	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，利用多种机器学习算法和单细胞测序技术分析动脉粥样硬化的分子亚型和诊断标志物	研究结果主要基于生物信息学分析，虽然进行了动物实验验证，但临床样本验证仍需进一步开展	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找诊断生物标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据和单细胞测序数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, WGCNA	机器学习算法(8种)	基因表达数据	来自GEO数据库的动脉粥样硬化基因表达数据集
875	2025-07-24	Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043 PMID:40687986	研究论文	本文介绍了一种名为JIND-Multi的新框架，用于在多个标注数据集之间传递细胞类型标签，适用于scRNA-Seq和scATAC-Seq数据	JIND-Multi能够处理scRNA-Seq和scATAC-Seq数据，且不需要配对的scRNA-Seq数据，显著减少了未分类细胞的比例	需要相同类型的标注数据，可能对罕见细胞类型的适应性有限	提高单细胞RNA和ATAC数据的自动化注释精度	单细胞RNA和ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	JIND-Multi	单细胞测序数据	NA
876	2025-07-24	dandelionR: Single-cell immune repertoire trajectory analysis in R 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.047 PMID:40687995	research paper	介绍了一个名为dandelionR的R包，用于单细胞免疫组库轨迹分析	填补了R语言中缺乏类似Python包scirpy的功能空白，实现了VDJ特征空间构建和基于扩散映射与吸收马尔可夫链的轨迹分析	未提及该工具在特定数据集上的性能验证或与其他工具的对比结果	开发R语言环境下的单细胞RNA测序和VDJ测序整合分析工具	淋巴细胞发育过程中的单细胞免疫组库数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scVDJ-seq	扩散映射, 吸收马尔可夫链	单细胞测序数据	NA
877	2025-07-24	Integrated multiomics analysis identifies PHLDA1+ fibroblasts as prognostic biomarkers and mediators of biological functions in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592416 PMID:40688078	研究论文	通过整合多组学分析，识别PHLDA1+成纤维细胞作为胰腺癌预后生物标志物及生物学功能介导者	提出了一个新颖的7基因风险模型，能够稳健地分层胰腺癌患者，并揭示了PHLDA1在肿瘤-间质相互作用中的关键作用	CAF亚型的预后和功能贡献尚未充分理解	研究胰腺癌肿瘤微环境中CAF亚型的预后和功能贡献	胰腺癌患者及其肿瘤微环境中的CAF亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	机器学习算法构建的7基因mCAF相关风险模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
878	2025-07-24	S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638 PMID:40688076	综述	本文全面综述了S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的分子机制及治疗前景	揭示了S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调节神经炎症过程的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	当前治疗方法存在局限性，需要更多个性化干预策略的研究	探讨S100A8/A9在带状疱疹相关神经痛中的分子机制及其治疗潜力	带状疱疹（HZ）及疱疹后神经痛（PHN）患者	神经科学	带状疱疹神经痛	单细胞测序、多组学分析	NA	分子生物学数据	NA
879	2025-07-24	Integrative single-cell and spatial transcriptomics uncover ELK4-mediated mechanisms in NDUFAB1+ tumor cells driving gastric cancer progression, metabolic reprogramming, and immune evasion 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591123 PMID:40688093	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了ELK4介导的NDUFAB1+肿瘤细胞在胃癌进展、代谢重编程和免疫逃逸中的核心机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术全面分析胃癌，发现C1 NDUFAB1+亚型及其通过PARs信号通路与成纤维细胞和周细胞的相互作用，并验证了ELK4的关键调控作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索胃癌中肿瘤异质性、代谢重编程和免疫逃逸的分子机制	胃癌组织和细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, 空间转录组学	Seurat, Robust Cell Type Decomposition, CellChat, StLearn	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
880	2025-07-24	Key immune regulators in retinal ischemia-reperfusion injury via RNA sequencing 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.07.06 PMID:40688775	研究论文	通过RNA测序技术探索视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节因子	结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别了视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节基因和细胞类型	研究仅关注急性期的视网膜缺血再灌注损伤，未涉及慢性期或其他相关疾病模型	探索视网膜缺血再灌注损伤的免疫细胞浸润和分子机制，以识别潜在的治疗靶点	视网膜缺血再灌注损伤模型	生物信息学	视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA