本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2026-03-28 |
Single-cell-based identification of drug synergy with immunotherapy via tumor microenvironment remodeling
2026-Mar-18, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014132
PMID:41850739
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和L1000平台筛选,建立了一个评估肿瘤微环境重塑的框架,并识别出增强免疫疗法疗效的药物组合 | 开发了一个基于单细胞RNA测序的免疫调节药物资源库和MP评分算法,首次系统性地量化肿瘤微环境对治疗干预的响应,并发现痛风药物别嘌醇能显著增强抗PD-1疗法的效果 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证;样本量相对有限,可能影响结果的普适性 | 识别在复杂肿瘤微环境中有效的治疗药物,特别是通过重塑肿瘤微环境来增强免疫疗法疗效的药物协同作用 | 肿瘤微环境中的细胞类型,包括髓源性抑制细胞等免疫细胞,以及739种免疫调节化合物 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,L1000平台筛选 | MP评分算法 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多种癌症的小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2026-03-28 |
Tetrastigma hemsleyanum alleviates febrile seizures by inhibiting HSPB1/Akt/NF-κB signaling via small extracellular vesicle-mediated astrocyte-microglia crosstalk
2026-Mar-17, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2026.158087
PMID:41886953
|
研究论文 | 本研究探讨了三叶崖爬藤总黄酮通过抑制HSPB1/Akt/NF-κB信号通路缓解热性惊厥的机制,涉及星形胶质细胞与小胶质细胞通过小细胞外囊泡的交互作用 | 首次揭示热性惊厥中星形胶质细胞通过释放小细胞外囊泡激活小胶质细胞HSPB1/Akt/NF-κB信号通路的机制,并鉴定儿茶素为三叶崖爬藤总黄酮的主要活性成分 | 研究主要基于大鼠模型和体外实验,人类临床验证尚未进行,且小细胞外囊泡的具体作用机制需进一步阐明 | 探究三叶崖爬藤总黄酮缓解热性惊厥的分子机制 | 热性惊厥大鼠模型、星形胶质细胞、小胶质细胞 | 神经科学 | 热性惊厥 | 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序、Transwell共培养实验 | 动物模型(大鼠)、细胞共培养模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 未明确具体样本数量,但涉及大鼠模型和细胞实验 | NA | 单细胞RNA测序、小细胞外囊泡测序 | NA | NA |
| 863 | 2026-03-28 |
Cell-type-specific transposon demethylation and TAD remodeling in aging mouse brain
2026-Mar-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2026.02.015
PMID:41819104
|
研究论文 | 本研究通过生成小鼠大脑衰老的单细胞表观基因组图谱,揭示了细胞类型特异的转座子去甲基化和染色质构象变化 | 整合了单细胞甲基组、染色质构象、转录组和染色质可及性数据,构建了跨模态细胞分类,并开发了基于深度学习模型预测衰老相关基因表达变化 | 使用2月龄小鼠作为基线,可能无法完全反映更早或更晚生命阶段的衰老过程 | 探究大脑衰老的表观遗传机制,特别是转座子甲基化和染色质构象变化 | 小鼠大脑多个区域的细胞 | 表观遗传学 | 神经退行性疾病 | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | 深度学习模型 | 甲基组数据、染色质构象数据、转录组数据、染色质可及性数据 | 132,551个单细胞甲基组和72,666个联合染色质构象-甲基组细胞核,以及895,296个细胞的空间转录组数据 | NA | 单细胞甲基组测序、染色质构象分析、空间转录组学 | NA | NA |
| 864 | 2026-03-28 |
Distinct spatial patterning and transcriptomic landscapes of human neural organoids by localized delivery of morphogens
2026-Mar-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.01.008
PMID:41734763
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于被动扩散的形态发生素梯度生成器(PdMG),用于在人类神经类器官中建立稳定的外源性空间形态发生素梯度,以模拟大脑发育中的位置模式 | 开发了无Matrigel的被动扩散形态发生素梯度生成器(PdMG),首次在人类神经类器官中可靠地建立了陡峭的外源性空间形态发生素梯度,并成功模拟了背腹侧前脑、头尾侧前中脑样和头尾侧前后脑样模式 | 未明确说明类器官的长期稳定性或梯度维持时间,可能受限于被动扩散机制的精确控制 | 研究人类大脑发育中局部形态发生素递送对神经类器官空间模式和转录组景观的影响 | 人类神经类器官 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 865 | 2026-03-28 |
Vascular STING activation facilitates NK cell anti-tumor immunity in small cell lung cancer
2026-Mar-05, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2026.02.008
PMID:41791380
|
研究论文 | 本文研究了小细胞肺癌(SCLC)中血管STING激活如何促进NK细胞的抗肿瘤免疫,揭示了微血管作为限制NK细胞外渗/招募的主要检查点 | 开发了动态单细胞RNA测序技术(DynaMITE-seq)并结合空间转录组学,首次揭示了SCLC中微血管对NK细胞浸润的调控作用,并提出通过激活血管STING信号来克服免疫屏障的新策略 | 研究主要基于实验模型和患者样本分析,尚未进行大规模临床试验验证,且具体机制细节需进一步探索 | 探索小细胞肺癌中NK细胞抗肿瘤免疫的调控机制,并寻找克服免疫屏障的治疗策略 | 小细胞肺癌(SCLC)细胞、NK细胞、微血管系统及患者组织样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | RNA-seq数据、空间转录组数据 | 患者组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 866 | 2026-03-28 |
Targeted Ferroptosis Improves RPE Phagocytosis via MERTK/NFE2L2/HMOX1 Axis to Alleviate Retinitis Pigmentosa
2026-Mar-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.67.3.42
PMID:41848364
|
研究论文 | 本研究通过整合RCS大鼠体内模型和人类原代RPE细胞体外模型,利用单细胞RNA测序揭示了铁死亡在MERTK缺陷型视网膜色素变性中的关键致病作用,并验证了靶向铁死亡可改善RPE吞噬功能 | 首次在视网膜色素变性模型中系统揭示了铁死亡通过MERTK/NFE2L2/HMOX1轴驱动RPE功能障碍的分子机制,并证明铁死亡抑制剂Fer-1的治疗潜力 | 研究主要基于RCS大鼠模型和体外细胞模型,尚未在更广泛的RP亚型或临床患者中进行验证 | 探究视网膜色素变性中RPE细胞的致病性改变,并寻找潜在的治疗策略 | 皇家外科学院大鼠、人类原代视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | RCS大鼠与RDY大鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 867 | 2026-03-28 |
The RNA-binding protein SRSF3 controls epicardial formation by regulating splicing and proliferation
2026-Mar-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204918
PMID:41601313
|
研究论文 | 本研究揭示了RNA结合蛋白SRSF3通过调控剪接和增殖在心脏外膜形成中的关键作用 | 首次发现SRSF3在胚胎前心外膜和心外膜层高表达,并证明其缺失会导致增殖停滞,影响心外膜形成;通过单细胞RNA测序揭示非重组细胞的代偿性增殖现象 | 未完全阐明SRSF3调控细胞周期调节因子的具体分子机制;研究主要基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证 | 探究RNA结合蛋白SRSF3在心脏外膜形成和功能调控中的分子机制 | 小鼠胚胎前心外膜和心外膜细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,内源性irCLIP | NA | RNA测序数据,蛋白质-RNA相互作用数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2026-03-28 |
Identifying Clones in Myelodysplastic Syndromes by Using Single-Cell RNA Sequencing
2026-Mar, Hematological oncology
IF:3.3Q2
DOI:10.1002/hon.70189
PMID:41886772
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 869 | 2026-03-28 |
A Single-Cell Perspective on Remapping Human Adult Neurogenesis and Its Clinical Implications
2026-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16020331
PMID:41750399
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在成人海马神经发生研究中的应用,及其对神经系统疾病机制和治疗策略的启示 | 整合了单细胞RNA测序技术提供的细胞和分子层面见解,为神经系统疾病的靶向治疗开发提供了新视角 | NA | 探讨成人海马神经发生的细胞和分子景观,以及神经系统疾病的病理机制及其治疗意义 | 成人海马神经发生、神经系统疾病(如癌症、心血管疾病和神经系统疾病) | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 870 | 2026-03-28 |
Lactate-Driven Reprogramming of Monocyte Bridges Bone Loss in Inflammatory Comorbidities
2026-02-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom16020308
PMID:41750376
|
研究论文 | 本研究揭示了乳酸驱动的单核细胞重编程在牙周炎和类风湿关节炎等炎症共病中连接免疫激活与骨吸收加剧的分子机制 | 首次将乳酸代谢与炎症共病(牙周炎和类风湿关节炎)的骨丢失联系起来,并鉴定出SAT1、TET2和HIF1A作为核心乳酸相关基因和潜在生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,需要在更大规模的人类队列中进行验证 | 揭示炎症共病中骨破坏的分子驱动机制 | 牙周炎和类风湿关节炎作为炎症疾病共病的临床相关模型 | 生物信息学 | 牙周炎, 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 多种机器学习方法 | 基因表达数据 | PD和RA队列的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 871 | 2026-03-28 |
Neonatal Hyperoxia Induces Metabolic Reprogramming in Senescent Alveolar Macrophages, Leading to Persistent Lung Injury
2026-Feb-10, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL48370
PMID:41761973
|
研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据,揭示了新生小鼠高氧暴露诱导衰老肺泡巨噬细胞的代谢重编程,并证明靶向代谢或清除衰老细胞可减轻持续性肺损伤 | 首次在新生小鼠高氧模型中,利用单细胞RNA测序技术系统描绘了衰老肺泡巨噬细胞的异质性、代谢重编程特征及其在持续性肺损伤中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类早产儿支气管肺发育不良中的直接适用性仍需进一步验证 | 探究新生儿高氧暴露诱导的衰老肺泡巨噬细胞的分子与功能特征,及其在持续性肺损伤发生发展中的作用 | 新生小鼠的肺组织,特别是高氧暴露后分离的衰老肺细胞(以巨噬细胞为主) | 数字病理学 | 肺损伤/支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序,免疫荧光,通路富集分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,图像数据 | 数据集GSE207866中的样本,包括高氧暴露后第7天(SD7)、年龄匹配的空气暴露对照(AirD7)及未富集衰老细胞的高氧暴露组(O2D7)小鼠肺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 872 | 2026-03-28 |
Integration of imaging-based and sequencing-based spatial omics mapping on the same tissue section via DBiTplus
2026-Jan-15, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02948-0
PMID:41540123
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DBiTplus的新型整合多模态空间组学方法,可在同一组织切片上结合测序型空间转录组学与多重蛋白成像技术 | 开发了DBiTplus整合工作流程,首次实现同一组织切片上测序型空间转录组与多重蛋白成像的同步分析,并采用RNase H介导的cDNA回收技术以保留组织架构 | 方法在极具挑战性的临床样本(如FFPE组织)中的全面性能仍需进一步验证 | 开发一种整合成像与测序的空间组学映射技术,以在单细胞分辨率下探索细胞异质性和功能 | 冷冻小鼠胚胎、福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)的人体淋巴结及淋巴瘤组织 | 空间组学 | 淋巴瘤 | 空间条形码技术、RNase H介导的cDNA回收、多重蛋白成像、空间转录组学 | NA | 空间转录组数据、蛋白成像数据 | 多种样本类型,包括小鼠胚胎和人类淋巴组织 | NA | 空间转录组学, 多重蛋白成像 | DBiTplus | DBiTplus整合工作流程,支持测序型空间转录组学与成像型蛋白分析在同一组织切片上进行 |
| 873 | 2026-03-28 |
Exploring hub genes related to adipocytokines in keloids: a combined analysis integrating single-cell, Mendelian randomization and bulk transcriptome data with experimental verification
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1740876
PMID:41889636
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和批量转录组数据分析,结合实验验证,探索了与脂肪细胞因子相关的枢纽基因在瘢痕疙瘩发病机制中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序、孟德尔随机化和批量转录组数据进行综合分析,识别出PIK3R3和ANGPTL5作为与脂肪细胞因子相关的潜在枢纽基因,并验证了PIK3R3在瘢痕疙瘩中的因果作用 | ANGPTL5的表达验证结果不一致,可能受样本限制影响,且研究主要基于现有公开转录组数据的再分析 | 识别瘢痕疙瘩形成的潜在治疗靶点,并阐明与脂肪细胞因子相关的病理机制 | 瘢痕疙瘩组织及相关基因表达 | 生物信息学 | 皮肤纤维增生性疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 批量转录组分析, RT-qPCR | 机器学习 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 874 | 2026-03-28 |
CCS-mediated mechanistic link between gestational diabetes mellitus and carpal tunnel syndrome: a multi-omics MR framework
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1766134
PMID:41890708
|
研究论文 | 本研究通过多组学孟德尔随机化框架,揭示了妊娠期糖尿病与腕管综合征之间的因果关联及CCS基因介导的分子机制 | 首次整合遗传相关分析、孟德尔随机化、多组学数据(eQTL、pQTL)、单细胞RNA测序及分子对接,系统阐明GDM通过CCS介导的氧化、免疫和纤维化通路导致CTS的因果机制 | 研究主要基于欧洲人群的遗传数据,可能限制其跨人群普适性;动物模型和分子对接结果需进一步实验验证 | 探究妊娠期糖尿病是否因果增加腕管综合征风险及其分子通路 | 妊娠期糖尿病与腕管综合征的遗传关联、CCS基因的介导作用及相关分子通路 | 生物信息学与遗传流行病学 | 妊娠期糖尿病与腕管综合征 | 连锁不平衡评分回归、双样本孟德尔随机化、全血cis-eQTL分析、血浆蛋白QTL分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序、组织学、免疫荧光、分子对接 | 孟德尔随机化模型、贝叶斯共定位分析 | 遗传数据、转录组数据、蛋白质组数据、单细胞数据、组织图像数据 | 基于FinnGen和UK Biobank的大规模人群遗传数据,涉及GDM和CTS病例及对照 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 875 | 2026-03-28 |
Comprehensive management of hematopoietic stem cell transplantation complications: from infection prevention to immune microenvironment reconstruction
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1740067
PMID:41890754
|
综述 | 本文系统综述了造血干细胞移植(HSCT)关键并发症(包括感染、移植物抗宿主病和肝窦阻塞综合征)的管理策略,并探讨了新兴技术在构建全程风险管理模型中的应用 | 整合了从感染预防到免疫微环境重建的综合管理视角,并强调了单细胞测序、微生物组分析和人工智能等新兴技术在构建全程风险管理模型中的应用潜力 | 作为一篇综述文章,未报告原始研究数据或进行新的临床试验 | 系统回顾并探讨造血干细胞移植并发症的管理策略及未来研究方向 | 造血干细胞移植患者及其并发症(感染、GVHD、VOD/SOS) | NA | 造血干细胞移植相关并发症 | 单细胞测序,微生物组分析,人工智能 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 876 | 2026-03-28 |
Sparse dimensionality reduction for analyzing single-cell-resolved interactions
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag047
PMID:41890810
|
研究论文 | 本文提出了一种针对单细胞细胞间相互作用数据的端到端降维工作流程,旨在简化细胞对间相互作用模式的分析 | 采用稀疏降维方法(特别是Boosting Autoencoder)来精确定位与细胞对簇相关的特定配体-受体相互作用,并提供了包含结果可视化的完整工作流程 | NA | 增强单细胞转录组学数据中细胞间相互作用的下游分析 | 单细胞细胞间相互作用数据,特别是基于已知配体-受体相互作用的细胞对 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | Boosting Autoencoder | 单细胞转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 877 | 2026-03-28 |
Protocol for decoding immune predictors of response to immunotherapy through pan-cancer multiomics analysis
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104183
PMID:41187056
|
研究论文 | 本文提出了一种通过单细胞RNA测序、单细胞免疫分析和质谱流式细胞术分析多种癌症中T细胞动态的方案 | 整合了单细胞多组学技术和基因调控网络分析,以识别与免疫检查点阻断反应相关的T细胞亚群和预测性生物标志物 | NA | 解码免疫治疗响应的免疫预测因子 | 多种癌症中的T细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫分析, 质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 免疫分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 878 | 2026-03-28 |
Protocol for preparation of mouse synovium for flow cytometry and RNA-seq
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104207
PMID:41236928
|
研究论文 | 本文介绍了一种从小鼠滑膜制备单细胞悬浮液用于流式细胞术和RNA-seq分析的实验方案 | 该方案整合了关节炎诱导、细胞收获和单细胞悬浮液制备,支持稳态或炎症状态下的分析,并可选血管内标记 | NA | 开发一种标准化的小鼠滑膜单细胞悬浮液制备方法,以模拟类风湿关节炎和骨关节炎中的无菌炎症 | 小鼠滑膜组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2026-03-28 |
Protocol to analyze changes in hippocampal neural stem cell quiescence from single-cell RNA sequencing data
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104226
PMID:41289073
|
研究论文 | 本文介绍了一种通过计算分析单细胞RNA测序数据来分离小鼠海马神经干细胞并评估扰动对静息深度影响的协议 | 提出了一种计算协议,通过顺序重聚类、伪时间轨迹分析和统计检验来区分静息神经干细胞与星形胶质细胞,以及增殖神经干细胞与祖细胞,解决了现有挑战 | 协议依赖于单细胞RNA测序数据,可能受数据质量和测序深度限制,且仅针对小鼠海马神经干细胞,未验证于其他组织或物种 | 开发一种计算协议来分析小鼠海马神经干细胞静息状态的变化 | 小鼠海马神经干细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 880 | 2026-03-28 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Dec-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
|
研究论文 | 本文提出了一个结合Transformer和图变分自编码器的计算框架TG-ME,用于通过空间转录组学和形态学图像识别微环境 | 创新性地整合了Transformer和图变分自编码器,以深度学习方式解析空间生态位,适用于健康、肿瘤和感染组织 | NA | 开发一个计算框架来识别和分析组织中的微环境 | 空间转录组学和形态学图像数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组学 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据, 形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |